View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5285_low_3 (Length: 646)

Name: NF5285_low_3
Description: NF5285
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5285_low_3
NF5285_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-625)||(29201886-29202510)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-625)||(12649377-12650001)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 29202510 - 29201886
Alignment:
Q  1 atagattttgctgatctccccaatatccccaagaaggcctccgcgttctagatgacggctgtgaatgttgatcagggtgacatgacaaagtatcccagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29202510 atagattttgctgatctccccaatatccccaagaaggcctccgcgttctagatgacggctgtgaatgttgatcagggtgacatgacaaagtatcccagtt 29202411  T
Q  101 ttcagcattttcatcttttactgcatcttgacctacacgatttttctccgcagcagatggaagctttctccaagaagccatcttatagctgcttccagga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29202410 ttcagcattttcatcttttactgcatcttgacctacacgatttttctccgcagcagatggaagctttctccaagaagccatcttatagctgcttccagga 29202311  T
Q  201 gtcgaatcagtacttgccgtagtaacttccacattatcaatcacaacacttgcatgttgatcagcttgactttgttttgtaatcggtttgtcttgctctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29202310 gtcgaatcagtacttgccgtagtaacttccacattatcaatcacaacacttgcatgttgatcagcttgactttgttttgtaatcggtttgtcttgctctt 29202211  T
Q  301 tcccatgtgacttttttatcagcttctcagccatctcatggtcactgggtggaaaaccgcaactctcttcagccttcataatttgctcggaatatactcc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29202210 tcccatgtgacttttttatcagcttctcagccatctcatggtcactgggtggaaaaccgcaactctcttcagccttcataatttgctcggaatatactcc 29202111  T
Q  401 aagatcgctgagttggtgaagaccaagaatgtgatcttgttctttaacactttccttctggaattgcactagacgagtgcacctagagagaataaacaac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29202110 aagatcgctgagttggtgaagaccaagaatgtgatcttgttctttaacactttccttctggaattgcactagacgagtgcacctagagagaataaacaac 29202011  T
Q  501 aggcgcgtatgtgcttgcttgaggatccccaccggtatatcttgacgtttatcatctagtttttgaacaatagtttcacagttgatccaaaactcagccg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29202010 aggcgcgtatgtgcttgcttgaggatccccaccggtatatcttgacgtttatcatctagtttttgaacaatagtttcacagttgatccaaaactcagccg 29201911  T
Q  601 ctgtcatctttgcacattgtcgagc 625  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  29201910 ctgtcatctttgcacattgtcgagc 29201886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 621; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 625
Target Start/End: Original strand, 12649377 - 12650001
Alignment:
Q  1 atagattttgctgatctccccaatatccccaagaaggcctccgcgttctagatgacggctgtgaatgttgatcagggtgacatgacaaagtatcccagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12649377 atagattttgctgatctccccaatatccccaagaaggcctccgcgttctagatgacggctgtgaatgttgatcagggtgacatgacaaagtatcccagtt 12649476  T
Q  101 ttcagcattttcatcttttactgcatcttgacctacacgatttttctccgcagcagatggaagctttctccaagaagccatcttatagctgcttccagga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12649477 ttcagcattttcatcttttactgcatcttgacctacacgatttttctccgcagcagatggaagctttctccaagaagccatcttatagctgcttccagga 12649576  T
Q  201 gtcgaatcagtacttgccgtagtaacttccacattatcaatcacaacacttgcatgttgatcagcttgactttgttttgtaatcggtttgtcttgctctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12649577 gtcgaatcagtacttgccgtagtaacttccacattatcaatcacaacacttgcatgttgatcagcttgactttgttttgtaatcggtttgtcttgctctt 12649676  T
Q  301 tcccatgtgacttttttatcagcttctcagccatctcatggtcactgggtggaaaaccgcaactctcttcagccttcataatttgctcggaatatactcc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12649677 tcccatgtgacttttttatcagcttctcagccatctcatggtcactaggtggaaaaccgcaactctcttcagccttcataatttgctcggaatatactcc 12649776  T
Q  401 aagatcgctgagttggtgaagaccaagaatgtgatcttgttctttaacactttccttctggaattgcactagacgagtgcacctagagagaataaacaac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12649777 aagatcgctgagttggtgaagaccaagaatgtgatcttgttctttaacactttccttctggaattgcactagacgagtgcacctagagagaataaacaac 12649876  T
Q  501 aggcgcgtatgtgcttgcttgaggatccccaccggtatatcttgacgtttatcatctagtttttgaacaatagtttcacagttgatccaaaactcagccg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12649877 aggcgcgtatgtgcttgcttgaggatccccaccggtatatcttgacgtttatcatctagtttttgaacaatagtttcacagttgatccaaaactcagccg 12649976  T
Q  601 ctgtcatctttgcacattgtcgagc 625  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  12649977 ctgtcatctttgcacattgtcgagc 12650001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University