View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5218-Insertion-9 (Length: 578)
Name: NF5218-Insertion-9
Description: NF5218
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5218-Insertion-9 |
 | |
|
| [»] scaffold0003 (2 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 556
Target Start/End: Original strand, 24494872 - 24495421
Alignment:
| Q |
7 |
agttctctggttgtcatcacttctctctgaacttcatgtcagtttacccactattcctaccatctactgtgacaatctcggtgccacttatctcactgtc |
106 |
Q |
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| T |
24494872 |
agttctctggttgtcatcacttctctctgaacttcatgtcagtttacccactattcctaccatctactgtgacaatcttggtgccacttatctcactgtc |
24494971 |
T |
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| Q |
107 |
aatcccgtcttccatagtcgtatgaagcacattgccatagatattcattttgtcagagatcatgtgagaaataaaaagattcgggttcaacatgtttcca |
206 |
Q |
| |
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|
|
| T |
24494972 |
aatcccgtcttccatagtcgcatgaagcacattgccatagatattcattttgtcagagatcatgtgagaaataaaaagattcgggttcaacatgtttcca |
24495071 |
T |
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| Q |
207 |
ctaaagatcagctagcagattgcctcaccaaacctctgtctaggcaacgtcatcaagatcttcgtttcaagataggcgtatctgacggtacccctatctt |
306 |
Q |
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| T |
24495072 |
ctatagatcatctatcagattgcctcaccaaacctctgtctaggcaacgtcatcaagatcttcgtttcaagataggcgtatctgacggtacccctatctt |
24495171 |
T |
|
| Q |
307 |
gcgggggcgtgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagatactagtattattaagcatttaagatgagagttattctgtgatcaagaaataa |
406 |
Q |
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| T |
24495172 |
gcgggggcgtgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagatactagtattattaagcatttaagatgagagttaatctgtgatcaagaaataa |
24495271 |
T |
|
| Q |
407 |
tatcacactgtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacagcaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgt |
506 |
Q |
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| T |
24495272 |
tatcacactgtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacaacaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgt |
24495371 |
T |
|
| Q |
507 |
gaatgatatagcaaaaaatcattattccttacatatcattattccttata |
556 |
Q |
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| T |
24495372 |
gaatgatatagcaaaaaatcattattccttacatatcattattccttata |
24495421 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 316 - 556
Target Start/End: Original strand, 24491623 - 24491863
Alignment:
| Q |
316 |
tgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagatactagtattattaagcatttaagatgagagttattctgtgatcaagaaataatatcacact |
415 |
Q |
| |
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|
| T |
24491623 |
tgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagatactagtattattaagcatttaagatgagagttaatctgtgatcaagaaataatatcacact |
24491722 |
T |
|
| Q |
416 |
gtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacagcaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgtgaatgatat |
515 |
Q |
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|
|
| T |
24491723 |
gtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacaacaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgtgaatgatat |
24491822 |
T |
|
| Q |
516 |
agcaaaaaatcattattccttacatatcattattccttata |
556 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
24491823 |
agcaaaaaatcattattccttacatatcattattccttata |
24491863 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 363 - 508
Target Start/End: Original strand, 2810226 - 2810371
Alignment:
| Q |
363 |
tattaagcatttaagatgagagttattctgtgatcaagaaataatatcacactgtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattatt |
462 |
Q |
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|
| T |
2810226 |
tattaagcattttagacgagagttattctgtgattaagaaataatatcacactgtaattgattagagaaagtcaaaccatagctctaggaagcaattatt |
2810325 |
T |
|
| Q |
463 |
aggacagcaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgtga |
508 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
2810326 |
aggacaacaaatatgtttctatatattgtaccaatataccttgtga |
2810371 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 315 - 355
Target Start/End: Original strand, 2810031 - 2810071
Alignment:
| Q |
315 |
gtgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagata |
355 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2810031 |
gtgttaaggttacaagaccaaggcttttaaattaagagata |
2810071 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 18557120 - 18556573
Alignment:
| Q |
7 |
agttctctggttgtcatcacttctctctgaacttcatgtcagtttacccactattcctaccatctactgtgacaatctcggtgccacttatctcactgtc |
106 |
Q |
| |
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|
|
| T |
18557120 |
agttctctggttgtcatcacttctctctgaacttcatgttagtttacccactattcctaccatctactgtgacaatctcggtgccacttatctcactgtc |
18557021 |
T |
|
| Q |
107 |
aatcccgtcttccatagtcgtatgaagcacattgccatagatattcattttgtcagagatcatgtgagaaataaaaagattcgggttcaacatgtttcca |
206 |
Q |
| |
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|
| T |
18557020 |
aatcccctcttccatagtcgcatgaagcacattgccatagatattcattttgtcagagatcatgtcagaaataaaaagattcgggttcaacatgtttcca |
18556921 |
T |
|
| Q |
207 |
ctaaagatcagctagcagattgcctcaccaaacctctgtctaggcaacgtcatcaagatcttcgtttcaagataggcgtatctgacggtacccctatctt |
306 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
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|
| T |
18556920 |
ctaaagatcagctagcagattgcctcaccaaacctctgtctaggcaacgtcatcaagatcttcgtttcaagataggcgtatatgacggtacccctatctt |
18556821 |
T |
|
| Q |
307 |
gcgggggcgtgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagatactagtattattaagcatttaagatgagagttattctgtgatcaagaaataa |
406 |
Q |
| |
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|
|
| T |
18556820 |
gcgggggcgtgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagata-ttctagtattaagcatttaagatgagagttattctgtgatcaagaaataa |
18556722 |
T |
|
| Q |
407 |
tatcacactgtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacagcaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgt |
506 |
Q |
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| T |
18556721 |
tatcacactataattgactagagaaagtcaaaccatagctggaggaagcaattattaggacagcaaatatgtttctatatattgtaccaatataccttgt |
18556622 |
T |
|
| Q |
507 |
gaatgatatagcaaaaaatcattattccttacatatcattattccttata |
556 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18556621 |
gaatgatatagc-aaaaatcattattccatacatatcattattccttata |
18556573 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0003 (Bit Score: 297; Significance: 1e-166; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:
Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 7 - 347
Target Start/End: Original strand, 86337 - 86677
Alignment:
| Q |
7 |
agttctctggttgtcatcacttctctctgaacttcatgtcagtttacccactattcctaccatctactgtgacaatctcggtgccacttatctcactgtc |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |
|
|
| T |
86337 |
agttctctggttgtcatcacttctctctgaacttcatgtcagtttaccaactattcctaccatctactgtgacaatctcggtgccacgtatctcactatc |
86436 |
T |
|
| Q |
107 |
aatcccgtcttccatagtcgtatgaagcacattgccatagatattcattttgtcagagatcatgtgagaaataaaaagattcgggttcaacatgtttcca |
206 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
86437 |
aatcccgtcttccatagtcgcatgaagcatactgccatagatattcattttgttagagatcatgtcagaaataaaaagattcgggttcaacatgtttcca |
86536 |
T |
|
| Q |
207 |
ctaaagatcagctagcagattgcctcaccaaacctctgtctaggcaacgtcatcaagatcttcgtttcaagataggcgtatctgacggtacccctatctt |
306 |
Q |
| |
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||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
86537 |
ctacagatcagctaacagattgcctcaccaaacctctgtctaggcaacgtcatcaagatcttcgtttcaagataggcgtatctgacggtacccctatctt |
86636 |
T |
|
| Q |
307 |
gcgggggcgtgttaaggttacaggaccaaggcttttaaatt |
347 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
86637 |
gcaggggcgtgttaaggttacaggaccaaggcttttaaatt |
86677 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 331 - 557
Target Start/End: Original strand, 86693 - 86922
Alignment:
| Q |
331 |
accaaggcttttaaattaagagatactag----tattattaagcatttaagatgagagttattctgtgatcaagaaataatatcacactgtaattgatta |
426 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
86693 |
accaaggcttttaaattaagtgatattatattctagtattaagcatttaagatgagagttattctgtgatcaagaaataatatcacactgtaattgatta |
86792 |
T |
|
| Q |
427 |
gagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacagcaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgtgaatgatatagcaaaaaatc |
526 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
86793 |
gagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacagcaaatatgtttctatatattgtgccaaaataccttgtgaatgatatagc-aaaaatc |
86891 |
T |
|
| Q |
527 |
attattccttacatatcattattccttatac |
557 |
Q |
| |
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||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
86892 |
attattccttatatatcattattccttatac |
86922 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 316 - 556
Target Start/End: Original strand, 24358936 - 24359176
Alignment:
| Q |
316 |
tgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagatactagtattattaagcatttaagatgagagttattctgtgatcaagaaataatatcacact |
415 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24358936 |
tgttaaggttacaggaccaaggcttttaaattaagagatactagtattattaagcatttaagatgagagttaatctgtgatcaagaaataatatcacact |
24359035 |
T |
|
| Q |
416 |
gtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacagcaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgtgaatgatat |
515 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24359036 |
gtaattgattagagaaagtcaaaccatagctgtaggaagcaattattaggacaacaaatatgtttctatatattgtgccaatataccttgtgaatgatat |
24359135 |
T |
|
| Q |
516 |
agcaaaaaatcattattccttacatatcattattccttata |
556 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24359136 |
agcaaaaaatcattattccttacatatcattattccttata |
24359176 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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