View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5229_high_37 (Length: 251)

Name: NF5229_high_37
Description: NF5229
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5229_high_37
NF5229_high_37
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (10-251)||(9815239-9815480)
chr5 (10-251)||(26354599-26354840)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (10-251)||(20015873-20016114)
chr3 (10-251)||(20036275-20036516)
chr3 (10-240)||(19956300-19956530)
chr3 (10-251)||(26647206-26647447)
chr3 (10-221)||(19838628-19838839)
chr3 (10-251)||(19818759-19819006)
chr3 (30-251)||(17114918-17115139)
chr3 (10-220)||(19849226-19849442)
chr3 (10-202)||(19832123-19832315)
chr3 (29-219)||(20046357-20046547)
chr3 (13-182)||(19858343-19858512)
chr3 (13-245)||(19951332-19951564)
chr3 (10-251)||(19812482-19812729)
chr3 (10-251)||(26653354-26653594)
chr3 (29-183)||(24839668-24839822)
chr3 (47-183)||(19943987-19944123)
chr3 (74-221)||(19989757-19989904)
chr3 (81-251)||(30914848-30915018)
chr3 (70-192)||(19853755-19853877)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (29-251)||(6397430-6397652)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (29-121)||(12495686-12495778)
chr7 (29-121)||(12579782-12579874)
chr7 (43-118)||(12497543-12497618)
chr7 (29-100)||(12519487-12519558)
chr7 (43-118)||(12521408-12521483)
chr7 (43-122)||(12581654-12581733)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (10-183)||(11544343-11544516)
chr8 (106-192)||(22689444-22689530)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (128-251)||(1717416-1717539)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 10 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 9815480 - 9815239
Alignment:
Q  10 aagaaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattg 109  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9815480 aagaaaatcatccatagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctccgtgattg 9815381  T
Q  110 atcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctat 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9815380 atcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctat 9815281  T
Q  210 caccaccaacagataattttgataaatcaacaattgttttct 251  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  9815280 caccaccaacagataattttgacaaattaactattgttttct 9815239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 10 - 251
Target Start/End: Original strand, 26354599 - 26354840
Alignment:
Q  10 aagaaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattg 109  Q
    |||||||||||   ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| || |||||||||||||||||||   | |||    
T  26354599 aagaaaatcattgatagccaagtctaattccagcttaacattgtcaattttcaaggcttgtaccctatgccatctaaacaataaagggtctccacggttg 26354698  T
Q  110 atcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctat 209  Q
    |||||||||||||  || ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26354699 atcaacatgggttgcggttgtaattttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaacggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctat 26354798  T
Q  210 caccaccaacagataattttgataaatcaacaattgttttct 251  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  26354799 caccaccaacagataattttgacaaatcaacaatggttttct 26354840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 251
Target Start/End: Original strand, 20015873 - 20016114
Alignment:
Q  10 aagaaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattg 109  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||    
T  20015873 aagaaaatcatcaatagctgagtctaatgccaccataacattgtcaattttcaaagcctgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcttcatgattg 20015972  T
Q  110 atcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctat 209  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||  | |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  20015973 atcaacatgggttgtggttgtaaaattttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaatgggtgattgaagtgtaacttctaaaggatacctat 20016072  T
Q  210 caccaccaaca-gataattttgataaatcaacaattgttttct 251  Q
    ||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  20016073 caccacccacatgat-attttgacaaatcaacaattgttttct 20016114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 10 - 251
Target Start/End: Original strand, 20036275 - 20036516
Alignment:
Q  10 aagaaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattg 109  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||| |  || ||     
T  20036275 aagaaagtcatccatagccgagtctaatgccatcctaacattgtcaatcatcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggtccccatggttc 20036374  T
Q  110 atcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctat 209  Q
    | ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||    
T  20036375 aacaacatgggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattcaagagtaacttctaaaggaagtctat 20036474  T
Q  210 caccaccaacagataattttgataaatcaacaattgttttct 251  Q
    |||||||||||    ||||||| |||||||||||||||||||    
T  20036475 caccaccaacatgacattttgacaaatcaacaattgttttct 20036516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 19956530 - 19956300
Alignment:
Q  10 aagaaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattg 109  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| | |||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||  |  || ||     
T  19956530 aagaaagtcatccatagccgagtctaatgccatcctaacattgtcaactatcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggttcctatggttc 19956431  T
Q  110 atcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctat 209  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  19956430 aacaacatgggttgtggctgtaaatttttgaacctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaagttctgaaggatatctat 19956331  T
Q  210 caccaccaacagataattttgataaatcaac 240  Q
    ||||||| ||||   ||||||| ||||||||    
T  19956330 caccacccacaggatattttgacaaatcaac 19956300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 10 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 26647447 - 26647206
Alignment:
Q  10 aagaaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattg 109  Q
    ||||||||||||   |||||| |||| ||||  ||||||| ||||||||||||||  || ||||||||| ||||||||||| ||||||||||  || |||    
T  26647447 aagaaaatcatcaacagccgaatctagtgcccacttaacactgtcaattttcaagatcttaaccttatgccacctaaacaacaaagggtctccttggttg 26647348  T
Q  110 atcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctat 209  Q
    |||||  |||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26647347 atcaaattgggttgtggttgtaaatttttgaacctttcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttccaaaggatatctat 26647248  T
Q  210 caccaccaacagataattttgataaatcaacaattgttttct 251  Q
    |||||||| |||| | ||||   |||||||||| ||||||||    
T  26647247 caccaccatcagaaatttttttcaaatcaacaagtgttttct 26647206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 19838839 - 19838628
Alignment:
Q  10 aagaaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattg 109  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||| |||| | ||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| |  || ||     
T  19838839 aagaaagtcatccatagccgagtctaaagccatcctaatattgtcaattatcaaggccttaactttatgccacctaaacaaaaaagggtccccctggttc 19838740  T
Q  110 atcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctat 209  Q
    | |||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19838739 aacaacattggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatgtat 19838640  T
Q  210 caccaccaacag 221  Q
    ||| ||||||||    
T  19838639 cacaaccaacag 19838628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 10 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 19819006 - 19818759
Alignment:
Q  10 aagaaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattg 109  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||  || ||     
T  19819006 aagaaagtcatccttagccgagtctaatgccatcctaacattgtcaatttccaaggcctgaacatcatgccacctaaacaaaaaagggtctccatggttt 19818907  T
Q  110 atcaacatgggttctggctgt------aaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggat 203  Q
    |||||||||| || |||| ||      | ||||| ||||||||||||||||||  |||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  19818906 atcaacatggtttgtggcagtggttgcatatttttgaacctctcccacacccatatttgaaccaaataaaagggtgattgaagagtaagttctaaaggaa 19818807  T
Q  204 atctatcaccaccaacagataattttgataaatcaacaattgttttct 251  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  19818806 atctatcaccaccaacagaatattttgacaaatcaactatttttttct 19818759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 30 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 17115139 - 17114918
Alignment:
Q  30 agtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattgatcaacatgggttctggctg 129  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||| || ||| ||    
T  17115139 agtctaatgctagcttaacattgtcaattttcacggcctgaaccctatgccacctaaacaataaagggtctccatggttgatcaacatggattgtggttg 17115040  T
Q  130 taaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatcaccaccaacagataatttt 229  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||   | || ||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||    ||||    
T  17115039 taaatttttgaacctctcccacatccaaatttgaaccaagtaaaagggcattcgacgagcaacttctaaaggaaatctatcaccataaacaggatttttt 17114940  T
Q  230 gataaatcaacaattgttttct 251  Q
    || ||||||| ||| |||||||    
T  17114939 gacaaatcaataatagttttct 17114918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 19849442 - 19849226
Alignment:
Q  10 aagaaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattg 109  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |  || |||    
T  19849442 aagaaaatcatccatagccgagtctaatgccaacctaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgccatctaaacaataaaggatccccatggttg 19849343  T
Q  110 atcaacatgggttctggctgt------aaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggat 203  Q
     ||||||||| || |||||||      ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||| ||||||||  || || |||     
T  19849342 gtcaacatggtttgtggctgtggttgcaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaaataaaagggtgatttaagagtaatctccaagggaa 19849243  T
Q  204 atctatcaccaccaaca 220  Q
    |||||||||||||||||    
T  19849242 atctatcaccaccaaca 19849226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 10 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 19832315 - 19832123
Alignment:
Q  10 aagaaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattg 109  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||| || || || |  |  ||     
T  19832315 aagaaagtcatccttagccaagtctaatgccatcctaacattgtcaattaccaaggccttaaccttatgccacctaaacaaaaatggttcccctttgttc 19832216  T
Q  110 atcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaagga 202  Q
    | ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19832215 aacaacatgggttgtggatgtaaatttttgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaagga 19832123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 29 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 20046547 - 20046357
Alignment:
Q  29 gagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattgatcaacatgggttctggct 128  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||| |||      
T  20046547 gagtctaatgccaacttaacattatcaattttcaatgcgtgaaccttatgccacctaaacaataaagggtcgctgggattgatcaacatgggttgtggtg 20046448  T
Q  129 gtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatcaccaccaac 219  Q
    |||| |||  |||||||||||||||||||  ||||||  | |||||||||||| ||| ||||| ||| | |||| ||||||||||||||||    
T  20046447 gtaattttgcgaacctctcccacacccaaacttgaaccaaataaaagggtgatagaatagtaaattcaacaggaaatctatcaccaccaac 20046357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 13 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 19858512 - 19858343
Alignment:
Q  13 aaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattgatc 112  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||  || ||||||    
T  19858512 aaaatcatcaatagccgagtctaatgccaacttaacattgtcaactttcaaggccttaaccttatgccacctaaacaataaaggttctccatgcttgatc 19858413  T
Q  113 aacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgatt 182  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||  |||||   |||||||||||||||    
T  19858412 aacatgggttgtggctctaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaagcaagtaaaagggtgatt 19858343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 13 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 19951564 - 19951332
Alignment:
Q  13 aaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattgatc 112  Q
    ||||||| || |||| | ||||||||| | | |||||| ||  ||| |||||| || ||||||||| ||||||||||| ||||||||||  || || |||    
T  19951564 aaaatcacccatagctgcgtctaatgctaacctaacatcgtggattctcaagggcttaaccttatgccacctaaacaaaaaagggtctccatggtttatc 19951465  T
Q  113 aacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatcac 212  Q
      |||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||| | |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19951464 ggcatgggttgtggttgtaaatttttaaacctctcccaaatccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaagttctaaaggatatctatcac 19951365  T
Q  213 caccaaca-gataattttgataaatcaacaattg 245  Q
    |||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||    
T  19951364 cacccacatgat-attttgacaaatcaacaattg 19951332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 10 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 19812729 - 19812482
Alignment:
Q  10 aagaaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattg 109  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| || | | ||||||||||||||   ||| ||  ||||||||| ||||||||||| |||||||| |  || |||    
T  19812729 aagaaaatcatccacagccgagtctaacgctaacctaacattgtcaattgataagtccgtaaccttatgccacctaaacaaaaaagggtcgccatggttg 19812630  T
Q  110 atcaacatgg------gttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggat 203  Q
    |||||||| |      ||| ||| || ||||||| |||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||  || || |||     
T  19812629 atcaacatagtttgttgttgtggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagagtaatctccaagggaa 19812530  T
Q  204 atctatcaccaccaacagataattttgataaatcaacaattgttttct 251  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||    
T  19812529 atctatcaccaccaacaggatattttgacaaatcaacaattgttttct 19812482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 26653594 - 26653354
Alignment:
Q  10 aagaaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattg 109  Q
    ||||||||||||  | || ||||||||||||| | | ||||||| |||| | | ||| | ||||||||| ||||| |||||| || |||||     ||||    
T  26653594 aagaaaatcatcaattgctgagtctaatgccaacctcacattgtaaattataagggcat-aaccttatgccacctcaacaatgaatggtcttcactattg 26653496  T
Q  110 atcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctat 209  Q
    |||||| |||||| ||| || ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| | ||| ||||||| |||||| ||||||    
T  26653495 atcaacttgggttgtggttgcaaatttgtgaacctctcccacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgatcgtagattaacttccaaaggaaatctat 26653396  T
Q  210 caccaccaacagataattttgataaatcaacaattgttttct 251  Q
    ||||||||||| |  ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  26653395 caccaccaacataatattttgacaaaccaacaattgttttct 26653354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 29 - 183
Target Start/End: Original strand, 24839668 - 24839822
Alignment:
Q  29 gagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattgatcaacatgggttctggct 128  Q
    ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||| | ||||||| | ||||  |||| |||||| |||||    
T  24839668 gagtctaatgccaacctcacattgtcaattttcaaggccttaacattatgccacctcaacaatacatggtctcgattattgcccaacttgggttgtggct 24839767  T
Q  129 gtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattg 183  Q
    | ||||||| |||||| ||||| ||||||  ||||||   |||||||||||||||    
T  24839768 gcaaatttttgaacctttcccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 24839822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 47 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 19944123 - 19943987
Alignment:
Q  47 acattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattgatcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctct 146  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||| | ||||||  | |||||||||| | |||| |||||| ||||||| |||||| |    
T  19944123 acattgtcaattttcaaggccttaacattatgccacctcaacaatacatggtctccattattgatcaactttggttgtggctgcaaatttttgaaccttt 19944024  T
Q  147 cccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattg 183  Q
    |||| ||||||  ||||||   |||||||||||||||    
T  19944023 cccaaacccaaacttgaaccaggtaaaagggtgattg 19943987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 74 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 19989904 - 19989757
Alignment:
Q  74 ttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattgatcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaa 173  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||   |  ||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||  ||||||    
T  19989904 ttatgccacctaaacaaaaaagggtcttcatagttgatcagcatgggttgtggttgtaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaa 19989805  T
Q  174 agggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatcaccaccaacag 221  Q
    |||||||||||||| || | || |  |||  |||||||||||||||||    
T  19989804 agggtgattgaagaatagcctccatgggaagtctatcaccaccaacag 19989757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 81 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 30915018 - 30914848
Alignment:
Q  81 acctaaacaataaagggtctcggtgattgatcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtga 180  Q
    ||||||||||| |||||||||  || ||||| ||||| |  |  || || |||||||  ||||||||||| |||||| |||| ||  ||| |||||||||    
T  30915018 acctaaacaatgaagggtctccctggttgataaacatagtatgcggttgcaaattttttaacctctcccaaacccaaatttgtaccaagtcaaagggtga 30914919  T
Q  181 ttgaagagtaacttctaaaggatatctatcaccaccaac-agataattttgataaatcaacaattgttttct 251  Q
     ||||||||||| || | |||| ||||||||||||||||  ||| ||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  30914918 gtgaagagtaacctccataggacatctatcaccaccaacttgat-attttgacaaaccaactattgttttct 30914848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 70 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 19853877 - 19853755
Alignment:
Q  70 aaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattgatcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgag 169  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| | ||||||  |  ||||||||| | |||| |||||| ||||||  ||| |||||||||||||||  ||| ||  ||    
T  19853877 aaccttatgccacctcaacaatacatggtctccattgttgatcaacttcggttgtggctgcaaatttatgaatctctcccacacccaagcttgtaccaag 19853778  T
Q  170 taaaagggtgattgaagagtaac 192  Q
    |||||||||||||| ||| ||||    
T  19853777 taaaagggtgattgcagattaac 19853755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 29 - 251
Target Start/End: Original strand, 6397430 - 6397652
Alignment:
Q  29 gagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattgatcaacatgggttctggct 128  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||  |||  | |||||||| |||| ||       
T  6397430 gagtctcatgccaacttaatattgtcaattttaaaggcctgaaccttataccacctaaaaaataaagggtctatgtgggtaatcaacataggttgtgaac 6397529  T
Q  129 gtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatcaccaccaac-agataatt 227  Q
    | |||| |  |||||||| |||| |||||  ||||||  ||||||| |||||| ||||||||| ||| | | || || ||||| ||||||| |||| |||    
T  6397530 gcaaatgtgtgaacctcttccacgcccaaacttgaaccaagtaaaaaggtgatagaagagtaaattcaacatgaaatttatcatcaccaacaagat-att 6397628  T
Q  228 ttgataaatcaacaattgttttct 251  Q
    | || ||||||| |||||||||||    
T  6397629 tcgacaaatcaataattgttttct 6397652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 29 - 121
Target Start/End: Original strand, 12495686 - 12495778
Alignment:
Q  29 gagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattgatcaacatgggt 121  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||  ||| ||||| |||||||||    
T  12495686 gagtctaatgcaaactgaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaagggtctatgtggttgatgaacatgggt 12495778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 29 - 121
Target Start/End: Original strand, 12579782 - 12579874
Alignment:
Q  29 gagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattgatcaacatgggt 121  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||  | | |||||||| ||||||    
T  12579782 gagtctaatgcaaacttaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaagggtctatgcggttgatcaatatgggt 12579874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 43 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 12497618 - 12497543
Alignment:
Q  43 cttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattgatcaacatg 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| | |||  ||| ||||||||||||    
T  12497618 cttaacattgccaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaataaatgttctatgtggttgatcaacatg 12497543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 29 - 100
Target Start/End: Original strand, 12519487 - 12519558
Alignment:
Q  29 gagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtct 100  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||| |||||||| ||||    
T  12519487 gagtctaatgcaaacttaacattgtcaatttgcaaggcctgaaccttattcaacctaagcaataaagagtct 12519558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 43 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 12521483 - 12521408
Alignment:
Q  43 cttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattgatcaacatg 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| | |||  ||| ||||||||||||    
T  12521483 cttaacattgccaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaataaatgttctatgtggttgatcaacatg 12521408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 43 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 12581733 - 12581654
Alignment:
Q  43 cttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattgatcaacatgggtt 122  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| | | | |  ||| ||||||||||||||||    
T  12581733 cttaacattgctaattttcaaggccagaaccttatgccacctcaacaatatatgttatatgtggttgatcaacatgggtt 12581654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 10 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 11544516 - 11544343
Alignment:
Q  10 aagaaaatcatccgtagccgagtctaatgccagcttaacattgtcaattttcaaggcctgaaccttatgtcacctaaacaataaagggtctcggtgattg 109  Q
    ||||||||||||| |||| || |||||||||| | | ||||| |||||||||||||  | ||||  ||| ||||| | || || | ||||||  |  |||    
T  11544516 aagaaaatcatccttagctgaatctaatgccaacctcacattatcaattttcaagggtttaaccaaatgccacctcatcagtacatggtctccattgttg 11544417  T
Q  110 atcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattg 183  Q
    |||||| |||||| ||| || ||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||  |||||| |||||||||    
T  11544416 atcaacttgggttttggttgcaaatttttgaacctctcccaaacccaaacttgaaccaagtaaatgggtgattg 11544343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 106 - 192
Target Start/End: Original strand, 22689444 - 22689530
Alignment:
Q  106 attgatcaacatgggttctggctgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaac 192  Q
    |||||||||||||||   ||| || ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||||| ||| ||||    
T  22689444 attgatcaacatgggccgtggttgcaaatttttgaacctctcccacacccaaacttgaaccaagtaaaagggtgattgcagattaac 22689530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 1717539 - 1717416
Alignment:
Q  128 tgtaaattttggaacctctcccacacccaattttgaactgagtaaaagggtgattgaagagtaacttctaaaggatatctatcaccaccaacagataatt 227  Q
    |||||| ||| ||||||  || |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||   || | ||||||| ||||||||||   |||    
T  1717539 tgtaaacttttgaaccttcccaacacccaaatttgaaccaagtaaaagggtgattgaagactaacctccttagaaaatctatcgccaccaacaggatatt 1717440  T
Q  228 ttgataaatcaacaattgttttct 251  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||    
T  1717439 ttgacaaaccaactattgttttct 1717416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University