View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5253-Insertion-2 (Length: 752)

Name: NF5253-Insertion-2
Description: NF5253
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5253-Insertion-2
NF5253-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-700)||(16543560-16544247)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 481; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 481; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 16544247 - 16543560
Alignment:
Q  8 caattgtcattacttattcactagagaaaaatgactcagtccggtcaaaaatgtactatacctccatatgttaagagttttaagagtaaattaattgcag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16544247 caattgtcattacttattcactagagaaaaatgactcagtccggtcaaacatatactatacctccatatgttaagagttttaagagtaaattaattgcag 16544148  T
Q  108 tccaactaaatatgtttctcttatactctagccatctcttatggtgtcaaaacttaaagatgaccactaaagtttcctccaattaattcactg--agtta 205  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  16544147 tccaattaaat--gtttctcttatactctagccatctcttatggtgtcaaaacttaa-gatgaccactaaagtttcctccaattaattcactgtgagtta 16544051  T
Q  206 gaatttttccgtaggtaatatcttgatgttatatcaacattaggataaaattaaaatttgatgtataagatgttcatttccacaatttgtgttatacacc 305  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  16544050 gaatttttccgtaggtaatattttgatgttatatcaacattaggataaaattaaaatttgatgtataagatgttcatttccacaatttgtgctaaacacc 16543951  T
Q  306 ctcatgtaagatagtttttaattacatacacattgactctgcatgatttcaaggaacaaatagcannnnnnnaacctccatgttttgacacatgaaggtg 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||    
T  16543950 ctcatgtaagatagtttttaattacatatac-ttgactctgcatgatttcaaggaacaaatagcatttttttaacctccatgttttgatacatgaaggtg 16543852  T
Q  406 tgtatcgatacgcaaacgacttgtatagatacacgtgaactgataatacataatagtttcagaaactttaaatgttgataagtca-atttgagtacatga 504  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16543851 tgtatcgatacacaaacaacttgtatagatacacatgaaatgataatacataatagtttcaaaaactttaaatgttgataagtcagatttgagtacatga 16543752  T
Q  505 tagtcttacttctataactaacttcagtgctgtatatgtattgatattcatatgttctctnnnnnnnngannnnnnnncccttcattctcatgaatgtgt 604  Q
    || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||          |        ||||||||||||||||||||||    
T  16543751 tattcttacttctataactaacttcaatgttgtatatgtattgatattcatatgttctc--aaaaaaatattttttttcccttcattctcatgaatgtgt 16543654  T
Q  605 agaaatgacatgcataaaatggaaagagtggaagtgagagatatacccgatgatgtgataaaaaagaaccagataagagatagaaagaaaattaaa 700  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16543653 agaaatgacaggcataaaatggaaagagtgaaagtgagagatata-ccgatgatgtgataaaaaag-accagataagagatagaaagaaaattaaa 16543560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University