View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5229-Insertion-2 (Length: 772)
Name: NF5229-Insertion-2
Description: NF5229
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5229-Insertion-2 |
 | |
|
| [»] chr8 (3 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 560; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 259210 - 258478
Alignment:
| Q |
8 |
gataatggggaactaaattaactgcagcaatcttcttctccagctctggtttgttggctcctaccagtttgtcaatctcttgtccatctctaagaaagaa |
107 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
259210 |
gataacggggaactaaattaactgcagcaatcttcttctccagctctggtttgttggctcctaccagtttgtcaatctcttgtccatctctaagaaagaa |
259111 |
T |
|
| Q |
108 |
gaaagttggtgtggctttaatgtcccaggatgtgctgaaatcctgcaatatacaaaaccatgtctggttacataacaacaacaacaa---taacaatgat |
204 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
259110 |
gaaagttggtgtggctttaatgtcccaggatgtgctgaaatcctgcaatatacaaaaccacgtctggttacataacaacaacaacaacaataacaatgat |
259011 |
T |
|
| Q |
205 |
aatagcaataaca------tgtatgtatcccttcactacttacagttagttcatccacatcaattaccaagaacataattgatgggtatttctctgataa |
298 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
259010 |
aataacaataacaataacatgtatgtatcccttcactacttacagttagttcatccacatcaattaccaagaacataattgatgggtatttctctgataa |
258911 |
T |
|
| Q |
299 |
ctcgcaataatacggtgcaattatcttacaaggactacaccaccttgcgctgaaatttgcaatgacctgttgaacatgaagctttagagctaattattgt |
398 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
258910 |
ctcgcaataatacggtgcaattatcttacaaggactacaccaccttgcgctgaaatttgcaatgacctgttgaacatgaagctttagagctaattattgt |
258811 |
T |
|
| Q |
399 |
acccaaataaaaagaaaaagaatgtgacataagatatatactagaaaaactgcaagcaattaaattatatattttatcaaaatggaaaacgtcaactcca |
498 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
258810 |
acccaaataaaaagaaaaagaatgtgacataagatatatactag---------aagcaattaaattatatattttatca--------------------- |
258741 |
T |
|
| Q |
499 |
aaagtgtgttcatatatatgcatttgtttagaaagaataacttcaaatggggagtcatgatggtgtagacagaatctatgggttcatacatcaaaactat |
598 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
258740 |
aaagtgtgttcatatatatgcatttgtttagaaagaataacttcaaatggggagtcatgatggtgtagacagaatctatgggttcatacatcaaaactat |
258641 |
T |
|
| Q |
599 |
gccctttgagaatatcatgcatgttatttcctttgacaaaattcaagagtaaatcataggatctacacattccgagtttgagagcgtgagggccttccag |
698 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
258640 |
gccccttgagaatatcatgcatgttatttcctttgacaaaattcaagagtaaatcataggatctacacatgccgagtttgagagcgttagggccttccag |
258541 |
T |
|
| Q |
699 |
taacacgaaaatgtagtttaatatactttcgtc-aatggaatagcagggaatcagagcaagcatattgttaatca |
772 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
258540 |
taacacg-aaatgtagttt-----------gtcaaatggaatagcagggaatcagagcaagcatattgttaatca |
258478 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 772
Target Start/End: Original strand, 656711 - 657443
Alignment:
| Q |
8 |
gataatggggaactaaattaactgcagcaatcttcttctccagctctggtttgttggctcctaccagtttgtcaatctcttgtccatctctaagaaagaa |
107 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
656711 |
gataacggggaactaaattaactgcagcaatcttcttctccagctctggtttgttggctcctaccagtttgtcaatctcttgtccatctctaagaaagaa |
656810 |
T |
|
| Q |
108 |
gaaagttggtgtggctttaatgtcccaggatgtgctgaaatcctgcaatatacaaaaccatgtctggttacataacaacaacaacaa---taacaatgat |
204 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
656811 |
gaaagttggtgtggctttaatgtcccaggatgtgctgaaatcctgcaatatacaaaaccacgtctggttacataacaacaacaacaacaataacaatgat |
656910 |
T |
|
| Q |
205 |
aatagcaat------aacatgtatgtatcccttcactacttacagttagttcatccacatcaattaccaagaacataattgatgggtatttctctgataa |
298 |
Q |
| |
|
|||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
656911 |
aataacaataacaataacatgtatgtatcccttcactacttacagttagttcatccacatcaattaccaagaacataattgatgggtatttctctgataa |
657010 |
T |
|
| Q |
299 |
ctcgcaataatacggtgcaattatcttacaaggactacaccaccttgcgctgaaatttgcaatgacctgttgaacatgaagctttagagctaattattgt |
398 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
657011 |
ctcgcaataatacggtgcaattatcttacaaggactacaccaccttgcgctgaaatttgcaatgacctgttgaacatgaagctttagagctaattattgt |
657110 |
T |
|
| Q |
399 |
acccaaataaaaagaaaaagaatgtgacataagatatatactagaaaaactgcaagcaattaaattatatattttatcaaaatggaaaacgtcaactcca |
498 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
657111 |
acccaaataaaaagaaaaagaatgtgacataagatatatactag---------aagcaattaaattatatattttatca--------------------- |
657180 |
T |
|
| Q |
499 |
aaagtgtgttcatatatatgcatttgtttagaaagaataacttcaaatggggagtcatgatggtgtagacagaatctatgggttcatacatcaaaactat |
598 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
657181 |
aaagtgtgttcatatatatgcatttgtttagaaagaataacttcaaatggggagtcatgatggtgtagacagaatctatgggttcatacatcaaaactat |
657280 |
T |
|
| Q |
599 |
gccctttgagaatatcatgcatgttatttcctttgacaaaattcaagagtaaatcataggatctacacattccgagtttgagagcgtgagggccttccag |
698 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
657281 |
gccccttgagaatatcatgcatgttatttcctttgacaaaattcaagagtaaatcataggatctacacatgccgagtttgagagcgttagggccttccag |
657380 |
T |
|
| Q |
699 |
taacacgaaaatgtagtttaatatactttcgtc-aatggaatagcagggaatcagagcaagcatattgttaatca |
772 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
657381 |
taacacg-aaatgtagttt-----------gtcaaatggaatagcagggaatcagagcaagcatattgttaatca |
657443 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 772
Target Start/End: Original strand, 842446 - 843178
Alignment:
| Q |
8 |
gataatggggaactaaattaactgcagcaatcttcttctccagctctggtttgttggctcctaccagtttgtcaatctcttgtccatctctaagaaagaa |
107 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
842446 |
gataacggggaactaaattaactgcagcaatcttcttctccagctctggtttgttggctcctaccagtttgtcaatctcttgtccatctctaagaaagaa |
842545 |
T |
|
| Q |
108 |
gaaagttggtgtggctttaatgtcccaggatgtgctgaaatcctgcaatatacaaaaccatgtctggttacataacaacaacaacaa---taacaatgat |
204 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
842546 |
gaaagttggtgtggctttaatgtcccaggatgtgctgaaatcctgcaatatacaaaaccacgtctggttacataacaacaacaacaacaataacaatgat |
842645 |
T |
|
| Q |
205 |
aatagcaat------aacatgtatgtatcccttcactacttacagttagttcatccacatcaattaccaagaacataattgatgggtatttctctgataa |
298 |
Q |
| |
|
|||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
842646 |
aataacaataacaataacatgtatgtatcccttcactacttacagttagttcatccacatcaattaccaagaacataattgatgggtatttctctgataa |
842745 |
T |
|
| Q |
299 |
ctcgcaataatacggtgcaattatcttacaaggactacaccaccttgcgctgaaatttgcaatgacctgttgaacatgaagctttagagctaattattgt |
398 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
842746 |
ctcgcaataatacggtgcaattatcttacaaggactacaccaccttgcgctgaaatttgcaatgacctgttgaacatgaagctttagagctaattattgt |
842845 |
T |
|
| Q |
399 |
acccaaataaaaagaaaaagaatgtgacataagatatatactagaaaaactgcaagcaattaaattatatattttatcaaaatggaaaacgtcaactcca |
498 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
842846 |
acccaaataaaaagaaaaagaatgtgacataagatatatactag---------aagcaattaaattatatattttatca--------------------- |
842915 |
T |
|
| Q |
499 |
aaagtgtgttcatatatatgcatttgtttagaaagaataacttcaaatggggagtcatgatggtgtagacagaatctatgggttcatacatcaaaactat |
598 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
842916 |
aaagtgtgttcatatatatgcatttgtttagaaagaataacttcaaatggggagtcatgatggtgtagacagaatctatgggttcatacatcaaaactat |
843015 |
T |
|
| Q |
599 |
gccctttgagaatatcatgcatgttatttcctttgacaaaattcaagagtaaatcataggatctacacattccgagtttgagagcgtgagggccttccag |
698 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
843016 |
gccccttgagaatatcatgcatgttatttcctttgacaaaattcaagagtaaatcataggatctacacatgccgagtttgagagcgttagggccttccag |
843115 |
T |
|
| Q |
699 |
taacacgaaaatgtagtttaatatactttcgtc-aatggaatagcagggaatcagagcaagcatattgttaatca |
772 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
843116 |
taacacg-aaatgtagttt-----------gtcaaatggaatagcagggaatcagagcaagcatattgttaatca |
843178 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 76; Significance: 1e-34; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 39 - 170
Target Start/End: Original strand, 27546998 - 27547129
Alignment:
| Q |
39 |
cttcttctccagctctggtttgttggctcctaccagtttgtcaatctcttgtccatctctaagaaagaagaaagttggtgtggctttaatgtcccaggat |
138 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |
|
|
| T |
27546998 |
cttcttctcaagctctggcttgttggctccaacaagtttgtcaagttgttgtccatctttaagaaagaagaaagttggtgtggctttgatgtcccatgaa |
27547097 |
T |
|
| Q |
139 |
gtgctgaaatcctgcaatatacaaaaccatgt |
170 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| ||||| |||||||| |
|
|
| T |
27547098 |
gtgctgaagtcctgcaacatacacaaccatgt |
27547129 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 229 - 385
Target Start/End: Original strand, 27547784 - 27547940
Alignment:
| Q |
229 |
cttcactacttacagttagttcatccacatcaattaccaagaacataattgatgggtatttctctgataactcgcaataatacggtgcaattatcttaca |
328 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| || |||| ||||||||| || | ||||| ||||| || ||||| | ||| || |
|
|
| T |
27547784 |
cttcactacttacagttagttcatccacatcaaccaataggaacatcatagatgtgtatttctcagacatttcgcagtaatatggcgcaatcaccttgca |
27547883 |
T |
|
| Q |
329 |
aggactacaccaccttgcgctgaaatttgcaatgacctgttgaacatgaagctttag |
385 |
Q |
| |
|
||| | |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| | |||||||| |
|
|
| T |
27547884 |
aggcccgcaccacactgcgctgaaatttgcgatcacctgttgaacaaggagctttag |
27547940 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University