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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5242_high_1 (Length: 998)
Name: NF5242_high_1
Description: NF5242
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5242_high_1 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 411; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 524 - 982
Target Start/End: Original strand, 40267795 - 40268253
Alignment:
| Q |
524 |
aataatgtttcagtttccgcgtgtctaaataacacaattgttgaatatgagagacataaagtataaaatataacaatatgtcaaatgaatattattctca |
623 |
Q |
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||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
40267795 |
aataatgtttcagtttccgtgtgtctaaataacacaattgttgaatatgagagacataaagtataaaatataacaatatgtcaaatgaatattattctca |
40267894 |
T |
|
| Q |
624 |
taagaattatttgcatatttaagctaagaaaataagtgnnnnnnnnctcattcaaggtggtacttcaattgaccatgactggtgagcgtttgaatgagat |
723 |
Q |
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| T |
40267895 |
taagaattatttgcatatttaagctaagaaaataagtggaaaaaaactcattcaaggtggtacttcaattgaccatgactggtgagcgtttgaatgagat |
40267994 |
T |
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| Q |
724 |
aatttgagtttgttccaactaattaatctgatgccttaagttggaatttagctcttgaaatgctataatttttatactcttgagatagatgcttgttttt |
823 |
Q |
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| T |
40267995 |
aatttgagtttgttccaactaattaatctgatgcattaagttggaatttagctcttgaaatgctatagtttttatgctcttgagatagatgcttgttttt |
40268094 |
T |
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| Q |
824 |
tattgtagttctattaactaattagtctctgcaattatacacttaatactttatttacacaaaaaagacatgaattaaggagattgaatgagtagatgat |
923 |
Q |
| |
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| T |
40268095 |
tattatagttctattaactaattagtctctgcaattatacacttaatactttatttacacaaaaaagacatgaattaaggagattgaatgagtagatgat |
40268194 |
T |
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| Q |
924 |
gaatggttgacttcgtggccaagaagaaatagttaatagtgaagtgataatgaataatg |
982 |
Q |
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| T |
40268195 |
gaatggttgacttcgtggccaagaagaaatagttaatagtgaagtggtaatgaataatg |
40268253 |
T |
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Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Original strand, 40267267 - 40267678
Alignment:
| Q |
1 |
agatgaggcaaaggatacgaaacatggttttggattcttccaaataacgagtttagaggataacatacgcaaattaaataaggttaacatagttgttatt |
100 |
Q |
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| T |
40267267 |
agatgaggcaaaggatacgaaacatggttttggattcttccaaataacgagtttagagtataacatacgcaaattaaataaggttagcatagttgttatt |
40267366 |
T |
|
| Q |
101 |
gtctcaattaaatgaagtttgaagaagaacctagttgtctatgtataataacatgcttaaattaacatgataacatgtgtaataatagtgaaaaccgtga |
200 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
40267367 |
gtctcaattaaatgaagtttgaagaagaacctagttgcctatgtataataacatgcttaaattaacatgataacatgtgtaataatagtgaaaaccgtga |
40267466 |
T |
|
| Q |
201 |
cacggacaaaacaatattggaccaaggagcaacatcgtcatatcattatatgggcgacataaatggcttcatttgatttgtcacaaggtagtatagaaag |
300 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
40267467 |
cacggacaaaacaatattggaccaaggagcaacatcgtcatatcattatatgggtggcataaatggcttcatttgatttgtcacaaggtagtatagaaag |
40267566 |
T |
|
| Q |
301 |
ttgaattcagcactctacagtgactgcgagagtgtgacatggaatggaatacatgtgttatactaaataaaattgtaaaagcatgtgtgttaggctcgat |
400 |
Q |
| |
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| T |
40267567 |
ttgaattcagcactctacagtgactgcgagagtgtgacatggaatggaatacatgtgttatactaaataaaattgtaaaagcatgtgtgttaggctcgat |
40267666 |
T |
|
| Q |
401 |
gtacatataaat |
412 |
Q |
| |
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| T |
40267667 |
gtacatataaat |
40267678 |
T |
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