View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5294_low_6 (Length: 619)

Name: NF5294_low_6
Description: NF5294
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5294_low_6
NF5294_low_6
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (148-601)||(34314408-34314861)
chr1 (73-597)||(34316824-34317341)
chr1 (258-597)||(34304486-34304822)
chr1 (257-597)||(33426249-33426586)
chr1 (365-597)||(34311974-34312206)
chr1 (359-600)||(34322759-34323000)
chr1 (10-124)||(34314862-34314974)
chr1 (10-56)||(34316764-34316810)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (387-590)||(25651248-25651452)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 148 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 34314861 - 34314408
Alignment:
Q  148 ctaaaccctctacaacactaaccatcaaacaagtgattaatttcatcacactaacaaccaaatcctaggtgaaatcccattattcaaactaaacattgaa 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||    
T  34314861 ctaaaccctctacaacactaaccatcaaacaagtgattaatttcatcacactaacaaccaaatcctaggtgaaatccctttattcaaaccaaacatagaa 34314762  T
Q  248 ttaaaaagcttatttcaaagttcaatgttattagccccatcattattaagtttgcctgatttctcattctccttatcaatgctaacaactctaatacttt 347  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34314761 ttaaaaagcttatttcaaagttcagtggtattagccccatcattattaagcttgcctgatttctcattctccttatcaatgctaacaactctaatacttt 34314662  T
Q  348 taatctgatattcatgggacagcttattaagtgtcaaaataagaacaccattttccaccttagccttcacagaatcaaaatcagcattctctggcaatct 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34314661 taatctgatattcatgggacagcttattaagtgtcaaaataagaacaccattttccaccttagccttcacggaatcaaaatcagcattctccggcaatct 34314562  T
Q  448 aagctgtctccagaattttccatacatcctttcagctctatgccaacgatcacctttcttctccacttctttcttcctttctccaatcacactcagcacg 547  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34314561 aagctgtctccagaattttccatacatcctttcagctctatgccaacgatcacctttcttctccacttctttcttcctttctccaatcacactcagcacg 34314462  T
Q  548 ctgttccctaccacttctatctttatctcatcttttctaaaccctggcacatca 601  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34314461 ctgttccctaccacttctatcttgatctcatcttttctaaatcctggcacatca 34314408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 73 - 597
Target Start/End: Original strand, 34316824 - 34317341
Alignment:
Q  73 accattcaattcaagaagtatcaaacataaaagataaaggtacaaa-acacaaaacccaactagctatagagaattctaaaccctctacaacactaacca 171  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||| || |||||| |||| | ||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  34316824 accattcaattcaaggagcatcaaacatacaaaataaagctacagagacataaaacctaactagctatagagatttctaaaccctctacaacactaatca 34316923  T
Q  172 tcaaacaagtgattaatttcatcacactaacaaccaaatcctaggtgaaatcccattattcaaactaaacattgaattaaaaagcttatttcaaagttca 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  34316924 tcaaacaagtgattaatttcatcacactaacaactaaatcttaggtaaaatccctttattcaaaccaaacatagatttaaaaagcttatttcaaagttca 34317023  T
Q  272 atgttattagccccatcattattaagtttgcctgatttctcattctccttatcaatgctaacaactctaatacttttaatctgatattcatgggacagct 371  Q
     || || || |||||| |||||| |  |||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||     |  || ||| |||| |    |||| |||| ||    
T  34317024 gtgctactatccccattattattgatcttgcctgatttctcatcctcctcatccttgctaaca-----agaacctttgatctta---ccatgcgacaact 34317115  T
Q  372 tattaagtgtcaaaataagaacaccattttccaccttagccttcacagaatcaaaatcagcattctctggcaatctaagctgtctccagaattttccata 471  Q
    |||||| ||||||| ||||||| |||||||||   |||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  34317116 tattaaatgtcaaagtaagaactccattttccttattagccttaattgaatccaaatcagcattctctggcaatcttaactgtctccagaattttccgta 34317215  T
Q  472 catcctttcagctctatgccaacgatcacctttcttctccacttctttcttcctttctccaatcacactcagcacgctgttccctaccacttctatcttt 571  Q
    || ||||||| || | ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| |  ||||||| || |||| || ||||| | ||||||    
T  34317216 caccctttcaactttgtgccaacgatcaccttttttctcagcttctttcttcctttctccaataattctcagcatgccgttctctgccactccgatcttt 34317315  T
Q  572 atctcatcttttctaaaccctggcac 597  Q
    |||||| ||||||| ||||| |||||    
T  34317316 atctcaccttttctcaaccccggcac 34317341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 258 - 597
Target Start/End: Original strand, 34304486 - 34304822
Alignment:
Q  258 tatttcaaagttcaatgttattagccccatcattattaagtttgcctgatttctcattctccttatcaatgctaacaactctaatacttttaatctgata 357  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |  |||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  34304486 tatttcaaagctcattgttattagccccatcattgttgaccttgggtgatttctcattctcctcatcaatgctaacaactctagtacttttaatctgat- 34304584  T
Q  358 ttcatgggacagcttattaagtgtcaaaataagaacaccattttccaccttagccttcacagaatcaaaatcagcattctctggcaatctaagctgtctc 457  Q
      |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||  || |||    
T  34304585 --catgagacaacttattaagtgtcaaagtaagaacaccattttctatcttagccttcacagaatccaaatcagcattttcaggcaatctaaattgcctc 34304682  T
Q  458 cagaattttccatacatcctttcagctctatgccaacgatcacctttcttctccacttctttcttcctttctccaatcacactcagcacgctgttcccta 557  Q
    || |||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||     
T  34304683 caaaattttccatatgatctttcagctctatgccaacgatcacctttcttctccacttctttcttcctttctccaataactctcagcacgctgttctctt 34304782  T
Q  558 ccacttctatctttatctcatcttttctaaaccctggcac 597  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34304783 ccacttctatctttatctcatcttttctcaaccctggcac 34304822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 257 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 33426586 - 33426249
Alignment:
Q  257 ttatttcaaagttcaatgttattagccccatcattattaagtttgcctgatttctcattctccttatcaatgctaacaactctaatacttttaatctgat 356  Q
    ||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||   |||| |||| || ||||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |     
T  33426586 ttatttccaagctcattgttattagcctcatcatcgctaagcttgcttgctttctcattctcctcctcaatgctaacaagtctagtacttttaatcttac 33426487  T
Q  357 attcatgggacagcttattaagtgtcaaaataagaacaccattttccaccttagccttcacagaatcaaaatcagcattctctggcaatctaagctgtct 456  Q
       |||| |||| ||||  |||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||||| ||||||    
T  33426486 ---catgtgacaacttacgaagtgttaaagtaagaacaccattttccatcttggccttaaccgaatccaaatcagcattttcaggcaatctaaactgtct 33426390  T
Q  457 ccagaattttccatacatcctttcagctctatgccaacgatcacctttcttctccacttctttcttcctttctccaatcacactcagcacgctgttccct 556  Q
    ||| |||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  33426389 ccaaaattttccatatgatctttcagctctatgccaacgatcaccttttttctcctcttctttctttctttctccaatcactctcagcacgctgttctct 33426290  T
Q  557 accacttctatctttatctcatcttttctaaaccctggcac 597  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  33426289 tccacttctatctttatcttatcttttctcaaccccggcac 33426249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 365 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 34312206 - 34311974
Alignment:
Q  365 gacagcttattaagtgtcaaaataagaacaccattttccaccttagccttcacagaatcaaaatcagcattctctggcaatctaagctgtctccagaatt 464  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||||| || || || |||||| |||| |||||||||||||  || ||||||||||    
T  34312206 gacaacttattaagtgtcaaagtaagtacaccattttccattttagccttaactgagtccaaatcaacattttctggcaatctaaattgcctccagaatt 34312107  T
Q  465 ttccatacatcctttcagctctatgccaacgatcacctttcttctccacttctttcttcctttctccaatcacactcagcacgctgttccctaccacttc 564  Q
    |||||||    |||||| |||| |||||| |||||||||  |||||  |||||||||||||||| ||| |||| |||| ||| |||||| || |||||||    
T  34312106 ttccataagatctttcaactctgtgccaatgatcaccttgtttctcttcttctttcttcctttcaccactcactctcaacaccctgttctcttccacttc 34312007  T
Q  565 tatctttatctcatcttttctaaaccctggcac 597  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  34312006 tatctttatctcatcttttcttatccctggcac 34311974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 359 - 600
Target Start/End: Original strand, 34322759 - 34323000
Alignment:
Q  359 tcatgggacagcttattaagtgtcaaaataagaacaccattttccaccttagccttcacagaatcaaaatcagcattctctggcaatctaagctgtctcc 458  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||| || ||||||||||  || ||||    
T  34322759 tcatgtgacaacttattaagtgtcaaagtaagtacaccattttccatcttagccttcactgaatccaaatcaacattttcaggcaatctaaattgcctcc 34322858  T
Q  459 agaattttccatacatcctttcagctctatgccaacgatcacctttcttctccacttctttcttcctttctccaatcacactcagcacgctgttccctac 558  Q
    ||||||| |||||    |||||| ||||||||||| |||||||||  |||||  |||||||||||||||| ||| |||| || | ||| || ||  || |    
T  34322859 agaatttcccataagatctttcaactctatgccaatgatcaccttgtttctcttcttctttcttcctttcaccactcactcttaacaccctattttcttc 34322958  T
Q  559 cacttctatctttatctcatcttttctaaaccctggcacatc 600  Q
     |||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  34322959 aacttctatctttatctcatcttttcttatccctggaacatc 34323000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 10 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 34314974 - 34314862
Alignment:
Q  10 aataatatcataattcaaagagtcatggaataaagacaatattccttgacnnnnnnnnnnnntaccattcaattcaagaagtatcaaacataaaagataa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34314974 aataatatcataattcaaagagttataggataaagacgatattccttgacaaaaaaaaaa--taccattcaattcaagaagtatcaaacataaaagataa 34314877  T
Q  110 aggtacaaaacacaa 124  Q
    || ||||||||||||    
T  34314876 agctacaaaacacaa 34314862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 10 - 56
Target Start/End: Original strand, 34316764 - 34316810
Alignment:
Q  10 aataatatcataattcaaagagtcatggaataaagacaatattcctt 56  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  34316764 aataatatcataatttaaagagacatagagtaaagacaatattcctt 34316810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 387 - 590
Target Start/End: Original strand, 25651248 - 25651452
Alignment:
Q  387 taagaacaccattttccaccttagccttcacagaatcaaaatcagcattctctggcaatctaagctgtctccagaattttccatacatcctttcagctct 486  Q
    |||||||||||| ||||| ||| | ||| |  ||||| |||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  25651248 taagaacaccatcttccatctttgtcttaatcgaatccaaatcaacattttctggtaatctaagttgtctccagaattttccacacatcctttcaactct 25651347  T
Q  487 atgccaacgatcacctttcttctccacttctttcttcctttctccaatcacactcagcacgctgttc-cctaccacttctatctttatctcatcttttct 585  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||  |||||| |||||||||||||| || || |||||||||||| | | ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  25651348 atgccaacgatcacttttgttctcctgttcttttttcctttctccaataactcttagcacgctgttctctttccactcctatccttatctcatcttttct 25651447  T
Q  586 aaacc 590  Q
     ||||    
T  25651448 caacc 25651452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University