View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5297-Insertion-1 (Length: 1063)

Name: NF5297-Insertion-1
Description: NF5297
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5297-Insertion-1
NF5297-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (24-975)||(50640240-50641187)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 820; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 820; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 50641187 - 50640240
Alignment:
Q  24 attgttcaagttcatggttcaatggttaaggactaactattaataaagtactaaatagaggtatttttaaattggtgagacaatagacttttatatattt 123  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  50641187 attgttcaagttcatggttctatgtttaaggactaactattactaaagtactaaatagaggtatttttaaattggtgagacaatagacttttacatattt 50641088  T
Q  124 aaaattgtattaaacttttttccaatgaagataatctttgttaatcataattactatgcaggttggatggaagacaaaagcacaaatgtgggtgtaggga 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50641087 aaaattgtattaaacttttttccaatgaagataatctttgttaatcataattactatgcaggttggatggaagacaaaagcacaaatgtgggtgtaggga 50640988  T
Q  224 aaggagtttctgtaaatgcaggccataagagtaaggggaagccttcaactgttgtagttggtccacactcaccttttgcttacaactatgctgccactga 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50640987 aaggagtttctgtaaatgcaggccataagagaaaggggaagcctgcaactgttgtagttggtccacactcaccttttgcttacaactatgctgccactga 50640888  T
Q  324 gactcaattacatgatgatcctagagcagcattattcttcttggaagaagacttgcaccctggaataaaaatggacttaaacttcattagaagttcaaat 423  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50640887 gactcaattacatgatgaccctagagcagcattattcttcttggaaaaagacttgcaccctggaacaaaaatggacttaaacttcattagaagttcaaat 50640788  T
Q  424 gtagccgcattcttgcctcgacaagttgcgtctgcaacaccgttttcatccgaaaagttgagtcatatttttaataagttttctgtcaaacctgagtcag 523  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50640787 gtagccacattcttgcctcgacaagttgcgtctgcaacaccgttttcatccgaaaagttgagtcatatctttaataagttttctgtcaaacctgagtcag 50640688  T
Q  524 aggaggctcatgtcatgaagaatactattgaggagtgtgaagacgcagccattcaaggcgaagaaaaatattgtgcaacctcgcttgaatccatggttga 623  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50640687 aggaggctcatgtcatgaagaatactattgaggagtgtgaagacgcagccattcaaggcgaagaaaaatattgtgcaacctcgcttgaatccatggttga 50640588  T
Q  624 ttttagcatttcgaagcttgggaaaagagttaaggttgtgtctactacggtggtagacaacaagagtgcagggttaaagaaatacacactaaaatcagga 723  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50640587 ttttagcatttcgaagcttgggaaaagagttaaggttgtgtctactacggtggtagacaacaagagtgcagggttaaagaaatacacactaaaatcagga 50640488  T
Q  724 ttaatgaagctaactgcagaggataaggctgttgtgtgtcacaaacaaaattatccatatgctatattttattgtcacaaaacagagagcacgagagctt 823  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  50640487 ttaatgaagctaactgcagaggataaggctgttgtgtgtcacaaacaaaattatccatatgctatattttattgtcacaaaacagagagcacaagagctt 50640388  T
Q  824 attttgtttcctttggaggccgataacggggactagagtttaaagccgacgctgtagtggtatgccacaacagattacatc-aaatggaaccccgaacac 922  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  50640387 attttg-ttcctttggaggccgataac-gggactagag-ttaaagccgacgctgtagtgatatgccac-acaga-tacatcaaaatggaaccccgaacac 50640293  T
Q  923 aattgcctttccagtggctcaaatttaagccaggaacc--ttcggtctgccactt 975  Q
     |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  50640292 -attgcctttcaagt-gctcaaaattaagccaggaaccctttcggtctgccactt 50640240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University