View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5280_high_2 (Length: 782)

Name: NF5280_high_2
Description: NF5280
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5280_high_2
NF5280_high_2
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (1-782)||(37704669-37705450)
chr5 (37-239)||(37437914-37438116)
chr5 (633-769)||(37699207-37699349)
chr5 (693-769)||(37437747-37437823)
chr5 (39-146)||(37700646-37700753)
chr5 (365-507)||(34599459-34599603)
chr5 (365-513)||(2143247-2143394)
chr5 (262-485)||(13953394-13953616)
chr5 (258-335)||(1629760-1629837)
chr5 (241-357)||(1629683-1629799)
chr5 (241-357)||(29532047-29532161)
chr5 (410-513)||(26325678-26325781)
chr5 (314-355)||(2143379-2143420)
chr5 (262-347)||(30384213-30384297)
chr5 (462-510)||(38458771-38458819)
chr5 (260-347)||(37704830-37704917)
chr5 (293-356)||(41232901-41232964)
chr5 (533-575)||(30384256-30384298)
chr5 (432-492)||(29531914-29531975)
chr5 (749-778)||(37698835-37698864)
chr5 (261-357)||(38458805-38458899)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (262-498)||(4558769-4559007)
chr2 (243-494)||(8198509-8198759)
chr2 (243-494)||(8203269-8203519)
chr2 (243-326)||(45385838-45385921)
chr2 (243-357)||(4923428-4923542)
chr2 (155-222)||(8265959-8266027)
chr2 (262-357)||(42053964-42054059)
chr2 (417-498)||(6739472-6739554)
chr2 (262-351)||(3289442-3289531)
chr2 (453-513)||(42054042-42054102)
chr2 (245-311)||(4558680-4558745)
chr2 (432-485)||(4923553-4923607)
chr2 (262-320)||(8198419-8198477)
chr2 (262-320)||(8203179-8203237)
chr2 (241-316)||(32546464-32546538)
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (256-498)||(16419591-16419837)
chr6 (370-497)||(196111-196238)
chr6 (243-354)||(12458392-12458504)
chr6 (262-400)||(33547750-33547889)
chr6 (365-513)||(17411121-17411270)
chr6 (371-495)||(28477384-28477509)
chr6 (371-495)||(29789836-29789961)
chr6 (324-513)||(7004200-7004390)
chr6 (531-573)||(17411089-17411131)
chr6 (261-357)||(10544282-10544376)
chr6 (383-479)||(32548138-32548235)
chr6 (293-349)||(7202300-7202356)
chr6 (409-492)||(33547849-33547933)
chr6 (365-470)||(7202313-7202419)
chr6 (417-490)||(10544136-10544210)
chr6 (371-471)||(29693282-29693383)
chr6 (260-357)||(31314513-31314609)
chr6 (531-574)||(196244-196287)
chr6 (388-482)||(9405267-9405362)
chr6 (262-335)||(196063-196135)
chr6 (316-357)||(33547744-33547785)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (243-513)||(41331168-41331439)
chr7 (243-498)||(18128375-18128632)
chr7 (261-354)||(30551947-30552040)
chr7 (261-354)||(6589558-6589651)
chr7 (258-337)||(12422044-12422123)
chr7 (241-348)||(32804629-32804736)
chr7 (262-350)||(1532197-1532285)
chr7 (251-439)||(20389633-20389822)
chr7 (262-357)||(28003341-28003434)
chr7 (412-498)||(48447315-48447402)
chr7 (262-355)||(5755594-5755685)
chr7 (409-498)||(12264801-12264890)
chr7 (419-498)||(12422262-12422342)
chr7 (241-345)||(12422352-12422455)
chr7 (241-441)||(21920965-21921164)
chr7 (447-498)||(28002279-28002330)
chr7 (276-341)||(32918529-32918595)
chr7 (293-354)||(1532441-1532501)
chr7 (261-337)||(6586862-6586938)
chr7 (452-492)||(32857850-32857890)
chr7 (155-190)||(21595127-21595162)
chr7 (263-342)||(48447283-48447362)
chr7 (536-574)||(12422352-12422390)
chr7 (299-356)||(5762696-5762753)
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (47-220)||(16840622-16840796)
chr4 (382-513)||(22519386-22519518)
chr4 (633-769)||(16840857-16841003)
chr4 (262-513)||(31095124-31095377)
chr4 (243-357)||(22519807-22519921)
chr4 (262-351)||(48194394-48194483)
chr4 (383-513)||(49291205-49291335)
chr4 (243-335)||(33617920-33618010)
chr4 (262-498)||(20141745-20141983)
chr4 (262-350)||(22889586-22889674)
chr4 (262-350)||(22941250-22941338)
chr4 (533-573)||(31095092-31095132)
chr4 (262-337)||(53769786-53769861)
chr4 (241-347)||(2323266-2323372)
chr4 (256-330)||(42676809-42676883)
chr4 (448-513)||(51580077-51580140)
chr4 (264-347)||(34013780-34013861)
chr4 (267-342)||(22519373-22519448)
chr4 (261-356)||(34717567-34717660)
chr4 (306-357)||(40070309-40070360)
chr4 (293-347)||(31095078-31095131)
chr4 (456-498)||(53769786-53769828)
chr4 (316-357)||(22519313-22519354)
chr4 (293-354)||(48194179-48194239)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (241-379)||(3866-4003)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (262-348)||(2277209-2277295)
chr8 (261-341)||(27532989-27533069)
chr8 (278-357)||(37064689-37064768)
chr8 (243-345)||(15907689-15907790)
chr8 (243-357)||(15907944-15908058)
chr8 (261-513)||(2510015-2510263)
chr8 (243-325)||(12807666-12807748)
chr8 (383-513)||(3806871-3807000)
chr8 (528-573)||(18080600-18080645)
chr8 (258-354)||(32566875-32566969)
chr8 (260-348)||(2967707-2967794)
chr8 (262-357)||(3806998-3807091)
chr8 (366-498)||(12189869-12190002)
chr8 (366-498)||(12434297-12434430)
chr8 (278-348)||(45445141-45445210)
chr8 (239-331)||(41123-41216)
chr8 (448-512)||(8453098-8453163)
chr8 (290-335)||(32566724-32566769)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (262-498)||(363615-363853)
chr1 (263-498)||(47726457-47726693)
chr1 (263-498)||(47747763-47747999)
chr1 (261-354)||(16554303-16554396)
chr1 (367-497)||(29954870-29955000)
chr1 (262-351)||(18470189-18470279)
chr1 (262-357)||(802251-802346)
chr1 (243-350)||(12656368-12656474)
chr1 (262-348)||(16026108-16026194)
chr1 (241-437)||(11016877-11017075)
chr1 (432-498)||(26706207-26706274)
chr1 (262-357)||(46530163-46530258)
chr1 (293-350)||(48130213-48130268)
chr1 (256-345)||(48130428-48130516)
chr1 (243-342)||(363806-363906)
chr1 (278-357)||(26706353-26706432)
chr1 (243-345)||(46530411-46530517)
chr1 (155-221)||(2125101-2125168)
chr1 (452-498)||(18470384-18470430)
chr1 (293-354)||(16026346-16026406)
chr1 (293-350)||(18470439-18470495)
chr1 (365-513)||(47600499-47600648)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (266-501)||(30534432-30534666)
chr3 (262-498)||(51265744-51265984)
chr3 (293-450)||(44291025-44291182)
chr3 (261-357)||(44291413-44291509)
chr3 (243-347)||(48200367-48200471)
chr3 (293-354)||(51265679-51265739)
chr3 (531-574)||(44291420-44291463)
chr3 (432-498)||(50898882-50898948)
chr3 (243-344)||(1662257-1662357)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 673; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 673; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 37705450 - 37704669
Alignment:
Q  1 aagtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  37705450 aagtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaacccacgagttgagtatcgatatccg 37705351  T
Q  101 atgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtt 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705350 atggcatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaagaaattataaatttaaagaaatttttgtagtt 37705251  T
Q  201 tagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  37705250 tagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattggtcatttaagat 37705151  T
Q  301 ttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705150 ttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaatttttttcgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaa 37705051  T
Q  401 gaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttaca 500  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37705050 caaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttacgaaaaatacttaca 37704951  T
Q  501 taactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatacgnnnnnnnnnnnnnnnnccgatttgt 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||                |||||||||    
T  37704950 taactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgcaagtgatacgaaaaaatcttaaaaaaccgatttgt 37704851  T
Q  601 tataattaaataacttaaaagtatcgtaatttgctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgttattttc 700  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704850 tataattaaataacttaaaagtctcgtaatttgctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgttattttc 37704751  T
Q  701 ttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaat 782  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704750 ttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaat 37704669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 37 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 37438116 - 37437914
Alignment:
Q  37 tccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaat 136  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||||| |    
T  37438116 tccatgatgaaccgcttataaaggtggtttacagtagaactcaatagtagagtatcgatatcatatgacacttaatactttttctttttatatgctcagt 37438017  T
Q  137 gcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaat 236  Q
    |||||||||| |||||| ||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   |||||||||    
T  37438016 gcattttcttatgtgctataataagctttgaggaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatagaaaaaaaaaacacataaaat 37437917  T
Q  237 aaa 239  Q
    |||    
T  37437916 aaa 37437914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 633 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 37699349 - 37699207
Alignment:
Q  633 gctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgtt------attttcttcatttcaggtgtatttttaagcac 726  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||      ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  37699349 gctctttaaagtctgttcagttgaagaagtctaagtctccgttgctaaatacaattaatgttgttattattttcttcattttaggtgtatttttaagcaa 37699250  T
Q  727 attactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttat 769  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37699249 attactcattctgattgctacttaaatgaatttgttatcttat 37699207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 693 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 37437823 - 37437747
Alignment:
Q  693 ttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttat 769  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37437823 ttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcaaattactcattctgattgctacttaaatgaatttgttatcttat 37437747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 39 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 37700753 - 37700646
Alignment:
Q  39 catgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgc 138  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||  |||||||||||| |||||| |||    
T  37700753 catgatgaaccacttataaaagtggtctacggtagaactcacgagtagagtatcaatatccgatgacacttaatatgttttctttttatgtgctcagtgc 37700654  T
Q  139 attttctt 146  Q
    ||||||||    
T  37700653 attttctt 37700646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 365 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 34599603 - 34599459
Alignment:
Q  365 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaa 462  Q
    ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  34599603 cgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctggacctaaaagttacaattaaa 34599504  T
Q  463 taacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaa 507  Q
     |||||||| ||| ||||  ||| |||||||||||| ||||||||    
T  34599503 caacttaaaggacttaagcattaagaaaaatacttaaataactaa 34599459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 365 - 513
Target Start/End: Original strand, 2143247 - 2143394
Alignment:
Q  365 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 463  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||  || || ||  ||||||| | ||||||||  || |||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  2143247 cgtactaattaggtcctttaagttatttaact--aacaatttaggggattttatatcttaaacatgtaagttattcggggcctcaaagtttcaattaaat 2143344  T
Q  464 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 513  Q
    ||||||||  |||||| ||||| |||||||||| | |  |||||||||||    
T  2143345 aacttaaaaaacctaaatgttacgaaaaatactgaaaggactaacttgtt 2143394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 262 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 13953616 - 13953394
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnn 361  Q
    |||||||| |||| || ||| |||||| |  |||||||||||| | |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||        
T  13953616 tttaagttgtttaattataataaattggttttttaagtttttt-cataccgcttaagtcatttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagttt 13953518  T
Q  362 nnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaatta 460  Q
       ||||||||||| ||| | |||| |||||||  |||| || || |||||||||||| | ||||| || |||||||||  || |  ||||||||| |||    
T  13953517 ttccgtaccaattacgtcttttaagttatttaatcgtaaaaatttaagggatttcaga-cctaaaaatgtaagttattcaaggtctaaaagttacagtta 13953419  T
Q  461 aataacttaaacgacctaagtgtta 485  Q
    ||||| ||||| ||| ||| |||||    
T  13953418 aataatttaaaggacttaaatgtta 13953394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 258 - 335
Target Start/End: Original strand, 1629760 - 1629837
Alignment:
Q  258 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 335  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| |||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| ||||    
T  1629760 gtcttttaagttaattaattgtaacaaatcgatcctttaagttttttccgtagcaattaagtcctttaagttatttaa 1629837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 241 - 357
Target Start/End: Original strand, 1629683 - 1629799
Alignment:
Q  241 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 340  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||   ||||  |||| | ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  1629683 gttaaattacaccaaaagtcctttaagttatttaattgtaataaattcgttctttaaaaattttctgtacaaattaggtcttttaagttaattaattgta 1629782  T
Q  341 acaagttggtcctttaa 357  Q
    |||| | | ||||||||    
T  1629783 acaaatcgatcctttaa 1629799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 241 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 29532161 - 29532047
Alignment:
Q  241 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 340  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||||| | ||||| |||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||| | ||    
T  29532161 gttaaattacatcatatgtcttt-aagttattcaattgtaacaaattgaacctttaaatttttt-cgtatcacttagcttctttatgttaattaactgta 29532064  T
Q  341 acaagttggtcctttaa 357  Q
    | ||||||||| |||||    
T  29532063 aaaagttggtcatttaa 29532047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 410 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 26325781 - 26325678
Alignment:
Q  410 ggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaact 509  Q
    |||||||| || |||||| |  ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||||  | ||||||||| || |||||||    
T  26325781 ggatttcaaatattaaaaatataagttattcaggatctaaagttataattaaataatttaaaggatttaagtgttacaataaatacttaaatgactaact 26325682  T
Q  510 tgtt 513  Q
    ||||    
T  26325681 tgtt 26325678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 314 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 2143420 - 2143379
Alignment:
Q  314 ttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 355  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2143420 ttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttagtccttt 2143379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 262 - 347
Target Start/End: Original strand, 30384213 - 30384297
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 347  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| ||||  ||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  30384213 tttaagttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagtttttt-cgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaacaagtt 30384297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 462 - 510
Target Start/End: Original strand, 38458771 - 38458819
Alignment:
Q  462 ataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaactt 510  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  38458771 ataacttaaaggacccaagtgttatgaaaaatacttaaatgactaactt 38458819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 260 - 347
Target Start/End: Original strand, 37704830 - 37704917
Alignment:
Q  260 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 347  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||| | |  |||||| ||||| |||| |||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37704830 cttttaagttatttaattataacaaatcggttttttaagattttttcgtatcacttgcgtcatttaagttatttaattataacaagtt 37704917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 293 - 356
Target Start/End: Original strand, 41232901 - 41232964
Alignment:
Q  293 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 356  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  41232901 tttaagtttttttgataccacttagatcctttaagtcaattaattgtaataagttggtctttta 41232964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 533 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 30384298 - 30384256
Alignment:
Q  533 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatacg 575  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  30384298 taacttgttacaattaaataacttaaaagacgtaagtaatacg 30384256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 432 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 29531975 - 29531914
Alignment:
Q  432 aagttattcgggacctaaag-ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 492  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||| || || ||||||    
T  29531975 aagttattcgggacctaaaaattacaattaaataacttaaatgacgtaaatgatacgaaaaa 29531914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 749 - 778
Target Start/End: Complemental strand, 37698864 - 37698835
Alignment:
Q  749 taaatgaatttgttatcttatcacaacttg 778  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37698864 taaatgaatttgttatcttatcacaacttg 37698835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 38458899 - 38458805
Alignment:
Q  261 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 357  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||||||||| |||||||||||  || ||||||||| || ||| ||| ||||| ||| |||||    
T  38458899 ttttaagttatttaattgtaataaattagt--tttaagtttttttcgtaccacttatatcttttaagttattttattgtaataagttagtcatttaa 38458805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 95; Significance: 5e-46; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 262 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 4559007 - 4558769
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacg-taccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 360  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||       
T  4559007 tttaagttatttaattgtaataaattgatc-tttaagttttttttggtacaacttaggtactttatgttaattaattgtaacaagttgttcctttaagtt 4558909  T
Q  361 nnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 458  Q
        | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  | |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||||||    
T  4558908 ttgtctgtaccaattaggtcctttaagctatttaaccgtaactatttgaggtattttagatcttaaaaatgcaagttattcatggcctaaaagttacaat 4558809  T
Q  459 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  4558808 taaataaattaaaagacctaagtgttacgaaaaatactta 4558769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 243 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 8198759 - 8198509
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 342  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8198759 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8198661  T
Q  343 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 441  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8198660 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8198561  T
Q  442 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 494  Q
    |  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8198560 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8198509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 243 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 8203519 - 8203269
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 342  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8203519 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8203421  T
Q  343 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 441  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8203420 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8203321  T
Q  442 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 494  Q
    |  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8203320 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8203269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 243 - 326
Target Start/End: Original strand, 45385838 - 45385921
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaa 326  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||  | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  45385838 taaattacaccataggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaagtttttttcgtaccacttacgtcctttaa 45385921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 243 - 357
Target Start/End: Original strand, 4923428 - 4923542
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 342  Q
    |||||||||||  | |||| ||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||  |||| |||||| |||| |||     
T  4923428 taaattacaccggatgtctcttaagttttttaattataataaattgatcatttatgttttttccgtaccatttaggttttttacgttaataaattgtaat 4923527  T
Q  343 aagttggtcctttaa 357  Q
    |||||  ||||||||    
T  4923528 aagttaatcctttaa 4923542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 222
Target Start/End: Original strand, 8265959 - 8266027
Alignment:
Q  155 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatt-tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaa 222  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  8265959 taacaaaatttgagaaaattataaatttaaagaaattgtatgtagttaagttaagaatcatacgaaaaa 8266027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 262 - 357
Target Start/End: Original strand, 42053964 - 42054059
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 357  Q
    |||||||||||||||| ||| || || ||| |||||||||| |   || ||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||    
T  42053964 tttaagttatttagttataataagttaatcctttaagttttgtttatatcacttaggttctttaagttgtttaattttaacaagttagtcctttaa 42054059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 417 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 6739554 - 6739472
Alignment:
Q  417 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagtt-acaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    ||||||||||| || |||||||| | | | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||    
T  6739554 agatcttaaaaatgtaagttattagaggcttaaagtttacaattaaataacttaaatgacctaaatgttacaaaaaatactta 6739472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 262 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 3289531 - 3289442
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 351  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  ||| ||||||  || ||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  3289531 tttaaattatttaattgtaataaattggtcttttaagttttttttgtatcacttaaatcttttaattgaattaattgtaacaagttggtc 3289442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 453 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 42054102 - 42054042
Alignment:
Q  453 tacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 513  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||| |  |||||||||||    
T  42054102 tacaattaaataacttaaagaacctaagtgataggaaaaatacttaaaggactaacttgtt 42054042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 245 - 311
Target Start/End: Original strand, 4558680 - 4558745
Alignment:
Q  245 aattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtacc 311  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||| ||||||    
T  4558680 aattacacgataattctcttaagttatttaattgtaataaattggtc-tttaagtttttttcgtacc 4558745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 432 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 4923607 - 4923553
Alignment:
Q  432 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgtta 485  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  4923607 aagttattcggaacctaaaagttgcaattaaataacttaaagtacctaagtgtta 4923553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 262 - 320
Target Start/End: Original strand, 8198419 - 8198477
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 320  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8198419 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8198477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 262 - 320
Target Start/End: Original strand, 8203179 - 8203237
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 320  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8203179 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8203237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 241 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 32546538 - 32546464
Alignment:
Q  241 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtt-ttttacgtaccactta 316  Q
    |||||||||||||| | ||  |||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32546538 gttaaattacaccagaggt--tttaagttttttaatcgtaataaattgatcatttaagttatttttcgtaccactta 32546464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 88; Significance: 7e-42; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 256 - 498
Target Start/End: Original strand, 16419591 - 16419837
Alignment:
Q  256 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac---gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcc 352  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||     |||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  16419591 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaattgatcattgaagtattttcttttgtaccaattagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggtca 16419690  T
Q  353 tttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-g 451  Q
    |||||       |||||||||| | |||| |||| |||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||| |||||| |    
T  16419691 tttaagttttttcgtaccaatttgatcctttaagttatttaaccgtaacaatttgagggattttagatcttagaaatgtaagttatttggggcctaaaag 16419790  T
Q  452 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  16419791 tttcaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgacaaatactta 16419837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 370 - 497
Target Start/End: Original strand, 196111 - 196238
Alignment:
Q  370 caattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactt 468  Q
    |||||||||||| |||| || ||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||| || ||||||||| || | | |||||||||||||||||||||    
T  196111 caattaggtcctttaagttacttaaccgtaacaatttgaggtatttcatatcttaaaaatgtaagttattcagggcttaaaagttacaattaaataactt 196210  T
Q  469 aaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 497  Q
    ||| ||||||||||||  |||| ||||||    
T  196211 aaa-gacctaagtgtttcgaaatatactt 196238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 243 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 12458504 - 12458392
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 341  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| || ||| |  |||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  12458504 taaattacactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaatttggtactttaagttttttcccgtacttcttaggtcctttaagttaataaattaaaa 12458405  T
Q  342 caagttggtcctt 354  Q
    |||||||||||||    
T  12458404 caagttggtcctt 12458392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 262 - 400
Target Start/End: Original strand, 33547750 - 33547889
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttt-tttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 360  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||       
T  33547750 tttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaagtttatttttgttccacttatgtcctttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagtt 33547849  T
Q  361 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaa 400  Q
        | ||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  33547850 ttttcataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaa 33547889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 365 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 17411270 - 17411121
Alignment:
Q  365 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgg-gacctaaagttacaattaaat 463  Q
    ||||||||||| || || |||| |||||||  |||| || ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||  || |||||||||||||    
T  17411270 cgtaccaattatgtactttaagttatttaatcgtaataatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcggagactaaacgttacaattaaat 17411171  T
Q  464 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 513  Q
    |||| ||| ||| || || ||| |||||||| ||| |  |||||||||||    
T  17411170 aactcaaaagacttatgtattacgaaaaatatttaaaagactaacttgtt 17411121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 371 - 495
Target Start/End: Original strand, 28477384 - 28477509
Alignment:
Q  371 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 469  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  28477384 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 28477483  T
Q  470 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 495  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  28477484 aagaacctaactgttatgaaaaatac 28477509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 371 - 495
Target Start/End: Original strand, 29789836 - 29789961
Alignment:
Q  371 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 469  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  29789836 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaattgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 29789935  T
Q  470 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 495  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  29789936 aagaacctaactgttatgaaaaatac 29789961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 324 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 7004390 - 7004200
Alignment:
Q  324 taagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatct 422  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||        | ||||||||||||| || |||| |||||||| |||| || |||||  |||| ||||||    
T  7004390 taagtttattaattataacaagttgatcctttatgttttctctgtaccaattaggttctttaagttatttaaccgtaacaatttgagaaattttagatct 7004291  T
Q  423 taaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 513  Q
    ||||| |  ||||||||| ||   |||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||  ||||||||||| |  |||||||||||    
T  7004290 taaaagtataagttattcagggtttaaatgttgcaattaaataacttaaa-gacataagtgatacaaaaaatacttaaaggactaacttgtt 7004200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 531 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 17411131 - 17411089
Alignment:
Q  531 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 573  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17411131 actaacttgttacaattaaataacttaaatgacgtaagtgata 17411089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 261 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 10544376 - 10544282
Alignment:
Q  261 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 357  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||   |||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  10544376 ttttaagttatttatctgtaacaaattgac--tttaagtttttttcgtactagttagatccattaagttaattaattataataagttgatcatttaa 10544282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 383 - 479
Target Start/End: Original strand, 32548138 - 32548235
Alignment:
Q  383 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaa 479  Q
    |||| |||||||| |||| || ||| || |||| | ||||||||| || ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32548138 taagttatttaaccgtaacaatttgcggtattttaaatcttaaaaatgtaagctattcgggatctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaa 32548235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 293 - 349
Target Start/End: Original strand, 7202300 - 7202356
Alignment:
Q  293 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 349  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  7202300 tttaagtttttttcgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgg 7202356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 409 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 33547933 - 33547849
Alignment:
Q  409 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 492  Q
    ||||||||||| ||||||| |  ||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  33547933 gggatttcagaccttaaaaatttaagttattcgaaacttaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaaatggtatgaaaaa 33547849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 365 - 470
Target Start/End: Original strand, 7202313 - 7202419
Alignment:
Q  365 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaat 463  Q
    ||||||| ||||||||| || | || |||| ||||| |  ||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  7202313 cgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgggagattttagatcttaaaaatttaagttattcggggcctaaaagttacaattaaat 7202412  T
Q  464 aacttaa 470  Q
    |||||||    
T  7202413 aacttaa 7202419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 417 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 10544210 - 10544136
Alignment:
Q  417 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaa 490  Q
    ||||||||||| || || ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  10544210 agatcttaaaaatgtaaattattcaagacctaaaagttacaattaactaacttaaatgacctaagtgttacgaaa 10544136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 371 - 471
Target Start/End: Original strand, 29693282 - 29693383
Alignment:
Q  371 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 469  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||    
T  29693282 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggtcctaaaagttacgattaaataattta 29693381  T
Q  470 aa 471  Q
    ||    
T  29693382 aa 29693383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 260 - 357
Target Start/End: Original strand, 31314513 - 31314609
Alignment:
Q  260 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 357  Q
    ||||| ||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||    
T  31314513 cttttgagttatttaattataacaagttgatcatttaagttttttcagtatcacttatgt-ttttaagttatttaattataacaaattagtcatttaa 31314609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 531 - 574
Target Start/End: Original strand, 196244 - 196287
Alignment:
Q  531 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 574  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196244 actaaattattacaattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 196287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 388 - 482
Target Start/End: Original strand, 9405267 - 9405362
Alignment:
Q  388 tatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 482  Q
    |||||||| |||| || |||||| |||||||||||||||| |   |||||||||| |  || || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  9405267 tatttaaccgtaacaatttgaggaatttcagatcttaaaaattttagttattcggcatttataaattacaattaaataacttaaaggatctaagtg 9405362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 262 - 335
Target Start/End: Original strand, 196063 - 196135
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 335  Q
    ||||| ||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  196063 tttaaattaattaattgtaacaaattgat-atttaagttttttcagtatcaattaggtcctttaagttacttaa 196135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 316 - 357
Target Start/End: Original strand, 33547744 - 33547785
Alignment:
Q  316 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 357  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  33547744 aggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaa 33547785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 84; Significance: 2e-39; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 243 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 41331439 - 41331168
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 342  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  41331439 taaattatatcataagtcatttaagttatttaattgtaataaattgatcatttaagtttttctcgtaccacctagctcatttaagttaataaattataac 41331340  T
Q  343 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 441  Q
    |||||||| ||||||         |||||||| ||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||||||  ||||| ||||| |  ||||||||||    
T  41331339 aagttggttctttaagtttttcatgtaccaatgaggtcatttaagttatttaaccgtaacaattttggggattctagatcctaaaaattgaagttattcg 41331240  T
Q  442 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 513  Q
      |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||    
T  41331239 atacctaaaagttataattaaataacttaaa-gacctaagtgctatgaaaaatatttaaactactaacttgtt 41331168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 243 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 18128632 - 18128375
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcattt-aagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 341  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||  ||||| |||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18128632 taaattacaccataggtcctttaaattatttaaatgtaataaattggtccttttaagtttttt-cgtactacttaggttctttaagttaattaattgtaa 18128534  T
Q  342 caagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc 440  Q
     |||||||| ||||||        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||  ||| || |||  | |||||||||||||||| || |||||||||    
T  18128533 taagttggtgctttaattttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaaccataacaatttggcgaatttcagatcttaaaaatgtaagttattc 18128434  T
Q  441 -gggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
      ||    ||||||||||||||| || ||||| || |||||||||| ||| ||||||||    
T  18128433 aaggtttaaaagttacaattaaaaaatttaaaggatctaagtgttacgaagaatactta 18128375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 261 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 30552040 - 30551947
Alignment:
Q  261 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 354  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  30552040 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 30551947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 261 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 6589651 - 6589558
Alignment:
Q  261 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 354  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  6589651 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaataagttggtcctt 6589558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 258 - 337
Target Start/End: Original strand, 12422044 - 12422123
Alignment:
Q  258 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 337  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12422044 gtcttttaagttattaaattgtaataaattggtcatttaagtttttttcataccacttaggtcctttaagtaaattaatt 12422123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 241 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 32804736 - 32804629
Alignment:
Q  241 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 340  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||  |    
T  32804736 gttaaattacaccacaagtcttttaggatatttaattgtaataaattgatcttttaggtttttttcatacaacttaagtcatttaagttaattaattgca 32804637  T
Q  341 acaagttg 348  Q
    ||||||||    
T  32804636 acaagttg 32804629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 262 - 350
Target Start/End: Original strand, 1532197 - 1532285
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 350  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  1532197 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacattttttttgtacctcttaggtcctttaagttatttaactataacaagttggt 1532285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 251 - 439
Target Start/End: Original strand, 20389633 - 20389822
Alignment:
Q  251 accataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 349  Q
    |||||| |||||||||||||||||  ||||| ||| |  |  ||||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20389633 accataggtcttttaagttatttaaatgtaacaaagtagttctttaagttttttttcgtactacttagatgctttaagttaattaattgtaacaagttgg 20389732  T
Q  350 tcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 439  Q
    || || |        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||| || |||  | |||| ||||||||||| || ||||||||    
T  20389733 tctttaagtttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaactgtaacaatttggcgaattttagatcttaaaaatgtaagttatt 20389822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 262 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 28003434 - 28003341
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 357  Q
    ||||| ||||||| |||||| || |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  28003434 tttaaattatttaattgtaacaagttgatcgtt-aagtttttt-cgtaccaattaggtcctttaagttaattaaatgtaacaagttgatcctttaa 28003341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 412 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 48447402 - 48447315
Alignment:
Q  412 atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||  || | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  48447402 attttagatcttaaaaatgtaagttattttgggcataaaagttacaattaaataacttaaaggacctaagcgttacgaaaaatactta 48447315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 262 - 355
Target Start/End: Original strand, 5755594 - 5755685
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 355  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||  | ||||| |||||  |||||||||||  || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5755594 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt--cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 5755685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 409 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 12264890 - 12264801
Alignment:
Q  409 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    ||||||||| ||||| ||| || |||||||||  | || ||||||||| ||||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||    
T  12264890 gggatttcaaatctttaaaatgtaagttattcatggccaaaagttacacttaaataacttgaaagacctaagtggtacgaaaaatactta 12264801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 419 - 498
Target Start/End: Original strand, 12422262 - 12422342
Alignment:
Q  419 atcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||  || ||||||||    
T  12422262 atcttaaaagtataagttattcgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggatttaagtgttacaaacaatactta 12422342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 241 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 12422455 - 12422352
Alignment:
Q  241 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 340  Q
    |||||||||||||  || |  ||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||| |||||| ||    
T  12422455 gttaaattacaccggaatttctttaagttatttaattgtaacaaattcatcctttaagtttttt-tgtatcacttacgtcttttaagttatttaatttta 12422357  T
Q  341 acaag 345  Q
    |||||    
T  12422356 acaag 12422352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 241 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 21921164 - 21920965
Alignment:
Q  241 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 340  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  | |||  ||||  |||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||| | ||    
T  21921164 gttaaattacatcataagtcatttaagttatttaactataactaatttgtcatttaagtttttt-tttaccacttatgt-ctttaagttaattaactgta 21921067  T
Q  341 acaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 439  Q
    |||||||| |  |||||        ||||| ||||||||||| |||| ||||||||  ||| || ||| || |||| ||| ||||||| || ||||||||    
T  21921066 acaagttgtttatttaagttttttccgtactaattaggtcctttaagttatttaaccataaaaatttggggaattttagaccttaaaaatgtaagttatt 21920967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 447 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 28002330 - 28002279
Alignment:
Q  447 taaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||    
T  28002330 taaagttacaattaaacaacttaaaggacctaagtggtatgaaaagtactta 28002279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 276 - 341
Target Start/End: Original strand, 32918529 - 32918595
Alignment:
Q  276 ttgtaagaaattgatcatttaagtttt-ttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 341  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918529 ttgtaataaattgatcttttgagttttatttcgtatcacttagctcctttaagttaattaattataa 32918595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 1532501 - 1532441
Alignment:
Q  293 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 354  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1532501 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 1532441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 261 - 337
Target Start/End: Original strand, 6586862 - 6586938
Alignment:
Q  261 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 337  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||  |||| ||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  6586862 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatctcttaaatttttttggtactacttaggtcatttaagttaatcaatt 6586938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 452 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 32857890 - 32857850
Alignment:
Q  452 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 492  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  32857890 ttacaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgaaaaa 32857850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 190
Target Start/End: Original strand, 21595127 - 21595162
Alignment:
Q  155 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaat 190  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21595127 taacaaactttgaaaaaattatgaatttaaagaaat 21595162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 263 - 342
Target Start/End: Original strand, 48447283 - 48447362
Alignment:
Q  263 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 342  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  |  ||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  48447283 ttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaagtatttttcgtaacgcttaggtcctttaagttatttaattgtaac 48447362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 536 - 574
Target Start/End: Original strand, 12422352 - 12422390
Alignment:
Q  536 cttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 574  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12422352 cttgttaaaattaaataacttaaaagacgtaagtgatac 12422390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 299 - 356
Target Start/End: Original strand, 5762696 - 5762753
Alignment:
Q  299 ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 356  Q
    |||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  5762696 ttttttccgtaccacttaggtaatatatgttaattaattgtaacaagttggttcttta 5762753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 75; Significance: 4e-34; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 47 - 220
Target Start/End: Original strand, 16840622 - 16840796
Alignment:
Q  47 accaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcga-tatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttct 145  Q
    |||| ||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  16840622 accacttataaaagtggtttactttagaactcacgagtagagtatcaaatatcttatgacacttaatactttttctttttatatgcttagtacattttct 16840721  T
Q  146 tttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaa 220  Q
    | | || | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  16840722 tatttgttataacaaactttgaataaattatagatttaaagaaatttttgtagtttagttaaaaactataaaaaa 16840796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 382 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 22519518 - 22519386
Alignment:
Q  382 ctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaag 480  Q
    ||||| |||||||| |||  || ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22519518 ctaagttatttaaccgtagcaatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttatttgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaag 22519419  T
Q  481 tgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 513  Q
    ||||| |||||||||||| |  |||||||||||    
T  22519418 tgttacgaaaaatacttaaaggactaacttgtt 22519386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 633 - 769
Target Start/End: Original strand, 16840857 - 16841003
Alignment:
Q  633 gctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgtt------attttcttcatttcaggtgtat----ttttaa 722  Q
    ||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||      ||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  16840857 gctctttaaagtatggatagttgacgaagtctaagtctccgcttctaaatacatttaatgttgttattattttcttcatttcaggtgtatatatttttaa 16840956  T
Q  723 gcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttat 769  Q
    ||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16840957 gcaaattattcattgtgattggtacttaaatgaatttgttatcttat 16841003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 262 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 31095377 - 31095124
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 360  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || | |||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||  |||| |||       
T  31095377 tttaagttatttaattgtaataaatttgtccacttaaattattttcgtaccatttaggtcttttaagttaattagttgtaacaagttaatcctataagtt 31095278  T
Q  361 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatt 459  Q
        | ||||||| ||||| | |||||||||| ||  ||  || ||   |||||||||||||||||| || |||||||||  |||||||| |||||||||    
T  31095277 ttttcctaccaataaggtcatttaagctattttaccatatcaatttttaggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcaagacctaaaagttacaatt 31095178  T
Q  460 aaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 513  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||  || |||||||| || | |||||||||    
T  31095177 aaataacttaaagaacctaagtgttacaaacaatacttaaatgattaacttgtt 31095124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 243 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 22519921 - 22519807
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 341  Q
    |||||||||||| | |||||| || ||||||| |||||| |||||| || || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22519921 taaattacaccagaggtctttaaa-ttatttaattgtaacaaattggtccttaaagtttttttccgtaccacttaggtcttttaagttaattaattataa 22519823  T
Q  342 caagttggtcctttaa 357  Q
    ||||||| ||||||||    
T  22519822 caagttgatcctttaa 22519807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 262 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 48194483 - 48194394
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 351  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  48194483 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgtttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 48194394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 383 - 513
Target Start/End: Original strand, 49291205 - 49291335
Alignment:
Q  383 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 482  Q
    |||| |||||||  |||| || || ||| |||||||||||| ||| || |||||| |||||    |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||    
T  49291205 taagttatttaatcgtaacaatttcaggaatttcagatcttcaaaatgtaagttactcgggtttaaaagttacaattaaataacttaaaagacttaaatg 49291304  T
Q  483 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 513  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  49291305 ttataaaaaatacttaaatgactaacttgtt 49291335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 243 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 33618010 - 33617920
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 335  Q
    |||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33618010 taaattacacaagaggtcatttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagttttt--cgtaccgcttaggtcctttaagttaattaa 33617920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 262 - 498
Target Start/End: Original strand, 20141745 - 20141983
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 360  Q
    ||||||||||||| |||||| || | | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |        
T  20141745 tttaagttatttaattgtaataagtaggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtctttaagttt 20141844  T
Q  361 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 458  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||  || ||| ||| |||||||    
T  20141845 tattcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaataatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattatgggcctaaaaattacaat 20141944  T
Q  459 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    |||| |||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  20141945 taaacaacttaaa-gacttaagcattacgaaaaatactta 20141983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 262 - 350
Target Start/End: Original strand, 22889586 - 22889674
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 350  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22889586 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22889674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 262 - 350
Target Start/End: Original strand, 22941250 - 22941338
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 350  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22941250 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22941338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 533 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 31095132 - 31095092
Alignment:
Q  533 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 573  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31095132 taacttgttataattaaataacttaaaggacgtaagtgata 31095092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 262 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 53769861 - 53769786
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 337  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  53769861 tttaaattatttaattgtaataaattaatcatttaagtatttttcataccacttaggtcttttaaattatttaatt 53769786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 241 - 347
Target Start/End: Original strand, 2323266 - 2323372
Alignment:
Q  241 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 340  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||   | ||||||||||||  ||||||  ||| || || ||||||||||||| ||    
T  2323266 gttaaattacatcaaaagtcctttaaattatttaattgtaacaaattagccctttaagtttttttggtaccatgtagttctttcaagttaattaattgta 2323365  T
Q  341 acaagtt 347  Q
    |||||||    
T  2323366 acaagtt 2323372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 256 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 42676883 - 42676809
Alignment:
Q  256 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 330  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||    
T  42676883 aagtcttttaagttaattaattgtaacaagttaatcctttatgtttttttcgtatcacttaggtcatttaagtta 42676809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 448 - 513
Target Start/End: Original strand, 51580077 - 51580140
Alignment:
Q  448 aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 513  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  51580077 aaagttacaattaaataacgtaaa-gacctaaatgttacgaaaaatactta-agaactaacttgtt 51580140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 264 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 34013861 - 34013780
Alignment:
Q  264 taagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 347  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  ||||| | ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  34013861 taagttatttaattgtaacaaattaatcatttaa--ttttttcatactacttaagtcctttaaattaattaaatataataagtt 34013780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 267 - 342
Target Start/End: Original strand, 22519373 - 22519448
Alignment:
Q  267 gttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 342  Q
    |||||||| |||||| || ||  || ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22519373 gttatttaattgtaacaagttagtcctttaagtatttttcgtaacacttaggtcctttaagttatttaattgtaac 22519448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 261 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 34717660 - 34717567
Alignment:
Q  261 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 356  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||    
T  34717660 ttttaagttatttaattgtaataaatttgt-atttaagtttttt-cgtatcacctaagtcttttaagttaattaattgaaacaagtttgtctttta 34717567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 306 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 40070360 - 40070309
Alignment:
Q  306 cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 357  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  40070360 cgtatcacttagatcatttaagttaattaaatataacaagttgatcctttaa 40070309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 293 - 347
Target Start/End: Original strand, 31095078 - 31095131
Alignment:
Q  293 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 347  Q
    |||||||||||| | || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31095078 tttaagtttttt-catatcacttacgtcctttaagttatttaattataacaagtt 31095131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 456 - 498
Target Start/End: Original strand, 53769786 - 53769828
Alignment:
Q  456 aattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  53769786 aattaaataatttaaaagacctaagtggtatgaaaaatactta 53769828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 316 - 357
Target Start/End: Original strand, 22519313 - 22519354
Alignment:
Q  316 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 357  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
T  22519313 aggtcctttaagttagttaattataacatgctggtcctttaa 22519354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 293 - 354
Target Start/End: Original strand, 48194179 - 48194239
Alignment:
Q  293 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 354  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  48194179 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaactgtaacaagttggtcctt 48194239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 66; Significance: 9e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 241 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 4003 - 3866
Alignment:
Q  241 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 340  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||    
T  4003 gttaaattacaccagaagtcatttatgttatttaattgtaataaattgatcatttaagttattttcctaccactgaggt-ctttaagttaattgattgta 3905  T
Q  341 acaagttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtc 379  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  3904 acaagttggtcctttaagttttttcgtaccaattaggtc 3866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 63; Significance: 6e-27; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 262 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 2277295 - 2277209
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 348  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2277295 tttaagttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttg 2277209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 261 - 341
Target Start/End: Original strand, 27532989 - 27533069
Alignment:
Q  261 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 341  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  27532989 ttttaagttatttaattgtaataaattgatcttttaagttttttatgtaccacttacgtcctttaagttatttaattataa 27533069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 278 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 37064768 - 37064689
Alignment:
Q  278 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 357  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37064768 gtaataaattaatcaattaagtttttttcgcaccacttaagtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 37064689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 243 - 345
Target Start/End: Original strand, 15907689 - 15907790
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 342  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  15907689 taaattacaccagaaatcctttaagttatttacttgtgataaattggtc-tttaagtttttttcgtaccacttatattctttaagttaattaattataac 15907787  T
Q  343 aag 345  Q
    |||    
T  15907788 aag 15907790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 243 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 15908058 - 15907944
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 342  Q
    |||||||||||| || || |||||| ||||||  ||||| |||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  15908058 taaattacaccaaaaatcctttaagatatttaactgtaataaattagttatttaagtttttttcataccacttaggttttttaggttaattaattataac 15907959  T
Q  343 aagttggtcctttaa 357  Q
    |||||| ||||||||    
T  15907958 aagttgatcctttaa 15907944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 261 - 513
Target Start/End: Original strand, 2510015 - 2510263
Alignment:
Q  261 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaag-ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaann 359  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| |  |||| | |||||| | |||||||||||||    |||||||||||||  ||||| ||| ||||||||      
T  2510015 ttttaagttatttaattgtaataaattggt--tttatgttttttttcataccacttaggtc----aagttaattaattgcaacaaattgttcctttaagt 2510108  T
Q  360 nnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg-ggacctaaagttacaat 458  Q
         ||||| |||||| |||| |||| || |||| || || || ||||| ||||||| || |||||| || |||||||||| || |  ||| ||||| |    
T  2510109 ttttccgtacaaattagatcctttaagttacttaattgcaacaatttgagagatttcatattttaaaaatgtaagttattcgtggtctaaaaattacact 2510208  T
Q  459 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 513  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||    
T  2510209 taaataacttaaaggagctaagtgttacaaaaaataattaaagaactaacttgtt 2510263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 243 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 12807748 - 12807666
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttta 325  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12807748 taaattacaccagagatcttttaagttatttaattgttataaattgattttttaaattttttacataccacttaggtccttta 12807666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 383 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 3807000 - 3806871
Alignment:
Q  383 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 482  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||  |||||| ||||||||| || |||||| || || |  ||| ||| |||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3807000 taagttatttaactgtaacaa-ttgagatatttcatatcttaaaaatgtaagttactcagggctaaaaattataattaaataattaaaaggacctaagtg 3806902  T
Q  483 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 513  Q
     || |||||||||||| || |||||||||||    
T  3806901 ctacgaaaaatacttaaatgactaacttgtt 3806871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 528 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 18080645 - 18080600
Alignment:
Q  528 ataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 573  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18080645 ataactaacttattacaattaaataacttaaatgacgtaagtgata 18080600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 258 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 32566969 - 32566875
Alignment:
Q  258 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 354  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||| |  ||||| |||| | ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  32566969 gtcttttaagttattttattataagaaattgatcctttagg--ttttatgtactatttaggtcatttaagtttattaattgtaacaagctagtcctt 32566875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 260 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 2967794 - 2967707
Alignment:
Q  260 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 348  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||| |  |||||||||||| | | | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2967794 cttttaagttatttaatcctaacaaattgttt-tttaagtttttttccttctacttagatcctttaaattaattaattataacaagttg 2967707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 262 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 3807091 - 3806998
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 357  Q
    ||||| ||||||| | |||| |||||| || | |||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  3807091 tttaaattatttaatagtaacaaattggtcctctaagtttttta--tacaacttatgtcttttaagttaattaattttaacaagttagtactttaa 3806998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 366 - 498
Target Start/End: Original strand, 12189869 - 12190002
Alignment:
Q  366 gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattga-gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 463  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | || |||||||||||| |||  | ||| |||| |||  || ||||||||||||||||    
T  12189869 gtaccaattaggtcatttaagttatttaactgt-acaaattaacggaatttcagatcttgaaaacgtaagatattaggggtctaaaagttacaattaaat 12189967  T
Q  464 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    || |||||  ||||||||||||   ||||||||||    
T  12189968 aaattaaagaacctaagtgttacagaaaatactta 12190002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 366 - 498
Target Start/End: Original strand, 12434297 - 12434430
Alignment:
Q  366 gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattga-gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 463  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | || |||||||||||| |||  | ||| |||| |||  || ||||||||||||||||    
T  12434297 gtaccaattaggtcatttaagttatttaactgt-acaaattaacggaatttcagatcttgaaaacgtaagatattaggggtctaaaagttacaattaaat 12434395  T
Q  464 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    || |||||  ||||||||||||   ||||||||||    
T  12434396 aaattaaagaacctaagtgttacagaaaatactta 12434430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 278 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 45445210 - 45445141
Alignment:
Q  278 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 348  Q
    |||| |||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||    
T  45445210 gtaataaattggtcgtttaagtttttt-cgtaccaattaggtcctgtaaattatttaatcataacaagttg 45445141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 239 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 41216 - 41123
Alignment:
Q  239 atgttaaattacaccataag-tcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaa 331  Q
    ||||||||||||||||  || || ||||| ||||||| |||||| |||||  || ||||||||||||  |||||||||| ||  ||||||||||    
T  41216 atgttaaattacaccaagagatcctttaaattatttaattgtaacaaattagtcctttaagttttttgtgtaccacttatgttatttaagttaa 41123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 448 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 8453163 - 8453098
Alignment:
Q  448 aaagttacaattaaataacttaaacg-acctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgt 512  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |  |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  8453163 aaagttacaatcaaataacttaaaaggatgtaagtgttatgagaaatacttaaatgactaacttgt 8453098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 290 - 335
Target Start/End: Original strand, 32566724 - 32566769
Alignment:
Q  290 tcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 335  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  32566724 tcatttaagtttttttcgtgccacttaagtcctttaagttatttaa 32566769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 262 - 498
Target Start/End: Original strand, 363615 - 363853
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 360  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||       
T  363615 tttaagttatttaattgtaataaataggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc-tttaagtt 363713  T
Q  361 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaat 458  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||||||    
T  363714 ttttcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctgggcctaaaagttacaat 363813  T
Q  459 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    |||| |||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  363814 taaacaacttaaatgacttaagcattacgaaaaatactta 363853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 263 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 47726693 - 47726457
Alignment:
Q  263 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 362  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47726693 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47726595  T
Q  363 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatta 460  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47726594 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47726495  T
Q  461 aataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47726494 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47726457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 263 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 47747999 - 47747763
Alignment:
Q  263 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 362  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47747999 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47747901  T
Q  363 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatta 460  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47747900 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47747801  T
Q  461 aataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47747800 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47747763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 261 - 354
Target Start/End: Original strand, 16554303 - 16554396
Alignment:
Q  261 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 354  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  16554303 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaagtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 16554396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 367 - 497
Target Start/End: Original strand, 29954870 - 29955000
Alignment:
Q  367 taccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaattaaataa 465  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || |||  | |||||| ||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  29954870 taccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaataatttggagaatttcatatcttaaaaatgtaagttattctgggactaaaagttacaattaaataa 29954969  T
Q  466 cttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 497  Q
    |||||| |||||||||| || | |||||||||    
T  29954970 cttaaa-gacctaagtggtacggaaaatactt 29955000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 262 - 351
Target Start/End: Original strand, 18470189 - 18470279
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 351  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  18470189 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 18470279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 262 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 802346 - 802251
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 357  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||| || |||||  ||||| |||||||||||  |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  802346 tttaagttatttaaatgtaataaattggtcctttaaacttttttcgtaccacttatatcctttgaattaattaattgtaacaagttggtcctttaa 802251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 243 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 12656474 - 12656368
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 342  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||  ||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||||||||| |||     
T  12656474 taaattacaccgaaagtcctttaagttatttaattgtaacatattgattttttaaatttttt-cgtaccacttaaaccctttaagttaattaattgtaat 12656376  T
Q  343 aagttggt 350  Q
    ||||||||    
T  12656375 aagttggt 12656368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 262 - 348
Target Start/End: Original strand, 16026108 - 16026194
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 348  Q
    ||||||||||||| |||||| || || ||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||    
T  16026108 tttaagttatttaattgtaataagttaatcatttacatttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaataagttg 16026194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 241 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 11017075 - 11016877
Alignment:
Q  241 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcat-ttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattat 339  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||| | |||  |||||| | || |||||||||  ||||||||| |||||| |    
T  11017075 gttaaattacactatatgtcctttaagttatttaattataataaattaatcttcttattttttttgcatatcacttaggtgttttaagttatttaattgt 11016976  T
Q  340 aacaagttggtcctttaa--nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagtta 437  Q
    ||||||||| | ||||||         ||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||| ||||| | ||||||||| || ||||||    
T  11016975 aacaagttgat-ctttaagttgtttttcgttccaattaggtcctttaaactatttaaccgtaacaatttgagagatttaaaatcttaaaaatgtaagtta 11016877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 432 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 26706274 - 26706207
Alignment:
Q  432 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||    
T  26706274 aagttattcgaggcctaaaagttacaattaaataacttaaagaacctaagtgttacgaaaactactta 26706207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 262 - 357
Target Start/End: Original strand, 46530163 - 46530258
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 357  Q
    ||||||||||||| |||| | ||| || |  ||||| | |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  46530163 tttaagttatttaattgtcacaaactggttctttaattctttttcgcaccacttaggtcttttaagttaattaattgtaacaagtttgccctttaa 46530258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 293 - 350
Target Start/End: Original strand, 48130213 - 48130268
Alignment:
Q  293 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 350  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48130213 tttaagtttttt--gtaccacttagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggt 48130268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 48130516 - 48130428
Alignment:
Q  256 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaag 345  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |   ||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  48130516 aagtcctttaaattatttaattgtaataaattgattatttaagttttct-tttaccatttaggtcttttaagttaattacttgtaacaag 48130428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 243 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 363906 - 363806
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagt-cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 341  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||   |||| ||| ||||||||  |||||| |||    
T  363906 taaattacaccagatgttcttttaagttatttaattgtaagaaatttgtcatttaagtatttttcgtaatgcttaagtcatttaagttgtttaattgtaa 363807  T
Q  342 c 342  Q
    |    
T  363806 c 363806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 278 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 26706432 - 26706353
Alignment:
Q  278 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttt-aagttaattaattataacaagttggtcctttaa 357  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||| |||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  26706432 gtaataaattgattctttaagtttttt-cgtatcatttaagtccttttaagttaattaattattacaagtttgtcctttaa 26706353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 243 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 46530517 - 46530411
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaag---ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatta 338  Q
    |||||||||||| | ||| ||| ||||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   |||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||     
T  46530517 taaattacaccagatgtcattttagttatttatttgtaacaaattgctctttttaagttttttttttcgtaccactcacgtcatttaagttaattaattg 46530418  T
Q  339 taacaag 345  Q
    |||||||    
T  46530417 taacaag 46530411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 2125168 - 2125101
Alignment:
Q  155 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgt-agtttagttaagaaccatacaaaaa 221  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | || | |||||||||||||||||| ||||    
T  2125168 taacaaactttgagaaaattataaatttaaaaaaatcatggtgaatttagttaagaaccatacgaaaa 2125101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 452 - 498
Target Start/End: Original strand, 18470384 - 18470430
Alignment:
Q  452 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  18470384 ttacaattaaataacttaaaggatctaagttgtatgaaaaatactta 18470430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 293 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 16026406 - 16026346
Alignment:
Q  293 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 354  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  16026406 tttaagtttttt-cgtacaacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 16026346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 293 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 18470495 - 18470439
Alignment:
Q  293 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 350  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  18470495 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggt 18470439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 365 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 47600648 - 47600499
Alignment:
Q  365 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaat 463  Q
    |||||||||| |||| | |||| |||||||  |||| |  ||| || ||||||||| |||||| |  |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||     
T  47600648 cgtaccaatttggtcatttaagttatttaatcgtaaaagtttgtggtatttcagatgttaaaaattgaagtaatttgggtcctaaaagttacaattaaac 47600549  T
Q  464 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 513  Q
    ||||  || ||||||||  ||| |||||||||||| || ||||| |||||    
T  47600548 aactcgaaagacctaagcattacgaaaaatacttaaatgactaatttgtt 47600499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 53; Significance: 5e-21; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 266 - 501
Target Start/End: Original strand, 30534432 - 30534666
Alignment:
Q  266 agttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnn 364  Q
    ||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||   ||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||| || || |            
T  30534432 agttatttaattgtaa-aaattggtcttttaagtttttttttgtaccgcttaggtc-tttatgttaattaattgtaaaaagttgctctttaagttttttc 30534529  T
Q  365 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaat 463  Q
    |||||||| ||| || | |||| ||||||||||||| || |||||   ||| ||||||||||| || |||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  30534530 cgtaccaactagctctt-taagttatttaactgtaacaatttgagatgttttagatcttaaaaatgtaagttatttggggcctacaagttacaattaaat 30534628  T
Q  464 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacat 501  Q
    || ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  30534629 aatttaaaagacctaagtcttacgaaaaatacttacat 30534666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 262 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 51265984 - 51265744
Alignment:
Q  262 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa--- 357  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||       
T  51265984 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttagatcctttaagttatttaactataacaagttggtctgttaagtt 51265885  T
Q  358 nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttaca 456  Q
           |||| || ||| ||| | |||| |||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||  | | | ||| |||||    
T  51265884 tttttcccgtatcactta-gtcttttaagttatttaaccgtaacaatttgagagatttcagatcttaaaaatttaagtttttcaaggcttgaaatttaca 51265786  T
Q  457 attaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    ||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  51265785 attaaataacttaaaggatctaagttgtatgaaaaatactta 51265744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 293 - 450
Target Start/End: Original strand, 44291025 - 44291182
Alignment:
Q  293 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatt 391  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||| | |||||        ||||||||  |||| || |||| ||||    
T  44291025 tttaagtttttttcgtaccacttaagtcatttaagttaattagttgtaacaagttggccttttaagttttttccgtaccaacaaggt-ctttaagttatt 44291123  T
Q  392 taactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa 450  Q
    |||| |||| || ||  ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  44291124 taaccgtaacaattttggggattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggacctaaa 44291182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 261 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 44291509 - 44291413
Alignment:
Q  261 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 357  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || | ||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  44291509 ttttaagttatttaattgtaacaaattggtcctctaaatttttttagtatcacttatgtcctttaagttatttaattgtaacaagttagtcctttaa 44291413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 243 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 48200471 - 48200367
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 342  Q
    |||||||||| | || |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||| |||||| ||| |||     
T  48200471 taaattacactagaaatcttttaacttatttaattgtaaagaattgatcatttaattttttttcgtaccgcttaagtcttttaaattaattgattgtaat 48200372  T
Q  343 aagtt 347  Q
    |||||    
T  48200371 aagtt 48200367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 354
Target Start/End: Original strand, 51265679 - 51265739
Alignment:
Q  293 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 354  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  51265679 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 51265739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 531 - 574
Target Start/End: Original strand, 44291420 - 44291463
Alignment:
Q  531 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 574  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  44291420 actaacttgttacaattaaataacttaaaggacataagtgatac 44291463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 432 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 50898948 - 50898882
Alignment:
Q  432 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 498  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  50898948 aagttattcgagacgtaaaagttacaattaaacaacttaaat-acctaagtgttacgaaaaatactta 50898882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 243 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 1662357 - 1662257
Alignment:
Q  243 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 342  Q
    ||||||||| || | ||| |||||  |||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||    
T  1662357 taaattacatcagaggtcctttaaagtatttaattgcaataaattgatcttttaagtttttt-tataccacttagatccattatgttaattaattgtaac 1662259  T
Q  343 aa 344  Q
    ||    
T  1662258 aa 1662257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University