View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5254-Insertion-1 (Length: 820)

Name: NF5254-Insertion-1
Description: NF5254
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5254-Insertion-1
NF5254-Insertion-1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (6-785)||(27610348-27611121)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 700; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 700; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 785
Target Start/End: Original strand, 27610348 - 27611121
Alignment:
Q  6 cagaaatgactccccatcaacaacaattgtaatgtcaccagcaacatcagcaaaaatcctgccatgaagaagaaaaaactgatttcacaatgaacacaaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27610348 cagaaatgactccccatcaacaacaattgtaatgtcaccagcaacatcagcaaaaatcctgccatgaagaagaaaaaactgatttcacaatgaacacaaa 27610447  T
Q  106 agctcatcaagaaaaacaacatacatttatatttgataaaaagttccttttgaagctagctaaccaagttatcaaatgtacaaactacaaacagaagtaa 205  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27610448 agctcatcaagaaaaacaacatgcatttatatttgataaaaagttccttttgaagctagctaaccaagttatcaaatgtacaaactacaaacagaagtaa 27610547  T
Q  206 gacagaacttgaataaaattaactcttataaaaaagcacataagttacatgtttaagctactataaaatgaaggaaagaaagacaagactctcatataat 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27610548 gacagaacttgaataaaattaactcttataaaaaagcacataagttacatgtttaacctactataaaacgaagtaaagaaagacaagactctcatataat 27610647  T
Q  306 acagaacaagacacataatatagtnnnnnnngaaccaattaagaagcaaaaagataaataagaggtaatttagccttattactgaagtacctagtagtgt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  27610648 acagaacaagacacataatatagtaaaaaaagaaccaattaagaagcaaaaagataaataagaggtaatttagctttattgctgaagtacctagtagtgt 27610747  T
Q  406 aagagttgcaaaatttaggggtagtggtagtagaagagtgcttggaagaagagagtgagttttcagaaaccatatttgttttttcttcctttctctttct 505  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||    
T  27610748 aagagttgcaaaatttaggagtagtggtagtagaagagtgcttggaagaagagagtgagttttcagaaaccatatttgttttttcttc------ctttct 27610841  T
Q  506 atccgttagaaagagtgagagaaaaagaagctcctcctccttgtgtctgaggtgtgtctgcatgtgtatgttaaatgtttcagtaacagcaacacaaact 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27610842 atccgttagaaagagtgagagaaaaagaagctcctcctccttgtgtctgaggtgtgtctgcatgtgtatgttaaatgtttcagtaaaagcaacacaaact 27610941  T
Q  606 gtagcctatagctatggatgattacactatcatccaataatgtgtacggttgattgcaggttcaagaatattttgaaatagacaccctaaaagacgctca 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27610942 gtagcctatagctatggatgattacactatcatccaataatgtgtacggttgattgcaggttcaagaatattttgaaataaacaccctaaaagacgctca 27611041  T
Q  706 acacatagcaatcaattattcacaaatgccatatacactaacacaactttttcttttcattttcataacatggcaaggcc 785  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27611042 acacatagcaatcaattattcacaaatgccatatacactaacacaactttttcttttcattttcataacatggcaaggcc 27611121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University