View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5242-Insertion-4 (Length: 423)

Name: NF5242-Insertion-4
Description: NF5242
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5242-Insertion-4
NF5242-Insertion-4
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (5-419)||(29535707-29536121)
chr6 (191-419)||(29535477-29535699)
chr6 (191-406)||(29535264-29535469)
chr6 (227-406)||(29533847-29534019)
chr6 (191-271)||(5168955-5169036)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (192-420)||(14175557-14175785)
chr3 (191-423)||(952875-953104)
chr3 (189-403)||(54418905-54419119)
chr3 (188-406)||(41828184-41828402)
chr3 (194-368)||(41828013-41828188)
chr3 (357-401)||(50833912-50833956)
chr3 (357-401)||(50841897-50841941)
chr3 (191-271)||(9640246-9640327)
chr3 (191-271)||(48761239-48761320)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (204-423)||(51854356-51854575)
chr1 (189-406)||(42772456-42772673)
chr1 (192-406)||(47914463-47914677)
chr1 (206-406)||(28238053-28238252)
chr1 (189-311)||(23260951-23261073)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (191-410)||(43800273-43800492)
chr2 (190-402)||(9059739-9059951)
chr2 (195-282)||(12447157-12447244)
chr2 (191-271)||(25890462-25890542)
chr2 (227-271)||(41750623-41750667)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (191-423)||(6980520-6980751)
chr4 (195-288)||(16032596-16032689)
chr4 (190-311)||(56478867-56478988)
chr4 (191-271)||(37341992-37342072)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (191-406)||(39444985-39445200)
chr7 (195-423)||(40722602-40722831)
chr7 (227-382)||(48829741-48829896)
chr7 (191-366)||(85197-85364)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (191-406)||(29656777-29656992)
chr5 (190-271)||(10647715-10647797)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (199-406)||(252228-252435)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (227-406)||(9375325-9375504)
[»] scaffold1598 (1 HSPs)
scaffold1598 (191-271)||(176-257)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 29536121 - 29535707
Alignment:
Q  5 acaaggtcatccatgagtccaggattgccattatcgtcttcactgcgaactatgctttgtcttcattttggttggaagtactagctcatatcgttgaaaa 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29536121 acaaggtcatccatgagtccaggattgccattatcgtcttcactgcgaactatgcttcgtcttcattttggttggaagtactaggtcatatcgttgaaaa 29536022  T
Q  105 caagagttatggacttattcttccggttttttatgatgttgatccttttcatgtgctacaccaaagtggaacttctactcagctatatcccttactcctt 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29536021 caagagttatggacttattcttccggttttttatgatgttgatccttttcatgtgctaaaccaaagtggaacttctactcagctatatcccttactcctt 29535922  T
Q  205 aatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaattttttggctctaaag 304  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29535921 aatcttattaggttgcaacaatttaaccctagaaatttggctccaaaattgtagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaattttttggctctaaag 29535822  T
Q  305 tgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatatttttcaaagcaaaaat 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29535821 tgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacatacctactagcacttaccaatatatgttattaataacaatgatattttccaaagcaaaaat 29535722  T
Q  405 ttaacagcaaaaaat 419  Q
    |||||||||||||||    
T  29535721 ttaacagcaaaaaat 29535707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 191 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 29535699 - 29535477
Alignment:
Q  191 atcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaatt 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||      ||| |||||||||||||      
T  29535699 atcccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctataaatttggcttcaaaattgcagcatttaa------atgagataaccctaaaaaa 29535606  T
Q  291 ttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatattt 390  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29535605 atttggctctaaagtgtttggaaatttgaatttcaaattattttattggaacatacctactagcacttaccaatatatgttattaataacaatgatattt 29535506  T
Q  391 ttcaaagcaaaaatttaacagcaaaaaat 419  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  29535505 tccaaagcaaaaatttaacaacaaaaaat 29535477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 191 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 29535469 - 29535264
Alignment:
Q  191 atcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaatt 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||      ||| |||||||||||||      
T  29535469 atcccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctataaatttggctccaaaattgcagcatttaa------atgagataaccctaaaaaa 29535376  T
Q  291 ttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatattt 390  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||    
T  29535375 atttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttacc-at---tgttattaataacaatgatattt 29535280  T
Q  391 ttcaaagcaaaaattt 406  Q
    | ||||||||||||||    
T  29535279 tccaaagcaaaaattt 29535264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 227 - 406
Target Start/End: Original strand, 29533847 - 29534019
Alignment:
Q  227 ttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaattttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaa 326  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||      ||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29533847 ttaaccctataaatttgtctccaaaattgcagcatttaa------atgagataaccctaaaaaaatttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaa 29533940  T
Q  327 attattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatatttttcaaagcaaaaattt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29533941 attattttattggaacaaacctactagcacttaccaatat-tgttattaataacaatgatattttccaaagcaaaaattt 29534019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 271
Target Start/End: Original strand, 5168955 - 5169036
Alignment:
Q  191 atcccttactccttaatcttattagatta-caacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaa 271  Q
    ||||||||||||||||  || |||| ||| ||||| |||||||||| |  |||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  5168955 atcccttactccttaaagttgttaggttagcaacaatttaaccctaaatttttgcctctaaaactgcagcatttaatgctaa 5169036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 192 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 14175785 - 14175557
Alignment:
Q  192 tcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaattt 291  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||    
T  14175785 tcccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcattaaatgctaaatgagataaccctaaa-ttt 14175687  T
Q  292 tttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatatttt 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175686 tttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcatttatcaatatatgttattaataacaatgatatttt 14175587  T
Q  392 tcaaagcaaaaatttaac-agcaaaaaatt 420  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14175586 ccaaagcaaaaatttaacaagcaaaaaatt 14175557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 191 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 953104 - 952875
Alignment:
Q  191 atcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaatt 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  953104 atcccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctagaaatttagctcaaaaattacagcattaaatgctaaatgagataaccctaaaatt 953005  T
Q  291 ttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatattt 390  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  953004 ttttggctataaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattg---aaaacctactagcacttaccaatatatgttattaataacaatgatattt 952908  T
Q  391 ttcaaagcaaaaatttaacagcaaaaaattgac 423  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  952907 tccaaagcaaaaatttaacagcaaaaaattgac 952875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 189 - 403
Target Start/End: Original strand, 54418905 - 54419119
Alignment:
Q  189 atatcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaa 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||     
T  54418905 atatcccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcattaaatgctaaatgagataaccctaaat 54419004  T
Q  289 ttttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatat 388  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  54419005 ttttttggctctaaagtgtttgagaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccaatatatgttattaatatcaatgatat 54419104  T
Q  389 ttttcaaagcaaaaa 403  Q
     || |||||||||||    
T  54419105 attccaaagcaaaaa 54419119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 188 - 406
Target Start/End: Original strand, 41828184 - 41828402
Alignment:
Q  188 tatatcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaa 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  41828184 tatatcccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcattaaatgctaagtgagataaccctaaa 41828283  T
Q  288 attttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgata 387  Q
    |    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41828284 aaaaattggccctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcatttaccaatatatgttattaataacaatgata 41828383  T
Q  388 tttttcaaagcaaaaattt 406  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  41828384 ttttccaaagcaaaaattt 41828402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 194 - 368
Target Start/End: Original strand, 41828013 - 41828188
Alignment:
Q  194 ccttactccttaatcttattagattacaacagtttaa-ccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaatttt 292  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||  |||| ||||| |||||||||||||||||| || |||| |||||||| || |||||||||||||   |    
T  41828013 ccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaaccctaaaaatttggctccaaaattacaacattaaatgctaagtgagataaccctaaaaaaat 41828112  T
Q  293 ttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatat 368  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  41828113 ttggccctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcatttaccaatatat 41828188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 357 - 401
Target Start/End: Original strand, 50833912 - 50833956
Alignment:
Q  357 ttaccgatatatgttattaataacaatgatatttttcaaagcaaa 401  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  50833912 ttaccaatatatgttattaataacaatgatattttccaaagcaaa 50833956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 357 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 50841941 - 50841897
Alignment:
Q  357 ttaccgatatatgttattaataacaatgatatttttcaaagcaaa 401  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  50841941 ttaccaatatatgttattaataacaatgatattttccaaagcaaa 50841897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 271
Target Start/End: Original strand, 9640246 - 9640327
Alignment:
Q  191 atcccttactccttaatcttattagatta-caacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaa 271  Q
    ||||||||||||||||  || |||| ||| |||||  ||||||||| |  |||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  9640246 atcccttactccttaaagttgttaggttagcaacaacttaaccctaaatttttggctctaaaaatgcagcatttaatgctaa 9640327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 271
Target Start/End: Original strand, 48761239 - 48761320
Alignment:
Q  191 atcccttactccttaatcttattagatta-caacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaa 271  Q
    ||||||||||||||||  || |||| ||| ||||| |||||||||| |  |||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  48761239 atcccttactccttaaagttgttaggttagcaacaatttaaccctaaatttttgcctctaaaactgcagcatttaatgctaa 48761320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 172; Significance: 3e-92; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 204 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 51854575 - 51854356
Alignment:
Q  204 taatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaattttttggctctaaa 303  Q
    |||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  51854575 taatcttattaggttgcaacaacttaaccctagaaatttggctccaagattgcaacattaaatgctaaatgagataaccctaaaattttttggctctaaa 51854476  T
Q  304 gtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatatttttcaaagcaaaaa 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  51854475 gtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactggcacttaccaatatatgttattaataacaatgatattttccaaagcaagaa 51854376  T
Q  404 tttaacagcaaaaaattgac 423  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  51854375 tttaacagcaaaaaattgac 51854356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 189 - 406
Target Start/End: Original strand, 42772456 - 42772673
Alignment:
Q  189 atatcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaa 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  42772456 atatcccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcattaaatgctaagtgagataaccctaaaa 42772555  T
Q  289 ttttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatat 388  Q
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42772556 aaaattggccctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcatttaccaatatatgttattaataacaatgatat 42772655  T
Q  389 ttttcaaagcaaaaattt 406  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  42772656 tttccaaagcaaaaattt 42772673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 192 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 47914677 - 47914463
Alignment:
Q  192 tcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaattt 291  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| |     
T  47914677 tcccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccttagaaatttggctccaaaattgcagcattaaatgctaagtgagataaccctaaaaata 47914578  T
Q  292 tttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatatttt 391  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47914577 tctgcctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttataggaacaaacctattagcatttaccaatatatgttattaataacaatgatatttt 47914478  T
Q  392 tcaaagcaaaaattt 406  Q
     ||||||||||||||    
T  47914477 ccaaagcaaaaattt 47914463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 206 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 28238252 - 28238053
Alignment:
Q  206 atcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaattttttggctctaaagt 305  Q
    |||||||||| || |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||   |||||| |||||||    
T  28238252 atcttattaggttgcaacaacttaaccttagaaatttggctccaaaattgcagcattaaatgctaagtgagataaccctaaaaaaatttggccctaaagt 28238153  T
Q  306 gtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatatttttcaaagcaaaaatt 405  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28238152 gtttggaaatttaaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcatttaccaatatatgttattaataacaatgata-ttttcaaagcaaaaatt 28238054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 189 - 311
Target Start/End: Original strand, 23260951 - 23261073
Alignment:
Q  189 atatcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaa 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||    
T  23260951 atatcccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcattaaatgctaagtgagataacccttaaa 23261050  T
Q  289 ttttttggctctaaagtgtttgg 311  Q
       |||||||| ||||| |||||    
T  23261051 aaatttggctccaaagtatttgg 23261073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 191 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 43800492 - 43800273
Alignment:
Q  191 atcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaatt 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||    
T  43800492 atcccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctagaaatttgactccgaaattgcagtattaaatgttaaatgagataaccctaaaatt 43800393  T
Q  291 ttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatattt 390  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43800392 ttttggctctaaagtgtgtgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccaatatatgttattaataacaatgatattt 43800293  T
Q  391 ttcaaagcaaaaatttaaca 410  Q
    | || |||||||||||||||    
T  43800292 tccacagcaaaaatttaaca 43800273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 190 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 9059951 - 9059739
Alignment:
Q  190 tatcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaat 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||     
T  9059951 tatcccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctaaaaatttgactctaaaattgcagcattaaatgctaagtgagataaccctacaaa 9059852  T
Q  290 tttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatatt 389  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9059851 aatttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattgaaacaaacctactagcatttaccaatatatgttattaataacaatgatatt 9059752  T
Q  390 tttcaaagcaaaa 402  Q
    || ||||||||||    
T  9059751 ttccaaagcaaaa 9059739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 195 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 12447244 - 12447157
Alignment:
Q  195 cttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataacc 282  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||    
T  12447244 cttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcattaaatgctaagtgagataacc 12447157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 25890542 - 25890462
Alignment:
Q  191 atcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaa 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||| | ||||||  ||||| | |||||| ||||||||||    
T  25890542 atcccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctaaagatttggagccaaattagcagcaattaatgctaa 25890462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 227 - 271
Target Start/End: Original strand, 41750623 - 41750667
Alignment:
Q  227 ttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaa 271  Q
    ||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41750623 ttaaccctaaatttttggctctaaaattgcagcatttaatgctaa 41750667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 191 - 423
Target Start/End: Original strand, 6980520 - 6980751
Alignment:
Q  191 atcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaatt 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||||||| |||| ||    
T  6980520 atcccttactccttaatcttattaggttgcaacaatttaaccttaaaaatttggctccaaagttgcagcattaaatgttaaatgagataacc-taaattt 6980618  T
Q  291 ttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatattt 390  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  6980619 ttttggctctaaagtgtttgagaattggaatttcaaattattttattggatcaaacctactagcacttaccaatatatgttattaatatcaatgatattt 6980718  T
Q  391 ttcaaagcaaaaatttaacagcaaaaaattgac 423  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6980719 tccaaagcaaaaatttaacagcaaaaaattgac 6980751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 195 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 16032689 - 16032596
Alignment:
Q  195 cttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaa 288  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  16032689 cttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcattaaatgctaaatgagataaccctaaaa 16032596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 190 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 56478988 - 56478867
Alignment:
Q  190 tatcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaat 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||     
T  56478988 tatcccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcactaaatgctaagtgagataacccttaaaa 56478889  T
Q  290 tttttggctctaaagtgtttgg 311  Q
      |||||||| ||||| |||||    
T  56478888 aatttggctccaaagtatttgg 56478867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 191 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 37342072 - 37341992
Alignment:
Q  191 atcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaa 271  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| || ||| |  ||||||||| | ||||||  ||||| | |||||| ||||||||||    
T  37342072 atcccttactcattaatcttattaggttgcaataacttaaccctaaagatttggagccaaattagcagcaattaatgctaa 37341992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 191 - 406
Target Start/End: Original strand, 39444985 - 39445200
Alignment:
Q  191 atcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaatt 290  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||      
T  39444985 atcccttactctttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcattaaatgctaagtgagataaccctaaaaaa 39445084  T
Q  291 ttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatattt 390  Q
     |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39445085 atttggccctaaagtgtttggaaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcatttaccaatatatgttattaataacaatgatattt 39445184  T
Q  391 ttcaaagcaaaaattt 406  Q
    | ||||||||||||||    
T  39445185 tccaaagcaaaaattt 39445200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 195 - 423
Target Start/End: Original strand, 40722602 - 40722831
Alignment:
Q  195 cttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaatttt-t 293  Q
    ||||||||| ||| ||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||     |    
T  40722602 cttactcctaaattttattaggttgcaacaacttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcattaaatgctaagtgagataatcctaaaaaaaaat 40722701  T
Q  294 tggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatatttttc 393  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  40722702 tggctctaaagtgtttggaaatttgaatttcaaattattttattcgaacaaacctactagcatttaccaatatatattattaataacaatgatattttcc 40722801  T
Q  394 aaagcaaaaatttaacagcaaaaaattgac 423  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40722802 aaagcaaaaatttaacaacaaaaaattgac 40722831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 227 - 382
Target Start/End: Original strand, 48829741 - 48829896
Alignment:
Q  227 ttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaattttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaa 326  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||   | | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  48829741 ttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcattaaatgctaagtgagataaccctaaaaaaatctagctctaaagtgtttgagaatttgaatttcaa 48829840  T
Q  327 attattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  48829841 attattttattggaacaaacctactagcatttcccaatatatgttattaataacaa 48829896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 191 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 85364 - 85197
Alignment:
Q  191 atcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaatt 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||| || |||||||||||||      
T  85364 atcccttactccttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctagaattttggctccaaaattgcaatattaaatgctaagtgagataaccctaaaaaa 85265  T
Q  291 ttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatat 366  Q
    |||||||||        |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  85264 ttttggctc--------ttgggaatttaaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcatttaccaatat 85197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 191 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 29656992 - 29656777
Alignment:
Q  191 atcccttactccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaatt 290  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| || |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||      
T  29656992 atcccttactctttaatcttattaggttgcaacaacttaaccctataaatttggctccaaaattgcagcattaaatgctaagtgagataaccctacaaaa 29656893  T
Q  291 ttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatattt 390  Q
     |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29656892 atttggccctaaagtgtttggaaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcatttaccaatatatgttattaataacaatgatattt 29656793  T
Q  391 ttcaaagcaaaaattt 406  Q
    | ||||||||||||||    
T  29656792 tccaaagcaaaaattt 29656777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 190 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 10647797 - 10647715
Alignment:
Q  190 tatcccttactccttaatcttattagatta-caacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaa 271  Q
    |||||||||||||||||  || |||| ||| |||||  ||||||||| |  |||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  10647797 tatcccttactccttaaagttgttaggttagcaacaacttaaccctaaatttttggctctaaaactgcagcatttaatgctaa 10647715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 199 - 406
Target Start/End: Original strand, 252228 - 252435
Alignment:
Q  199 ctccttaatcttattagattacaacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaattttttggct 298  Q
    |||||||| |||||||| || |||||  |||| | ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||   |||||||    
T  252228 ctccttaaacttattaggttgcaacaacttaatcatagaaatttggtttcaaaattgcagcattaaatgctaagtgatataaccctaaaaaaatttggct 252327  T
Q  299 ctaaagtgtttgggaatttgaatttcaaattattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatatttttcaaagc 398  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  252328 ctaaagtgattgggaatttgaatttcaaattattttattgaaacaaacctactagcatttaccaatatatgttattaataacaatgatattttccaaagc 252427  T
Q  399 aaaaattt 406  Q
    ||||||||    
T  252428 aaaaattt 252435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 227 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 9375504 - 9375325
Alignment:
Q  227 ttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaaatgtgataaccctaaaattttttggctctaaagtgtttgggaatttgaatttcaa 326  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| || |||||||||||||   |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9375504 ttaatcctagaaatttggctccaaaactgcaacattaaatgctaagtgagataaccctaaaaaaatttggccctaaagtgtttggaaatttgaatttcaa 9375405  T
Q  327 attattttattggaacaaacctactagcacttaccgatatatgttattaataacaatgatatttttcaaagcaaaaattt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9375404 attattttattggaacaaacctactagcatttaccaatatatgttattaataacaatgatattttccaaagcaaaaattt 9375325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1598 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold1598
Description:

Target: scaffold1598; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 271
Target Start/End: Original strand, 176 - 257
Alignment:
Q  191 atcccttactccttaatcttattagatta-caacagtttaaccctagaaatttggctccaaaattgcagcatttaatgctaa 271  Q
    ||||||||||||||||  || |||| ||| ||||| |||||||||| |  |||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  176 atcccttactccttaaagttgttaggttagcaacaatttaaccctaaatttttgcctctaaaactgcagcatttaatgctaa 257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University