View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5283-Insertion-1 (Length: 810)

Name: NF5283-Insertion-1
Description: NF5283
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5283-Insertion-1
NF5283-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-810)||(47261967-47262769)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 47262769 - 47261967
Alignment:
Q  8 ctttattctccaaaattttcaaccatgtccatcctcttcttcctccttctcttcatctctttccacaccccctctttttctcaaacaccccccaaaggct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47262769 ctttattctccaaaattttcaaccatgtccatcctcttcttcctccttctcttcatctctttccacaccccctctttttctcaaacaccccccaaaggct 47262670  T
Q  108 tcctcatcaactgcggcaccctcacaacaacccaaatcaacaaccgtacatggcttcccgattcaaacttcatcaccaccggcacacccaaaaacataac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47262669 tcctcatcaactgcggcaccctcacaacaacccaaatcaacaaccgtacatggcttcccgattcaaacttcatcaccaccggcacacccaaaaacataac 47262570  T
Q  208 cacccaagtccttctcccaactctcaaaacccttcgttcattccctctccaagttaaaaaacactgctacaatattcctgtgtatcgcggtgcaaaatat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47262569 cacccaagtccttctcccaactctcaaaacccttcgttcattccctctccaagttaaaaaacactgctacaatattcctgtgtatcgcggtgcaaaatat 47262470  T
Q  308 atgatacgtactacttatttctacggtggagccaacggtgttgatcatcttacgccgccggtgtttgatcagatcgttgatggaacgttatggagtgtgg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47262469 atgatacgtactacttatttctacggtggagtcaacggtgttgatcatcctacgccgccggtgtttgatcagatcattgatggaacgttatggagtgtgg 47262370  T
Q  408 tgaatactacggtggattatgctaatggaaactcgagtttttatgaaggggtatttttggctgtggggaagtttatgagtttttgtatcgggtcgaatag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47262369 tgaatactacggtggattatgctaatggaaactcgagtttttatgaaggggtatttttggctgtggggaagtttatgagtttttgtatcgggtcgaatag 47262270  T
Q  508 ttatacggattctgacccgtttgtttctgctttggagtttttgattcttggagattccttgtataataccactgattttaacaactttgctattggtttg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47262269 ttatacggattctgacccgtttgtttctgctttggagtttttgattcttggagattccttgtataataccactgattttaacaactttgctattggtttg 47262170  T
Q  608 gttgctagaaatagctttggttactccggaccaagcataaggttagttggacttggacactgttttcttcaacttttgtcaagttttgatgatattaatc 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47262169 gttgctagaaatagctttggttactccggaccaagcataaggttagttggacttggacactgttttcttcaacttttgtcaagttttgatgatattaatc 47262070  T
Q  708 tttatgtggttggtacttggtagatatatagaatatagatcattatcatttagttgtggttatactgtatctgtaaaatttcctaagtttttgttgtcct 807  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47262069 tttatttggttggtacttggtagatatatagaatatagatcattatcatttagttgtggttatactgtatctgtaaaatttcctaagtttttgttgtcct 47261970  T
Q  808 atc 810  Q
    |||    
T  47261969 atc 47261967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University