View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5294_low_3 (Length: 679)

Name: NF5294_low_3
Description: NF5294
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5294_low_3
NF5294_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-669)||(9390099-9390750)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (18-669)||(31939746-31940417)
chr6 (66-355)||(13536033-13536317)
chr6 (387-487)||(13536352-13536453)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (41-663)||(1337956-1338595)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (59-346)||(5639862-5640149)
chr4 (377-654)||(5640178-5640473)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 623; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 669
Target Start/End: Original strand, 9390099 - 9390750
Alignment:
Q  18 ctaacatgataatcctgaggtcaataacatttttcatatacaacattgttttaaagaggttttgcaatgggaggatagcataagtggcattagttttaca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9390099 ctaacatgataatcctgaggtcaataacatttttcatatacaacattgttttaaagaggttttgcaatgggaggatagcataagtggcattagttttaca 9390198  T
Q  118 aaatataatgtacacaacttcaaacaataacctgattatgaggctcggcccttgttacaacagtagacacaatttcgtcccaccaaagtcgaccaaatgg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9390199 aaatataatgtacacaacttcaaacaataacctgattatgaggctcggcccttgttacaacagtagacacaatttcgtcccaccaaagtcgaccaaatgg 9390298  T
Q  218 cctgttgtgttcaacagatacataagaactttgatatagataaaatagacataaaatatgatgacctaaaatagatgtacatatgtacatacttagaaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9390299 cctgttgtgttcaacagatacatgagaactttgatatagataaaatagacataaaatatgatgacctaaaatagatgtacatatgtacatacttagaaga 9390398  T
Q  318 ggtcccacgaacaaatgtcattgcataatctggaacctgtgtgggnnnnnnnggttgtggtcaacaaagaactaacttcaaaataaatgtgtcccaagac 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9390399 ggtcccacgaacaaatgtcattgcataatctggaacctgtgtgggaaaaaaaggttgtggtcaacaaagaactaacttcaaaataaatgtgtcccaagac 9390498  T
Q  418 aagtcaagattaataccaaaggctttccagattttagatacactctttcaactgaggggtcccattccaccttgttttctttaacaagcactcccttgag 517  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9390499 aagtcaagattagtaccaaaggctttccagattttagatacactctttcaactgaggggtcccattccaccttgttttctttaacaagcactcccttgag 9390598  T
Q  518 gtccctgaagtttgccccctaaaaaggcaagcaagcacaattaaaatttacataataacagtacataatatcaattcaagatatgataccttcttctttg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9390599 gtccctgaagtttgccccctaaaaaggcaagcaagcacaattaaaatttacataataacagtacataatatcaattcaagatatgataccttcttctttg 9390698  T
Q  618 gaatgtggcaaactctctcatagtcatcggtatttaatttcaaaggtctgtg 669  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9390699 gaatgtggcaaactctctcatagtcatcggtatttaatttcaaaggtctgtg 9390750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 492; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 669
Target Start/End: Original strand, 31939746 - 31940417
Alignment:
Q  18 ctaacatgataatcctgaggtcaataacatttttcatatacaacattgttttaaagaggttttgcaatgggaggatagcataagtggcattagttttaca 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  31939746 ctaacatgataatcctgagttcaataacatttcttatatacaacattgttttaaagaggttttgcaatgggaggataacattagtggcattagttttaca 31939845  T
Q  118 aaatataatgtacacaacttcaaacaataacctgattatgaggctcggcccttgttacaacagtagacacaatttcgtcccaccaaagtcgaccaaatgg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31939846 aaatataatgtacacaacttcaaacaataacctgattatgaggctcagcccttgttacaacagtagacacaatttcgtcccaccaaagtcgaccaaatgg 31939945  T
Q  218 cctgttgtgttcaacagatacataagaactttgatatagataaaatagacataaaatatgatgacctaaaatagatgtacatatgtacatacttagaaga 317  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31939946 cctgttgtgttcagaagatacataagaactttgatatagatgaaatagacataaaatatgatgacctaaaatagatgtacatatatacatacttagaaga 31940045  T
Q  318 ggtcccacgaacaaatgtcattgcataatctggaacctgtgtgggnnnnnnnggttgtggtcaacaaagaactaacttcaaaataaatgtgtccc-aaga 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31940046 ggtcccacgaacaaatgtcattgcataatctggaacctgtgtggaaaaaaaagtgtgtggtcaacaaagaactaacttcaaaataaatgtgtccctaaga 31940145  T
Q  417 caagtcaagattaataccaaaggctttccagattttagatacactctttcaactgaggggtcccattccaccttgttttctttaacaagcactcccttga 516  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31940146 caagacaagattagtaccaaaggctttccagattttagatacactctttcaacagaggggtcccattccacctttttttctttaacaagcactcccttga 31940245  T
Q  517 ggtccctgaagtttgccccctaaaaaggcaagcaagcacaattaaaatttacat----------------aataacag---tacataatatcaattcaag 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||| ||||   |||||||||||||||||||    
T  31940246 ggtccctgaagtttgccccctaaaaaggcaagcaagcacaattaaaatttacatagagcaacaaagataaaatgacagtactacataatatcaattcaag 31940345  T
Q  598 atatgataccttcttctttggaatgtggcaaactctctcatagtcatcggtatttaatttcaaaggtctgtg 669  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31940346 atacggtaccttcttctttggaatgtggcaaactctctcatagtcatcggtatttaatttcaaaggcctgtg 31940417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 66 - 355
Target Start/End: Original strand, 13536033 - 13536317
Alignment:
Q  66 ttttaaagaggttttgcaatgggaggatagcataagtggcattagttttacaaaatataatgtacacaacttcaaacaataacctgattatgaggctcgg 165  Q
    ||||||| || |||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||| || | || |||||||||||||||||| ||||    
T  13536033 ttttaaacagtttttgcaaagggacaattacataagtggcattagttttacaaaatgtaatatgaacacct-ctaataataacctgattatgaggttcgg 13536131  T
Q  166 cccttgttacaacagtagacacaatttcgtcccaccaaagtcgaccaaatggcctgttgtgttcaacagatacataa--gaactttgatatagataaaat 263  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||   || ||||||||   |||||| ||||| |  ||||    
T  13536132 ctctcgttacaacagtagacacaatttcgtcccaccaaagtcggccaaatggcctgttatttt---catatacataaacaaactttaatataaaggaaat 13536228  T
Q  264 agacataaaatatgatgacctaaaatagatgtacatatgtacatacttagaagaggtcccacgaacaaatgtcattgcataatctggaacct 355  Q
    | ||| |||||||| |||| | | |   |||| ||||| |||||||||||| || |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  13536229 aaacagaaaatatgttgacatgata---atgtgcatatatacatacttagaggaagtcccacgaacaaatgacatggcataatctggaacct 13536317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 387 - 487
Target Start/End: Original strand, 13536352 - 13536453
Alignment:
Q  387 aactaacttcaaaataaatgtgtccc-aagacaagtcaagattaataccaaaggctttccagattttagatacactctttcaactgaggggtcccattcc 485  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||    ||||||||||||||||||| |||||||||||  |   ||||||||| |||||||||||||||    
T  13536352 aactagcttaaaaataaatgtgtccctaagacaacaagagattaataccaaaggcttgccagattttagtaattgtctttcaacagaggggtcccattcc 13536451  T
Q  486 ac 487  Q
    ||    
T  13536452 ac 13536453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 663
Target Start/End: Original strand, 1337956 - 1338595
Alignment:
Q  41 ataacatttttcatatacaacattgttttaaagaggttttgcaatgggaggatagcataagtggcattagttttacaaaatataatgtacacaacttcaa 140  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1337956 ataacatttctcaaatacaacattgttttaaagaggttttgcaatgggaggataacataagtggcattagttttacaaaatataatgtacacaacttcaa 1338055  T
Q  141 acaataacctgattatgaggctcggcccttgttacaacagtagacacaatttcgtcccaccaaagtcgaccaaatggcctgttgtgttcaacagatacat 240  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  1338056 ataacaacctgattatgaggctcggcccttgttacaaccgtggacacaatttcgtcccaccaaagtcgaccaaatggcctgttgtattcagcagatacat 1338155  T
Q  241 aagaactttgatatagataaaatagacataaaatatgatgacctaaaatagatgtacatatgtacatacttagaagaggtcccacgaacaaatgtcattg 340  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  1338156 aagaactttgatatagatgaaataaacataaaatatgatgacaaaaaattgatgtacatatatacatacttagaggaggtcccgcgaacaaatgtcatag 1338255  T
Q  341 cataatctggaacctgtgtgggnnnnnnnggttgtggtcaacaaagaactaacttcaaaataaatgtgtccc-aagacaagtcaagattaataccaaagg 439  Q
    ||||||||||||||| |||||        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||| ||    
T  1338256 cataatctggaacctatgtggaaaaaaaaggttgtggtcaacaaagaaataacttcaaaataaatgtgtccctaagacaagacaggattagtaccaaggg 1338355  T
Q  440 ctttccagattttagatacactctttcaactgaggggtcccattccaccttgttttctttaacaagcactcccttgaggtccctgaagtttgccccctaa 539  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1338356 cttcccagattttagatacactcttttaaaagacgggtcccattccaccttattttctttaacaagaacacccttgaggtccctgaagtttgccccctaa 1338455  T
Q  540 aaaggcaagcaagcacaattaaaatttacat----------------aataacagtacataatatcaattcaagatatgataccttcttctttggaatgt 623  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||                ||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||| |||||||||||    
T  1338456 aaaggcaagcaagcacaattagaatttacatggagcaacaaagataaaataacagtacataatatcaattaaagatagggaaccttctcctttggaatgt 1338555  T
Q  624 ggcaaactctctcatagtcatcggtatttaatttcaaagg 663  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1338556 ggcaaactctctcatagtcatcggtatttaatttcaaagg 1338595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 148; Significance: 9e-78; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 9e-78
Query Start/End: Original strand, 59 - 346
Target Start/End: Original strand, 5639862 - 5640149
Alignment:
Q  59 aacattgttttaaagaggttttgcaatgggaggatagcataagtggcattagttttacaaaatataatgtacacaacttcaaacaataacctgattatga 158  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| || |||    
T  5639862 aacattgctttaaagaggttttgcaatttgaggatagcataagtggcattggatttacaaaatataatgtacacaacttagaaaaataacctggttgtga 5639961  T
Q  159 ggctcggcccttgttacaacagtagacacaatttcgtcccaccaaagtcgaccaaatggcctgttgtgttcaacagatacataagaactttgatatagat 258  Q
    || || ||||  || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||    
T  5639962 ggttccgcccgggtcacaactgtggacacaatttcgtcccaccaaagtcgaccaaatggcctgttgtgttcagcagataaataagaactatgatatagat 5640061  T
Q  259 aaaatagacataaaatatgatgacctaaaatagatgtacatatgtacatacttagaagaggtcccacgaacaaatgtcattgcataat 346  Q
     ||||| ||||||||||||||||| | ||||  || | || || |||||||||||| || ||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  5640062 gaaataaacataaaatatgatgacattaaattcatatgcaaatatacatacttagaggaagtcccccgaacaaatttcatagcataat 5640149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 377 - 654
Target Start/End: Original strand, 5640178 - 5640473
Alignment:
Q  377 gtcaacaaagaactaacttcaaaataaatgtgtccc-aagacaagtcaagattaataccaaaggctttccagattttagatacactctttcaactgaggg 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||| |||   ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  5640178 gtcaacaaagaactaacttcaaaataaatgcatcgctaaggcaacagaagattagtaccaaaggcttcccagatttcagatacactctttcaacagaggg 5640277  T
Q  476 gtcccattccaccttgttttctttaacaagcactcccttgaggtccctgaagtttgccccct-aaaaaggcaagcaagcacaattaaaatttac------ 568  Q
    |||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||          
T  5640278 gtcccactccacttttttttctttcacaagcacaccctttaggtccctgaagtttgccccctaaaaaaggcaagaatgcacaattaaaatttacagggag 5640377  T
Q  569 ----------ataataacagtacataatatcaattcaagatatgataccttcttctttggaatgtggcaaactctctcatagtcatcggtatttaa 654  Q
              | |||||||| ||||||||||||||||||||  |  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5640378 caacaaagataaaataacagaacataatatcaattcaagatcaggaaccttcttcttcggaatgaggcaaactctctcatagtcatcgttatttaa 5640473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University