View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5228-Insertion-2 (Length: 905)

Name: NF5228-Insertion-2
Description: NF5228
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5228-Insertion-2
NF5228-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-905)||(47119451-47120351)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 834; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 834; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 905
Target Start/End: Original strand, 47119451 - 47120351
Alignment:
Q  8 cttaggactttgacaacttacaatattgaggaatataatatgtattgtatgtttaggacttccatttcatcatcagaattagactataagagtagagaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47119451 cttaggactttgacaacttacaatattgaggaatataatatgtattgtatgtttaggacttccatttcatcatcagaattagactataagagtagagaaa 47119550  T
Q  108 gaaaagaatgtaacactagaattggagatatgttagtactggtggggcatcggttgaagttagaggggatgttaaatttttgttgctcactgtgattagc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47119551 gaaaagaatgtaacactagaattggagatatgttagtactggtggggcatcggttgaagttagaggggaagttaaatatttgttgctcactgtgattagc 47119650  T
Q  208 agttgaatgtgttggcagtggcgtaattgagccgttggagtgtttggtgtttgcaattttaatatatgcaggtttctacaattggtataaagaactgcat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47119651 agttgaatgtgttggcagtggcgtaattgagccgttggagtgtttggtttttgcaattttaatatatgcaggtttctacaattggtgtaaagaactgcat 47119750  T
Q  308 tctgtatttgaatttgctgagttattgtaatgtcatattgatttagttagtgaaggagggacaagcacgaataatgcgggaaaaggaaaaatcgtgctaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47119751 tctgtatttgaatttgctgagttattgtaatgtcatattgatttagttagtgaaggagggacaagcacgaataatgcgggaaaaggaaaaatcgtgctaa 47119850  T
Q  408 atatatggcctgctgcgttggtggtggaacaaagaaatggtgtgttaatataggatcgggtaatgatgaataaaacatatatgaattgtttgatatgcat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47119851 atatatggcctgctgcgttggtggtggaacaaagaaatggtgtgttaatataggatcgggtaatgatgaataaaacatatatgaattgtttgatatgcat 47119950  T
Q  508 aaggagggtatgagagctctgtcatgcttaattcacattataagaggggatggataaataaatcgaaggagcggtaacctagagagatatggtgcggtgg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||    
T  47119951 aaggagggtatgagagctctgtcatgcttaattcacattataagaggggatggataaataaatcgaaggagcggtaacctagagagatatgatgcactgg 47120050  T
Q  608 aggtggaggaaggcttgatgttgataagtactttagcagtaggagcacacaaagtaactaaaattgtgcttctgatgtacacaaatggtgttggtgtcca 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47120051 aggtggaggaaggcttgatgttgataagtactttagcagtaggagcacacaaagtaactaaaattgtgcttctgatgtacacaaatggtgttggtgtcca 47120150  T
Q  708 attgatacggacaatgttgtcataaattttgtgctaatcttacctagcggtttattatgctttgattagcttgttcaacaag-aaagaaataaga-taac 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  47120151 attgatacggacaatgttgtcataaattttgtgctaatcttacctagc-gtttattatgctttgattagcttgttcaacaagaaaagaaataagattaac 47120249  T
Q  806 tttgcaaaagtat-aagctctctgattgtggctatgtctgcacac-agcaactgattgtcctgttatgattttcatatccagctactcttgggctactta 903  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47120250 tttgcaaaagtataaagctctctgattgtggctatgtctgcacacaagcaactgattgtcctgttatgattttcatatccagctactcttgggctactta 47120349  T
Q  904 cc 905  Q
    ||    
T  47120350 cc 47120351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University