View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5219-Insertion-4 (Length: 753)

Name: NF5219-Insertion-4
Description: NF5219
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5219-Insertion-4
NF5219-Insertion-4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-712)||(2389037-2389741)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 712
Target Start/End: Original strand, 2389037 - 2389741
Alignment:
Q  8 gatctacctgacataaataagaagacattagcatgttggtaaaatttcaaggattgccgattaatttaacttataaatataaggatgggcttggattaaa 107  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2389037 gatccacctaacacaaataagaagacattagcatgttggtaaaatttcaaggattgccgattaatttaacttacaaatataaggatgggcttggattaaa 2389136  T
Q  108 atcatcaactgcctcacctcagattcaaatgttaaagcatctccttgttcggtgaagcgttccttctggtgtaggttatccagatagtcaagagtttcca 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2389137 atcatcaactgcctcacctcagattcaaatgttaaagcatctccttgttcagtgaagcgttccttctggtgtaggttatccagatagtcaagagtttcca 2389236  T
Q  208 acccttctaccctcacttcgctgtcaataatcggaaaaatttaaggttaagttaaaaacttatatgcgaattcaaagttttgcaactttataaaatttaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2389237 acccttctaccctcacttcgctgtcaataatcggaaaaatttaaggttaagttaaaaacttatatgcgaattcaaagttttgcaactttataaaatttaa 2389336  T
Q  308 aaataaacaaaaggacttgtgaaaagaaattaatatttcagaacagattgattccttgataaaataatcgatcttgatcttatcttgaaagtgttggaat 407  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2389337 aaataaacaaaaggactcgtgaaaagaaattaatatttcagaacagattgattccttgataaaataattgatcttgatcttatcttgaaagtgttggaat 2389436  T
Q  408 agcatacagacctgatatcagatatggagaaatatgtgcgaaatgcaaaggagaaactgaaaggcttgccattgacattccggatgcgagatatcatatt 507  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2389437 agcatacagacctgatatcggatatcgagaaatatgtatgaaatgcaaaggagaaactgaaaggcttgccattgacattccggatgcgagatatcatatt 2389536  T
Q  508 cagacggccatctgctgccaaacagacccttaggcgaaactcgaagctgaataaaataatttagtacataaaacattgttatccaacaatctcaattctc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2389537 cagacggccatctgctgccaaacagacccttaggcgaaactcgaagctgaataaaataatttagtacataaaacattgtcatccaacaatctcaattctc 2389636  T
Q  608 aagatacatgaaatatacatgttactgtataggaactggggtatctagctacatgcttctgcaatttctactctcttggatgcgattcatcaattgtcct 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2389637 aagatacatgaaatatacatgttactgtataggaactggggtatctagctacatgcttctggaatttctactctcttggatgcgattcatcaattgtcct 2389736  T
Q  708 ttaat 712  Q
    |||||    
T  2389737 ttaat 2389741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University