View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5218_low_3 (Length: 609)

Name: NF5218_low_3
Description: NF5218
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5218_low_3
NF5218_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-608)||(39210642-39211235)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (19-609)||(27509703-27510286)
chr8 (20-608)||(27271110-27271703)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (171-608)||(29707154-29707587)
chr4 (344-608)||(42093243-42093510)
chr4 (38-281)||(31949642-31949887)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 510; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 510; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 608
Target Start/End: Original strand, 39210642 - 39211235
Alignment:
Q  17 aaatacttgaaagttgttaacggatttttgtcatgatgaacagttgtcatgtgttttttctggtgaatggcaagcattgtgcagcgcgcgtaagttgatt 116  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39210642 aaatacttggaagttgtttacggatttttgtcatgatgaacggttgtcatgtgttttttctggtgaatggcaagcattgtgcagcgcgcataagttgatt 39210741  T
Q  117 gaaggagcaaagatcaaattaggtgtcacaggagcagctaagaatagggttgtctatctttgtgcgcctccaatgttggtgctgagaacaaaaatgcctc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39210742 gaaggagcaaagatcaaattaggtgtcacaggagcagctaacaatagggttgtctatctttgtgcgcctccaatgttggtgctgagaacaaaaatgcctc 39210841  T
Q  217 catctgcaagcattggagaaaatggtccatcttatcaatttaagcagtatttctagaagaattagtaa---tattaattatgccgcttcatattttttgt 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  39210842 catctgcaagcattggagaaaatggtccatcttatcaatttaagcagtatttctggaagaattagtaatagtattaattatgccacttcata-tttttgt 39210940  T
Q  314 tttcaaagcattatagagttggttctattctgagttgagaaatgtactcttttggttgtgtgtactttttaccactttagtgatttgatgataaagtaat 413  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39210941 tttcaaagcattatagag-tggttctattctgagttgagaaatgtactcttttggttgtgtgtactttttaccactttagtgatttgatgataaagtaat 39211039  T
Q  414 caacaaattgtgagatttactcttattatttgccttgtgtactttctgctaccaagttgggtgttgaggaaatattatcattatcttcggtatgagtata 513  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39211040 taacaaattgtgagatgtactcttattatttgccttgtgtactttctgctaccaagttgggtattgaggaaatattatcattatctttggtatgagtata 39211139  T
Q  514 gtctttgatatgctatctatttgttacttcatatgctatcaa-ttttgagttcctgcatctgagatcaattctcataattatgagatttggaatat 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39211140 gtctttgatatgctatctatttgttacttcatatgctatcaatttttgagttcctgcatctgagatcaattcttataattatgagatttggaatat 39211235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 27510286 - 27509703
Alignment:
Q  19 atacttgaaagttgttaacggatttttgtcatgatgaacagttgtcatgtgttttttctggtgaatggcaagcattgtgcagcgcgcgtaagttgattga 118  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27510286 atacttggaagttgtttacggatttttgtcatga---acagttgtcatgtgttttttctggtgaatggcaagcattgtgcagcgcgcgtaagttgattga 27510190  T
Q  119 aggagcaaagatcaaattaggtgtcacaggagcagctaagaatagggttgtctatctttgtgcgcctccaatgttggtgctgagaacaaaaatgcctcca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27510189 aggagcaaagatcaaattaggtgtcacgggagcagctaacaatagggttgtctatctttgtgcgcctccaatgttggtgctgagaacaaaaatgcctcca 27510090  T
Q  219 tctgcaagcattggagaaaatggtccatcttatcaatttaagcagtatttctagaagaattagtaatattaattatgccgcttcatattttttgttttca 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  27510089 tctgcaagcattggagaaaatggtccatcttatcaatttaagcagtatttctggaagaattagtaatattaattatgcggcttcatat-ttttgttttca 27509991  T
Q  319 aagcattatagagttggttctattctgagttgagaaatgtactcttttggttgtgtgtactttttaccactttagtgatttgatgataaagtaatcaaca 418  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27509990 aagcattatagag-tggttctattctgagttgagaaatgtactcttttggttgtgtgtactttttaccactttagtgatttgatgataaagtaatcaaca 27509892  T
Q  419 aattgtgagatttactcttattatttgccttgtgtactttctgctaccaagttgggtgttgaggaaatattatcattatcttcggtatgagtatagtctt 518  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||||||||  |||||||    
T  27509891 aattgtgagatgtactcttattatttgccttgtgtactttctgctacgaagttgggtattaaggaaatactatcattatctttggtatgag--tagtctt 27509794  T
Q  519 tgatatgctatctatttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgagatcaattctcataattatgagatttggaatatt 609  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27509793 tgatatgctttctatttgttacttcatatgctatcaattttgagttcatgcatatgagttaaattctcataattatgagatttggaatatt 27509703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 608
Target Start/End: Original strand, 27271110 - 27271703
Alignment:
Q  20 tacttgaaagttgttaacggatttttgtcatgatgaacagttgtcatgtgttttttctggtgaatggcaagcattgtgcagcgcgcgtaagttgattgaa 119  Q
    |||||| |||||||| | ||| || |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27271110 tacttggaagttgtttatggaattctgtcataatgaacagctgtcatgtgatttttctggtgaatggcaaacattgtgcaacgcgcgtaagttgattgaa 27271209  T
Q  120 ggagcaaagatcaaattaggtgtcacaggagcagctaagaat--------agggttgtctatctttgtgcgcctccaatgttggtgctgagaacaaaaat 211  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||        ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27271210 ggagcaaatatcaaattaggtgtcacgggagcagctaacaatggggacatagggttgtctatcattgtgcgcctccaatgttggtgttgagaacaaaaat 27271309  T
Q  212 gcctccatctgcaagcattggagaaaatggtccatcttatcaatttaagcagtatttctagaagaattagtaatattaattatgccgcttcatatttttt 311  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||     
T  27271310 gcctccatcagcaagcactggaggaaatggtccatcttatcaatttaagcactatttctggaagaattagtaatattaatcatgtcgctttatattttt- 27271408  T
Q  312 gttttcaaagcattatagagttggttctattctgagttgagaaatgtactcttttggttgtgtgtactttttaccactttagtgatttgatgataaagta 411  Q
    ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  27271409 gttttcaaagcattagag---tggttctattctgagttgagaaatgtactctattggttgtgtgtactttttagcactttagtgatttgatgattaagta 27271505  T
Q  412 atcaacaaattgtgagatttactcttattatttgccttgtgtactttctgctaccaagttgggtgttgaggaaatattatcattatcttcggtatgagta 511  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||  || |||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  27271506 atcaacaaattgtgagatgtactcttattagttgccttatgtactttctgctgccaagttcggcattaaggaaaaattatcattatctttggtataagta 27271605  T
Q  512 tagtctttgatatgctatcta-tttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgagatcaattctcataattatgagatttggaatat 608  Q
    ||||||| |||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  27271606 tagtcttcgatatgttatccattttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgaattcaattctcataattatgacatttgaaatat 27271703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 171 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 29707587 - 29707154
Alignment:
Q  171 tatctttgtgcgcctccaatgttggtgctgagaacaaaaatgcctccatctgcaagcattggagaaaatggtccatcttatcaatttaagcagtatttct 270  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29707587 tatcattgtgcgcctccaatgttggtgctgagaacaaaaatgcctccatctgcaagcactggaggaaatggtccatcttatcaatttaagtagtatttct 29707488  T
Q  271 agaagaattagtaatattaattatgccgcttcatattttttgttttcaaagcattatagagttggttctattctgagttgagaaatgtactcttttggtt 370  Q
     |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29707487 tgaagaattagtaatattaatcatgtcgctttatattttt-gttttcaaagcattagag---tggttctattctgagttgagaaatgtactctattggtt 29707392  T
Q  371 gtgtgtactttttaccactttagtgatttgatgataaagtaatcaacaaattgtgagatttactcttattatttgccttgtgtactttctgctaccaagt 470  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29707391 gtgtgtactttttagcactttagtgatttgatgattaagtaatcaacaaattgtgagatgtactcttattagttgccttatgtactttctgctaccaagt 29707292  T
Q  471 tgggtgttgaggaaatattatcattatcttcggtatgagtatagtctttgatatgctatctatttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgca 570  Q
    ||||| || |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29707291 tgggtattaaggaaaaattatcattatctttggtataagtatagtcttcgatatgttatctatttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgca 29707192  T
Q  571 tctgagatcaattctcataattatgagatttggaatat 608  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29707191 tctgaattcaattctcataattatgagatttgaaatat 29707154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 344 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 42093510 - 42093243
Alignment:
Q  344 tgagttgagaaatgtactcttttggttgtgtgtactttttaccactttagtgatttgatgataaagtaatcaacaaattgtgagatttactcttattatt 443  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || |||||| |    
T  42093510 tgagttgagaaatgtactgttttggttagttgtacttttaagcacttaagtgatttgatgattaagtaatcaacaaattgtgagatgtccttttattagt 42093411  T
Q  444 tgccttgtgtacttt-ctgctaccaagttgggtg----ttgaggaaatattatcattatcttcggtatgagtatagtctttgatatgctatctatttgtt 538  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||    || |||||| |||||||||||||| ||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  42093410 tgccttatgtacttttctgctaccaagttggttgggtattaaggaaaaattatcattatctttggtagaagta--gtctttgatatgctatctatttgtt 42093313  T
Q  539 acttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgagatcaattctcataattatgagatttggaatat 608  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42093312 acttcttatgctatcaattttgagttcctgcatctgagttcatttctcataattatgagatttggaatat 42093243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 38 - 281
Target Start/End: Original strand, 31949642 - 31949887
Alignment:
Q  38 ggatttttgtcatgatgaacagttgtcatgtgttttttctggtgaatggcaagcattgtg--cagcgcgcgtaagttgattgaaggagcaaagatcaaat 135  Q
    |||||| ||||||||| || | ||||| ||||| ||||||||||| |||| | |  ||||  || ||| ||||||||||| | ||||  ||||||||||     
T  31949642 ggatttctgtcatgatcaagatttgtcttgtgtattttctggtgagtggccacctctgtgtgcaacgcccgtaagttgatggcaggaataaagatcaaac 31949741  T
Q  136 taggtgtcacaggagcagctaagaatagggttgtctatctttgtgcgcctccaatgttggtgctgagaacaaaaatgcctccatctgcaagcattggaga 235  Q
    | |||||||| ||||||| ||  |||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||  | ||||||| ||    
T  31949742 ttggtgtcacgggagcagatagcaataaggttgtgtatctatgtgcacctccaatgttggtgttgaagacaaaattgcctccatctataggcattggtga 31949841  T
Q  236 aaatggtccatcttatcaatttaagcagtatttctagaagaattag 281  Q
    ||||||||| ||||||| |||| |||||  |||||  |||||||||    
T  31949842 aaatggtccgtcttatcgatttgagcagcttttctgaaagaattag 31949887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University