View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5232_high_16 (Length: 284)

Name: NF5232_high_16
Description: NF5232
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5232_high_16
NF5232_high_16
[»] chr6 (49 HSPs)
chr6 (18-270)||(25484353-25484605)
chr6 (18-270)||(25512185-25512437)
chr6 (18-270)||(26144162-26144414)
chr6 (18-273)||(26057216-26057471)
chr6 (18-273)||(26077186-26077441)
chr6 (18-272)||(25581016-25581270)
chr6 (18-248)||(27215746-27215976)
chr6 (32-266)||(27529944-27530178)
chr6 (33-248)||(27426270-27426485)
chr6 (25-266)||(31285860-31286101)
chr6 (18-122)||(25539837-25539941)
chr6 (25-246)||(26885368-26885589)
chr6 (18-248)||(26647773-26648003)
chr6 (18-248)||(26753741-26753971)
chr6 (20-248)||(26803742-26803970)
chr6 (34-249)||(26862890-26863105)
chr6 (33-249)||(27717156-27717372)
chr6 (18-241)||(25491984-25492207)
chr6 (33-250)||(27609776-27609993)
chr6 (18-246)||(27680244-27680472)
chr6 (18-239)||(27704921-27705142)
chr6 (18-246)||(28787532-28787760)
chr6 (18-246)||(28793653-28793881)
chr6 (18-249)||(26624565-26624796)
chr6 (18-249)||(26730542-26730773)
chr6 (18-241)||(27603369-27603592)
chr6 (25-250)||(26657263-26657488)
chr6 (25-250)||(26763234-26763459)
chr6 (18-249)||(27697243-27697474)
chr6 (33-213)||(27591714-27591894)
chr6 (33-160)||(27676366-27676493)
chr6 (33-157)||(29842741-29842865)
chr6 (25-250)||(26825120-26825345)
chr6 (183-249)||(26938488-26938554)
chr6 (65-155)||(27663965-27664055)
chr6 (62-157)||(29827324-29827419)
chr6 (36-105)||(26951055-26951124)
chr6 (78-155)||(28244149-28244226)
chr6 (35-152)||(28326789-28326906)
chr6 (35-152)||(28504425-28504542)
chr6 (120-163)||(28097186-28097229)
chr6 (46-169)||(29469534-29469657)
chr6 (78-160)||(2186180-2186262)
chr6 (36-154)||(26636958-26637076)
chr6 (36-154)||(26742924-26743042)
chr6 (36-105)||(26960437-26960506)
chr6 (127-200)||(29695092-29695165)
chr6 (33-145)||(25075176-25075288)
chr6 (35-155)||(28186705-28186825)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (33-248)||(60878-61093)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (33-248)||(18075070-18075285)
chr4 (33-160)||(18698142-18698269)
chr4 (33-160)||(18730246-18730373)
chr4 (33-160)||(18678302-18678429)
chr4 (33-160)||(18722827-18722954)
chr4 (65-173)||(18688355-18688463)
chr4 (33-160)||(18654219-18654346)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (18-250)||(266996-267228)
chr1 (18-248)||(28126333-28126563)
chr1 (18-250)||(28132157-28132389)
chr1 (44-232)||(26137208-26137396)
[»] scaffold1870 (1 HSPs)
scaffold1870 (18-246)||(63-291)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (33-249)||(2196-2412)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (18-246)||(8781-9009)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (18-250)||(29272494-29272726)
chr8 (45-145)||(35984620-35984720)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (18-246)||(12335-12563)
scaffold0277 (18-246)||(3372-3600)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (127-200)||(615199-615272)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (127-195)||(13717603-13717671)
[»] scaffold0038 (1 HSPs)
scaffold0038 (78-155)||(44311-44388)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (78-157)||(3281013-3281092)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 49)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Original strand, 25484353 - 25484605
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25484353 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 25484452  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25484453 cagagtgtctttctagacattgcttgttacttcaaagggtataaatggacaaaagtaaaaaaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 25484552  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaaatgtctcataggccattgggaatatgacact 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25484553 atgttggagtgttggctgaaaaatgtctcataggtcattgggaatatgacact 25484605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Original strand, 25512185 - 25512437
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25512185 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 25512284  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25512285 cagagtgtctttctagacattgcttgttacttcaaagggtataaatggacaaaagtaaaaaaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 25512384  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaaatgtctcataggccattgggaatatgacact 270  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25512385 atgttggagtgttggctgaaaaatctctcataggccattgggaatatgacact 25512437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Original strand, 26144162 - 26144414
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26144162 agaagattgggagcgtacattagacgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 26144261  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26144262 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtgaatggacaaaggttaaaaaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 26144361  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaaatgtctcataggccattgggaatatgacact 270  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26144362 atgttggagtgttggctgaaaaatctctcataggccattgggaatatgacact 26144414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 18 - 273
Target Start/End: Original strand, 26057216 - 26057471
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26057216 agaagattgggagcgtatattagacgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 26057315  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  26057316 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaggttaaaaaaatacttcatgctcattatggccatcccatagaacatc 26057415  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaaatgtctcataggccattgggaatatgacactcat 273  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26057416 atgttggagtgttggctgaaaaatctctcataggccattgggaatatgacactcat 26057471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 18 - 273
Target Start/End: Original strand, 26077186 - 26077441
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26077186 agaagattgggagcgtatattagacgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 26077285  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  26077286 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaggttaaaaaaatacttcatgctcattatggccatcccatagaacatc 26077385  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaaatgtctcataggccattgggaatatgacactcat 273  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26077386 atgttggagtgttggctgaaaaatctctcataggccattgggaatatgacactcat 26077441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 18 - 272
Target Start/End: Original strand, 25581016 - 25581270
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |   ||||||     
T  25581016 agaagattggaagcgtatattagatgagtatgaaaatattcccaataaagatatccaaaggatacttcaagttagctatgatgctttggaaccaaaggag 25581115  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25581116 aagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaggttaaaaaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 25581215  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaaatgtctcataggccattgggaatatgacactca 272  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25581216 atgttggagtgttggctgaaaaatctctcataggccattgggaatatgacactca 25581270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 248
Target Start/End: Original strand, 27215746 - 27215976
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||     
T  27215746 agaagattgggaacgtatattagatgagtatgaaaagattcccaataaagagatccaaaggatacttaaagtcagctatgatgctctggaggaaaaggag 27215845  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  27215846 aagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaggtcaaagatatacttcatgcccattatggccattgcataaaacatc 27215945  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaaatgtctcat 248  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| ||||||    
T  27215946 atgttgaagtgttggccgaaaaatctctcat 27215976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 32 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 27530178 - 27529944
Alignment:
Q  32 gtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttct 131  Q
    |||||||||||| ||||||| | |||||| ||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||| || || | || || |||||||||||    
T  27530178 gtacattagatgggtatgaagaaattcccaataaagagatccaaagaatacttaaagtgagctatgattctttggagaaagaagagcaaagtgtctttct 27530079  T
Q  132 agacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttggagtgttg 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | || |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||    
T  27530078 agacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggccagaggtcaaagaaatacttcatgctcattatggtcattgcatagtacatcatgttgcagttttg 27529979  T
Q  232 gctgaaaaatgtctcataggccattgggaatatga 266  Q
    |||||||||| |||||| | ||||| | |||||||    
T  27529978 gctgaaaaatctctcatggaccatttgaaatatga 27529944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 33 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 27426485 - 27426270
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||| ||||| |||| || ||||||||||||    
T  27426485 tacattagattggtatgaaaagattcccaataaagagatccaaagaatacttaaagtgagctatgattctttggaggaagaggagcaaagtgtctttcta 27426386  T
Q  133 gacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttggagtgttgg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| || |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||| | |    
T  27426385 gacattgcttgttgcttcaaaggttgtaaatgggaaaaggtcaaagaaatacttcatgctcattatggtcattgcataaatcatcatgttgaagtgctag 27426286  T
Q  233 ctgaaaaatgtctcat 248  Q
     |||||||||||||||    
T  27426285 ttgaaaaatgtctcat 27426270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 25 - 266
Target Start/End: Original strand, 31285860 - 31286101
Alignment:
Q  25 tggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtg 124  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| || |||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||| |||||||    
T  31285860 tggaagagtacattagatgggtatgacaagattcccaataaagagatccaaaagatacttaaagtaagctatgatgctttggaagaagaggagcagagtg 31285959  T
Q  125 tctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttgg 224  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||   |||| |  | || |  || ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |     
T  31285960 tctttctggacattgcttgttgcttcaaaggatgcggatgggcggatgtcaaagatatactccatgctcattatggccattgcataacacatcatctaga 31286059  T
Q  225 agtgttggctgaaaaatgtctcataggccattgggaatatga 266  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  31286060 agtgttggctgaaaaatctctcatagaccgttgggaatatga 31286101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 122
Target Start/End: Original strand, 25539837 - 25539941
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25539837 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 25539936  T
Q  118 cagag 122  Q
    |||||    
T  25539937 cagag 25539941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 25 - 246
Target Start/End: Original strand, 26885368 - 26885589
Alignment:
Q  25 tggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtg 124  Q
    |||||| ||||| ||||||  |||||||| |||||  ||| | | ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||| || ||||    
T  26885368 tggaagagtacactagatggatatgaaaagattcctaatacaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagaggagcaaagtg 26885467  T
Q  125 tctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttgg 224  Q
    ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| | ||    || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26885468 tctttctggatatagcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacagaggtcgaagatatacttcatgctcattatggccattgcataaaacatcatgttgg 26885567  T
Q  225 agtgttggctgaaaaatgtctc 246  Q
    ||||||||  ||||||| ||||    
T  26885568 agtgttggtcgaaaaatctctc 26885589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 248
Target Start/End: Original strand, 26647773 - 26648003
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| ||||| | |||||   ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |     
T  26647773 agaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcag 26647872  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttag-ggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacat 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |  |||| |  || ||||||| |  |||||||||||||||||||  ||||    
T  26647873 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaaggatgtagatgg-gaggagtttgaagatatacttcgttatcattatggccattgcataacacat 26647971  T
Q  217 catgttggagtgttggctgaaaaatgtctcat 248  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26647972 catcttggagtgttggctgaaaaatctctcat 26648003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 248
Target Start/End: Original strand, 26753741 - 26753971
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| ||||| | |||||   ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |     
T  26753741 agaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcag 26753840  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttag-ggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacat 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |  |||| |  || ||||||| |  |||||||||||||||||||  ||||    
T  26753841 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaaggatgtagatgg-gaggagtttgaagatatacttcgttatcattatggccattgcataacacat 26753939  T
Q  217 catgttggagtgttggctgaaaaatgtctcat 248  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26753940 catcttggagtgttggctgaaaaatctctcat 26753971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 248
Target Start/End: Original strand, 26803742 - 26803970
Alignment:
Q  20 aagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatca 119  Q
    |||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| ||||| | |||||   ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || | ||    
T  26803742 aagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcagca 26803841  T
Q  120 gagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttag-ggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||  |  |||| |  || |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||    
T  26803842 gagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatgg-gaggagtttgaagatatacttcatgttcattatggccattgcataacacatca 26803940  T
Q  219 tgttggagtgttggctgaaaaatgtctcat 248  Q
    | | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  26803941 tctaggagtgttggctgaaaaatctctcat 26803970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 34 - 249
Target Start/End: Original strand, 26862890 - 26863105
Alignment:
Q  34 acattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctag 133  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| || | || |||||||||||||    
T  26862890 acattagatgggtatgaaaagattcccaataaagagatccaaaggatacttaaagtaagctatgatgctttggaagaagagcagcaaagtgtctttctag 26862989  T
Q  134 acattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttggagtgttggc 233  Q
    | ||||||||||| ||||||||| |||  |||| | || |    || |||||| |   |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26862990 atattgcttgttgtttcaaagggggtagctggatagaattcgaagatatacttaaatatcattatggccgatgcataaaacatcatgttggagtgttggc 26863089  T
Q  234 tgaaaaatgtctcata 249  Q
    |||||||| |||||||    
T  26863090 tgaaaaatctctcata 26863105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 33 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 27717372 - 27717156
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    ||||||||||| |||||| |  |||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| || | || ||||||||||||    
T  27717372 tacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttaaagtaagttatgatgctttggaggaagagcagcaaagtgtctttcta 27717273  T
Q  133 gacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttggagtgttgg 232  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||  | | |  |   | |||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||    
T  27717272 gacattgcttgttgcttcaaaagatgtaaatgggaagatgccaaatatatacttaattctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttgg 27717173  T
Q  233 ctgaaaaatgtctcata 249  Q
     |||||||| |||||||    
T  27717172 ttgaaaaatctctcata 27717156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 18 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 25492207 - 25491984
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||  | ||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||     
T  25492207 agaagaatggaagtgtacattagatgagtatgaaaagattttcaataaagagatccaaaagatacttagagtgagctatgatgctttggaggaaaaggag 25492108  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||| ||||||||| || |||||| |  | || |   | |||||||||| |||||||||||||||| || |  |||    
T  25492107 cagagtatctttctagacatgacttgtttcttcaaaggttggaaatgggcggatgtcaaaaatatacttcatgatcattatggccattgcgtaaactatc 25492008  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaaat 241  Q
    || |||||  ||||||| ||||||    
T  25492007 atcttggaaagttggctaaaaaat 25491984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 33 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27609993 - 27609776
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    ||||||||||| |||||| |  |||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| | ||| |||| || |||||||||||     
T  27609993 tacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttaaagtgagctatgattctttggaagaagaggagcaaagtgtctttctg 27609894  T
Q  133 gacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttggagtgttgg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||| |||  | | |  | | | | ||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||| | ||||||||||    
T  27609893 gacattgcttgttgcttcaaaggatataattgggaagatgcaaagtatacacttcattctcattatggccattccataacacatcatctaggagtgttgg 27609794  T
Q  233 ctgaaaaatgtctcatag 250  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  27609793 ctgaaaaatctctcatag 27609776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Original strand, 27680244 - 27680472
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||| |  |||||| ||||||| ||||||| ||||||| | || ||||||||||||||| | ||| ||||     
T  27680244 agaagattggaagcatacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttaaggtgagctatgatgctttggaagaagaggag 27680343  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttag-ggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacat 216  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| | | |||||| |  |||| |  || ||||||  ||||||||||| ||||||||||  ||||    
T  27680344 cagagtgtctttcttgacatcgcttgctgcttcaaaggatatcaatgga-aggagttcgaagatatactttgtgctcattatgaccattgcataacacat 27680442  T
Q  217 catgttggagtgttggctgaaaaatgtctc 246  Q
    ||| | ||||||||||||| ||||| ||||    
T  27680443 catctaggagtgttggctggaaaatctctc 27680472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 27705142 - 27704921
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||| |||||| |  |||||| ||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||| | ||| ||||     
T  27705142 agaagaatggaagaatacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttagagtgagctatgatgctttggaagaagaggag 27705043  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || || |||| | |||    | ||||||||| ||||||||| |||||| |||  |||||    
T  27705042 cagagtgtctttcttgacattgcttgttgcttaaaagggtatagattgacagaggttgaaaatatacttcattctcattatgaccattgtataacacatc 27704943  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaa 239  Q
    || |  ||||||||||||||||    
T  27704942 atctacgagtgttggctgaaaa 27704921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Original strand, 28787532 - 28787760
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| |||||| |||| |||||||  |||||||| |||||| ||||| | |||||   ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |     
T  28787532 agaagaatggaagggtactttagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcaa 28787631  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttag-ggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacat 216  Q
    || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||  |  |||| |  || ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||    
T  28787632 caaagtgtttttctagacattgcatgttgcttcaaaggatgtgagtgg-gaggagtttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacat 28787730  T
Q  217 catgttggagtgttggctgaaaaatgtctc 246  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  28787731 catctaggagtgttggctgaaaaatctctc 28787760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Original strand, 28793653 - 28793881
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| |||||| |||| |||||||  |||||||| |||||| ||||| | |||||   ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |     
T  28793653 agaagaatggaagggtactttagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcaa 28793752  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttag-ggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacat 216  Q
    || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||  |  |||| |  || ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||    
T  28793753 caaagtgtttttctagacattgcatgttgcttcaaaggatgtgagtgg-gaggagtttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacat 28793851  T
Q  217 catgttggagtgttggctgaaaaatgtctc 246  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  28793852 catctaggagtgttggctgaaaaatctctc 28793881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 249
Target Start/End: Original strand, 26624565 - 26624796
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||| |||||| |  |||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| | ||| ||||     
T  26624565 agaagaatggaagtatacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttaaagtgagctatgatgctttggaagaagaggag 26624664  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttag-ggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacat 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||  |||||    |||| |  || || |||| ||||||||||||||||||||||  ||||    
T  26624665 cagagtgtctttctagatattgcttgttgctcgaaaggatgtggatgga-gggagttcgaagatatgcttcgtgctcattatggccattgcataacacat 26624763  T
Q  217 catgttggagtgttggctgaaaaatgtctcata 249  Q
    ||| | |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  26624764 catctaggagtgttggttgacaaatgtctcata 26624796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 249
Target Start/End: Original strand, 26730542 - 26730773
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||| |||||| |  |||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| | ||| ||||     
T  26730542 agaagaatggaagtatacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttaaagtgagctatgatgctttggaagaagaggag 26730641  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttag-ggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacat 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||  |||||    |||| |  || || |||| ||||||||||||||||||||||  ||||    
T  26730642 cagagtgtctttctagatattgcttgttgctcgaaaggatgtggatgga-gggagttcgaagatatgcttcgtgctcattatggccattgcataacacat 26730740  T
Q  217 catgttggagtgttggctgaaaaatgtctcata 249  Q
    ||| | |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  26730741 catctaggagtgttggttgacaaatgtctcata 26730773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 27603592 - 27603369
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| |||||| |||| ||||| |  ||||| || |||||| ||||| | |||||   ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| || |     
T  27603592 agaagaatggaagggtacgttagaaggatatgagaagattcccaataaaaagatccacgagattcttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcag 27603493  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  || |  |   |||   || ||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||    
T  27603492 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaaggatgtggattggaagtggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatc 27603393  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaaat 241  Q
    || | |||||||||||||||||||    
T  27603392 atctaggagtgttggctgaaaaat 27603369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 25 - 250
Target Start/End: Original strand, 26657263 - 26657488
Alignment:
Q  25 tggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtg 124  Q
    |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| ||||| | || |||  ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |||| || ||||    
T  26657263 tggaagagtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagattcaagagatacttaaagtaagctatgatgatttggaggaagaggagcaaagtg 26657362  T
Q  125 tctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttgg 224  Q
    ||||| |||| || |||||||  |||||||| |||| || ||   | ||    || | ||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  26657363 tctttttagatatagcttgttttttcaaaggatgtagattgagtgaggtcgaagagacacttcttgctcactatggtcattgcataaaacatcatgttgg 26657462  T
Q  225 agtgttggctgaaaaatgtctcatag 250  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||    
T  26657463 agtgttggttgaaaaatctctcatag 26657488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 25 - 250
Target Start/End: Original strand, 26763234 - 26763459
Alignment:
Q  25 tggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtg 124  Q
    |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| ||||| | || |||  ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |||| || ||||    
T  26763234 tggaagagtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagattcaagagatacttaaagtaagctatgatgatttggaggaagaggagcaaagtg 26763333  T
Q  125 tctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttgg 224  Q
    ||||| |||| || |||||||  |||||||| |||| || ||   | ||    || | ||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  26763334 tctttttagatatagcttgttttttcaaaggatgtagattgagtgaggtcgaagagacacttcttgctcactatggtcattgcataaaacatcatgttgg 26763433  T
Q  225 agtgttggctgaaaaatgtctcatag 250  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||    
T  26763434 agtgttggttgaaaaatctctcatag 26763459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 27697474 - 27697243
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| ||||||  || |||||||| |||||| |  |||||| ||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||| | ||| ||||     
T  27697474 agaagaatggaagtatatattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttagagtgagctatgatgctttggaagaagaggag 27697375  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||   |  ||||  | | |  |   | || |||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  27697374 caaagtgtctttctggacattgcttgttgcttcaaaggacatggatgggaagatgccaaatatatgcttcatgctcattatggccattccataacacatc 27697275  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaaatgtctcata 249  Q
    || | | ||||||||||||||||| |||||||    
T  27697274 atctagcagtgttggctgaaaaatctctcata 27697243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 33 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 27591894 - 27591714
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    |||||||||| |||||| ||  |||||  ||||||||||||||| |||||||  | | ||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||||| |     
T  27591894 tacattagataagtatggaagaattccacataaagatatccaaaagatacttagactcagctatgatgctttggaagaagaggagcagagtgtctttttg 27591795  T
Q  133 gacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaa 213  Q
    || |||||||||||| ||||||| |||| || |   ||||| |   | ||||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  27591794 gatattgcttgttgcatcaaaggatgtagattggagaaagtcaaacagatacttcatgctcattatggttattccatagaa 27591714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 33 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 27676493 - 27676366
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    |||||||||| |||||| ||  |||||  ||||||||||||||| |||||||  | | ||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||||| |     
T  27676493 tacattagataagtatggaagaattccacataaagatatccaaaagatacttagactgagctatgatgctttggacgaagaggagcagagtgtctttttg 27676394  T
Q  133 gacattgcttgttgcttcaaagggtgta 160  Q
    || |||||||||||| ||||||| ||||    
T  27676393 gatattgcttgttgcatcaaaggatgta 27676366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 29842865 - 29842741
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    ||||||||||  ||||||||  |||||  ||||||| ||||| |  |||||| || |||||| |||||||||| ||||| | || ||  |||| |||||     
T  29842865 tacattagataggtatgaaaggattcctaataaagagatccacaatatacttaaaataagctttgatgctttggaggaagacgaacaaggtgtttttctc 29842766  T
Q  133 gacattgcttgttgcttcaaagggt 157  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  29842765 gacattgcttgttgcttcaaagggt 29842741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 250
Target Start/End: Original strand, 26825120 - 26825345
Alignment:
Q  25 tggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtg 124  Q
    |||||| || |||||||||  |||||||  ||||| || ||| | ||||||  |||||||  ||||||||||||||||||| | ||| || | || ||||    
T  26825120 tggaagggtgcattagatggatatgaaaggattcctgacaaaaagatccaagagatacttagagtaagctatgatgctttggaagaagagcaacaaagtg 26825219  T
Q  125 tctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttag-ggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttg 223  Q
    | || || ||||||||||||||||||||||    ||  |||  |  |||| |  || ||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||||     
T  26825220 ttttcctcgacattgcttgttgcttcaaagaacatagttgg-gaggagttcgaagatatacttcgtactcattacggccattgcataaaacatcatgttc 26825318  T
Q  224 gagtgttggctgaaaaatgtctcatag 250  Q
     ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  26825319 aagtgttggcagaaaaatctctcatag 26825345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 183 - 249
Target Start/End: Original strand, 26938488 - 26938554
Alignment:
Q  183 acttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttggagtgttggctgaaaaatgtctcata 249  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| | | |||| |||||||    
T  26938488 acttcatgctcattatggtcattgcataaaaaatcatgttggagtgttggttaataaatctctcata 26938554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 65 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 27664055 - 27663965
Alignment:
Q  65 aagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagg 155  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||| | ||| |  | |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||    
T  27664055 aagatatccaaaagatacttaaagtaagctttgatactttggaagaagaacaacagagtgtctttttggatattgcttgttgcttcaaagg 27663965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 62 - 157
Target Start/End: Original strand, 29827324 - 29827419
Alignment:
Q  62 ataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggt 157  Q
    ||||||| |||||||  |||||| || |||| | |||||||||| ||||| | || ||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29827324 ataaagagatccaaaatatacttaaaataagttttgatgctttggaggaagatgaacaaggtgtttttctcgacattgcttgttgcttcaaagggt 29827419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 36 - 105
Target Start/End: Original strand, 26951055 - 26951124
Alignment:
Q  36 attagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttg 105  Q
    ||||||| |||||||||  |||||  || |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  26951055 attagataagtatgaaagaattccacatgaagatatccaaaagatacttaaagtaagctttgatgctttg 26951124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 78 - 155
Target Start/End: Original strand, 28244149 - 28244226
Alignment:
Q  78 gatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagg 155  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| || || | || |||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  28244149 gatacttaaagtaagctttgatgctttggagaaagatgagcagaatgtttttctcgacattgcttgctgcttcaaagg 28244226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 152
Target Start/End: Original strand, 28326789 - 28326906
Alignment:
Q  35 cattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctaga 134  Q
    ||||| || |||||||||  ||||||  |||| | ||||||  ||||||| ||||||||| |||||||||| | ||| | || |||| ||| ||||| ||    
T  28326789 cattatatcagtatgaaaggattcccattaaaaagatccaagcgatacttaaagtaagctttgatgctttggatgaagatgagcagaatgtttttctcga 28326888  T
Q  135 cattgcttgttgcttcaa 152  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  28326889 cattgcttgctgcttcaa 28326906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 152
Target Start/End: Original strand, 28504425 - 28504542
Alignment:
Q  35 cattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctaga 134  Q
    ||||| || |||||||||  ||||||  |||| | ||||||  ||||||| ||||||||| |||||||||| | ||| | || |||| ||| ||||| ||    
T  28504425 cattatatcagtatgaaaggattcccattaaaaagatccaagcgatacttaaagtaagctttgatgctttggatgaagatgagcagaatgtttttctcga 28504524  T
Q  135 cattgcttgttgcttcaa 152  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  28504525 cattgcttgctgcttcaa 28504542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 120 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 28097229 - 28097186
Alignment:
Q  120 gagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaat 163  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28097229 gagtgtttttctcgacattgcttgttgcttcaaagggtataaat 28097186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 46 - 169
Target Start/End: Original strand, 29469534 - 29469657
Alignment:
Q  46 tatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctagacattgcttgtt 145  Q
    |||||||  ||||| |||||| | ||||||| |||||| ||| | |||| |||||||||| ||||| | ||  ||  ||| ||||| |||||||| || |    
T  29469534 tatgaaaggattcctgataaaaagatccaaacgatactacaacttagctttgatgctttgcaggaagaagagaagtctgtttttcttgacattgcctgct 29469633  T
Q  146 gcttcaaagggtgtaaatggacaa 169  Q
    |||||||||| | |||||||||||    
T  29469634 gcttcaaaggatataaatggacaa 29469657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 160
Target Start/End: Original strand, 2186180 - 2186262
Alignment:
Q  78 gatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgta 160  Q
    ||||||| |||| |||| |||||||||| ||||  | ||| ||||| ||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||    
T  2186180 gatacttaaagtcagctttgatgctttgcaggaggaagataagagtctctttctcgacattgcttgttttttcaaaggatgta 2186262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 36 - 154
Target Start/End: Original strand, 26636958 - 26637076
Alignment:
Q  36 attagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctagac 135  Q
    ||||||| ||||||| |  |||||  || |||||||||||| ||| ||| |||| |||||||| |||||| | ||| |  | |||||||||||| ||||     
T  26636958 attagataagtatgacagaattccacatgaagatatccaaaagattcttaaagttagctatgacgctttggatgaagaacaacagagtgtctttttagat 26637057  T
Q  136 attgcttgttgcttcaaag 154  Q
    |||||||||| ||| ||||    
T  26637058 attgcttgtttctttaaag 26637076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 36 - 154
Target Start/End: Original strand, 26742924 - 26743042
Alignment:
Q  36 attagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctagac 135  Q
    ||||||| ||||||| |  |||||  || |||||||||||| ||| ||| |||| |||||||| |||||| | ||| |  | |||||||||||| ||||     
T  26742924 attagataagtatgacagaattccacatgaagatatccaaaagattcttaaagttagctatgacgctttggatgaagaacaacagagtgtctttttagat 26743023  T
Q  136 attgcttgttgcttcaaag 154  Q
    |||||||||| ||| ||||    
T  26743024 attgcttgtttctttaaag 26743042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 105
Target Start/End: Original strand, 26960437 - 26960506
Alignment:
Q  36 attagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttg 105  Q
    ||||||| ||||||| |  |||||  || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  26960437 attagataagtatgacagaattccacatgaagatatccaaaagatacttaaagtaagctatgacgctttg 26960506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 29695165 - 29695092
Alignment:
Q  127 tttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatgg 200  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| || || | ||||| |||    |||||||||||||||||||||||    
T  29695165 tttcttgacattgcttgttgcctcaaaggatggaatttgacaagagtagaagaaatacttcatgctcattatgg 29695092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 33 - 145
Target Start/End: Original strand, 25075176 - 25075288
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||   | ||||||||||||  |||||| ||||||||| ||| |||||| | ||| |  | |||||||||||| |     
T  25075176 tacattagataagtatgaaagaattccacctgaagatatccaaaaaatacttaaagtaagctttgacgctttggacgaagaacaacagagtgtctttttg 25075275  T
Q  133 gacattgcttgtt 145  Q
    || ||||||||||    
T  25075276 gatattgcttgtt 25075288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 155
Target Start/End: Original strand, 28186705 - 28186825
Alignment:
Q  35 cattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctaga 134  Q
    ||||| || |||||||||  |||||||||||| | ||||||  ||||||  ||||||||| ||||||||||  ||||   || || | ||| ||||| ||    
T  28186705 cattaaatcagtatgaaaggattcccgataaaaagatccaagagatactcaaagtaagctttgatgctttgggggaagcagaacaaaatgtttttctcga 28186804  T
Q  135 cattgcttgttgcttcaaagg 155  Q
    ||| ||||| |||||||||||    
T  28186805 catcgcttgctgcttcaaagg 28186825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 33 - 248
Target Start/End: Original strand, 60878 - 61093
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||| ||||| |||| || ||||||||||||    
T  60878 tacattagattggtatgaaaagattcccaataaagagatccaaagaatacttaaagtgagctatgattctttggaggaagaggagcaaagtgtctttcta 60977  T
Q  133 gacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttggagtgttgg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| || |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||| | |    
T  60978 gacattgcttgttgcttcaaaggttgtaaatgggaaaaggtcaaagaaatacttcatgctcattatggtcattgcataaatcatcatgttgaagtgctag 61077  T
Q  233 ctgaaaaatgtctcat 248  Q
     |||||||||||||||    
T  61078 ttgaaaaatgtctcat 61093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 33 - 248
Target Start/End: Original strand, 18075070 - 18075285
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||| ||||| |||| || ||||||||||||    
T  18075070 tacattagattggtatgaaaagattcccaataaagagatccaaagaatacttaaagtgagctatgattctttggaggaagaggagcaaagtgtctttcta 18075169  T
Q  133 gacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttggagtgttgg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| || |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||| | |    
T  18075170 gacattgcttgttgcttcaaaggttgtaaatgggaaaaggtcaaagaaatacttcatgctcattatggtcattgcataaatcatcatgttgaagtgctag 18075269  T
Q  233 ctgaaaaatgtctcat 248  Q
     |||||||||||||||    
T  18075270 ttgaaaaatgtctcat 18075285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 18698269 - 18698142
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||  || |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| | ||| |  | || ||||||||| |     
T  18698269 tacattagataagtatgaaagaattccacatgaagatatccaaaagatacttaaagtaagctttgatgctttggacgaagaacaacaaagtgtctttttg 18698170  T
Q  133 gacattgcttgttgcttcaaagggtgta 160  Q
    || |||||||||| ||||||||| ||||    
T  18698169 gatattgcttgtttcttcaaaggatgta 18698142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 18730373 - 18730246
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||  || |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| | ||| |  | || ||||||||| |     
T  18730373 tacattagataagtatgaaagaattccacatgaagatatccaaaagatacttaaagtaagctttgatgctttggacgaagaacaacaaagtgtctttttg 18730274  T
Q  133 gacattgcttgttgcttcaaagggtgta 160  Q
    || |||||||||| ||||||||| ||||    
T  18730273 gatattgcttgtttcttcaaaggatgta 18730246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 18678429 - 18678302
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||  || |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| | ||| |  | || | ||||||| |     
T  18678429 tacattagataagtatgaaagaattccacatgaagatatccaaaagatacttaaagtaagctttgatgctttggacgaagaacaacaaattgtctttttg 18678330  T
Q  133 gacattgcttgttgcttcaaagggtgta 160  Q
    || |||||||||| ||||||||| ||||    
T  18678329 gatattgcttgtttcttcaaaggatgta 18678302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 18722954 - 18722827
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    ||||||||||  ||||||||  ||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||   ||| |  | || ||||||||| |     
T  18722954 tacattagatatgtatgaaagaattccagatgaagatatccaaaagatacttaaagtaagctttgatgctttgggcgaagaacaacaaagtgtctttttg 18722855  T
Q  133 gacattgcttgttgcttcaaagggtgta 160  Q
    || |||||||||| ||||||||| ||||    
T  18722854 gatattgcttgtttcttcaaaggatgta 18722827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 65 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 18688463 - 18688355
Alignment:
Q  65 aagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatg 164  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| | ||| |  | || ||||||||| | || |||||||||| ||||||||| |||| ||     
T  18688463 aagatatccaaaagatacttaaagtaagctttgatgctttggacgaagaacaacaaagtgtctttttggatattgcttgtttcttcaaaggatgtatatt 18688364  T
Q  165 gacaaaagt 173  Q
    | |||||||    
T  18688363 ggcaaaagt 18688355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 18654346 - 18654219
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||  || |||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||||| | ||| |  | || ||||||||| |     
T  18654346 tacattagataagtatgaaagaattccacatgaagatatccaaaagatacttaaagtaagttttgatgctttggatgaagaacaacaaagtgtctttttg 18654247  T
Q  133 gacattgcttgttgcttcaaagggtgta 160  Q
    || ||||||||||  |||||||| ||||    
T  18654246 gatattgcttgtttgttcaaaggatgta 18654219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 89; Significance: 6e-43; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 267228 - 266996
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| |||||| || |||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||| |||| | ||| ||||     
T  267228 agaagaatggaagggtacattagatgggtatgataagattcccaataaagagatccaaaagatacttaaagtgagctatgatggtttggaagaagaggag 267129  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||  | | |  |   | ||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||    
T  267128 cagagtgtctttttagacattgcttgttgcttcaaaggatatgaatgggaagatgccaaacatatacttcattctcattatggccactgcataacacatc 267029  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaaatgtctcatag 250  Q
    || | ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  267028 atctaggagtgttggctgaaaaatctctcatag 266996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 28126563 - 28126333
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||  ||||| | ||||||  |||| || || ||||||||||||||||| ||||| | ||     
T  28126563 agaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattccaaataaaaagatccaagagatatttaaactaagctatgatgctttggaggaagatgag 28126464  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
    || ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||| || || |||| | |||    | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  28126463 caaagtgtctttctcgatatagcttgctgcttcaaagggtatagattgacagaggttgaaaagatacttcatgctcattatggccattgcataaagcatc 28126364  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaaatgtctcat 248  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  28126363 atgttggagtgttggttgaaaaatctctcat 28126333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 28132389 - 28132157
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||  ||||| | |||||   |||| || ||||||| || ||||||||| ||||| ||||     
T  28132389 agaagaatggaagtgtacattagatggatatgaaaagattcctaataaaaagatccatgagatatttaaagtaagttacgatgctttggaggaagaggag 28132290  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
    || ||||||||||| || || |||||||||||||| |||| || || |||||  ||    || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  28132289 caaagtgtctttctggatatagcttgttgcttcaaggggtatagattgacaatggtcgaagagatacttcatgctcataatggccattgcataaaacatc 28132190  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaaatgtctcatag 250  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  28132189 atgttggagtgttggtcgaaaaatctctcatag 28132157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 44 - 232
Target Start/End: Original strand, 26137208 - 26137396
Alignment:
Q  44 agtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctagacattgcttg 143  Q
    |||||||||  |||||  || ||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||| | ||| |  | || ||||| ||| | || ||||||||    
T  26137208 agtatgaaaggattccacatgaagatatccaaaacatacttagagtaagctatgatgctttggacgaagaacaacaaagtgtatttttggatattgcttg 26137307  T
Q  144 ttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttggagtgttgg 232  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||     | ||||||||||||| ||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  26137308 ttgcttcaaagggtgtaaattgacagaagtccaaaagatacttcatgctcgttatgaccattgcataaaaagtcatgttggagtgttgg 26137396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1870 (Bit Score: 82; Significance: 9e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold1870
Description:

Target: scaffold1870; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Original strand, 63 - 291
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| ||||| | |||||   ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |     
T  63 agaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcag 162  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttag-ggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacat 216  Q
    || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||| |  |||| |  || ||||| | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  163 caaagtgtttttctagacattgcctgttgcttcaaaggatgtggatgga-aggagtttgaagatatactacgtgctcattatggccattgcataaaacat 261  T
Q  217 catgttggagtgttggctgaaaaatgtctc 246  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  262 catctaggagtgttggctgaaaaatctctc 291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 81; Significance: 4e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 33 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 2412 - 2196
Alignment:
Q  33 tacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttcta 132  Q
    ||||||||||| |||||| |  |||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| || | || ||||||||||||    
T  2412 tacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttaaagtaagttatgatgctttggaggaagagcagcaaagtgtctttcta 2313  T
Q  133 gacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttggagtgttgg 232  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||  | | |  |   | |||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||    
T  2312 gacattgcttgttgcttcaaaagatgtaaatgggaagatgccaaatatatacttaattctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttgg 2213  T
Q  233 ctgaaaaatgtctcata 249  Q
     |||||||| |||||||    
T  2212 ttgaaaaatctctcata 2196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Original strand, 8781 - 9009
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| ||||| | |||||   ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| || |     
T  8781 agaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagttatgatgctttggaggaagagcag 8880  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttag-ggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacat 216  Q
    || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||| |  |||| |  || ||||| | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  8881 caaagtgtttttctagacattgcctgttgcttcaaaggatgtggatgga-aggagtttgaagatatactacgtgctcattatggccattgcataaaacat 8979  T
Q  217 catgttggagtgttggctgaaaaatgtctc 246  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  8980 catctaggagtgttggctgaaaaatctctc 9009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 29272726 - 29272494
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| |||||   |||||   ||||||| ||||||| |||||||||||| | ||| || |     
T  29272726 agaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaggatccaccagatacttaaagtaagttatgatgctttggaagaagagcaa 29272627  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatc 217  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||  | | |  |   | ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||    
T  29272626 caaagtgtctttctggacattgcttgttgcttcaaaggttgtgaatgggaagatgccaaatatatacttcattctcattatggccattgcataacacatc 29272527  T
Q  218 atgttggagtgttggctgaaaaatgtctcatag 250  Q
    || | ||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  29272526 atctaggagtattggctgaaaaatctctcatag 29272494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 145
Target Start/End: Original strand, 35984620 - 35984720
Alignment:
Q  45 gtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctagacattgcttgt 144  Q
    ||||||||  |||||  ||||||| ||||||| ||||||| ||||||| | |||||||||  ||||| | || || ||||| ||||| ||||||||||||    
T  35984620 gtatgaaaccattcctaataaagacatccaaaagatacttaaagtaagttttgatgctttagaggaagatgagcaaagtgtttttcttgacattgcttgt 35984719  T
Q  145 t 145  Q
    |    
T  35984720 t 35984720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 12563 - 12335
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| ||||| | |||||   ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |     
T  12563 agaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcag 12464  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttag-ggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacat 216  Q
    || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||| |  |||| |   | ||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||    
T  12463 caaagtgtttttctagacattgcctgttgcttcaaaggatgtggatgga-aggagtttgaatatatacttcgtgctcattatggccatcgcataacacat 12365  T
Q  217 catgttggagtgttggctgaaaaatgtctc 246  Q
    ||| | | ||||||||||||||||| ||||    
T  12364 catctagtagtgttggctgaaaaatctctc 12335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 3600 - 3372
Alignment:
Q  18 agaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggat 117  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| ||||| | |||||   ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |     
T  3600 agaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccaccagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcag 3501  T
Q  118 cagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttag-ggaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacat 216  Q
    || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||  |  |||| |   | ||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||    
T  3500 caaagtgtttttctagacattgcctgttgcttcaaaggatgtggatgg-gaggagtttgaatatatacttcgtgctcattatggccatcgcataacacat 3402  T
Q  217 catgttggagtgttggctgaaaaatgtctc 246  Q
    ||| | | ||||||||||||||||| ||||    
T  3401 catctagtagtgttggctgaaaaatctctc 3372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 200
Target Start/End: Original strand, 615199 - 615272
Alignment:
Q  127 tttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcattatgg 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| |||||  |||   |||||||||||||||||||||||    
T  615199 tttcttgacattgcttgttgcttcaaaggatggaaattgacaagggttgaagaaatacttcatgctcattatgg 615272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 127 - 195
Target Start/End: Original strand, 13717603 - 13717671
Alignment:
Q  127 tttctagacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaagttagggaaatacttcatgctcat 195  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| || |  ||||||||||||||||||    
T  13717603 tttcttgacattgcttgttgcttcaaaggatataaatcgacaaaggtcaaagaaatacttcatgctcat 13717671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 78 - 155
Target Start/End: Original strand, 44311 - 44388
Alignment:
Q  78 gatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagg 155  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| || || | || |||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  44311 gatacttaaagtaagctttgatgctttggagaaagatgagcagaatgtttttctcgacattgcttgctgcttcaaagg 44388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 78 - 157
Target Start/End: Original strand, 3281013 - 3281092
Alignment:
Q  78 gatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctagacattgcttgttgcttcaaagggt 157  Q
    ||||||| |||| || | |||||||||| ||||| | || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  3281013 gatacttaaagtgagttttgatgctttggaggaagacgagcaaagtgtttttctcgacattgcttgttgctttaaagggt 3281092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University