View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5290-Insertion-4 (Length: 900)

Name: NF5290-Insertion-4
Description: NF5290
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5290-Insertion-4
NF5290-Insertion-4
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (114-855)||(36115561-36116325)
chr4 (8-82)||(36115491-36115565)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 605; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 114 - 855
Target Start/End: Original strand, 36115561 - 36116325
Alignment:
Q  114 gattcctattctaagagtgtcttgaaactaatgtttaaaaattgaatcggacatcaaattggtgaaaccttcggtagcaatgcaattgttagaaacctct 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36115561 gattcctattctaagagtgtcttgaaactaatgtttaaaaattgaatcggacatcaaattggtgaaaccttcggtagcaatgcaattgttagaaacctct 36115660  T
Q  214 tgaacttgaacaaaactacaatcaaacctcgaacgatgtatagtgtcggttcaaaaaatcatcttatttaattattttnnnnnnntgctttggtgtggaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||    
T  36115661 tgaacttgaacaaaactacaatcaaacctcgaacaatgtatagtgtcggttcaaaaaatcatcttatttaattatttaaaaaaaatgctttggtgtggaa 36115760  T
Q  314 aatccatgataacattgtaagcccattccacacttgataaccaattgattgaaataacttaaattacgcagcctgtattattttggaatctaatttaggt 413  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36115761 aatccatgataacattataagcccattccacacttgataaccgattgattgaaataacttaaatcacgcagccagtattattttggaatctaatttaggt 36115860  T
Q  414 cattgacgcaccgtaggagatattcactcgcccaccgtagcctatgccaccaaactatgctcattaattggcaaaa------------------gaaaat 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||    
T  36115861 cattgacgcaccgtaggagatattcactcgcccaccgtagcctatgccaccaaactatgctcattaattggcaaaaaaaaaactatttgaaaaagaaaat 36115960  T
Q  496 gaaccaaaaatgagcaagtggaaatgtcatccgagggcagggcacttaccgaccgactaataccataaaagaagcatccaggctgcatgtcatgtggtat 595  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36115961 gaaacaaaaatgagcaagtggaaatgtcatccgagggcagggcacttaccgaccgactaataccataaaagaagcatccaggctgcatgtcatgtggtat 36116060  T
Q  596 aggtgaaatttcacattcagaaaactaatactaccaccaaaagtgttgaacaggttatagtcattaggaccctgaaatcaacgtctaatatggatataga 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36116061 aggtgaaatttcacattcagaaaactaatactaccaccaaaagtgttgaacaggttatagtcattaggaccctgaaatcaacgtctaatatggatataga 36116160  T
Q  696 ttgctgatccgttaaaggtacgaaaaagttatgaacaggttccatcaattaaagtctcaaatcaatgctatccaaacagctttagattcattgatt-aaa 794  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  36116161 ttgctgatccgttaaaggtacgaaaaagttatgaacaggttccatcaattaaagtctcaaatcaatgctatccaaacagccttagattcattgattaaaa 36116260  T
Q  795 tcac-aatttgtgttcagtgt-aaagcaaactgacttttttatatg-taga-ttgtagtgttttt 855  Q
    |||| |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  36116261 tcacaaatttgtgttcaatgtaaaagcaaactaacttttttatatgttagatttgtagtgttttt 36116325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 8 - 82
Target Start/End: Original strand, 36115491 - 36115565
Alignment:
Q  8 gattgtaggtaactactagacagctattcttccacctcattcaatagtgttttggctccttatttttctggattc 82  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36115491 gattgtgggtaactactagacagctattcttccacctcattcaatagtgttttggctccttatttttctggattc 36115565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University