View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5290_low_5 (Length: 619)
Name: NF5290_low_5
Description: NF5290
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5290_low_5 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 438; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 587
Target Start/End: Original strand, 21287587 - 21288149
Alignment:
| Q |
21 |
aaccgttcatttatatctaaactattagttaattagcatttaaagctatcgtctctcacaataacaccttatctcatttgatacatcacacacacatacg |
120 |
Q |
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| T |
21287587 |
aaccgttcatttatatctaatctattggttaattaacatttaaagctcttgtctctcacaataacaccttatctcatttgatacatcatacacacataca |
21287686 |
T |
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| Q |
121 |
cacatttgctagaatacaccaactaattttgataaacaaatattttaacatcaagtcaataaaagtttatatcctcattctttcaaaaaataaaagttca |
220 |
Q |
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| T |
21287687 |
cacatttgctagaatataccaactaattttgataaacgaatattttagcatcatgttaataaaagttcatatcctcattctttcaaaaaataaaagttca |
21287786 |
T |
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| Q |
221 |
tatccttataattcttcaacaaacttattttcttatgacttgattagacaataatttctccatgaaaaataacatacaaaatagaaggcatattgtctga |
320 |
Q |
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| T |
21287787 |
tatacttataattcttcaacaaacttattttcttatgacttgagtaggcaataatttctccatgaaaaatgacatacaaaatagaaggcatattgtatga |
21287886 |
T |
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| Q |
321 |
aacatatttaaatagtgatatattttcattattttagtgtctattgtatattatataattactcaagattaattacgtaattatttatcatatttctatt |
420 |
Q |
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| T |
21287887 |
aacatatttaaatagtgatatattttcattattttagtgtctattatatattatataattacttaagattaattacgtaa----ttatcatatttctatt |
21287982 |
T |
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| Q |
421 |
taatagttacatggtgacatcaatctaaatccaactcattctatatgccataattaatccaaaaatcatttatcatatgactcgagtaagttgtattcat |
520 |
Q |
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| T |
21287983 |
taatagttacgtggtgacatcaatctaaatccaactcattttatatgtcagaattaatccaaaaatcatttatcatatgactcgggtaagttgcattcat |
21288082 |
T |
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| Q |
521 |
ttaaccatgttaaagtgtcatgttcatatagatataccattcattcaaaatatagttataccattat |
587 |
Q |
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| T |
21288083 |
ttaaccatgttaaagtatcatgttcatatagatatatcattcattcaaaatatagttataccattat |
21288149 |
T |
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