View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5232-Insertion-8 (Length: 698)

Name: NF5232-Insertion-8
Description: NF5232
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5232-Insertion-8
NF5232-Insertion-8
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-698)||(43603625-43604316)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 672; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 672; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 43604316 - 43603625
Alignment:
Q  7 aagagtaacattttctcattggttacataagtgagtattattgtttaaatcccttgtacaattcaaaatacttgttcccaacttgggacaaacactgatt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43604316 aagagtaacattttctcattggttacataagtgagtattattgttgaaatcccttgtacaattcaaaatacttgttcccaacttgggacaaacactgatt 43604217  T
Q  107 attatcaggggcattctttgtaagagtgacacgccaaagcttcaagacaccatcaaggcttccagtacaaacagtacaagaatcttcattatcatcttcc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43604216 attatcaggggcattctttgtaagagtgacacgccaaagcttcaagacaccatcaaggcttccagtacaaacagtacaagaatcttcattatcatcttcc 43604117  T
Q  207 ttaaccaagcatcctcctaaaaaagctgttacacacctaattggtcctctatgaccagccaaaacagctaaacaaacatgttgtccatcacgttctctac 306  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43604116 ttaaccaaacatcctcctaaaaaagctgttacagatctaattggtcctctatgaccagccaaaacagctaaacaaacatgttgtccatcacgttctctac 43604017  T
Q  307 tccaaaccctgctagttgaatcagccgaaccactaactacatatttagcaacactagctaagcacaatactgcatgtgtgtgtccttgaattgatccacc 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43604016 tccaaaccctgctagttgaatcagccgaaccactaactacatatttagcaacactagctaagcacaatactgcatgtgtgtgtccttgaattgatccacc 43603917  T
Q  407 atattgcagttgtcctgcaaaccaaccctttaaccaatagtgtatgtaaccatcagtgcatccaccatataaaattcctccatcattattggttagtgtt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43603916 atattgcagttgtcctgcaaaccaaccctttaaccaatagtgtatgtaaccatcagtgcatccaccatataaaattcctccatcattattggttagtgtt 43603817  T
Q  507 aaggctttcacaggtgaatatttcgcatgaagtgttactgtgagagaatgaggttgatcatggctacaaaaattccgacgccaaactttgattgtggcat 606  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43603816 aaggctttcacaggtgaatatttggcatgaagtgttactgtgagagaatgaggttgatcatggctacaaaaattccgacgccaaactttgattgtggcat 43603717  T
Q  607 cgtcggaggccgtgtagagaacgccgtcgtcggatacaatcatgtcatttattggatcagggtgtgctttgattgtctctatgcatttgagg 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43603716 cgtcggaggccgtgtagagaacgccgtcgtcggatacaatcatgtcatttattggatcagggtgtgctttgattgtctctatgcatttgagg 43603625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University