View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5285_low_1 (Length: 1193)

Name: NF5285_low_1
Description: NF5285
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5285_low_1
NF5285_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-1176)||(53096319-53097494)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-55)||(1369335-1369389)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1087; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1087; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1176
Target Start/End: Original strand, 53096319 - 53097494
Alignment:
Q  1 tgatccttggtgtactctgggttggtgacattcataacgctcgggttctttggcaccatgnnnnnnnggaacttctaaactccggatgagctgactaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53096319 tgatccttggtgtactctgggttggtgacattcataacgctcgggttctttggcaccatgtttttttggaacttctaaactccggatgagctgactaatg 53096418  T
Q  101 tgaacatgagctgcacaactcttccatgactttttatgaacaacaggttcggaaatctgcattgtcattaaacatttattattggaaacaactaataggc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53096419 tgaacatgagctgcacaactcttccatgactttttatgaacaacaggttcggaaatctgcatcgtcattaaacatttattattggaaacaactaataggc 53096518  T
Q  201 atttgagtggagtgcatcaactatgatgaaaaacttcttaatcatgcaaaacaacaatactaagcatgaatttttagtttcttacctttccacctgaaga 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53096519 atttgagtggagagcatcaactatgatgaaaaacttcttaatcatgcaaaacaacaatactaagcatgaatttttagtttcttacctttccacctgaaga 53096618  T
Q  301 acaactttccatcaaatcgtgtttggagttgcaaatagcagcattcagccaatgtggagctttagcggcagcagaagaccttaagnnnnnnnntccatcg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||    
T  53096619 acaactttccatcaaatcgtgtttggagttgcaaatagcagcattcagccaatgtggagctttagcggcagcagaagaccttaagaaaaaaaatccatcg 53096718  T
Q  401 aatttggatgagcagaaatgaagggggtggaggaaattaggctacataacaaggtcaaaatgaagttgagtaaaagaaatttactgcaaacaagaagcat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53096719 aatttggatgagcagaaatgaagggggtggaggaaattaggctacataacaaggtcaaaatgaagttgagtaaaagaaatttactgcaaacaagaagcat 53096818  T
Q  501 tagttgcatgcgtcgagcctggcaataatgttagaccttctgttaaaacaaccaaagatgtctaggtattaaccaaatgataaaatactttagtcatcaa 600  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  53096819 tagttgcatacgtcgagcctggcaataatgttagaccttctgttaaaacaaccaaagatgtctaggtattaaccaaatgataaaatgctttagtcatcac 53096918  T
Q  601 ccaagtaagaaaaatcactgcttgtaacaaccaacgagcaaaattctgtcctcacataccgttttctctttggtacttgattatatgttgttcttgctta 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53096919 ccaagtaagaaaaatcactgcttgtaacaaccaacgagcaaaattctgtcctcacataccgttttctctttggtacttgattatatgttgttcttgctta 53097018  T
Q  701 caaccaattactccgacctgaaacgcaagttgataaataagataccagtcatactagcgctagcttgtaaaaacaagagttctaaacaactaccgtctca 800  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53097019 caaccaatgcctccgacctgaaacgcaagttgataaataagacaccagtcatactagcgctagcttgtaaaaacaagagttctaaacaactaccgtctca 53097118  T
Q  801 tactccacttctacttttcccccaatatgtgaaaattgtgattctgtggacacatttaatctgcaatatgatgacaaaacacaataaataaatatgaaaa 900  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53097119 tactccacttctacttttcccccaatatgtgaaaattgcgattctgtggacacatttaatctgcaatatgatgacaaaacacaataaataaatatgaaaa 53097218  T
Q  901 agaatttgaaaatagagatttcacacaatgcaacttaaaaactacacaccccatttcaatagacaattcagagtcatgcacttcaactttgcaaccattt 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53097219 agaatttgaaaatagagatttcacacaatgcaacttaaaaactacacaccccatttcaatagacaattcagagtcatgcacttcaactttgcaaccattt 53097318  T
Q  1001 tcactcttaaccatcataggcacaccctgcagatttaattttggagcagtgctttgagttgccaccaaattatctgcactcccagttaaatcattgtcat 1100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53097319 tcactcttaaccatcataggcacaccctgcagatttacttttggagcagtgatttgagttgccaccaaattatctgcactcccagttaaatcattgtcat 53097418  T
Q  1101 caacatcaatggtttcacttgaactaatttttgctgctcccatagacgaactttcaggaataagattagtatcttc 1176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53097419 caacatcaatggtttcacttgaactaatttttgctgctcccatagacgaactttcaggaataagattagtatcttc 53097494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 1369389 - 1369335
Alignment:
Q  1 tgatccttggtgtactctgggttggtgacattcataacgctcgggttctttggca 55  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  1369389 tgatctttggtgaactctggtttggtgacattcataacgctcagattctttggca 1369335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University