View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5243-Insertion-1 (Length: 987)

Name: NF5243-Insertion-1
Description: NF5243
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5243-Insertion-1
NF5243-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-987)||(49955839-49956820)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 926; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 926; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 987
Target Start/End: Complemental strand, 49956820 - 49955839
Alignment:
Q  7 agcaataacattgttaagcaaattatatgaaaaagaaagcttgcaaacaacaatgtatcaatacctcgtcgatagatgaccgcaaacgtttcaatagttg 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49956820 agcaataacattgttaagcaaattatatgaaaaagaaagcttgcaaacaacaatgtatcagtacctcgtcgatagatgaccgcaaacgtttcaatagttg 49956721  T
Q  107 ctcatgatcggcattttgatagtctatcattccaagagtattggaaggtgttctcggatgcttcaaaacagggactgcaaaaaattgagtattaagtgga 206  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49956720 ctcatgatcggcattttgatagtccatcattccaagagtattggaaggtgttctcggatgcttcaaaacagggactgcaaaaaattgagtattaagtgga 49956621  T
Q  207 gttcgaaatgcagagacaaaagcaaacgttccaagataaaatgccaattgtgtatatgagaacccaggcaataatatgactacgaaataaaataaatctg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49956620 gttcgaaatgcagagacaaaagcaaactttcccagataaaatgccaactgtgtatatgagaacccaggcaataatatgactacgaaataaaataaatctg 49956521  T
Q  307 gtacaaaagctgaagaagagactgtatgcacacactatctttctgcaatacttgatgaattacaactcctgacaaccggataatgtctaatcaacaaata 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49956520 gtacaaaagctgaagaagagactgtatgcacacactatctttctgcaatacttgatgaattacaactcctgacaaccggataatgtctaatcaacaaata 49956421  T
Q  407 tatgttacggatataactaaaaatatctagggcgaagaaacccaccccacacacatgtaccctaaaaatactaataaaacgaaccatattacattagaac 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49956420 tatgttacggatataactaaaaatatctagggcgaagaaacccaccccacacacatgtaccctaaaaatactaataaaacgaaccatattacattagaac 49956321  T
Q  507 gtcaatgtagaacacatgcatatattcattctcataagcttgtcataactttctcattatgttgatttttgcccagctgcagaactagaatgcatgacaa 606  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49956320 atcaatgtagaacacatgcatatattcattctcataagcttgtcataactttctcattatcttgattttgccccagctgcagaactagaatgcatgacaa 49956221  T
Q  607 caaaactactataccttgatgtgggggaccaggcattgacgaagcaactagcgcaggtggttgaattgatgaagaaggatttgggttcatcatccatccc 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49956220 caaaactactataccttgatgtgggggaccaggcattgacgaagcaactagcgcaggtggttgaattgatgaagaaggatttgggttcatcatccatccc 49956121  T
Q  707 gctaaagcattaacattagcagctgttggggctggttgaaatggctgcacgtacataaataacaaaacatatcgtcccaagataattattagataaccaa 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  49956120 gctaaagcattaacattagcagctgttggggctggttgaaatggctgcacgtacataaataacaaaacatatcgtcccaagataattattagataaccag 49956021  T
Q  807 cagtctcaactgaatttccagaaaactgaacacaaaaaagggctttacatgtactccaagcggaacaaaagatgaaggctttgcaacagctgtgacagga 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49956020 cagtctcaactgaatttccagaaaactgaacacgaaaaagggctttacatgtactccaagcggaacaaaagatgaaggctttgcaacagctgtgacagga 49955921  T
Q  907 agattgacaggagtaggtgcacgagctccatttga-gttgagcatgtgtggtcgatgaatagactttttatatcgggatttg 987  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  49955920 agattgacaggagtaggtgcacgagctccatttgaggttgagcatgtgtggtcgatgaatagactttttatatcaggatttg 49955839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University