View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5218-Insertion-8 (Length: 710)

Name: NF5218-Insertion-8
Description: NF5218
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5218-Insertion-8
NF5218-Insertion-8
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (6-684)||(8446408-8447083)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 599; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 8447083 - 8446408
Alignment:
Q  6 caaaggcttcaatagatcaatggttagaagctgaaggacaaagcttcaatccaccttcttcaactctggtgtttcagcttgcatttgctcctcgaatgaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8447083 caaaggcttcaatagatcaatggttagaagctgaaggacaaagcttcaatccaccttcttcaactctggtgtttcagcttgcatttgctcctcgaatgaa 8446984  T
Q  106 gatcaaacaagacgaaggagcaattcgacagagtaaagaaaagctcaagaaagtgcttgatgtgtacgataagaggcttggggaaactcgctactcggct 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8446983 gatcaaacaagacgaaggagcaattcgacagagtaaagaaaagctcaagaaagtgcttgatgtgtacgataagaggcttggggaaactcgctacttggct 8446884  T
Q  206 ggtgatgagttcacacttgacgacctttcacatcttcccaatattcactacttggtggctgctgctgatgccgacaccgctgatttgtttacttcttcgt 305  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8446883 ggtgatgaattcacacttgccgacctttcacatcttcccaatattcactacttggtggctgctgctgatgccgacaccgctgatttgtttacttcttcgt 8446784  T
Q  306 caagaaacaatgtgtcaaggtggtggacggaaatatccacacgtgagtcgtggaaaaaggtcatcgatttgtacccaaaaccttgattcattaatcacat 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8446783 caagaaacaatgtgtcaaggtggtggacggaaatatccacacgtgagtcgtggaaaaaggtcatcgatttgtacccaaaaccttgattcattaatcacat 8446684  T
Q  406 tcacacatttggaacattggtagctctttgatattctagaccaaacagtccagccatgtccctaatgcttgaatgcgagattttttcagaccggagcaag 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8446683 tcacacatttggaacattggtagctctttgatattctagaccaaacagtccaaccatgtccctaatgcttgaatgcgagattttttcagaccggagcaag 8446584  T
Q  506 tcccatttccttttactcccgcactcgtagacgttagatcagcagattaataacgaccagtactatgctttctatgcattttataatatttttcactttc 605  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8446583 tcccatttccttttacccccgcactcatagacgttagatcagcagattaataacgaccagtactatgctttctatgcattttataatatttttcaatttc 8446484  T
Q  606 tatgggtgagtggtgacatggctccttttcgtgatttgtatgaaggaacattttgattcgagtgatctaaggatgctaa 684  Q
    |||  |||| || ||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  8446483 tat-cgtgattgttgacatggctccttttctttatttgtatg-atgaacattttgattcgagtgat-ttaggatgctaa 8446408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University