View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5290_high_7 (Length: 593)

Name: NF5290_high_7
Description: NF5290
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5290_high_7
NF5290_high_7
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (18-580)||(31183376-31183938)
chr7 (26-580)||(31102292-31102849)
chr7 (26-580)||(31057857-31058414)
chr7 (26-570)||(31139669-31140213)
chr7 (295-570)||(31152956-31153231)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 551; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 551; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 580
Target Start/End: Original strand, 31183376 - 31183938
Alignment:
Q  18 acttactcgtttaaccaagctaggtaggcttcatctttcttcaaatcaattgactgggaaacttccaaaggaattaggacgcatggcatcattaatggaa 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31183376 acttactcgtttgaccaagctaggtaggcttcatctttcttcaaatcaattgactgggaaacttccaaaggaattaggacgcatggcatcattaatggaa 31183475  T
Q  118 ctcaagattagtaacaatcatttctcggaaaacatcccaacagaaattggatcgctaaaaacacttaacgagttggacctcggaggaaacgagttgagtg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31183476 ctcaagattagtaacaatcatttctcggaaaacatcccaacagaaattggatcgctaaaaacacttaacgagttggacctcggaggaaacgagttgagtg 31183575  T
Q  218 gcacgataccgaaagaagttgcggagctaccgaggttacgaatgttgaatttgagcagaaacaaaattgaaggaagtattccatctctgtttggttcagc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31183576 gcacgataccgaaagaagttgcggagctaccgaggttacgaatgttgaatttgagcagaaacaaaattgaaggaagtattccatctctgtttggttcagc 31183675  T
Q  318 tcttgagtcacttgatcttagtggcaatcttttgaatggaaaaataccaacagctcttgaagacttggtgcagttgtcaatgttgaatctctcacacaat 417  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31183676 tcttgagtcacttgatctcagtggcaatcttttgaatggaaaaataccaacagctcttgaagacttggtgcagttgtcaatgttgaatctctcacacaat 31183775  T
Q  418 atgctttcaggaaccattcctcaaaattttgaaaggaatttggtttttgttaatatatcagacaaccagttagaaggcccacttcctaaaattccagctt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31183776 atgctttcaggaaccattcctcaaaattttgaaaggaatttggtttttgttaatatatcagacaaccagttagaaggcccacttcctaaaattccagctt 31183875  T
Q  518 ttcttcttgctccgtttgaatcattaaaaaataacaaaggcttatgcggaaatagcacaggtt 580  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31183876 ttcttcttgctccgtttgaatcattaaaaaataacaaaggcttatgcggaaatatcacaggtt 31183938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 26 - 580
Target Start/End: Original strand, 31102292 - 31102849
Alignment:
Q  26 gtttaaccaagctaggtaggcttcatctttcttcaaatcaattgactgggaaacttccaaaggaatta---ggacgcatggcatcattaatggaactcaa 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||   ||| |||||  ||||||| |  | |||||    
T  31102292 gtttaaccaagctaggtaggcttcatctttcttcaaatcaattgacagggaaacttccaaaggaaatactaggaggcatgaaatcattattatatctcaa 31102391  T
Q  123 gattagtaacaatcatttctcggaaaacatcccaacagaaattggatcgctaaaaacacttaacgagttggacctcggaggaaacgagttgagtggcacg 222  Q
    ||||||||||||||||||  | || | |||||||||||||||||||| |||  |||  ||| | |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||    
T  31102392 gattagtaacaatcattttacagatagcatcccaacagaaattggattgctgcaaaggcttgaagagttggatcttggaggaaatgagttaagtggcacg 31102491  T
Q  223 ataccgaaagaagttgcggagctaccgaggttacgaatgttgaatttgagcagaaacaaaattgaaggaagtattccatctctgtttggttcagctcttg 322  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  ||||| |||||||||||    
T  31102492 ataccaaatgaagttgcagagctaccgaagttacgaatgttgaatttgagcagaaacagaattgaaggaagaattccatctacgtttgattcagctcttg 31102591  T
Q  323 agtcacttgatcttagtggcaatcttttgaatggaaaaataccaacagctcttgaagacttggtgcagttgtcaatgttgaatctctcacacaatatgct 422  Q
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  ||| | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31102592 cttcaattgatcttagtggcaatcgtttgaatggaaacataccaacaagtctcggattcttggtgcagttgtcaatgttgaatctctcacataatatgct 31102691  T
Q  423 ttcaggaaccattcctcaaaattttgaaaggaatttggtttttgttaatatatcagacaaccagttagaaggcccacttcctaaaattccagcttttctt 522  Q
    ||||||||||||||||  || ||||   | || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||  ||| |||||||||||||    
T  31102692 ttcaggaaccattccttcaacttttagtatgagtttggattttgttaacatatcagacaaccagttagatggtccacttccagaaaatccagcttttctt 31102791  T
Q  523 cttgctccgtttgaatcattaaaaaataacaaaggcttatgcggaaatagcacaggtt 580  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  31102792 cgtgctccgtttgaatcattcaaaaataacaaaggcttatgtggaaatatcacaggtt 31102849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 26 - 580
Target Start/End: Original strand, 31057857 - 31058414
Alignment:
Q  26 gtttaaccaagctaggtaggcttcatctttcttcaaatcaattgactgggaaacttccaaaggaatta---ggacgcatggcatcattaatggaactcaa 122  Q
    ||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||   ||| |||||  ||||||| | || |||||    
T  31057857 gtttaaccaagctgggcgtgcttcatctttcttcaaatcaattgactgggaaactcccaatggaagtactaggaggcatgaaatcattatttgatctcaa 31057956  T
Q  123 gattagtaacaatcatttctcggaaaacatcccaacagaaattggatcgctaaaaacacttaacgagttggacctcggaggaaacgagttgagtggcacg 222  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| |||  ||| |||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |    
T  31057957 gattagcaacaatcatttctcagataacatcccatcagaaattggattgctgcaaagacttcaagagttggatctcggaggaaatgagttgagtggcaag 31058056  T
Q  223 ataccgaaagaagttgcggagctaccgaggttacgaatgttgaatttgagcagaaacaaaattgaaggaagtattccatctctgtttggttcagctcttg 322  Q
    ||||| |||||| |||  ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |  ||||| ||||| | | |    
T  31058057 ataccaaaagaacttgtagagctaccgaatttacgaatgctgaatttgagcagaaacaaaattgaaggaattattccaattaagtttgattcaggtttag 31058156  T
Q  323 agtcacttgatcttagtggcaatcttttgaatggaaaaataccaacagctcttgaagacttggtgcagttgtcaatgttgaatctctcacacaatatgct 422  Q
    | || |||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  31058157 aatctcttgatctcagtggcaattttttgaaaggaaatataccaacaggtcttgcagacttggtgcggttgtcaaagttgaatctctcacataatatgct 31058256  T
Q  423 ttcaggaaccattcctcaaaattttgaaaggaatttggtttttgttaatatatcagacaaccagttagaaggcccacttcctaaaattccagcttttctt 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||    
T  31058257 ttcaggaaccattcctcaaaattttggaaggaatttggtttttgttaatatatcagacaaccagttagaaggtccactaccaaaaattccggcttttctt 31058356  T
Q  523 cttgctccgtttgaatcattaaaaaataacaaaggcttatgcggaaatagcacaggtt 580  Q
      |||| | |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| || |||||    
T  31058357 agtgcttcatttgaatcattaaaaaataacaatcacttatgcggaaatatcagaggtt 31058414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 26 - 570
Target Start/End: Original strand, 31139669 - 31140213
Alignment:
Q  26 gtttaaccaagctaggtaggcttcatctttcttcaaatcaattgactgggaaacttccaaaggaattaggacgcatggcatcattaatggaactcaagat 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||| | || |||||| |    
T  31139669 gtttaaccaagctaggtaggcttcatctttcttcaaatcaatttactgggaaacttccaaaagaattaggaggcatgaaatcattatttgatctcaagct 31139768  T
Q  126 tagtaacaatcatttctcggaaaacatcccaacagaaattggatcgctaaaaacacttaacgagttggacctcggaggaaacgagttgagtggcacgata 225  Q
    |||||||||||||||  | || | ||||||||||||| |||||| |||| ||| |||| | | |||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  31139769 tagtaacaatcattttacagatagcatcccaacagaatttggattgctacaaagacttgaagtgttggatctcggaggaaatgagttaagtggcatgata 31139868  T
Q  226 ccgaaagaagttgcggagctaccgaggttacgaatgttgaatttgagcagaaacaaaattgaaggaagtattccatctctgtttggttcagctcttgagt 325  Q
    ||||| ||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |  |    
T  31139869 ccgaatgaagtcgcagagctaccaaagttacgaatgttgaatttgagcagaaacaaaattgaaggaagtattccttctctgtttcgttcatctctggctt 31139968  T
Q  326 cacttgatcttagtggcaatcttttgaatggaaaaataccaacagctcttgaagacttggtgcagttgtcaatgttgaatctctcacacaatatgctttc 425  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||  |  ||||| |  |||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31139969 cacttgatcttagtggaaatcgtttgaatggaaagataccagaaattcttggattcttgggtcagttgtcaatgttgaatctctcacataatatgctttc 31140068  T
Q  426 aggaaccattcctcaaaattttgaaaggaatttggtttttgttaatatatcagacaaccagttagaaggcccacttcctaaaattccagcttttcttctt 525  Q
    ||| |||||||||  |  || |   | || ||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||||||| || |||||  | | |||||||||||||| |    
T  31140069 aggcaccattccttcattttctagtatgagtttggattttgttaacatatcaaacaatcagttagaagggccgcttccggacaatccagcttttcttcat 31140168  T
Q  526 gctccgtttgaatcattaaaaaataacaaaggcttatgcggaaat 570  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||    
T  31140169 gctccgtttgaatcattcaaaaataacaaagacttgtgtggaaat 31140213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 295 - 570
Target Start/End: Original strand, 31152956 - 31153231
Alignment:
Q  295 attccatctctgtttggttcagctcttgagtcacttgatcttagtggcaatcttttgaatggaaaaataccaacagctcttgaagacttggtgcagttgt 394  Q
    ||||| |||| |||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| |  ||||| |  ||||   |||||||    
T  31152956 attccttctcagtttcgttcatctcttgcttcacttgatcttagtggaaatcgtttgaatggaaagataccaaaaattcttggattcttgagtcagttgt 31153055  T
Q  395 caatgttgaatctctcacacaatatgctttcaggaaccattcctcaaaattttgaaaggaatttggtttttgttaatatatcagacaaccagttagaagg 494  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |  || |   | || ||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  31153056 caatgttgaatctctcacataatatgctttcaggcaccattccttcattttctaggatgagtttggattttgttaacatatcagacaatcagttagaagg 31153155  T
Q  495 cccacttcctaaaattccagcttttcttcttgctccgtttgaatcattaaaaaataacaaaggcttatgcggaaat 570  Q
     |  |||||  | | |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||    
T  31153156 gcggcttccggacaatccagcttttcttcatgctccgtttgaatcattcaaaaataacaaagacttgtgtggaaat 31153231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University