View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5215-Insertion-3 (Length: 870)

Name: NF5215-Insertion-3
Description: NF5215
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5215-Insertion-3
NF5215-Insertion-3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-521)||(54180372-54180885)
chr4 (551-870)||(54180022-54180342)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (10-514)||(41947760-41948270)
chr5 (8-446)||(22794258-22794699)
chr5 (12-492)||(41942248-41942734)
chr5 (551-854)||(41942793-41943099)
chr5 (551-854)||(41948307-41948613)
chr5 (685-854)||(22794935-22795104)
chr5 (551-651)||(22794822-22794922)
chr5 (449-493)||(22794720-22794764)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (10-514)||(1210514-1211023)
chr3 (551-854)||(1211060-1211366)
chr3 (749-816)||(38102604-38102671)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (725-798)||(39485527-39485600)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 54180885 - 54180372
Alignment:
Q  8 tacttatcaaacttaggtttaggacctaagattattgaggaatcaaaaaagaaggtgctatcaaagaagaattggtatgcaacaaatcaattttcactag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180885 tacttatcaaacttaggtttaggacctaagattattgaggaatcaaaaaagaaggtgctatcaaagaagaattggtatgcaacaaatcaattttcactag 54180786  T
Q  108 aagtaattttccacaacttgatgaaacattacaagtgtttaaccaatgattcatcgttagcttcagcaatttatgtaccatactatgctggtcttgatat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180785 aagtaattttccacaacttgatgaaacattacaagtgtttaaccaatgattcatcgttggcttcagcaatttatgtaccatactatgctggtcttgatat 54180686  T
Q  208 aagtcaatatctttggggatttaatgtttcaataagagatgaatcaccnnnnnnnttagtgaaatggttagcacaacaacctcaatggaaaagagtatat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180685 aagtcaatatctttggggatttaatgtttcaataagagatgaatcaccaaaaaaattagtgaaatggttagcacaacaacctcaatggaaaagagtatat 54180586  T
Q  308 ggtaaggatcatttcatggttggtggaagaataagttatgattttagaagaagaagtgatgaaaatgaagattggggaacaaagttgatgtttttaccgg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180585 ggtaaggatcatttcatggttggtggaagaataagttatgattttagaagaagaagtgatgaaaatgaagattggggaacaaagttgatgtttttaccgg 54180486  T
Q  408 aagcaagtaacatgtcgatgttatcaatagaatcatgtggttatgataatgaattttcaattccatatccaacttattttcatcctaataatgatgctca 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  54180485 aagcaagtaacatgtcgatgttatcaatagaatcatgtggttatgataatgaattttcaattccatatccaacttattttcatcctactaatgatgctca 54180386  T
Q  508 aatttttgggtggc 521  Q
    ||||||||||||||    
T  54180385 aatttttgggtggc 54180372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 551 - 870
Target Start/End: Complemental strand, 54180342 - 54180022
Alignment:
Q  551 tatttgttttcatttgttggtgctccaaggcctaatgtaacatcttctattaggaatgagttaatcgaacattgcgaatcttccaagggttgcaaacttg 650  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180342 tatttgttttcatttgttggtgctccaaggcctaatgtaacatcttctattaggaatgagttaatcgaacattgcgaatcttccaagggttgcaaacttg 54180243  T
Q  651 ttggatgctattatggttataccaaagatcgttgtggcgatcctgttcatgttatggatgcttttaggaattcagttttttgtttacaaccgccggggga 750  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180242 ttggatgctattatggttataacaaagatcgttgtggcgatcctgttcatgttatggatgtttttaggaattcagttttttgtttacaaccgccggggga 54180143  T
Q  751 ttcttacacaaggagatcaacttttgattcgattttggcgggttgtattcctgttttctttcatccaaaatcaacatacaagcaatatgtgtggcatttt 850  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54180142 ttcttacacaaggagatcaacttttgattcgattttggcgggttgtattcctgttttctttcatccaaaatcaacatacaagcaatatgtgtggcatttt 54180043  T
Q  851 cctac-aatagttccaactac 870  Q
    ||||| |||||||||||||||    
T  54180042 cctacaaatagttccaactac 54180022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 210; Significance: 1e-114; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 10 - 514
Target Start/End: Original strand, 41947760 - 41948270
Alignment:
Q  10 cttatcaaacttaggtttaggacctaagattattgaggaatcaaaaaagaaggtgctatcaaagaagaattggtatgcaacaaatcaattttcactagaa 109  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  41947760 cttatcaaacttaggtgtaggacctaagattattgagaaatcaaaaaaagaagtgctatcaaagaaaaattggtatgcaacaaatcaatattcacttgaa 41947859  T
Q  110 gtaattttccacaacttgatgaaacattacaagtgtttaaccaatgattcatcgttagcttcagcaatttatgtaccatactatgctggtcttgatataa 209  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||  |     
T  41947860 gtaattttccacaatataatgaaacattacaagtgtttaaccaatgattcatccttggcttcagctatatatgtaccattctatgctggtcttgatgcag 41947959  T
Q  210 gtcaatatctttggggatttaatgtttcaataagagatgaatcaccnnnnnnnttagtgaaatggttagcacaacaacctcaatggaaaagagtatatgg 309  Q
    |||||||||| |||| ||||||| |||| || |||||| |||||||       || ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |  ||||    
T  41947960 gtcaatatctatgggaatttaatatttccattagagataaatcaccaaatgaatttgtgaaatggttaggacaacaatctcagtggaaaagattgcatgg 41948059  T
Q  310 taaggatcatttcatggttggtggaagaataagttatgattttagaagaagaagtgatgaaaatgaagattggggaacaaagttgatgtttttaccggaa 409  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||  | |||||  | || |  |||||||||||||| | ||||| || || |||    
T  41948060 taaagatcatttcatggttggtggaagaattggttgtgattttaggagagaaggtgattcagatcataattggggaacaaagctaatgttcttgccagaa 41948159  T
Q  410 gcaagtaacatgtcgatgttatcaatagaatcatgt---ggt---tatgataatgaattttcaattccatatccaacttattttcatcctaataatgatg 503  Q
    | ||||||||||||  | || | |||||||||||||   |||   ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  41948160 gtaagtaacatgtcatttttgttaatagaatcatgtaaaggtttatatgacaatgaatttccaattccatatccaacttattttcatcctacaaatgatg 41948259  T
Q  504 ctcaaattttt 514  Q
     | ||||||||    
T  41948260 atgaaattttt 41948270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 8 - 446
Target Start/End: Original strand, 22794258 - 22794699
Alignment:
Q  8 tacttatcaaacttaggtttaggacctaagattattgaggaatcaaaaaagaaggtgctatcaaagaagaattggtatgcaacaaatcaattttcactag 107  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  | |  ||  | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  22794258 tacttatcaaacttaggattagggcctaagattattgaggaatcaaatgaaactgttatttcaaagaaaaattggtatgcaacacatcaattttcacttg 22794357  T
Q  108 aagtaattttccacaacttgatgaaacattacaagtgtttaaccaatgattcatcgttagcttcagcaatttatgtaccatactatgctggtcttgatat 207  Q
    |||||||||| |||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |    
T  22794358 aagtaatttttcacaacataatgaaagactacaagtgtttaaccaatgattcatcactggcttcagcaatttatgtaccatactacgctggtctcgatgt 22794457  T
Q  208 aagtcaatatctttgg---ggatttaatgtttcaataagagatgaatcaccnnnnnnnttagtgaaatggttagcacaacaacctcaatggaaaagagta 304  Q
    | |||  |||||||||   ||||||||| |||| |||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |     
T  22794458 aggtcggtatctttggggaggatttaatatttccataagagatgaatcgccgaatcaattagtgaaatggttagcacaacaatctcaatggaaacgaatg 22794557  T
Q  305 tatggtaaggatcatttcatggttggtggaagaataagttatgattttagaagaagaagtgatgaaaatgaagattggggaacaaagttgatgtttttac 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||||| ||| |||| ||| || |||||||||||||||||||| | |||||| | |    
T  22794558 tatggtaaggatcatttcatggttggtggaagagttggatatgattttaggagaggaagcgataaagatgaagattggggaacaaagctaatgtttctgc 22794657  T
Q  405 cggaagcaagtaacatgtcgatgttatcaatagaatcatgtg 446  Q
    ||||||| ||||||||  |||| |||  ||||||||| ||||    
T  22794658 cggaagctagtaacattacgattttactaatagaatcgtgtg 22794699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 12 - 492
Target Start/End: Original strand, 41942248 - 41942734
Alignment:
Q  12 tatcaaacttaggtttaggacctaagattattgaggaatcaaaaaagaaggtgctatcaaagaagaattggtatgcaacaaatcaattttcactagaagt 111  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  41942248 tatcaaacttaggtgtaggacctaagattattgagaaaacaaagaaaaaagtgctatcaaagaagagttggtatgcaacaaatcaattttcccttgaagt 41942347  T
Q  112 aattttccacaacttgatgaaacattacaagtgtttaaccaatgattcatcgttagcttcagcaatttatgtaccatactatgctggtcttgatataagt 211  Q
    |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||  | ||    
T  41942348 aattttccacaacacaatgaaacattacaagtgtttaaccaatgattcatccttggcttcagctatatatataccatactatgctggtcttgatgcaggt 41942447  T
Q  212 caatatctttggggatttaatgtttcaataagagatgaatcaccnnnnnnnttagtgaaatggttagcacaacaacctcaatggaaaagagtatatggta 311  Q
    |||||||| |||| ||||||| |||| || | |||| |||||||       || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |  ||||||    
T  41942448 caatatctatgggaatttaatatttccatgatagataaatcaccaaatgaatttgtgaaatggttagcacaacaatctcagtggaaaagattgcatggta 41942547  T
Q  312 aggatcatttcatggttggtggaagaataagttatgattttagaagaagaagtgatgaaaatgaagattggggaacaaagttgatgtttttaccggaagc 411  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||  | | |||    |||| ||||  ||||||||| | ||||  || || |||      
T  41942548 aagatcatttcatggttggtggaagaattggttgtgattttaggagagaaggagatttggatgatgattttggaacaaagctaatgtccttgccagaatt 41942647  T
Q  412 aagtaacatgtcgatgttatcaatagaatcatgt---ggtt---atgataatgaattttcaattccatatccaacttattttcatcc 492  Q
    ||||||| ||||  | || | ||||||||| |||   ||||   |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41942648 aagtaacgtgtcatttttgttaatagaatcgtgtaaaggtttatatgacaatgaatttccaattccatatccaacttattttcatcc 41942734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 551 - 854
Target Start/End: Original strand, 41942793 - 41943099
Alignment:
Q  551 tatttgttttcatttgttggtgctccaaggcctaatgtaacatcttctattaggaatgagttaatcgaacattgcgaatcttccaagggttgcaaacttg 650  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| |||    
T  41942793 tatttgttttcatttgtcggtgctccaagacctaattcaacatcttctattagaaatgagttaatcaaacattgtgaatcttctaagagttgcaaatttg 41942892  T
Q  651 ttggatgctattatggttataccaa---agatcgttgtggcgatcctgttcatgttatggatgcttttaggaattcagttttttgtttacaaccgccggg 747  Q
    || |||| ||| |||||| ||  ||   | |  ||||  ||||||||||||| |||||||||  ||||  |||||| ||||||||||||||||||   ||    
T  41942893 ttcgatgttatcatggttctagtaagaaaaaaagttgccgcgatcctgttcaagttatggataattttcagaattcggttttttgtttacaaccggttgg 41942992  T
Q  748 ggattcttacacaaggagatcaacttttgattcgattttggcgggttgtattcctgttttctttcatccaaaatcaacatacaagcaatatgtgtggcat 847  Q
    ||||||||  || || |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||   ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  41942993 ggattcttttactagaagatcaatatttgattcgattttggcaggttgtattcctgttttcttgcatccactgtcagcatacaagcaatatttgtggcat 41943092  T
Q  848 tttccta 854  Q
    |||||||    
T  41943093 tttccta 41943099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 551 - 854
Target Start/End: Original strand, 41948307 - 41948613
Alignment:
Q  551 tatttgttttcatttgttggtgctccaaggcctaatgtaacatcttctattaggaatgagttaatcgaacattgcgaatcttccaagggttgcaaacttg 650  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||  | |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||| |||| ||    
T  41948307 tatttgtttacatttgtcggtgctccaaggcctgattcaccatcttctgttagaaatcagttaatcaaacattgcgaatcttctaagagttgtaaacgtg 41948406  T
Q  651 ttggatgctattatggttataccaa--agatc-gttgtggcgatcctgttcatgttatggatgcttttaggaattcagttttttgtttacaaccgccggg 747  Q
    ||||||| ||| |||||| ||  ||  | ||  ||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||  |||||| || |||||||||||||||  |||    
T  41948407 ttggatgttatcatggttctagtaagaaaataagttgtcgcgatcctgttcaagttatggataattttcagaattcggtattttgtttacaaccgatggg 41948506  T
Q  748 ggattcttacacaaggagatcaacttttgattcgattttggcgggttgtattcctgttttctttcatccaaaatcaacatacaagcaatatgtgtggcat 847  Q
    ||||||||  || ||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  41948507 ggattcttttactagatgatcaatttttgattcaattttggcgggttgtattcctgttttctttcatccactatcagcatacaagcaatatttgtggcat 41948606  T
Q  848 tttccta 854  Q
    |||||||    
T  41948607 tttccta 41948613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 685 - 854
Target Start/End: Original strand, 22794935 - 22795104
Alignment:
Q  685 tggcgatcctgttcatgttatggatgcttttaggaattcagttttttgtttacaaccgccgggggattcttacacaaggagatcaacttttgattcgatt 784  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||| || || |||||||  || || |||||||||||||||||||||    
T  22794935 tggcgatcccgttcatgttctggatgtttttcagaaatcagttttttgtttacaacctcctggtgattcttttaccagaagatcaacttttgattcgatt 22795034  T
Q  785 ttggcgggttgtattcctgttttctttcatccaaaatcaacatacaagcaatatgtgtggcattttccta 854  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||| | || ||||||||| |||||||||||||||    
T  22795035 ttggccggctgtattcctgttttctttcatccacattcagcgtataagcaatatatgtggcattttccta 22795104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 551 - 651
Target Start/End: Original strand, 22794822 - 22794922
Alignment:
Q  551 tatttgttttcatttgttggtgctccaaggcctaatgtaacatcttctattaggaatgagttaatcgaacattgcgaatcttccaagggttgcaaacttg 650  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  22794822 tatttgttttcatttgtcggtgctccaaggccaaatttaacatcttcaattagaaacgagttaatcgatcattgtcaatcttctaagagttgcaaacttg 22794921  T
Q  651 t 651  Q
    |    
T  22794922 t 22794922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 449 - 493
Target Start/End: Original strand, 22794720 - 22794764
Alignment:
Q  449 tatgataatgaattttcaattccatatccaacttattttcatcct 493  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22794720 tatgagaatgaatttgcaattccatatccaacttattttcatcct 22794764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 163; Significance: 1e-86; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 10 - 514
Target Start/End: Original strand, 1210514 - 1211023
Alignment:
Q  10 cttatcaaacttaggtttaggacctaagattattgaggaatcaaa-aaagaaggtgctatcaaagaagaattggtatgcaacaaatcaattttcactaga 108  Q
    |||||||||||||||  |||||| | ||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  1210514 cttatcaaacttaggcgtaggacttgagattattgagaaatcaaagaaagaa-gttctatcaaagaatagttggtatgcaacaaatcaatattcacttga 1210612  T
Q  109 agtaattttccacaacttgatgaaacattacaagtgtttaaccaatgattcatcgttagcttcagcaatttatgtaccatactatgctggtcttgatata 208  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||    |||||||||| ||||||||||||||||  |    
T  1210613 agtaattttccacaatataatgaaacattacaagtgtttaaccaatgattcatctttggcttctgctgcatatgtaccattctatgctggtcttgatgca 1210712  T
Q  209 agtcaatatctttggggatttaatgtttcaataagagatgaatcaccnnnnnnnttagtgaaatggttagcacaacaacctcaatggaaaagagtatatg 308  Q
     |||||||||| |||| ||||||| |||| || |||||| |||||||       || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |  |||    
T  1210713 ggtcaatatctatgggaatttaatatttccatgagagataaatcaccaaatgaatt-gtgaaatggttagcacaacaatctcagtggaaaagattgcatg 1210811  T
Q  309 gtaaggatcatttcatggttggtggaagaataagttatgattttagaagaagaagtgatgaaaatgaagattggggaacaaagttgatgtttttaccgga 408  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| | |||  | |||||  | || |  |||||||||||||| | ||||| || || ||    
T  1210812 gtaaagatcatttcatggttggtggaagaattggttgtgatttttggagagaaggtgatttagatcataattggggaacaaagctaatgttcttgccaga 1210911  T
Q  409 agcaagtaacatgtcgatgttatcaatagaatcatgt---ggt---tatgataatgaattttcaattccatatccaacttattttcatcctaataatgat 502  Q
    || ||||||||||||  | || | |||||||||||||    ||   ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||    
T  1210912 agtaagtaacatgtcatttttgttaatagaatcatgtaaatgtttatatgacaatgaatttccaattccatatccaacttattttcatgctacaaatgat 1211011  T
Q  503 gctcaaattttt 514  Q
    | | ||||||||    
T  1211012 gatgaaattttt 1211023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 551 - 854
Target Start/End: Original strand, 1211060 - 1211366
Alignment:
Q  551 tatttgttttcatttgttggtgctccaaggcctaatgtaacatcttctattaggaatgagttaatcgaacattgcgaatcttccaagggttgcaaacttg 650  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||  | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||    
T  1211060 tatttgtttacatttgtcggtgctccaaggcctgattcaccatcttctattagaaatcagttaatcgaacattgcgaatcttctaagagttgtaaacgtg 1211159  T
Q  651 ttggatgctattatggttataccaa---agatcgttgtggcgatcctgttcatgttatggatgcttttaggaattcagttttttgtttacaaccgccggg 747  Q
    ||||||| ||| |||||| ||  ||   | |  ||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1211160 ttggatgttatcatggttctagtaagaaaaaaagttgtcgcgatcctgttcaagttatggataattttcagaattcggttttttgtttacaaccgccggg 1211259  T
Q  748 ggattcttacacaaggagatcaacttttgattcgattttggcgggttgtattcctgttttctttcatccaaaatcaacatacaagcaatatgtgtggcat 847  Q
    ||||||||  || || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  1211260 ggattcttttactagaagatcaatttttgattcgattttggcgggttgtattcctgttttcttgcatccactatcagcatacaagcaatatttgtggcat 1211359  T
Q  848 tttccta 854  Q
    |||||||    
T  1211360 tttccta 1211366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 749 - 816
Target Start/End: Original strand, 38102604 - 38102671
Alignment:
Q  749 gattcttacacaaggagatcaacttttgattcgattttggcgggttgtattcctgttttctttcatcc 816  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||    
T  38102604 gattcatacacaagaagatcaatttttgattcaattttagctggttgtattcctgtgttttttcatcc 38102671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 725 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 39485600 - 39485527
Alignment:
Q  725 gttttttgtttacaaccgccgggggattcttacacaaggagatcaacttttgattcgattttggcgggttgtat 798  Q
    ||||||||| | ||||| | ||| |||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  39485600 gttttttgtcttcaacctcagggtgattcttatacaagaagatctgcttttgattcgatgttggctggttgtat 39485527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University