View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5268_low_5 (Length: 484)

Name: NF5268_low_5
Description: NF5268
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5268_low_5
NF5268_low_5
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (18-419)||(1857019-1857420)
chr1 (18-463)||(1868573-1869018)
chr1 (18-435)||(1815624-1816041)
chr1 (18-463)||(1842964-1843409)
chr1 (181-454)||(9170435-9170708)
chr1 (181-463)||(9218518-9218800)
chr1 (181-465)||(9118559-9118843)
chr1 (181-463)||(9200002-9200284)
chr1 (184-463)||(9155700-9155979)
chr1 (181-463)||(9161609-9161891)
chr1 (184-463)||(9229406-9229685)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 18 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 1857420 - 1857019
Alignment:
Q  18 cacctccatgacctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagca 117  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857420 cacctccttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagca 1857321  T
Q  118 agacttcttctttcctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcag 217  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857320 agacttcttctttcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgtcagcaactccacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcag 1857221  T
Q  218 ttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagc 317  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857220 ttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagc 1857121  T
Q  318 tccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagatgaatgcaga 417  Q
    ||| || || || |||||||| ||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||| || ||  |||| ||| ||||||| |||    
T  1857120 tccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtaga 1857021  T
Q  418 ta 419  Q
    ||    
T  1857020 ta 1857019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 18 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 1869018 - 1868573
Alignment:
Q  18 cacctccatgacctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagca 117  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||    
T  1869018 cacctccttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaatacattatcttttttcaatcaagatagtaaatgcattgca 1868919  T
Q  118 agacttcttctttcctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcag 217  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1868918 agacttcttctttcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgtcagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcag 1868819  T
Q  218 ttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagc 317  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1868818 ttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagc 1868719  T
Q  318 tccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagatgaatgcaga 417  Q
    ||| || || || |||||||| ||||   |   ||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||| || || ||||| ||| ||||||| |||    
T  1868718 tccaaaatccgatactttggcggtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtaga 1868619  T
Q  418 tacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgttt 463  Q
    || || |||||| |||||  |||||| |||||| | ||||| ||||    
T  1868618 tatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttt 1868573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 18 - 435
Target Start/End: Original strand, 1815624 - 1816041
Alignment:
Q  18 cacctccatgacctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagca 117  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  1815624 cacctccatgatcacttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaacacattatcctttttcaagcaagataaaaagtgcgtagca 1815723  T
Q  118 agacttcttctttcctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcag 217  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  1815724 agacttcttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcagctccacaagaactactccaaagctatatacatcacttttctcag 1815823  T
Q  218 ttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||    
T  1815824 ttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgc 1815923  T
Q  318 tccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagatgaatgcaga 417  Q
    ||| || || || ||||| || ||||   |  |||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||    
T  1815924 tccaaaatctgacactttagcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatgcaga 1816023  T
Q  418 tacgataaagctccagct 435  Q
    || || | ||||||||||    
T  1816024 tatgacagagctccagct 1816041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 18 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 1843409 - 1842964
Alignment:
Q  18 cacctccatgacctcttgtttgttttcttcattccacataccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagca 117  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||| ||| |||    
T  1843409 cacctccttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaacacattatcttttttcaatcaagatagtaaattcattgca 1843310  T
Q  118 agacttcttctttcctccggcctaccaaaacaaaaaggcttctcccccgtcagcaactccacgagaactactccaaagctatagacatcacttttttcag 217  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1843309 agacttcttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcag 1843210  T
Q  218 ttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagc 317  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1843209 ttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaattggaaccaatcttgaagc 1843110  T
Q  318 tccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagatgaatgcaga 417  Q
    ||| || || || |||||||| ||||   |   ||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| |||    
T  1843109 tccaaaatctgatactttggctgtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggattattggtattgaggcatatgaatgtaga 1843010  T
Q  418 tacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgttt 463  Q
    || || |||| | |||||  |||||| |||||| | ||||| ||||    
T  1843009 tatgacaaagtttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttt 1842964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 181 - 454
Target Start/End: Original strand, 9170435 - 9170708
Alignment:
Q  181 agaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtgg 280  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |    
T  9170435 agaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaatttatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttg 9170534  T
Q  281 ctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatc 380  Q
    |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170535 ctatctctgtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatc 9170634  T
Q  381 tctatggataattggaattgatgcagatgaatgcagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatcctta 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170635 tctatggataattggaattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatcctta 9170708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 181 - 463
Target Start/End: Original strand, 9218518 - 9218800
Alignment:
Q  181 agaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtgg 280  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |    
T  9218518 agaactactccaaagctatacacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgtcg 9218617  T
Q  281 ctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatc 380  Q
    |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218618 ctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatc 9218717  T
Q  381 tctatggataattggaattgatgcagatgaatgcagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgttt 463  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9218718 tctatggataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttt 9218800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 181 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 9118843 - 9118559
Alignment:
Q  181 agaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtgg 280  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    |||||||| |||||||| |||||||| ||||  |||||||| |||| ||| |    
T  9118843 agaactactccaaagctataaacatcacttttctcggttaattgatgcgtttgcatgtactctgggtctaagtatccaagtgttccttgtaccactgttg 9118744  T
Q  281 ctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatc 380  Q
    |||  || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9118743 ctatctcggtttgatcaagtggaaccaatttggaagctccgaaatcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatc 9118644  T
Q  381 tctatggataattggaattgatgcagatgaatgcagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcc 465  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9118643 tctatggataattggaaatgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcc 9118559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 181 - 463
Target Start/End: Original strand, 9200002 - 9200284
Alignment:
Q  181 agaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtgg 280  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||   ||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |    
T  9200002 agaaccactccaaagctataaacatcacttttctcggttagttgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttg 9200101  T
Q  281 ctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatc 380  Q
    |||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9200102 ctatctctgtttgatcaagtggaaccaatctggaagctccaaagtcagaaacttttgcggtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatc 9200201  T
Q  381 tctatggataattggaattgatgcagatgaatgcagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgttt 463  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  9200202 tctgtggataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagctccagctgtctccgctgctatccttaaacgtgttt 9200284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 184 - 463
Target Start/End: Original strand, 9155700 - 9155979
Alignment:
Q  184 actactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggcta 283  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  9155700 actactccaaagctatagacatcacttttctcggttaattgatgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgaaccattgttgcta 9155799  T
Q  284 cttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctct 383  Q
      || ||||||||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  9155800 tctcggtttgatcaagtggaactaacctcgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctct 9155899  T
Q  384 atggataattggaattgatgcagatgaatgcagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgttt 463  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  9155900 atggataatcggtattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgggttt 9155979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 181 - 463
Target Start/End: Original strand, 9161609 - 9161891
Alignment:
Q  181 agaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtgg 280  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||| |||   ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |    
T  9161609 agaactacaccaaagctataaacatcacttttctctgttagttgatgtgtttgcatatactccggatctaagtaaccaagagttccttgtaccattgttg 9161708  T
Q  281 ctacttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatc 380  Q
    |||  || |||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9161709 ctatctcggtttgatcaagtggaaccaacctcgaagctccaaaatcagaaacttttgcattgtaattgtcatctaagagaatgttggtactcttaacatc 9161808  T
Q  381 tctatggataattggaattgatgcagatgaatgcagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgttt 463  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  9161809 tctatggataataggtattgatgcagatgaatgtaaatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgtgttt 9161891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 184 - 463
Target Start/End: Original strand, 9229406 - 9229685
Alignment:
Q  184 actactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattggcttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggcta 283  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||| || |||| ||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||  |||||||    
T  9229406 actaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatctaaatagccaagagttccttgtaccacagtggcta 9229505  T
Q  284 cttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctct 383  Q
        ||| |||||||||||||||||||||||||| || || || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  9229506 tcatagtatgatcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctct 9229605  T
Q  384 atggataattggaattgatgcagatgaatgcagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgttt 463  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | || ||||||||||||| ||| ||||    
T  9229606 atggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttt 9229685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University