View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5289-Insertion-1 (Length: 717)

Name: NF5289-Insertion-1
Description: NF5289
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5289-Insertion-1
NF5289-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-717)||(37292263-37292965)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 623; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 37292965 - 37292263
Alignment:
Q  8 cgatgttttaaaaccggaccgcaaatcaaaaccggtcagaccttcgagtcatagttcaattggttgaaccacgattgaaccagatgactaataacaataa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37292965 cgatgttttaaaaccggaccgcaaatcaaaaccggtcagaccttcgagtcatagttcaattggttgaaccacgattgaaccagatgactaataacaataa 37292866  T
Q  108 ttaaaacatattttgtttgaaacaaatgaaccggttaaaccagccatggcttaacctggttcaatctagctttgaaagactgaaaccaaccgtggttgaa 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37292865 ttaaaacatattttgtttgaaacaaatgaaccggttaaaccagccatggcttaacctggttcaatctacctttgaaagactgagaccaaccgtggttgaa 37292766  T
Q  208 ccagccgaaagactagctggtttccgatacaacggattgaagcgggcagtctgattcggttcataaaacactggtctacactcttcctttaggacgagca 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37292765 ccagccgaaagactagctggtttccgatacaaaggattgaagcgggcagtctgattcggttcataaaacactggtctagactcttcctttaggacgagca 37292666  T
Q  308 acaaaaaagattatttactattgttagtatttcgaaaacctgcatcgttagccggcctagcataatctttagcaaaggctcttaatcactcagttactct 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37292665 acaaaaaagattatttactattgttagtatttcgaaaacctgcatcgttagccggcctagcataatctttagcaaaggctcttaatcactcagttactct 37292566  T
Q  408 atagagctcacattaaaacttactttaggcctaaaaatatgttatatggcacatgtgctcaagtgcaatgtaacaaaagtatgaaactaagcttaaattc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37292565 atagagctcacattaaaacttactttaggcctaaaaatatgttatatggaacatgtgctcaagtgcaatgtaacaaaagtatgaaactaagcttaaattc 37292466  T
Q  508 atctaaaataaaagcacatatataatgtcaaaaaatttacctccatttcctccaaaagaggagagaatccaccaacaagggtcatgaaagtcagaaactg 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37292465 atctaaaataaaagcacatatataatgtcaaaaaatttaccttcatttcctccaaaagaggagagaatccaccaacaagggtcatgaaagtcag-aactg 37292367  T
Q  608 aaaacaagaaatgtgagcagagaacctctccccctgaaacatgcatgaagatactatgattatgtaccattacctacc-aatttgtgtaataaaactaat 706  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||     | ||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  37292366 -aaacaagaaatgtgagcagagaacctct-cccctgaaacatgcatgaagatactatgattgtg-----tgacctaccaaatttgtataataaaactaat 37292274  T
Q  707 ctttatgttta 717  Q
    |||||||||||    
T  37292273 ctttatgttta 37292263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University