View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5248-Insertion-1 (Length: 981)

Name: NF5248-Insertion-1
Description: NF5248
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5248-Insertion-1
NF5248-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-981)||(1000230-1001212)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 756; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 756; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 981
Target Start/End: Original strand, 1000230 - 1001212
Alignment:
Q  7 aaatcaaatgcttataacgagtnnnnnnnntattactcctataatcaggtctaacggatatggagctagactactacaacaccataatgtaatgatctaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1000230 aaatcaaatgcttataacgagtaaaaaaaatattactcctataatcaggtctaacggatatggagctagactactacaacaccataatgtaatgatctaa 1000329  T
Q  107 aattcagaacttagagaagaaaaatgtattcacaataattatctgacacgtcttgaatatgattaacttctgcgaaataaacttttgaagnnnnnnnntg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |     
T  1000330 aattcagaacttagagaagaaaaatgtattcacaataattatccgactcgtcttgaatatgattaacttctgcgaaataaacttttgaaaaaaaaaaata 1000429  T
Q  207 taacttttattttttacaaaaaatattactccttaatttattaatatagtttggttagcgtatgtcagataatattactcctttcaagacaacgatcgta 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1000430 taacttttattttttacaaaaaatattactctttaatttattaatatagtttggttagcgtatgtcagataatattactcctttcaagacaacaatcgta 1000529  T
Q  307 ttactccgttagaaaccctaaatctcgaaatccttcttgatttnnnnnnnnnnn-catctttgaagctaagatcacaaatatcaannnnnnnn-aaaagt 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||    
T  1000530 ttactccgttagaaaccctaaatctcgaaatccttcttgatttaaaaaaaaaaaacatctttgaagctaagatcacaaatatcaattcttttttaaaagt 1000629  T
Q  405 gaagatgacaaaaatcacttctcaatacacacatatccattgaaaatgacaatctccttgttctccagcattattgctccgtcaagtgcggtgaatagtc 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1000630 gaagatgacaaaaatcacttctcaatacacacatatccattgaagatgacaatctccttgttctccagcattattgctccgtcaagtgtggtgaatagtc 1000729  T
Q  505 gcacatgaatttgagagagaagaaatggtgaagnnnnnnncaaagaggatatgaagaatgacagagggtgttcatcaaaggtgcgtcaaagatgcataac 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1000730 gcacatgaatttgagagagaagaaatggtgaagtttttttcaaagaggatatgaagaatgacagagggtgttcatcaaaggtgcgtcaaagatgcataac 1000829  T
Q  605 acgatacaaagtgaacaaatcgaattcaaacaaaaccaacagtatgagaatgagaataagatactcatgatatatgacggaattaattgaagcacagact 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1000830 acgatacaaagtgaacaaatcgaattcaaacaaaaccaacagtatgagaatgagaataagatactcatgatatatgacggaattaattgaagcacagact 1000929  T
Q  705 taatcatggtctctttacctgccttagacaatgaccttcacctccaagaatttatcttcc-ccag----tatcttttatgtaaccaaaagtggccttctt 799  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1000930 taatcatggtctctttacctgacttagacaatgaccttcctctccaagaatttatcttcctccagattttatcttttatgtaaccaaaagtggccttctt 1001029  T
Q  800 gcctcgccccaccatagaaggaagccccaaatacgttcctgtacccaaagcatgtttcaccccaagaatattagctaaatcttgtttagccacttgactc 899  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1001030 gcttcgccccaccatagaaggaagccccaaatacgttcctgtacccaaagcatgtttcaccccaagaatattagctaaatcttgtttagccgcttgactc 1001129  T
Q  900 atattgttaccgaagaacacctctgatttggcaagattaacttgttgtccggacgcttcctcatactctct-aggatacttat 981  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1001130 atattgttaccgaagaacacctctgatttggcaagattaacttgttgtccggacgcttcctcatactctctaaggatacttat 1001212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University