View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5230-Insertion-1 (Length: 1016)

Name: NF5230-Insertion-1
Description: NF5230
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5230-Insertion-1
NF5230-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (6-964)||(43090028-43090992)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 881; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 881; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 964
Target Start/End: Original strand, 43090028 - 43090992
Alignment:
Q  6 cagcatctgcggctgctgctgttgcagctgctaccgcaatggcgtgcttgttttgctccttctcagtttctgagtagaaggattgaacccaagcagcttc 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090028 cagcatctgcggctgctgctgttgcagctgctaccgcaatggcgtgcttgttttgctccttctcagtttctgagtagaaggattgaacccaagcagcttc 43090127  T
Q  106 tgcaggtgaaatgttgggaggtatggtagctggattatgacacaagcctctcgaatctctctttgagaaatcttgagaaggaggatgaggaagagaagga 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090128 tgcaggtgaaatgttgggaggtatggtagctggattatgacacaagcctctcgaatctctctttgagaaatcttgagaaggaggatgaggaagagaagga 43090227  T
Q  206 ttccatttggtacttgaagaatttgagtttgaattatctctgtctttctttatcccaaacaaactcttgaaccaccttatggttctacccattggttgta 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090228 ttccatttggtacttgaagaatttgagtttgaattatctctgtctttctttatcccaaacaaactcttgaaccaccttatggttctacccattggttgta 43090327  T
Q  306 gtgtttgaggacttggaagaatactagtgcaagttgaagtgtgaaaattaacctacaaaaacacaaacaagtcacagtttattaagaccaaagaaaatgc 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090328 gtgtttgaggacttggaagaatactagtgcaagttgaagtgtgaaaattaacctacaaaaacacaaacaagtcacagtttattaagaccaaagaaaatgc 43090427  T
Q  406 ctcgtgaaaaactacattacatgacaaaaacacacctctggaacatggggtgaagcatggaaagcaaaatcaaacaacattaaaataatgaagtatataa 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090428 ctcgtgaaaaactacattacatgacaaaaacacacctctggaacatggggtgaagcatggaaagcaaaatcaaacaacattaaaataatgaagtatataa 43090527  T
Q  506 tgtatagagtgtgacattgcattgtggggctttatacattacacacatgaacaacttacaaagtaacaaaccatgttatgttactattaaacaaatagaa 605  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090528 tatatagagtgtgacattgcattgtggggctttatacattacacacatgaacaacttacaaagtaacaaaccatgttatgttactattaaacaaatagaa 43090627  T
Q  606 nnnnnnnatgtagtaaaaaagaatcaccttggaagaatcaaattcttgaaaggtaaagcagttcaaaagttgtaaaagaagaagtggtggaaagtgaaag 705  Q
           |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090628 --tttttatgtagtaaaaaagaaacaccttggaagaatcaaattcttgaaaggtaaagcagttcaaaagttgtaaaagaagaagtggtggaaagtgaaag 43090725  T
Q  706 acccaaaattgtccatggaactcagaaaaagaagagaagtgaaacagaggaggcccacagtgaaattatatgtatgttcaatgttcattcattcatctgt 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090726 acccaaaattgtccatggaactcagaaaaagaagagaagtgaaacagaagaggcccacagtgaaattatatgtatgttcaatgttcattcattcatctgt 43090825  T
Q  806 ccctccctatgagcgacttgtcctt-aaaaagatagatac-----ttcagtgtcctaaaatatctgacacactcttgaatgcattcctagttaatcttcc 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090826 ccctccctatgagcgacttgtccttaaaaaagatagatacttcagttcagtgtcctaaaatatctgacacactcttgaatgcattcctagttaatcttcc 43090925  T
Q  900 cttcccttatagttataac-aatatatcaacttcttcttctgctaaatttcttc-atgtgtgtgtat 964  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43090926 catcccttatagttataacaaatatatcaacttcttcttctgctaaatttcttcaatgtgtgtgtat 43090992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University