View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5265_low_12 (Length: 434)

Name: NF5265_low_12
Description: NF5265
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5265_low_12
NF5265_low_12
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (14-417)||(11699036-11699439)
chr4 (15-417)||(11785268-11785679)
chr4 (14-417)||(11788855-11789267)
chr4 (14-417)||(11801022-11801434)
chr4 (21-417)||(11677842-11678247)
chr4 (21-417)||(11686121-11686526)
chr4 (12-417)||(11708480-11708894)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (12-404)||(20283-20684)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 11699439 - 11699036
Alignment:
Q  14 tactactgtgaatatagatagaaaaattccggtgccaattctttgaagcattgtgatacctgaggttttaccggttatagctcttgctagtggcacaaat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11699439 tactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatacctgaggttttaccggttatagctcttgctagtggcacaaat 11699340  T
Q  114 atgcggtcgtagattgcgctgaagacaacaattgcaacaccgtttattgtttgaagagaagcaggaggtatgtcgaaaccaggaaatattgttctctcca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11699339 atgcggtcgtagattgcgctgaagacaacaattgcaacaccgtttatcgtttgaagagaagcaggaggtatgtcgaagccaggaaatattgttctctcca 11699240  T
Q  214 aagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaatataataccataaactaaagttgaagcccaaattggaaccaaccttaatactgcctt 313  Q
      ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| | ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  11699239 ttgaactcccttgcttggtgaagaaagtaaaaacttgagcaaagacaatgccataaactaaagttgtcgcccaaattggaattaaccttagtactgcctt 11699140  T
Q  314 tgcttcttccacctcactaaggctacattctttggatccctttggtgttaccaatgctttgttgaggaagctgcaaatgtagaaaatacaagccaagtca 413  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11699139 tgcttcttcgacctcactaatgctacattctttggatccctttggtgttaccaatgccttgttgaggaagctgaaaatgtagaaaatacaagccaagtca 11699040  T
Q  414 aaat 417  Q
    ||||    
T  11699039 aaat 11699036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 15 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 11785679 - 11785268
Alignment:
Q  15 actactgtgaatatagatagaaaaattccggtgccaattctttgaagcattgtgatacctgaggttttaccggttatagctcttgctagtggcacaaata 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||   |||||||||||||| ||||    
T  11785679 actactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatacctgagggttttccagttatattccttgctagtggcacgaata 11785580  T
Q  115 tgcggtcgtagattgcgctgaagacaacaattgcaacaccgtttattgtttgaagagaagcaggaggtatgtcgaaaccaggaaatattgttctctccaa 214  Q
      ||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||  |||  ||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  11785579 aacggtcgtagatagggctgaagagaacaattgcaacaccgcctatcattccaagagaagcgggaggtatgttgaaaccaggaaatattgttctctccat 11785480  T
Q  215 agaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaatataataccataaactaaagttgaagcccaaattggaaccaaccttaatactgccttt 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  11785479 agaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccataaactaaagtcgaagcccaaattggaatcaaccttagtactgccttt 11785380  T
Q  315 gcttcttccacctcactaaggctaca---------ttctttggatccctttggtgttaccaatgctttgttgaggaagctgcaaatgtagaaaatacaag 405  Q
    |||||||| ||||||  |||||||||          |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11785379 gcttcttcgacctcaacaaggctacacttatcttcgtctttggatccctttggtgtttgcaatgccttgttgaggaagctgcaaatgtagaaaatacaag 11785280  T
Q  406 ccaagtcaaaat 417  Q
    ||||||||||||    
T  11785279 ccaagtcaaaat 11785268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 11789267 - 11788855
Alignment:
Q  14 tactactgtgaatatagatagaaaaattccggtgccaattctttgaagcattgtgatacctgaggttttaccggttatagctcttgctagtggcacaaat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || || |||||| |||||||||||||||| |||    
T  11789267 tactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtaatacctgaggactttccagttataactcttgctagtggcacgaat 11789168  T
Q  114 atgcggtcgtagattgcgctgaagacaacaattgcaacaccgtttattgtttgaagagaagcaggaggtatgtcgaaaccaggaaatattgttctctcca 213  Q
    |  ||||||||||| |   |||||| |||||| ||||||||   ||||| |  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11789167 aaacggtcgtagataggagtgaagagaacaatagcaacaccacctattgatccaagagaagcgggaggtatgttgaaaccaggaaatattgttctctcca 11789068  T
Q  214 aagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaatataataccataaactaaagttgaagcccaaattggaaccaaccttaatactgcctt 313  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  11789067 aagaactcccttgtttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccataaactaaagatgtagcccaaattggaatcaaacttagtactgcctt 11788968  T
Q  314 tgcttcttccacctcactaaggctaca---------ttctttggatccctttggtgttaccaatgctttgttgaggaagctgcaaatgtagaaaatacaa 404  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |     
T  11788967 tgcttcttccacctcaccaaggctacaatgatcagcatctttggatccctttggtgttagcaatgccttattgaggaagctacaaatgtagaaaatatag 11788868  T
Q  405 gccaagtcaaaat 417  Q
    |||||||||||||    
T  11788867 gccaagtcaaaat 11788855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 11801434 - 11801022
Alignment:
Q  14 tactactgtgaatatagatagaaaaattccggtgccaattctttgaagcattgtgatacctgaggttttaccggttatagctcttgctagtggcacaaat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || || |||||| |||||||||||||||| |||    
T  11801434 tactactgtgaatatagatagaaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtaatacctgaggactttccagttataactcttgctagtggcacgaat 11801335  T
Q  114 atgcggtcgtagattgcgctgaagacaacaattgcaacaccgtttattgtttgaagagaagcaggaggtatgtcgaaaccaggaaatattgttctctcca 213  Q
    |  ||||||||||| |   |||||| |||||| ||||||||   ||||| |  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11801334 aaacggtcgtagataggagtgaagagaacaatagcaacaccacctattgatccaagagaagcgggaggtatgttgaaaccaggaaatattgttctctcca 11801235  T
Q  214 aagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaatataataccataaactaaagttgaagcccaaattggaaccaaccttaatactgcctt 313  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  11801234 aagaactcccttgtttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaagataataccataaactaaagatgtagcccaaattggaatcaaacttagtactgcctt 11801135  T
Q  314 tgcttcttccacctcactaaggctaca---------ttctttggatccctttggtgttaccaatgctttgttgaggaagctgcaaatgtagaaaatacaa 404  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |     
T  11801134 tgcttcttccacctcaccaaggctacaatgatcagcatctttggatccctttggtgttagcaatgccttattgaggaagctacaaatgtagaaaatatag 11801035  T
Q  405 gccaagtcaaaat 417  Q
    |||||||||||||    
T  11801034 gccaagtcaaaat 11801022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 21 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 11678247 - 11677842
Alignment:
Q  21 gtgaatatagatagaaaaattccggtgccaattctttgaagcattgtgatacctgaggttttaccggttatagctcttgctagtggcacaaatatgcggt 120  Q
    |||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  11678247 gtgattatcgatataaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatgccagagggttttccggtgatagctcttgctagcggcacgaatatgcggt 11678148  T
Q  121 cgtagattgcgctgaagacaacaattgcaacaccgtttattgtttgaagagaagcaggaggtatgtcgaaaccaggaaatattgttctctccaaagaact 220  Q
    | ||||| | |||||||| || ||||||||  ||||| || | |||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| || ||||||    
T  11678147 catagatagggctgaagagaagaattgcaagcccgttaatcgattgaagcgaagcgggaggtatgtcaaatccaggaaatattgttctctgcatagaact 11678048  T
Q  221 cccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaatataataccataaactaaagttgaagcccaaattggaaccaaccttaatactgcctttgcttct 320  Q
    |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  11678047 cccttgcttggtaaagaatgtaaaaacttgagcaaagataataccataaaccaaagttgtagcccaaattggaaccaaccttagtacagcctttgcttct 11677948  T
Q  321 tccacctcactaaggctaca---------ttctttggatccctttggtgttaccaatgctttgttgaggaagctgcaaatgtagaaaatacaagccaagt 411  Q
    ||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||    
T  11677947 tccacctcactaaggctacaagtttcatcttctttggatccctttggtgttagcaatgccttgttaaggaagctgcgaatgtagaaattacaagctaagt 11677848  T
Q  412 caaaat 417  Q
    ||||||    
T  11677847 caaaat 11677842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 21 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 11686526 - 11686121
Alignment:
Q  21 gtgaatatagatagaaaaattccggtgccaattctttgaagcattgtgatacctgaggttttaccggttatagctcttgctagtggcacaaatatgcggt 120  Q
    |||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  11686526 gtgattatcgatataaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatgccagagggttttccggtgatagctcttgctagcggcacgaatatgcggt 11686427  T
Q  121 cgtagattgcgctgaagacaacaattgcaacaccgtttattgtttgaagagaagcaggaggtatgtcgaaaccaggaaatattgttctctccaaagaact 220  Q
    | ||||| | |||||||| || ||||||||  ||||| || | |||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| || ||||||    
T  11686426 catagatagggctgaagagaagaattgcaagcccgttaatcgattgaagcgaagcgggaggtatgtcaaatccaggaaatattgttctctgcatagaact 11686327  T
Q  221 cccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaatataataccataaactaaagttgaagcccaaattggaaccaaccttaatactgcctttgcttct 320  Q
    |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  11686326 cccttgcttggtaaagaatgtaaaaacttgagcaaagataataccataaaccaaagttgtagcccaaattggaaccaaccttagtacagcctttgcttct 11686227  T
Q  321 tccacctcactaaggctaca---------ttctttggatccctttggtgttaccaatgctttgttgaggaagctgcaaatgtagaaaatacaagccaagt 411  Q
    ||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||    
T  11686226 tccacctcactaaggctacaagtttcatcttctttggatccctttggtgttagcaatgccttgttaaggaagctgcgaatgtagaaattacaagctaagt 11686127  T
Q  412 caaaat 417  Q
    ||||||    
T  11686126 caaaat 11686121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 12 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 11708894 - 11708480
Alignment:
Q  12 aatactactgtgaatatagatagaaaaattccggtgccaattctttgaagcattgtgatacctgaggttttaccggttatagctcttgctagtggcacaa 111  Q
    ||||||||  ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || |||||| |||||||||||||||| |    
T  11708894 aatactaccatgaatattgatataaaaattccagtgccaattctttgaagcattgtgatacctgagggctttccagttataactcttgctagtggcacga 11708795  T
Q  112 atatgcggtcgtagattgcgctgaagacaacaattgcaacaccgtttattgtttgaagagaagcaggaggtatgtcgaaaccaggaaatattgttctctc 211  Q
    ||||| | || ||||| | || ||||| |||||||||||  |  |||||||||||||| ||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  11708794 atatgtgctcatagatagggcagaagagaacaattgcaagccattttattgtttgaagcgaagagggaggtatgtcaaatccaggaaatattgttctctc 11708695  T
Q  212 caaagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaatataataccataaactaaagttgaagcccaaattggaaccaaccttaatactgcc 311  Q
    ||  ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  || |||    
T  11708694 cattgaagtcccttgcttggtgaagaatgtaaaaacttgagcaaagacaataccataaaccaaagttgaagtccaaattggaaccaaccttagaacagcc 11708595  T
Q  312 tttgcttcttccacctcactaaggctaca---------ttctttggatccctttggtgttaccaatgctttgttgaggaagctgcaaatgtagaaaatac 402  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||         ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | |||| ||||| |||    
T  11708594 tttgcttcttcaacctcactacggctacaagtttcatcttctttggatccctttggtgttaacaatgccttgttgaggaagctaccaatgaagaaattac 11708495  T
Q  403 aagccaagtcaaaat 417  Q
    |||| ||||||||||    
T  11708494 aagctaagtcaaaat 11708480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 20684 - 20283
Alignment:
Q  12 aatactactgtgaatatagatagaaaaattccggtgccaattctttgaagcattgtgatacctgaggttttaccggttatagctcttgctagtggcacaa 111  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| || || |||  |||||||||||||||||    
T  20684 aataccactgtaaatattgatatgaaaattccagtgccaattctttgaagcaatgtgatgcctgagggttttccagtgatacttcttgctagtggcacaa 20585  T
Q  112 atatgcggtcgtagattgcgctgaagacaacaattgcaacaccgtttattgtttgaagagaagcaggaggtatgtcgaaaccaggaaatattgttctctc 211  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||| ||| || |  |||  | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20584 atatacggtcgtagatagggctgaagagaactatggagacattggttatcgtttgaagagaagccggaggtatgtcgaaaccaggaaatattgttctctg 20485  T
Q  212 caaagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaatatttgagcaaatataataccataaactaaagttgaagcccaaattggaaccaaccttaatactgcc 311  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20484 catagaactcccttgcttggtgaagaatgtaaaaacttgagcaaagataataccataaaccaaagttgtagcccaaattggaaccaaccttagtactgcc 20385  T
Q  312 tttgcttcttccacctcactaaggctaca---------ttctttggatccctttggtgttaccaatgctttgttgaggaagctgcaaatgtagaaaatac 402  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||         ||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  20384 tttgcttcttcgacctcgctaagactacaagtctcatcttctttggatccctttggttttagcaatgccttgttgaggaagctgccattgttgaaaatac 20285  T
Q  403 aa 404  Q
    ||    
T  20284 aa 20283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University