View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5219-Insertion-1 (Length: 1190)

Name: NF5219-Insertion-1
Description: NF5219
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5219-Insertion-1
NF5219-Insertion-1
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (31-911)||(45271445-45272312)
chr7 (45-909)||(45274980-45275838)
chr7 (387-911)||(45283219-45283730)
chr7 (383-911)||(45294607-45295122)
chr7 (383-911)||(45303567-45304082)
chr7 (220-360)||(45283814-45283955)
chr7 (220-360)||(45295193-45295333)
chr7 (220-360)||(45304153-45304293)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (31-197)||(7241266-7241432)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (115-152)||(26718828-26718865)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 686; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 686; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 911
Target Start/End: Complemental strand, 45272312 - 45271445
Alignment:
31 tagaagttagttactaactgtcaaataataattgtatataacagaattagtttatcctgttttagggacttcgctgagtatatatttgatgaagtaccac 130  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
45272312 tagaagttagttagtaacggtcaaataataattgtatataacagaattagtttatcctgttttagggacttcgctgagtatatatttgatgaaataccac 45272213  T
131 tttgtaattcacttagcacattcatttcaataatgagaattgtttctactcatcacaatgttaactgtaatagtggtagatagtgtttcaaccgagaagt 230  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45272212 tttgtaattcacttagcacattgatttcaataatgagaattgtttctactcatcacaatgttaactgtaatagtggtagatagtgtttcaaccgagaagt 45272113  T
231 ttacgactattacgtacctatcatctaaaaaattgccaaatatagaatttactttggttggttgaaacnnnnnnngataacctataaaaaccatatcatc 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||| ||||    
45272112 ttacgactattacgtacctatcatctaaaaaattgccaaatatagaatttactttggttggttgaaactttttttgataacctataaaaaccataccatc 45272013  T
331 atcccataactctgcaaggatctccaataatctcctataagcgtnnnnnnnntgaagggaaaggtaattatctccgttgtttctcttattctcgttgtag 430  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45272012 atcccataactctgcaaggatctccaataatctcctataagcgtaaaaaaaatgaagggaaaggtaattatctccgttgtttctcttattctcgttgtag 45271913  T
431 gtgttatcatcggtgttgttgtcgacattcgcaaaaatggtgaagaccctaaggttcaaactcaacaaagaaatcttagaattatgtgccaaaacgcaca 530  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45271912 gtgttatcatcggtgttgttgtcgacattcgcaaaaatggtgaagaccctaaggttcaaactcaacaaagaaatcttagaattatgtgccaaaacgcaca 45271813  T
531 agaccagaaactctgccatgacactcttagctctgtgcgtggcgccgatgccgctgaccctaaggcatacatagcagccgccgtgaaggcagccactgac 630  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
45271812 agaccagaaactctgtcatgacactcttagctctgtgcgtggcgccgatgccgctgaccctaaggcatacatagcagcagccgtgaaggcagccactgac 45271713  T
631 aatgtcattaaggcctttaaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaagggaaaaatggtgccaagatggctcttgatgactgcaaggacttga 730  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
45271712 aatgtcattaaggccttt-aacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaa--gaaaaatggtgccaagatggctcttgatgactgcaaagacttga 45271616  T
731 tggcaattcgctttgggacagtcttgacctctccaacaactgtgttccgtggacaacaacattcaagctgttcatggacccaaactgctgatatgaggaa 830  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||| |    
45271615 t-gcaattcgcttt-ggacagtcttgacctctccaacaactgtgtt-cgt-gacaacaacattgaagctgttcatg--accaaactgctgatatgagg-a 45271523  T
831 attggttggagtgccagtatcctcttacaaacaaagttgtatggaaggatttgaccgatgcaaatgatggtgagaagaaga 911  Q
    ||||||| ||||| ||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
45271522 attggtt-gagtg-cagttatctcttacaaacaaggttgtatggaaggatttga-cgatgcaaatgatggtgagaagaaga 45271445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 909
Target Start/End: Complemental strand, 45275838 - 45274980
Alignment:
45 taactgtcaaataataattgtatataacagaattagtttatcctgttttagggacttcgctgagtatatatttgatgaagtaccactttgtaattcactt 144  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
45275838 taactgtcaaataataactgtatataacagaattagttattcctgttttagggacttcactgagtatatatttgatgaagtaccactttgtaattcaatt 45275739  T
145 agcacattcatttcaataatgagaattgtttctactcatcacaatgttaactgtaatagtggtagatagtgtttcaacc-----------------gaga 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||         ||||||||||||||||||||||||||                  ||||    
45275738 agcacattcatttcaataatgagaattttttctactcataaca---------gtaatagtggtagatagtgtttcaactcattcctaaaattaactgaga 45275648  T
228 agtttacgactattacgtacctatcatctaaaaaattgccaaatatagaatttactttggttggttgaaacnnnnnnngataacctataaaaaccatatc 327  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||| ||||||||||||| |    
45275647 agtttacgactattatgtgcctatcatctaaaaaattgccaaatatagaatttactttggttggttgaaacttttgttgataacgtataaaaaccataac 45275548  T
328 atcatcccataactctgcaaggatctccaataatctcctataagcgtnnnnnnnntgaagggaaaggtaattatctccgttgtttctcttattctcgttg 427  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |        ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
45275547 atcatcccagaactctgcaaggatctccaataatctccaataagcctaaaaaaa-tgaagggaaaggtaattatctccgccgtttctcttattctcgttg 45275449  T
428 taggtgttatcatcggtgttgttgtcgacattcgcaaaaatggtgaagaccctaaggttcaaactcaacaaagaaatcttagaattatgtgccaaaacgc 527  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45275448 taggtgttatcatcggtgttgttgtcgacattcacaaaaatggtaaagaccctgaggttcaaactcaacaaagaaatcttagaattatgtgccaaaacgc 45275349  T
528 acaagaccagaaactctgccatgacactcttagctctgtgcgtggcgccgatgccgctgaccctaaggcatacatagcagccgccgtgaaggcagccact 627  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45275348 acaagaccagaaactctgccatgaaactcttagctctgtgcatggcgccgatgccgctgaccctaaggcatacatagcagccgccgtgaaggcagccact 45275249  T
628 gacaatgtcattaaggcctttaaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaagggaaaaatggtgccaagatggctcttgatgactgcaaggact 727  Q
    ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45275248 gacaatgtcatgaacgccttt-aacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaagg--aaaatggtgccaagatggctcttgatgactgcaaggact 45275152  T
728 tgatggcaattcgctttgggacagtcttgacctctccaacaactgtgttccgtggacaacaacattcaagctgttcatggacccaaactgctgatatgag 827  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| ||  || |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
45275151 tgat-gcaattcgcttt-ggacagtcttgacctctcaaacaattgtctt-agt-gacaacaacattcaagctgttcatg--accaaactgctgatatgag 45275058  T
828 gaaattggttggagtgccagtatcctcttacaaacaaagttgtatggaaggatttgaccgatgcaaatgatggtgagaagaa 909  Q
    | |||||||| ||||| ||||    || |||| ||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
45275057 g-aattggtt-gagtg-cagtcatatcctacagacaagcctgtatggaaggatttga-cgatgcaaatgatggtgagaagaa 45274980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 387 - 911
Target Start/End: Complemental strand, 45283730 - 45283219
Alignment:
387 gggaaaggtaattatctccgttgtttctcttattctcgttgtaggtgttatcatcggtgttgttgtcgacattcgcaaaaatggtgaagaccctaaggtt 486  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||    
45283730 gggaaaggtaattatctccgctgtttctcttattctcgttgtaggtgttgccatcggtgttgttgtcgccgttcgcaaaaatggtgaagaccccgaggtt 45283631  T
487 caaactcaacaaagaaatcttagaattatgtgccaaaacgcacaagaccagaaactctgccatgacactcttagctctgtgcgtggcgccgatgccgctg 586  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
45283630 caaactcaacaaagaaatcttagaattatgtgccaaaactcacaagaccaaaaactctgtcatgaaactcttagctctgtgcatggcgccgatgccgctg 45283531  T
587 accctaaggcatacatagcagccgccgtgaaggcagccactgacaatgtcattaaggcctttaaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaagg 686  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45283530 acccgaaggcatacatagcagcctccgtgaaggcagccaccgacaatgtcattaaggccttt-aacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaagg 45283432  T
687 gaaaaatggtgccaagatggctcttgatgactgcaaggacttgatggcaattcgctttgggacagtcttgacctctccaacaactgtgttccgtggacaa 786  Q
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||    |||||    
45283431 --aaaatggtgccaagatggctcttaatgactgcaaggacttgat-gcaattcgcttt-ggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttc--atgacaa 45283338  T
787 caacattcaagctgttcatggacccaaactgctgatatgaggaaattggttggagtgccagtatcctcttacaaacaaagttgtatggaaggatttgacc 886  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||  |||||||||||| |||||||| ||||||   ||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||| |    
45283337 caacattcaagctgttcatg--accaaatcgctgatatgagg-aattggtt-gagtgcggttat-ctcttacagacaagcttgtatggaaggatttga-c 45283244  T
887 gatgcaaatgatggtgagaagaaga 911  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
45283243 gatgcaaatgatggtgagaagaaga 45283219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 383 - 911
Target Start/End: Complemental strand, 45295122 - 45294607
Alignment:
383 tgaagggaaaggtaattatctccgttgtttctcttattctcgttgtaggtgttatcatcggtgttgttgtcgacattcgcaaaaatggtgaagaccctaa 482  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||| || |||  ||   ||| ||||||||||||||||||| |    
45295122 tgaatggaaaggtaattatctccgctgtttctcttatcctcgttgtaggtgttgccatcggcgtggtttgcgctgttcacaaaaatggtgaagaccctga 45295023  T
483 ggttcaaactcaacaaagaaatcttagaattatgtgccaaaacgcacaagaccagaaactctgccatgacactcttagctctgtgcgtggcgccgatgcc 582  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||  | ||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||    
45295022 ggttaaaactcaacaaagatctcttcaagttatgtgccaaaatgcagatgaccaaaaactctgccatgaaacacttagctctgtgcgtggcgccgacgcc 45294923  T
583 gctgaccctaaggcatacatagcagccgccgtgaaggcagccactgacaatgtcattaaggcctttaaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatgga 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
45294922 gctgaccctaaggcatacatagcagccgctgtaaaggcagccactgacaatgtcattaaggccttt-aacatgagtgacaggctcaccactgagtatgga 45294824  T
683 aagggaaaaatggtgccaagatggctcttgatgactgcaaggacttgatggcaattcgctttgggacagtcttgacctctccaacaactgtgttccgtgg 782  Q
    ||||  || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||    |    
45294823 aagg--aagatggtaccaagatggctcttaatgactgcaaggacttgat-gcaattcgcttt-ggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttc--atg 45294730  T
783 acaacaacattcaagctgttcatggacccaaactgctgatatgaggaaattggttggagtgccagtatcctcttacaaacaaagttgtatggaaggattt 882  Q
    ||| ||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||   |||||||| ||||  ||||||||||||||||    
45294729 acagcaacattcaagctgttcatg--accaaaccgctgatatgagg-aattggtt-gagtg-cagttatctcttacagacaagcttgtatggaaggattt 45294635  T
883 gaccgatgcaaatgatggtgagaagaaga 911  Q
    || ||||| |||||| |||||||||||||    
45294634 ga-cgatgaaaatgacggtgagaagaaga 45294607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 383 - 911
Target Start/End: Complemental strand, 45304082 - 45303567
Alignment:
383 tgaagggaaaggtaattatctccgttgtttctcttattctcgttgtaggtgttatcatcggtgttgttgtcgacattcgcaaaaatggtgaagaccctaa 482  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||| || |||  ||   ||| ||||||||||||||||||| |    
45304082 tgaatggaaaggtaattatctccgctgtttctcttatcctcgttgtaggtgttgccatcggcgtggtttgcgctgttcacaaaaatggtgaagaccctga 45303983  T
483 ggttcaaactcaacaaagaaatcttagaattatgtgccaaaacgcacaagaccagaaactctgccatgacactcttagctctgtgcgtggcgccgatgcc 582  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||  | ||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||    
45303982 ggttaaaactcaacaaagatctcttcaagttatgtgccaaaatgcagatgaccaaaaactctgccatgaaacacttagctctgtgcgtggcgccgacgcc 45303883  T
583 gctgaccctaaggcatacatagcagccgccgtgaaggcagccactgacaatgtcattaaggcctttaaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatgga 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
45303882 gctgaccctaaggcatacatagcagccgctgtaaaggcagccactgacaatgtcattaaggccttt-aacatgagtgacaggctcaccactgagtatgga 45303784  T
683 aagggaaaaatggtgccaagatggctcttgatgactgcaaggacttgatggcaattcgctttgggacagtcttgacctctccaacaactgtgttccgtgg 782  Q
    ||||  || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||    |    
45303783 aagg--aagatggtaccaagatggctcttaatgactgcaaggacttgat-gcaattcgcttt-ggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttc--atg 45303690  T
783 acaacaacattcaagctgttcatggacccaaactgctgatatgaggaaattggttggagtgccagtatcctcttacaaacaaagttgtatggaaggattt 882  Q
    ||| ||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||   |||||||| ||||  ||||||||||||||||    
45303689 acagcaacattcaagctgttcatg--accaaaccgctgatatgagg-aattggtt-gagtg-cagttatctcttacagacaagcttgtatggaaggattt 45303595  T
883 gaccgatgcaaatgatggtgagaagaaga 911  Q
    || ||||| |||||| |||||||||||||    
45303594 ga-cgatgaaaatgacggtgagaagaaga 45303567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 220 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 45283955 - 45283814
Alignment:
220 aaccgagaagtttacgactattacgtacctatcatctaaaaaat-tgccaaatatagaatttactttggttggttgaaacnnnnnnngataacctataaa 318  Q
    |||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||       |||||||||||||    
45283955 aaccgagaagtttacgacaattatgtgcctatcatctaaaaaacatgccagatatagaatttactttggttggttaaaacttttattgataacctataaa 45283856  T
319 aaccatatcatcatcccataactctgcaaggatctccaataa 360  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
45283855 aaccataacatcatcccataactcttcagggatctccaataa 45283814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 220 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 45295333 - 45295193
Alignment:
220 aaccgagaagtttacgactattacgtacctatcatctaaaaaattgccaaatatagaatttactttggttggttgaaacnnnnnnngataacctataaaa 319  Q
    |||||| |||||| |||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||        || ||||||||||    
45295333 aaccgataagttttcgacaattatgtgcctatcatttaacaaattgccaaatatagaatttactttggttggtagaaacttttttttatcacctataaaa 45295234  T
320 accatatcatcatcccataactctgcaaggatctccaataa 360  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
45295233 accataacatcatcccataactcttcagggatctccaataa 45295193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 220 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 45304293 - 45304153
Alignment:
220 aaccgagaagtttacgactattacgtacctatcatctaaaaaattgccaaatatagaatttactttggttggttgaaacnnnnnnngataacctataaaa 319  Q
    |||||| |||||| |||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||        || ||||||||||    
45304293 aaccgataagttttcgacaattatgtgcctatcatttaacaaattgccaaatatagaatttactttggttggtagaaacttttttttatcacctataaaa 45304194  T
320 accatatcatcatcccataactctgcaaggatctccaataa 360  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
45304193 accataacatcatcccataactcttcagggatctccaataa 45304153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 106; Significance: 2e-52; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 31 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 7241432 - 7241266
Alignment:
31 tagaagttagttactaactgtcaaataataattgtatataacagaattagtttatcctgttttagggacttcg---ctgagtatatatttgatgaagtac 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||   |||| | |||||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||||    
7241432 tagaagttagttactaactgtcaaataataactgtacataacagaa---gttttttctgttttaggaacttcatcactgagtatatatttgatgaagtac 7241336  T
128 cactttgtaattcacttagcacattcatttcaataatgagaattgtttctactcatcacaatgttaactg 197  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
7241335 cactttgtaattcatttagcacattcatttcaataatgagaattgtttctactcatcatagtgttaactg 7241266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 115 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 26718865 - 26718828
Alignment:
115 tttgatgaagtaccactttgtaattcacttagcacatt 152  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
26718865 tttgatgaagtatcactttgtaattcagttagcacatt 26718828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University