View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5265_low_39 (Length: 308)

Name: NF5265_low_39
Description: NF5265
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5265_low_39
NF5265_low_39
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-299)||(35140731-35141023)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (7-293)||(6258584-6258872)
chr3 (7-294)||(13270912-13271201)
chr3 (7-258)||(6244711-6244963)
chr3 (7-219)||(6168349-6168561)
chr3 (13-300)||(6591718-6592007)
chr3 (25-219)||(6916559-6916753)
chr3 (7-219)||(6141744-6141956)
chr3 (7-219)||(6899546-6899758)
chr3 (7-193)||(7749486-7749672)
chr3 (76-167)||(6265195-6265286)
chr3 (96-299)||(6722527-6722732)
chr3 (123-167)||(6882026-6882070)
chr3 (25-164)||(5280166-5280305)
chr3 (98-159)||(5298236-5298297)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (67-162)||(6573733-6573828)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 7 - 299
Target Start/End: Original strand, 35140731 - 35141023
Alignment:
Q  7 gtaagtactatttcatcgtgcatgatcttatcaatgatttaatgacatcaatgttaggagaatttcgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatat 106  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35140731 gtaagtgctatttcatcgtgcatgatcttatcaatgatttaatgacatcaatgttaggagaatttcgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatat 35140830  T
Q  107 ccctcaaaggacatgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcaaattcataacattaaaggactaaagaatttgatg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35140831 ccctcaaaggacatgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcaaattcataacattaaaggactaaagaatttgatg 35140930  T
Q  207 gtagaagaacaagtgttggtgagaaatactttaagatatccaccaacgtgcatcagagtttgttttcaagactaaatatttgcggatgatgtc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35140931 gtagaagaacaagtgttggtgagaaatactttaagatatccaccaacgtgcatcagagtttgttttcaagactaaatatttgcggatgttgtc 35141023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 7 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 6258872 - 6258584
Alignment:
Q  7 gtaagtactatttcatcgtgcatgatcttatcaatgatttaatgacatcaatgttaggagaatttcgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatat 106  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6258872 gtaagtactatttcatcatgcatgatcttatcaatgatttagcgacatcaatgtcaggagaattctgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatat 6258773  T
Q  107 ccctcaaaggacatgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcaaattcataacattaaaggactaaagaatttgatg 206  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | |||||    
T  6258772 ccctcaaaggacacgtcacatttggtgccgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcagattcataacattaaaggactacagagtctgatg 6258673  T
Q  207 gtagaagaacaagtgt-tggtgagaaatactttaagatatccaccaacgtgcatcagagtttgttttcaagact-aaatatttgcggat 293  Q
    |||||||||||||  | ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6258672 gtagaagaacaaggatatggtgagaaacgctttaagatatccaccaatgtgcagcagagtttgttttcaagactaaaatatttgcggat 6258584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 7 - 294
Target Start/End: Original strand, 13270912 - 13271201
Alignment:
Q  7 gtaagtactatttcatcgtgcatgatcttatcaatgatttaatgacatcaatgttaggagaatttcgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatat 106  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||  ||||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13270912 gtaagtactatttcatcatgcatgatcttgtccatgatttagcgacatcaatgtcaggggaattctgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaatatat 13271011  T
Q  107 ccctcaaaggacatgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcaaattcataacattaaaggactaaagaatttgatg 206  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || | |||||    
T  13271012 ccctcaaaggacacgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcagattcataacattaaaggactacggagtctgatg 13271111  T
Q  207 gtagaagaacaagtgt-tggtgagaaatactttaagatatccaccaacgtgcatcagagtttgttttcaagacta-aatatttgcggatg 294  Q
    ||||||| |||||  | |||||| |||  |||||||||||||||||| |||||  | | ||||| |||||||||| ||||||| ||||||    
T  13271112 gtagaagcacaaggctatggtgataaacgctttaagatatccaccaatgtgcagtataatttgtattcaagactacaatatttacggatg 13271201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 7 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 6244963 - 6244711
Alignment:
Q  7 gtaagtactatttcatcgtgcatgatcttatcaatgatttaatgacatcaatgttaggagaatttcgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatat 106  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||  ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6244963 gtaagtacaatttcatcatgcatgatcttgtccatgatttagcgacatcaatgtcaggagaattctgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatat 6244864  T
Q  107 ccctcaaaggacatgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcaaattcataacattaaaggactaaagaatttgatg 206  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  || | |||||    
T  6244863 ccctcaaaggacacgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcagattcataacattaaaggagtacggagtctgatg 6244764  T
Q  207 gtagaagaacaagtgt-tggtgagaaatactttaagatatccaccaacgtgca 258  Q
    ||||||| |||||  | |||||| |||  |||||||||||||||||| |||||    
T  6244763 gtagaagcacaaggctatggtgataaacgctttaagatatccaccaatgtgca 6244711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 7 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 6168561 - 6168349
Alignment:
Q  7 gtaagtactatttcatcgtgcatgatcttatcaatgatttaatgacatcaatgttaggagaatttcgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatat 106  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||  || |||| ||  ||||||||  | |||||||||||||||||  || |||||||||||    
T  6168561 gtaagtactatttcatcatgcatgatcttgccagtgatttagcgaaatcattgacaggagaatcccacttacgaatagagggtgataacgtgcaagatat 6168462  T
Q  107 ccctcaaaggacatgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcaaattcataacattaaaggactaaagaatttgatg 206  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| ||| | |||||    
T  6168461 ccctcaaaggacacgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcagattcgtgacattaaaggactacagagtctgatg 6168362  T
Q  207 gtagaagaacaag 219  Q
    ||||||| |||||    
T  6168361 gtagaagcacaag 6168349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 300
Target Start/End: Original strand, 6591718 - 6592007
Alignment:
Q  13 actatttcatcgtgcatgatcttatcaatgatttaatgacatcaatgttaggagaatttcgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatatccctca 112  Q
    |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||   | |||| ||| |||||||||  |||||  |||||||||||  || ||||||||||||||| |    
T  6591718 actacttcatcatgcatgatcttgtcaatgatttagcaaaatcagtgtcaggagaattctgcttagaaatagagggtggcaacgtgcaagatatccctaa 6591817  T
Q  113 aaggacatgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcaaattcataacattaaaggactaaagaatttgatggtagaa 212  Q
     |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| | | | |||||||||||    
T  6591818 taggacacgtcatatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactgaagcagattcataaaattaaaggactacacagtctgatggtagaa 6591917  T
Q  213 gaacaagtgt-tggtgagaaatactttaagatatccaccaacgtgcatcagagtttgttttcaagact-aaatatttgcggatgatgtcc 300  Q
    | |||||  | |||||| |||  ||||||||||  |||||  ||||| || | ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  6591918 gcacaaggctatggtgaaaaacgctttaagataagcaccagtgtgcagcataatttgttttcaagaataaaatatttgcggatgttgtcc 6592007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 25 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 6916753 - 6916559
Alignment:
Q  25 tgcatgatcttatcaatgatttaatgacatcaatgttaggagaatttcgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatatccctcaaaggacatgtca 124  Q
    ||||||||||| |||||||||||   | |||| |||  |||||||| ||||| ||||||||| |||  || ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  6916753 tgcatgatcttgtcaatgatttagcaaaatcagtgtcgggagaattccgcttccgaatagagagtgaaaacgtgcaagatatccctaaaaggacacgtca 6916654  T
Q  125 catttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcaaattcataacattaaaggactaaagaatttgatggtagaagaacaag 219  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | | | |||||||||||| |||||    
T  6916653 tatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcagattcataaaattaaaggactacacagtctgatggtagaagcacaag 6916559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 7 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 6141956 - 6141744
Alignment:
Q  7 gtaagtactatttcatcgtgcatgatcttatcaatgatttaatgacatcaatgttaggagaatttcgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatat 106  Q
    |||||||||| ||||   ||||||||||| |||||||||||  || |||| ||  | ||||||  ||||||||||| || ||||  || |||||||||||    
T  6141956 gtaagtactacttcactatgcatgatcttgtcaatgatttagcgaaatcattgacaagagaatcccgcttacgaatcgaaggtgataacgtgcaagatat 6141857  T
Q  107 ccctcaaaggacatgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcaaattcataacattaaaggactaaagaatttgatg 206  Q
    |  | |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | |||||    
T  6141856 caatgaaaggacacgtcacatttggtgttgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcatattcataacattaaaggactacagagtctgatg 6141757  T
Q  207 gtagaagaacaag 219  Q
    ||||||| |||||    
T  6141756 gtagaagcacaag 6141744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 7 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 6899758 - 6899546
Alignment:
Q  7 gtaagtactatttcatcgtgcatgatcttatcaatgatttaatgacatcaatgttaggagaatttcgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatat 106  Q
    |||| ||||| |||||| ||||||||||| |  ||||||||  || || | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||  ||||||||||    
T  6899758 gtaaatactacttcatcatgcatgatcttgtatatgatttagcgaaattagtgtcaggagaatttcgcttaagaatagagggtgataacctgcaagatat 6899659  T
Q  107 ccctcaaaggacatgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcaaattcataacattaaaggactaaagaatttgatg 206  Q
    |||| |||||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||| |||||| | | | |||||    
T  6899658 ccctgaaaggacgcgccagatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactagagcatattcttaaaattaagggactacacagtctgatg 6899559  T
Q  207 gtagaagaacaag 219  Q
    ||||||| |||||    
T  6899558 gtagaagcacaag 6899546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 7 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 7749672 - 7749486
Alignment:
Q  7 gtaagtactatttcatcgtgcatgatcttatcaatgatttaatgacatcaatgttaggagaatttcgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatat 106  Q
    |||| ||||| |||||| || | |||||| |||||||||||   | |||| |||  ||||||||  ||||| ||||||||| ||  || |||||||| ||    
T  7749672 gtaaatactacttcatcatgaacgatcttgtcaatgatttagcaaaatcagtgtcgggagaattctgcttaagaatagaggatggtaatgtgcaagaaat 7749573  T
Q  107 ccctcaaaggacatgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcaaattcataacattaaaggact 193  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||| |||||    
T  7749572 ccctaaaaggacgcgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactagatcatattcataaaattaagggact 7749486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 76 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 6265286 - 6265195
Alignment:
Q  76 tacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatatccctcaaaggacatgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaacta 167  Q
    |||||||||||||||  ||  || ||||||| ||| |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6265286 tacgaatagagggtgataacatgaaagatatacctaaaaggacacgtcacgtatggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaacta 6265195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 96 - 299
Target Start/End: Original strand, 6722527 - 6722732
Alignment:
Q  96 gtgcaagatatccctcaaaggacatgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaactaaagcaaattcataacattaaaggactaa 195  Q
    |||||||||||| |  |||||||| || ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| |||| ||||| ||  |||  ||||||     
T  6722527 gtgcaagatatctcagaaaggacacgtaacatttggtgctgccttgatttgaaggatggtgacagaaaactagagcatattcacaaagttactggactac 6722626  T
Q  196 agaatttgatggtagaagaacaagtgt-tggtgagaaatactttaagatatccaccaacgtgcatcagagtttgttttcaagact-aaatatttgcggat 293  Q
      | | |||||||||||| ||| |  |  |||||  ||  ||||||||||  |||||| ||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6722627 gcagtctgatggtagaagcacagggctacggtgaccaacgctttaagataagcaccaatgtgcagcataatttgttttcaagactaaaatatttgcggat 6722726  T
Q  294 gatgtc 299  Q
    | ||||    
T  6722727 gctgtc 6722732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 6882070 - 6882026
Alignment:
Q  123 cacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaacta 167  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6882070 cacatttggtgctgccttgattttgaagatggtgatagaaaacta 6882026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 25 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 5280305 - 5280166
Alignment:
Q  25 tgcatgatcttatcaatgatttaatgacatcaatgttaggagaatttcgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatatccctcaaaggacatgtca 124  Q
    ||||||||||| ||| |||||||   | |||| ||| ||||||||||   ||||||||||||||||  |  ||||||||||||||| ||||  || | ||    
T  5280305 tgcatgatcttgtcattgatttagcaagatcagtgtcaggagaattttctttacgaatagagggtgatagggtgcaagatatccctgaaagagcacgcca 5280206  T
Q  125 catttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaaaa 164  Q
     ||||||||||  ||||||| | || ||||| ||||||||    
T  5280205 tatttggtgctctcttgattggaaatatggttatagaaaa 5280166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 98 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 5298297 - 5298236
Alignment:
Q  98 gcaagatatccctcaaaggacatgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgata 159  Q
    ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||  ||||| ||  ||||||||||||    
T  5298297 gcaagatattcctgaaaggacacgtcacatttggtgctctcttgaattaaaagatggtgata 5298236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 162
Target Start/End: Original strand, 6573733 - 6573828
Alignment:
Q  67 aatttcgcttacgaatagagggtgtgaaagtgcaagatatccctcaaaggacatgtcacatttggtgctgccttgatttggaagatggtgatagaa 162  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||  |  |||||||||||  || |||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  6573733 aattttgcttacaaattgagggtgatagggtgcaagatatatctgaaaggacacgtcatatttggtgctcccttggtttggaagatggtgctagaa 6573828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University