View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5246-Insertion-1 (Length: 970)

Name: NF5246-Insertion-1
Description: NF5246
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5246-Insertion-1
NF5246-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-970)||(32605522-32606489)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 879; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 879; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 970
Target Start/End: Original strand, 32605522 - 32606489
Alignment:
Q  7 acatctccgtcaccgtaactgtctccaacgccgacatcccttccctcacaaaactcccctccgctcaaaaatggatcaccaccaacatcctccctttcca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32605522 acatctccgtcaccgtaactgtctccaacgccgacatcccttccctcacaaaactcccctccgctcaaaaatggatcaccaccaacatcctccctttcca 32605621  T
Q  107 ccccaaaaccatcttcaaccgtatcgccgtcggtaacgaaatcctcgcaacttcagacaaaaccttaatagcacacattcttccggccatgaatgcactt 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32605622 ccccaaaaccatcttcaaccgtatcgccgtcggtaacgaaatcctcgcaacttcagacaaaaccttaatagcacacattcttcctgccatgaatgcactt 32605721  T
Q  207 catcaagctctcactctttcaaatctcactcacattcaaatcgtatctcctaactcactcggcattctctcttcatcctcaccacccagctccgccgctt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32605722 catcaagctctcactctttcaaatctcactcacattcaaattgtatctcctaactcactcggcattctctcttcatcctcaccacccagctccgccgctt 32605821  T
Q  307 tccgccgtggctacgatgttaccatattcactcccatactcaaattccaccgtgaaactaaatcacctttcatggttaacccgtatccgtttttcggtat 406  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32605822 tccgccgtggctacgacgttaccatcttcactcccatactcaaattccaccgtgaaactaaatcacctttcatgattaacccgtatccgtttttcggtat 32605921  T
Q  407 ttcatcaaaccaacccgacgcacttaactacgctttgtttaaaccaaacggtggcgtttttgataaagctactggaataaactacacgaacatgtttgat 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32605922 ttcatcaaaccaacccgacgcacttaactacgctttgtttaaaccaaacggtggcgtttttgataaagctactggaataaactacacgaacatgtttgat 32606021  T
Q  507 gctcaaatggatgcggtttattcggcgatgaagaaagtgggttatggtgacgtggatttggttgttggtgaaacgggttggccatctttgggtgacccgg 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32606022 gctcaaatggatgcggtttattcggcgatgaagaaagtgggttatggtgacgtggatttggttgttggtgaaacgggttggccatctttgggtgacccgg 32606121  T
Q  607 gtcaacccggtgttagtttggaaaatgcagtttcttataatgggaatcttattaagcatgttaattctgggaaaggaactcctttgatgcctaataggac 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32606122 gtcaacccggtgttagtttggaaaatgcagtttcttataatgggaatcttattaagcatgttaattctgggaaaggaactcctttgatgcctaataggac 32606221  T
Q  707 ttttgagacttatattttctcattgtttaatgagaatcttaaacctactatttcggagcagaattatgggttgtttaaaccggatcttaccccggtttat 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32606222 ttttgagacttatattttctcattgtttaatgagaatcttaaacctactatttcggagcagaattatgggttgtttaaaccggatcttaccccggtttat 32606321  T
Q  807 gacgttggagttttaacccaaaaacatcagcaggtacctatacattttctttttgctttcatttatccgtttattttagtggnnnnnnntagagaat--- 903  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||       ||||||||       
T  32606322 gacgttggagttttaacccaaaaacatcagcaggtacaaatac-ttttttttttcctttcatttatccgtttattttagtggaaaaaaatagagaatctt 32606420  T
Q  904 -cttactgttttagacctttacgtgacaaagtagaacacgacatg-ttttatgcaagtacatttatgcc 970  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32606421 acttactgttttagacctttacgtgacaaagtagaacacgacatgtttttatgcaagtacatttatgcc 32606489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University