View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5218-Insertion-2 (Length: 1094)

Name: NF5218-Insertion-2
Description: NF5218
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5218-Insertion-2
NF5218-Insertion-2
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (8-988)||(5160919-5161898)
chr1 (43-413)||(5158028-5158380)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 858; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 858; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 988
Target Start/End: Original strand, 5160919 - 5161898
Alignment:
Q  8 gaggttataggcaatgaatttgttaagactaattgaatttggaaaaatacaagaagtagtgaatgcaacaaatctgtttgatttagattgaattcactga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160919 gaggttataggcaatgaatttgttacgactaattgaatttggaaaaatacaagaagtagtgaatgcaacaaatctgtttgatttagattgaattcactga 5161018  T
Q  108 tttcttaaggtagtgtagattaggatcagttgttttatgtttgtaacagattgatatatgttaactgagaaaggaatattaaataatttttgattagaca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  5161019 tttcttaaggtagtgtagattaggatcagttgttttatgtttgtaacagattgatatatgttaactgagaaaggaatattaaatactttt-gattagaca 5161117  T
Q  208 gaatgaaaatgcatcttcattgtttggaagatcgatttgcctgattggtttcttttcttgtgttacagtatcaatgacaggtccagttcgattctataca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161118 gaatgaaaatgcatcttcattgtttggaagatcgatttgcctgattggtttcttttcttgtgttacagtatcaatgacaggtccagttcgattctataca 5161217  T
Q  308 cagcgtgcttcctttgtcccttgtcccgaagatgatttacaggaacttgagtgcaattgtttcatatgcacaatttgtttttaaactagacaatgaaata 407  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161218 cagcgtgcttcctttgtaccttgtcccgaagatgatttacaggaacttaagtgcaattgtttcatatgtacaatttgtttttaaactagacaatgaaata 5161317  T
Q  408 ttctgtctgtccctcctcttggctcttctatgtgacattcatatccacctttacataaaaaatgcataatggagaggaatgagttgagggacggatatag 507  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161318 ttctgtctgtccctcctctcggctcttctatgtgacattcatatccacctttacataaaaaatgcataatggagaggaatgagttgagggacggatatag 5161417  T
Q  508 cataagctcactcccatgccgtgcgagatatgaaacactctctcaccatagaaggcaccctttttcaaagtctacttttactttctatagtttggaaatt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161418 cataagctcactcccatgccgtgcgagatatgaaacactctctcaccatagaaggcaccctttttcaaagtctacttttactttctatagtttggaaatt 5161517  T
Q  608 ttgttcctccagatatgtgcttttggtaaatcgtgcaatacaaatgtataatttcagaaaatgaactggaaagcaatgtcttgctttttgcttctaccta 707  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161518 ttgttcatccagatatgtgcttttggtaaatcgtgcaatacaaatgtataatttcagaaaatgaactggaaagcaatgtcttgctttttgcttctaccta 5161617  T
Q  708 ttgggaatggattatctttgttgatgagagaatggtggaatctacacaattgaataaaaaaggtgagttttagatatgacaaagtttaaggatgagattg 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161618 ttgggaatggattatctttgttgatgagagaatggtggaatctacacaattgaataaaaaaggtgagttttagatatgacaaagtttaaggatgagattg 5161717  T
Q  808 atgacatgacacattagagaacatgagagnnnnnnntggagattgcattatatatgcagtgttggggtgcgaatccgtatttcccacttattcaccttaa 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161718 atgacatgacacattagagaacatgagagaaaaaaatggagattgcattatatatgcggtg-tcgggttcgaatccgtatttcccacttattcaccttaa 5161816  T
Q  908 aaggtgagatttcaatcattggactacttaac-nnnnnnnnttaatttcttt-aaatggaattaatctaataaacatctatta 988  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5161817 aaggtgagatttcaatcattggactacttaacaaaaaaaaattaatttctttaaaatggaattaatct-ataaacatctatta 5161898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 43 - 413
Target Start/End: Original strand, 5158028 - 5158380
Alignment:
Q  43 aatttggaaaaatacaa-gaagtagtgaatgcaacaaatct-gtttgatttagattgaattcactgatttcttaaggtagtgtagattaggatcagttgt 140  Q
    ||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||| |  ||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  5158028 aatttggaaaaatgcaaagaaatagtgaatccaacaaacccagttggatttagagtgaactcactgatttcttaaggtagtgtagataatgatcagttgt 5158127  T
Q  141 tttatgtttgtaacagattgatatatgttaactgagaaaggaatattaaataatttttgattagacagaatgaaaatgcatcttcattgtttggaagatc 240  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| || | | |||||||  ||||||||| ||||||||||||            |||    
T  5158128 tttatgtttgtaacagattgatatgtgttaacgtagaaaggaatatcaagt-acttttgatctgacagaatgcaaatgcatcttc------------atc 5158214  T
Q  241 gatttgcctgattggtttcttttcttgtgttacagtatcaatgacaggtccagttcgattctatacacagcgtgcttcctttgtcccttgtcccgaagat 340  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||       |||||||||  ||||||    
T  5158215 gatgtgcctgattggtttcttttcttgtgttacagtatcaatgacagatccagtccgattctatacacagcgtgct-------tcccttgtcgggaagat 5158307  T
Q  341 gatttacaggaacttgagtgcaattgtttcatatgcacaatttgtttttaaactagacaatgaaatattctgt 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5158308 gatttacaggaacttgagtgcaattgtttcatttgtacaatttgtttttatactagacaatgaaatattctgt 5158380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University