View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5294_low_8 (Length: 554)

Name: NF5294_low_8
Description: NF5294
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5294_low_8
NF5294_low_8
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (270-544)||(30224173-30224452)
chr8 (269-544)||(5567368-5567648)
chr8 (1-240)||(9490505-9490745)
chr8 (270-544)||(25248955-25249228)
chr8 (272-544)||(3375443-3375709)
chr8 (272-519)||(31032038-31032285)
chr8 (285-544)||(6428700-6428963)
chr8 (306-519)||(3379149-3379366)
chr8 (355-544)||(36535860-36536035)
chr8 (326-388)||(14935576-14935638)
chr8 (270-323)||(5567676-5567729)
chr8 (467-519)||(19473676-19473728)
chr8 (467-519)||(19544601-19544653)
chr8 (467-519)||(19588043-19588095)
chr8 (239-269)||(9490210-9490240)
chr8 (356-418)||(29274787-29274849)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (270-544)||(7040304-7040583)
chr4 (270-544)||(23564684-23564963)
chr4 (285-544)||(18656066-18656330)
chr4 (270-539)||(23566383-23566628)
chr4 (270-544)||(52520542-52520824)
chr4 (270-544)||(52518700-52518982)
chr4 (353-511)||(54296454-54296617)
chr4 (326-454)||(3529251-3529379)
chr4 (326-454)||(23985773-23985901)
chr4 (326-519)||(52545137-52545333)
chr4 (270-459)||(3274538-3274728)
chr4 (438-519)||(56074680-56074766)
chr4 (326-426)||(24807423-24807522)
chr4 (326-376)||(18395816-18395866)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (270-544)||(29758063-29758342)
chr2 (285-449)||(20516053-20516223)
chr2 (415-502)||(8759115-8759207)
chr2 (272-338)||(8759203-8759269)
chr2 (425-519)||(18612074-18612174)
chr2 (277-327)||(31155713-31155763)
chr2 (427-464)||(17149025-17149062)
chr2 (334-386)||(18739679-18739730)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (272-544)||(44963108-44963385)
chr7 (270-544)||(20046504-20046787)
chr7 (270-544)||(28124596-28124878)
chr7 (270-544)||(28126423-28126705)
chr7 (270-544)||(4895525-4895806)
chr7 (326-449)||(37405559-37405682)
chr7 (425-544)||(28014282-28014406)
chr7 (272-358)||(44962228-44962314)
chr7 (326-544)||(25471780-25472003)
chr7 (391-466)||(4880267-4880343)
chr7 (481-530)||(8405666-8405715)
chr7 (383-459)||(4571066-4571144)
chr7 (376-438)||(36989570-36989632)
chr7 (270-315)||(6324013-6324058)
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (272-544)||(19645309-19645586)
chr6 (270-544)||(5376818-5377100)
chr6 (278-544)||(5378681-5378955)
chr6 (296-544)||(1088662-1088915)
chr6 (272-467)||(15149129-15149331)
chr6 (326-449)||(15868391-15868514)
chr6 (326-449)||(33866098-33866221)
chr6 (326-449)||(15866579-15866702)
chr6 (326-449)||(33869245-33869368)
chr6 (354-435)||(9415095-9415176)
chr6 (270-340)||(9414962-9415032)
chr6 (326-454)||(14611083-14611210)
chr6 (326-397)||(32079909-32079980)
chr6 (270-327)||(9415050-9415107)
chr6 (429-544)||(8915570-8915690)
chr6 (467-521)||(24544764-24544818)
chr6 (333-453)||(28884359-28884480)
chr6 (429-530)||(20985831-20985937)
chr6 (326-386)||(14620510-14620570)
chr6 (378-454)||(14618975-14619050)
chr6 (270-310)||(30376225-30376265)
chr6 (502-530)||(31528957-31528985)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (269-544)||(17402791-17403074)
chr3 (272-544)||(1139958-1140223)
chr3 (270-544)||(6789563-6789842)
chr3 (326-459)||(20302625-20302760)
chr3 (326-426)||(20327167-20327269)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (276-544)||(17449260-17449532)
chr1 (270-544)||(16808587-16808869)
chr1 (326-449)||(9312028-9312151)
chr1 (326-449)||(3282800-3282923)
chr1 (326-449)||(3284501-3284624)
chr1 (326-449)||(9310411-9310534)
chr1 (269-377)||(48940618-48940726)
chr1 (326-419)||(37664694-37664787)
chr1 (326-419)||(37674416-37674509)
chr1 (326-419)||(37702185-37702278)
chr1 (373-528)||(48941646-48941810)
chr1 (333-426)||(902083-902175)
chr1 (326-511)||(5924828-5925006)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (326-519)||(58785-58982)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (326-449)||(6225-6348)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (326-449)||(39787168-39787291)
chr5 (326-467)||(25076206-25076348)
chr5 (326-467)||(25134175-25134317)
chr5 (467-517)||(20012959-20013009)
chr5 (382-426)||(6569888-6569932)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (326-503)||(39144-39325)
[»] scaffold0189 (1 HSPs)
scaffold0189 (444-544)||(19063-19167)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 270 - 544
Target Start/End: Original strand, 30224173 - 30224452
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 369  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224173 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 30224272  T
Q  370 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc--- 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  30224273 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 30224372  T
Q  467 --tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224373 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 30224452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 269 - 544
Target Start/End: Original strand, 5567368 - 5567648
Alignment:
Q  269 atgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagc 368  Q
    ||||||| |||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  5567368 atgttaaaatagctggaagttatgtgaagttagttaaagtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagctaaactagagttagtagc 5567467  T
Q  369 ttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-- 466  Q
    || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||      
T  5567468 ttagttagaagttagttggagttagttactcaaactaatctctatatataggaaaactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttcta 5567567  T
Q  467 ---tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5567568 caatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 5567648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 9490745 - 9490505
Alignment:
Q  1 ttatatttagaccttgatatggggccattcttgaactttcttgctagacaatatttcatgagataactaggtttggccttttctggtccataccattaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9490745 ttatatttagaccttgatatggggccattcttgaactttcttgctagacaatatttcatgagataactaggtttggccttttctggtccataccattaca 9490646  T
Q  101 ataccaaattcaactctatttaatatcatattgttcgaagtttttccttttatccatttctcaatt-ttttaagatgaggacatagtttcaatnnnnnnn 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||           
T  9490645 ataccaaattcaactctatttaatatcatattgttcgaagtttttccttttattcatttctcaatttttttaagatgaggacatagtttcaataaaaaaa 9490546  T
Q  200 ntgaatttgaaagtattagagtaatcagtatttttcttata 240  Q
     ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  9490545 atgaatttgaaattattagagtaaccggtatttttcttata 9490505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 270 - 544
Target Start/End: Original strand, 25248955 - 25249228
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataa---gtaaactagagttagta 366  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||         |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||    
T  25248955 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagtta---------gactagagttagtaatcaactatagttaattgataataagtaaactagagttagta 25249045  T
Q  367 gcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc 466  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25249046 gcttggttagaagttagttaaaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatgatcttttatcaatctattcatttc 25249145  T
Q  467 -----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25249146 tacaatgagttactttgagtatctccctcatgagtacccttatgcttgctatcttgcttacatatatgacttttctccctatg 25249228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 272 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 3375709 - 3375443
Alignment:
Q  272 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 371  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3375709 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttctgttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 3375610  T
Q  372 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctgagt 471  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||         
T  3375609 gttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaactctattgtacccattcattatctttt-tcaatctattcatttc----- 3375516  T
Q  472 tactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
    |||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  3375515 tacaatgagtatctcccacatgagtactcttttgcttgctatcttacttacatctatgacctttctccctatg 3375443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 272 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 31032285 - 31032038
Alignment:
Q  272 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 371  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31032285 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 31032186  T
Q  372 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttct 467  Q
    ||||||||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |  |||||||||| |||||||||||||||||||||    |  |    
T  31032185 gttagaag----ttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacattactacactcattcatgatcttttatcaatctattcattctataat 31032090  T
Q  468 gagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 519  Q
    ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31032089 gagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 31032038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 285 - 544
Target Start/End: Original strand, 6428700 - 6428963
Alignment:
Q  285 aagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagt 384  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||    
T  6428700 aagttatgtggagttagtta--gtagttagacaagagttagtaatcaactataattagttgataagtaaactagagttagtaccttagttaaaagttagt 6428797  T
Q  385 tagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt----tctgagttactttg 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||| |      |||||| |||||    
T  6428798 tagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtaatcattcatcatcttttaatcaaatctattcactctacaatgagtttctttg 6428897  T
Q  479 agtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  6428898 agtatctctcacatgagtactcttatgtttgctatcttacttacatctatgacttctctccttatg 6428963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 306 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 3379366 - 3379149
Alignment:
Q  306 ggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaacta 405  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3379366 ggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagttaaactagagttagtagtttagttagaagttagttagagttagttactcaaacta 3379267  T
Q  406 atctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactct 501  Q
    ||||||||||  | ||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    |  |||||| || |||||||||||| |||||||||| |    
T  3379266 atctctatattaaggaaaactattgtactcattcatcattttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtacttt 3379167  T
Q  502 tatgcttgctatcttgct 519  Q
    ||| |||||| |||||||    
T  3379166 tatacttgctttcttgct 3379149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 355 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 36536035 - 36535860
Alignment:
Q  355 ctagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaa 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  36536035 ctagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatatagcaatactgttgtactcattcatcatcttttatcaa 36535936  T
Q  455 tctattcatttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
    ||||||||||||               ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36535935 tctattcatttc--------------aatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacctttctccctatg 36535860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 326 - 388
Target Start/End: Original strand, 14935576 - 14935638
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttaga 388  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14935576 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtaacttggttagaagttagttaga 14935638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 270 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 5567729 - 5567676
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtt 323  Q
    |||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5567729 tgttaaaatagctggaagttatgtgaagttagttaaggtagttagactagagtt 5567676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 467 - 519
Target Start/End: Original strand, 19473676 - 19473728
Alignment:
Q  467 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 519  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  19473676 tgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19473728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 467 - 519
Target Start/End: Original strand, 19544601 - 19544653
Alignment:
Q  467 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 519  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  19544601 tgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19544653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 467 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 19588095 - 19588043
Alignment:
Q  467 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 519  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  19588095 tgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttattcttgctttcttgct 19588043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 239 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 9490240 - 9490210
Alignment:
Q  239 tataagttacgaaatacttccctatagacca 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9490240 tataagttacgaaatacttccctatagacca 9490210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 356 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 29274849 - 29274787
Alignment:
Q  356 tagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatata 418  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| || |||||| ||||||||    
T  29274849 tagagttagtagcttggttacgggttagttagagttaattactccaattaatctttatatata 29274787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 270 - 544
Target Start/End: Original strand, 7040304 - 7040583
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 369  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040304 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 7040403  T
Q  370 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc--- 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  7040404 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 7040503  T
Q  467 --tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040504 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 7040583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 270 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 23564963 - 23564684
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 369  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564963 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 23564864  T
Q  370 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc--- 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  23564863 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 23564764  T
Q  467 --tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564763 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctattttgcttacatctatgacttttctccctatg 23564684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 285 - 544
Target Start/End: Original strand, 18656066 - 18656330
Alignment:
Q  285 aagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagt 384  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18656066 aagttatgtgaagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaactatagttagttgatagctaaactagagttagtagcttagttagaagttagt 18656165  T
Q  385 tagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-----tgagttactttga 479  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||    
T  18656166 tagagttagttactcaaactaatctctatatataggaaaactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctacaatgagttactttga 18656265  T
Q  480 gtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18656266 gtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 18656330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 270 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 23566628 - 23566383
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 369  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23566628 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagtta---------gactagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagacttagtagct 23566538  T
Q  370 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctga 469  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  23566537 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatc------------- 23566451  T
Q  470 gttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctcc 539  Q
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23566450 --tactttgagtatctccctcatgggtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctcc 23566383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 270 - 544
Target Start/End: Original strand, 52520542 - 52520824
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 367  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52520542 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 52520641  T
Q  368 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcattt 465  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | |||||||    
T  52520642 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttcattt 52520741  T
Q  466 c----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
    |    ||  |  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||||    
T  52520742 caatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctctttcttacatctatgatctttctccctatg 52520824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 270 - 544
Target Start/End: Original strand, 52518700 - 52518982
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 367  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52518700 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 52518799  T
Q  368 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt- 464  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||| ||| ||| | ||||||     
T  52518800 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactgttgtactcaatcatcatcttttaatcaaatattttcattc 52518899  T
Q  465 ---tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
       | ||  |  || |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  52518900 caatatggatctctatgagtatctcccacatgagttctcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 52518982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 353 - 511
Target Start/End: Original strand, 54296454 - 54296617
Alignment:
Q  353 aactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-at 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  54296454 aactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatgatcttttaat 54296553  T
Q  452 caatctattcattt----ctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgct 511  Q
    ||||| ||||||||     |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54296554 caatcaattcattttataatgagtttctatgagtatctccctcatcagtactcttatgcttgct 54296617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 326 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 3529379 - 3529251
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3529379 taatcaactgtagttagttgataggtaaactaaagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3529280  T
Q  426 tattgtactcattcattatcttttatcaa 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3529279 tattgtactcattcattatcttttatcaa 3529251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 326 - 454
Target Start/End: Original strand, 23985773 - 23985901
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23985773 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatataggaacac 23985872  T
Q  426 tattgtactcattcattatcttttatcaa 454  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  23985873 tattgtactcattcaccatcttttatcaa 23985901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 326 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 52545333 - 52545137
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||    
T  52545333 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttggttagagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 52545235  T
Q  426 tattgtactca-ttcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 519  Q
    |  |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||    |  |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  52545234 tcatgta-tcattttattatcttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgctcgctttcttgct 52545137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 270 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 3274728 - 3274538
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 369  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||    
T  3274728 tgttaaaatagttggaagttatatgaagttagttaaggtagtaaaactatagttagtaatcaactataattagttgataggtaaacaagagttagtggct 3274629  T
Q  370 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaa-cactattgtactcattcattatcttttatcaatctat 459  Q
    || ||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||  | ||  || ||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  3274628 tgattagaagttagttagagttaattactcaaattaatttctatatataaacatcatcatggtaatcattcatcatcttttatcaatctat 3274538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 438 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 56074766 - 56074680
Alignment:
Q  438 tcattatcttttatcaatctattcatttct-----gagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 519  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||     ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  56074766 tcatcatcttttatcattctattcatttctataacgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 56074680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 326 - 426
Target Start/End: Original strand, 24807423 - 24807522
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||  |||| ||||||| | ||||||  |||||||||| ||||||    
T  24807423 taatcaactatagttagttgataggtaaattagagttagaagcttggttaagagttaggaagagttagttacac-aactaaaatctatatataggaacac 24807521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 326 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 18395866 - 18395816
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttag 376  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  18395866 taatcaactatagttagttgataggtaaactatagttaataggttggttag 18395816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 270 - 544
Target Start/End: Original strand, 29758063 - 29758342
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 369  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758063 tgttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagacttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 29758162  T
Q  370 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc--- 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  29758163 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctac 29758262  T
Q  467 --tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758263 aatgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 29758342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 285 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 20516223 - 20516053
Alignment:
Q  285 aagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagt 384  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  20516223 aagttatgtgcagttagttaaggtaattaaactggagttagtaattaactatagttagt---taagttagctagggttagtagcttggttaaaagatagt 20516127  T
Q  385 tagag-----gtagttact----caaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt 449  Q
    |||||      ||||||||    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20516126 tagagttagtttagttactcaaacaaactaatttttatatataagaacactattgtactcattcattatttttt 20516053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 415 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 8759207 - 8759115
Alignment:
Q  415 tataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactctt 502  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8759207 tataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctgttcatttctacaatgagtttctttgagtatctccctcatgagtactctt 8759115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 272 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 8759269 - 8759203
Alignment:
Q  272 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatag 338  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8759269 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatag 8759203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 425 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 18612174 - 18612074
Alignment:
Q  425 ctattgtactcattcattat-cttttatcaatctattcatttc-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgc 518  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||     ||||||  | | | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18612174 ctattgtactcaatcattatacttttatcaatctattcatttctataatgagtttttgtaaatatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgc 18612075  T
Q  519 t 519  Q
    |    
T  18612074 t 18612074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 277 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 31155763 - 31155713
Alignment:
Q  277 atagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagta 327  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31155763 atagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttaaactagagttagta 31155713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 427 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 17149062 - 17149025
Alignment:
Q  427 attgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 464  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  17149062 attgtactctatcattatcttttatcaatctattcatt 17149025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 334 - 386
Target Start/End: Original strand, 18739679 - 18739730
Alignment:
Q  334 tatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagtta 386  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  18739679 tatagttagttgatacgttaactagagttagtagtctggttag-agttagtta 18739730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 272 - 544
Target Start/End: Original strand, 44963108 - 44963385
Alignment:
Q  272 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 371  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44963108 ttaagatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttg 44963207  T
Q  372 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc----- 466  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||         
T  44963208 gttagaagttagttagagttagttactcaaattaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctacaa 44963307  T
Q  467 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44963308 tgaatttctttgagtatctccctcatgaatactcttatgcttgctatcttacttacatctatgacttttctccctatg 44963385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 270 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 20046787 - 20046504
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 367  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20046787 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 20046688  T
Q  368 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataagaacactattgtactcattcattatc-ttttatcaatctattcattt 465  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  20046687 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatctttttatcaatctattcattt 20046588  T
Q  466 c-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
    |     |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20046587 ctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatctcgcttacatctatgacttttctccctatg 20046504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 270 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 28124878 - 28124596
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 367  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28124878 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 28124779  T
Q  368 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt- 464  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||||||     
T  28124778 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttcattc 28124679  T
Q  465 ---tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
       | ||  |  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  28124678 caatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 28124596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 270 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 28126705 - 28126423
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 367  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28126705 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 28126606  T
Q  368 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt- 464  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||||||     
T  28126605 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttcattc 28126506  T
Q  465 ---tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
       | ||  |  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  28126505 caatatggatctctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 28126423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 270 - 544
Target Start/End: Original strand, 4895525 - 4895806
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 367  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4895525 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagattagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 4895624  T
Q  368 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atcaatctattcatt-- 464  Q
     ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||      
T  4895625 tttggttagaagttagttagagttatttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaatatattcattcc 4895724  T
Q  465 --tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
      | ||  |  || ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  4895725 aatatggatctctatgagtatctcccagatgagtactcttatgtttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 4895806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 326 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 37405682 - 37405559
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37405682 taatcaactatagttagttgatagataaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 37405583  T
Q  426 tattgtactcattcattatctttt 449  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  37405582 tattgtactcattcactatctttt 37405559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 425 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 28014406 - 28014282
Alignment:
Q  425 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttct-----gagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 519  Q
    ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||     ||||| || |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28014406 ctattgtactcattattcatcttttatcaatctattcatttctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagcactcttatgcttgctatcttgct 28014307  T
Q  520 tacatctatgacttttctccctatg 544  Q
    |||||||||||  ||||||||||||    
T  28014306 tacatctatgatctttctccctatg 28014282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 272 - 358
Target Start/End: Original strand, 44962228 - 44962314
Alignment:
Q  272 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactag 358  Q
    |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44962228 ttaacatagttggaagttatgtgaagttagttaaggtagttagacttgagtgagtaatcaactatagttagttgataagtaaactag 44962314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 326 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 25472003 - 25471780
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtt-agaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatata-agaac 423  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| || ||||||   ||| ||||||||| || | |   ||||| |||    ||    
T  25472003 taattaactatagttagttgataggttaactagagttagtaggttggttcagtagttag--ggagttagttactccaagtcactcctataaatacctcac 25471906  T
Q  424 actattgtactcattcattatcttttatcaatctattcattt-----ctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgc 518  Q
     ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||      |||||| || | |||||||||| | ||| || |||||||||||||||||| |    
T  25471905 tctattgtactcattattcatcttttatcaatctattcatttatataatgagtttctattagtatctcccacgtgaataatcttatgcttgctatctttc 25471806  T
Q  519 ttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
    ||||||||||||  ||||||| ||||    
T  25471805 ttacatctatgatctttctccttatg 25471780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 391 - 466
Target Start/End: Original strand, 4880267 - 4880343
Alignment:
Q  391 tagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatct-attcatttc 466  Q
    ||||||||  || ||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  4880267 tagttacttcaattaatctcgatatatatgaacaccattatactcattcatcatcttttatcaatctaattcatttc 4880343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 481 - 530
Target Start/End: Original strand, 8405666 - 8405715
Alignment:
Q  481 tatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatga 530  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  8405666 tatctcccccatgaatactcttatgcttgctattttgcttacatatatga 8405715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 383 - 459
Target Start/End: Original strand, 4571066 - 4571144
Alignment:
Q  383 gttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacact-attgtactca--ttcattatcttttatcaatctat 459  Q
    ||||||| || |||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||||||    
T  4571066 gttagagttaattacttcaactaatctctatatatatgaacactcattgta-tcattttcattatcttttatcaatctat 4571144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 376 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 36989632 - 36989570
Alignment:
Q  376 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcatt 438  Q
    |||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||    
T  36989632 gaagttatgtagagttagttattcaaactaatctctatatatagaaacattattgtagtcatt 36989570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 270 - 315
Target Start/End: Original strand, 6324013 - 6324058
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttaga 315  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  6324013 tgttaaaatagtagaaagttatgtggagttagtttagatagttaga 6324058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 272 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 19645586 - 19645309
Alignment:
Q  272 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 371  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19645586 ttaagatagttagaagatatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaatcaattatagttagttgataagtaaactaaagttagtagcttg 19645487  T
Q  372 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc----- 466  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||         
T  19645486 gttagaaattagtcagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctatttatttctacaa 19645387  T
Q  467 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19645386 tgaatttctttgagtatctccctcatgagtactcttatacttgctatcttggttacatctatgacttttctccctatg 19645309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 270 - 544
Target Start/End: Original strand, 5376818 - 5377100
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 367  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5376818 tgttaaaatagttggaagttatatgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 5376917  T
Q  368 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc 466  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5376918 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcatttc 5377017  T
Q  467 -----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
         |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5377018 tacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 5377100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 278 - 544
Target Start/End: Original strand, 5378681 - 5378955
Alignment:
Q  278 tagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtta 375  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5378681 tagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagtttggtta 5378780  T
Q  376 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-----tga 469  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     |||    
T  5378781 gaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcatttctacaatga 5378880  T
Q  470 gttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
    ||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5378881 gtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 5378955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 296 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 1088915 - 1088662
Alignment:
Q  296 agttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagtt 395  Q
    |||||||||| ||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  1088915 agttagttaaagtagttaaattagagttagtgatcaactatagttagttgataagtaaattagagttagtagctttgttagaagttagttagagttagtt 1088816  T
Q  396 actcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttac-tttgagtatctccctc 490  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |  |||||| | ||||||||||||||      
T  1088815 agtcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcattctataatgagtttcttttgagtatctcccat 1088716  T
Q  491 atgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1088715 atgagtactcttatgtttgctatcttgcttacatctatgacttctcttcctatg 1088662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 272 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 15149331 - 15149129
Alignment:
Q  272 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 371  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  15149331 ttaagatagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttagacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggtcagtagcttg 15149232  T
Q  372 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaac--ac-----tattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 464  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||  ||     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15149231 gttagaagttagttagagttagttactcaaattaatttctatatataggaacgtactgttgtactgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt 15149132  T
Q  465 tct 467  Q
    |||    
T  15149131 tct 15149129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 326 - 449
Target Start/End: Original strand, 15868391 - 15868514
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15868391 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttaatagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 15868490  T
Q  426 tattgtactcattcattatctttt 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15868491 tattgtactcattcattatctttt 15868514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 326 - 449
Target Start/End: Original strand, 33866098 - 33866221
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  33866098 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcagactaatctctatatataggaacac 33866197  T
Q  426 tattgtactcattcattatctttt 449  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  33866198 tattgtactcattcactatctttt 33866221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 326 - 449
Target Start/End: Original strand, 15866579 - 15866702
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  15866579 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttaatagcttgggtagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatttaggaacac 15866678  T
Q  426 tattgtactcattcattatctttt 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15866679 tattgtactcattcattatctttt 15866702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 326 - 449
Target Start/End: Original strand, 33869245 - 33869368
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  33869245 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttacttaaactaatctctatatataggaacac 33869344  T
Q  426 tattgtactcattcattatctttt 449  Q
    |||||||| |||||| ||||||||    
T  33869345 tattgtacgcattcactatctttt 33869368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 354 - 435
Target Start/End: Original strand, 9415095 - 9415176
Alignment:
Q  354 actagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactc 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9415095 actagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttagtgaaactaatctctatatataagaacactattgtactc 9415176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 270 - 340
Target Start/End: Original strand, 9414962 - 9415032
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagtt 340  Q
    |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  9414962 tgttaaaatagttggaagttatgcggagttagttaaggtagttagactagagttagtgatcaactatagtt 9415032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 326 - 454
Target Start/End: Original strand, 14611083 - 14611210
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||    
T  14611083 taatcaactatggttagttgataggtaaattagagttagtagcttcgttaagagttatttagagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 14611181  T
Q  426 tattgtactca-ttcattatcttttatcaa 454  Q
    |  |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  14611182 tcgtgta-tcatttcattatcttttatcaa 14611210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 326 - 397
Target Start/End: Original strand, 32079909 - 32079980
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttac 397  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  32079909 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagaagcttggttaagagttagttagagttagttac 32079980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 270 - 327
Target Start/End: Original strand, 9415050 - 9415107
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagta 327  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9415050 tgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaaggaagttagactagagttagta 9415107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 429 - 544
Target Start/End: Original strand, 8915570 - 8915690
Alignment:
Q  429 tgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttctg-----agttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttaca 523  Q
    |||||||||| |  ||||||||| |||||||||||||||      |||| || ||||||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8915570 tgtactcatttagcatcttttattaatctattcatttctataataagtttctatgagtatcttccacacgagtactcttatgcttgctctcttgcttaca 8915669  T
Q  524 tctatgacttttctccctatg 544  Q
    ||||||| |||| || |||||    
T  8915670 tctatgatttttatctctatg 8915690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 467 - 521
Target Start/End: Original strand, 24544764 - 24544818
Alignment:
Q  467 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgctta 521  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24544764 tgagtttctatgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctttcttgctta 24544818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 333 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 28884480 - 28884359
Alignment:
Q  333 ctatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacact-attgt 431  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||   |||| |||||||   ||||||  || |||||| |||||| | ||||| | |||||    
T  28884480 ctatagttagttgataggttaactagagttagaagctttgtttatagttggttagagtcggttacttcaattaatctgtatataaaggaacaatcattgt 28884381  T
Q  432 actcattcattatcttttatca 453  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  28884380 actcattcattatcttttatca 28884359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 429 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 20985937 - 20985831
Alignment:
Q  429 tgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttct-----gagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttaca 523  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||     || ||  | | ||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||| |||||    
T  20985937 tgtactcatttgctatcttttatcaatctattcatttctataatgaatttttataagtatctaccacatgagtactcttatgcttgcaaacttgattaca 20985838  T
Q  524 tctatga 530  Q
    |||||||    
T  20985837 tctatga 20985831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 326 - 386
Target Start/End: Original strand, 14620510 - 14620570
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagtta 386  Q
    |||| ||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  14620510 taatcaactatgattagttgataggtaaactacagttagtagcttggttaagagttagtta 14620570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 378 - 454
Target Start/End: Original strand, 14618975 - 14619050
Alignment:
Q  378 agttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactca-ttcattatcttttatcaa 454  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  14618975 agttagttagagttagttacacaa-ctaaactctatatataggaacactcatgta-tcatttcattatcttttatcaa 14619050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 270 - 310
Target Start/End: Original strand, 30376225 - 30376265
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtag 310  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  30376225 tgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaacgtag 30376265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 502 - 530
Target Start/End: Original strand, 31528957 - 31528985
Alignment:
Q  502 tatgcttgctatcttgcttacatctatga 530  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31528957 tatgcttgctatcttgcttacatctatga 31528985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 269 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 17403074 - 17402791
Alignment:
Q  269 atgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagta 366  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17403074 atgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagta 17402975  T
Q  367 gcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctc-tatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcattt 465  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17402974 gtttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctcttatatataggaacactattgtactcattcaatatcttttatcaatctattcattt 17402875  T
Q  466 c-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
    |     |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17402874 ctacaatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 17402791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 272 - 544
Target Start/End: Original strand, 1139958 - 1140223
Alignment:
Q  272 ttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttg 371  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||            |    
T  1139958 ttaagatagttggaagttatatggagttagttaaggtagttggacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactag------------g 1140045  T
Q  372 gttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc----- 466  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||         
T  1140046 gttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcatttctacaa 1140145  T
Q  467 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1140146 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 1140223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 270 - 544
Target Start/End: Original strand, 6789563 - 6789842
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagct 369  Q
    |||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  6789563 tgttaaaatagttggaagtaatgtgtagttagttaaggtagttagactagagttggtaatcatgtatagttagtggataagtgaactagagttagtagct 6789662  T
Q  370 tggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatt----t 465  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||         
T  6789663 tggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaatactattgtactcattcactatcttttttcaatctattcattctaca 6789762  T
Q  466 ctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatc-ttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
     |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6789763 atgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctatctttgcttacatctatgacttctctccctatg 6789842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 326 - 459
Target Start/End: Original strand, 20302625 - 20302760
Alignment:
Q  326 taattaactatagtt-agttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaaca 424  Q
    |||| |||||||||| |||||| | || ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||| || | |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20302625 taataaactatagtttagttgaaaggttaactagacttagtagattggtta-aagtaagttatagttggttattcaaactaatctctatatataagaaca 20302723  T
Q  425 ct-attgtactcatt--cattatcttttatcaatctat 459  Q
    || || |||| ||||  ||||||||||||| |||||||    
T  20302724 ctcatcgtac-catttccattatcttttataaatctat 20302760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 326 - 426
Target Start/End: Original strand, 20327167 - 20327269
Alignment:
Q  326 taattaactatagtt-agttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaa--tctctatatataagaa 422  Q
    |||| |||||||||| |||||| | || ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| || | ||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  20327167 taataaactatagtttagttgaaaggttaactagacttagtagcttggtta-aagtaagttatagttggttactcaaactaatctctctatatataagaa 20327265  T
Q  423 cact 426  Q
    ||||    
T  20327266 cact 20327269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 182; Significance: 4e-98; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 276 - 544
Target Start/End: Original strand, 17449260 - 17449532
Alignment:
Q  276 gatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggtta 375  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  17449260 gatagttggaagttatatggagttagttaaggtagttggacttgagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagggttagtagcttcgtta 17449359  T
Q  376 gaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttc-----tgag 470  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||     ||||    
T  17449360 gaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacactattgtactcattcattatctttt-tcaatctattcatgtctacaatgag 17449458  T
Q  471 ttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
     | || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17449459 attctatgagtatctcccacatgagtactcttttgcttgctatcttgcttacatctatgacctttctccctatg 17449532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 270 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 16808869 - 16808587
Alignment:
Q  270 tgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagtta--gtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 367  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16808869 tgttaaaatagttggaagttatgtgtagttagttaaggtagttagactagagtaattgtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtag 16808770  T
Q  368 cttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatt- 464  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||||||     
T  16808769 tttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatatatgaacactattgtactcattcatcatcttttaatcaaatattttcattc 16808670  T
Q  465 ---tctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctccctatg 544  Q
       | ||  |  || |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  16808669 caatatggatctctatgagtatctccgacatgagtactcttatgcttgctctcttgcttacatctatgatctttctccctatg 16808587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 326 - 449
Target Start/End: Original strand, 9312028 - 9312151
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9312028 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 9312127  T
Q  426 tattgtactcattcattatctttt 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9312128 tattgtactcattcattatctttt 9312151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 326 - 449
Target Start/End: Original strand, 3282800 - 3282923
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3282800 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3282899  T
Q  426 tattgtactcattcattatctttt 449  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  3282900 tattgtactcattcactatctttt 3282923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 326 - 449
Target Start/End: Original strand, 3284501 - 3284624
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3284501 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 3284600  T
Q  426 tattgtactcattcattatctttt 449  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  3284601 tattgtactcattcactatctttt 3284624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 326 - 449
Target Start/End: Original strand, 9310411 - 9310534
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  9310411 taatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaattaatatctatatataggaacac 9310510  T
Q  426 tattgtactcattcattatctttt 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9310511 tattgtactcattcattatctttt 9310534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 269 - 377
Target Start/End: Original strand, 48940618 - 48940726
Alignment:
Q  269 atgttaagatagttgaaagttatgtggagttagttaaggtagttagactagagttagtaattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagc 368  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  48940618 atgttaaaatagttggaagttatgtggagttagttaaggtagttagacaagagttagtaatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagt 48940717  T
Q  369 ttggttaga 377  Q
    |||||||||    
T  48940718 ttggttaga 48940726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 326 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 37664787 - 37664694
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataa 419  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37664787 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatataa 37664694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 326 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 37674509 - 37674416
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataa 419  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37674509 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttattcaaactaatctctatatataa 37674416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 326 - 419
Target Start/End: Original strand, 37702185 - 37702278
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataa 419  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37702185 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaaattagttagagttagttattcaaactaatctctatatataa 37702278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 373 - 528
Target Start/End: Original strand, 48941646 - 48941810
Alignment:
Q  373 ttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacactattgtactcattcattatctttt-atc-aatctattcatttc---- 466  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||        
T  48941646 ttagaagttagttagagttggttactcaaactaatctctatacatataaacactattgtactcattcagtatcttttaatcaaatctattcatttctata 48941745  T
Q  467 ---tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctat 528  Q
       ||||||  | |||||||||| | ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  48941746 taatgagtttatatgagtatctctcacatgaatactcttatacttgctctcttgcttacatctat 48941810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 333 - 426
Target Start/End: Original strand, 902083 - 902175
Alignment:
Q  333 ctatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacact 426  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||| |||| |||||| |||||||    
T  902083 ctatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttacac-aattaaactctctatataggaacact 902175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 326 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 5925006 - 5924828
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |   |||         ||| ||||||||||||||||||    
T  5925006 taatcaactatagttagttgataggtaaattagagttagtagtttggttagaagttagttaaa--cagt---------taaactctatatataagaacac 5924918  T
Q  426 tattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgct 511  Q
    |  |||| |  ||||| |||||||||||||||||||||    |  |||||| || |||||||||||   |||| ||||||||||||||||    
T  5924917 tcgtgtattatttcatcatcttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagtatctcctatatgaatactcttatgcttgct 5924828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 326 - 519
Target Start/End: Original strand, 58785 - 58982
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  58785 taatcaactatagttagttagtaggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 58884  T
Q  426 tattgtactcattcattatcttttatcaatctattcat----ttctgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgct 519  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |  |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  58885 tattgtactcattcatcatcttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttgct 58982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 326 - 449
Target Start/End: Original strand, 6225 - 6348
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6225 taatcaactatagttaattgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 6324  T
Q  426 tattgtactcattcattatctttt 449  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  6325 tattgtactcattcactatctttt 6348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 96; Significance: 8e-47; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 326 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 39787291 - 39787168
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39787291 taatcaactatagttagttgataggtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagagttagttactcaaactaatctctatatataggaacac 39787192  T
Q  426 tattgtactcattcattatctttt 449  Q
    |||| |||||||||| | ||||||    
T  39787191 tattttactcattcactgtctttt 39787168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 326 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 25076348 - 25076206
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaaca- 424  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||   |||   ||||||||||||  ||| | || |||||||||||| ||||| |||||     
T  25076348 taatcaactatagttagttgataggttaactagaattagaagccaagtttagagttagttagagtaagtcattccaactaatctctagatataggaacaa 25076249  T
Q  425 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttct 467  Q
    | ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  25076248 caattgtactctttcatcatcttttatcaatatattcatttct 25076206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 326 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 25134317 - 25134175
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaaca- 424  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||   |||   ||||||||||||  ||| | || |||||||||||| ||||| |||||     
T  25134317 taatcaactatagttagttgataggttaactagaattagaagccaagtttagagttagttagagtaagtcattccaactaatctctagatataggaacaa 25134218  T
Q  425 ctattgtactcattcattatcttttatcaatctattcatttct 467  Q
    | ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  25134217 caattgtactctttcatcatcttttatcaatatattcatttct 25134175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 467 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 20013009 - 20012959
Alignment:
Q  467 tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttg 517  Q
    |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  20013009 tgagtttctatgagtatctcccacatgagtactcttatgcttgctttcttg 20012959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 382 - 426
Target Start/End: Original strand, 6569888 - 6569932
Alignment:
Q  382 agttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacact 426  Q
    |||||||| |||||| || |||||||||||||||||| |||||||    
T  6569888 agttagagttagttagtccaactaatctctatatataggaacact 6569932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 88; Significance: 5e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 326 - 503
Target Start/End: Original strand, 39144 - 39325
Alignment:
Q  326 taattaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttagaggtagttactcaaactaatctctatatataagaacac 425  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||    
T  39144 taatcaactatagttagttgataagtaaactagagttagtagcttggttagaagttagttaaagttagttacac-aactaaactctatatataggaacac 39242  T
Q  426 tattgtactca-ttcattatcttttatcaatctattcatttc-----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactctta 503  Q
    |  |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||     ||||||  | |||||||||||| ||||||||||||||    
T  39243 tcatgta-tcatttcatcatcttttatcaatctattcatttctataatgagtttttatgagtatctcccacatgagtactctta 39325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0189 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0189
Description:

Target: scaffold0189; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 444 - 544
Target Start/End: Original strand, 19063 - 19167
Alignment:
Q  444 tcttttatcaatctattcatttc----tgagttactttgagtatctccctcatgagtactcttatgcttgctatcttgcttacatctatgacttttctcc 539  Q
    |||||||||||||||||||||      |||||| || |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19063 tcttttatcaatctattcattctataatgagtttctatgagcatctcccacatgagtactcctatgctttctatcttgcttacatctatgatttttctcc 19162  T
Q  540 ctatg 544  Q
    |||||    
T  19163 ctatg 19167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University