View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5299-Insertion-1 (Length: 1130)
Name: NF5299-Insertion-1
Description: NF5299
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5299-Insertion-1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 735; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 735; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 947
Target Start/End: Original strand, 14604842 - 14605782
Alignment:
| Q |
8 |
catatccaaccagatatgcatcttcaaagttaatttgcattctcttttgaattttaagatgattatatttagatcacaaatagacctcaccttccattga |
107 |
Q |
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| T |
14604842 |
catatccaaccagatatgcatcttcaaagttaatttgcattctcttttgaattttaagatgattatatttagatcacaagtagacctcaccttccattga |
14604941 |
T |
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| Q |
108 |
tgctatgatatttaacttttactctataatttgaacacctttggtttgaaggagtataaatatcagtg---ataaaatttggcctattttattgttttaa |
204 |
Q |
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| T |
14604942 |
tgctatgatatttaacttttactctataatttgaacacctttggtttgaaggagtataaatatcagtgataataaaatttggcctattttattgttttaa |
14605041 |
T |
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| Q |
205 |
tccttgctactgcaataagaaaataatttttgctttagacattttagttatggacttaatggggtttcagtggttgggtttagttttccattcaaaatgg |
304 |
Q |
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| T |
14605042 |
tccttgctactgcaataagaaaataatttttgctttagacattttagttatggacttaat-ggattttagtggttgggtttagtttttcattcaaaatgg |
14605140 |
T |
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| Q |
305 |
tacatgatttgtgttaactttttccctcttatattctctatcttctttttgttaagtttatacattttcacattcaaattgagtgttgttggtcttttct |
404 |
Q |
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| T |
14605141 |
tacatgatttgtgttaattttttccctcttatattttctatcttctttttgttaagtttatacattttcccattcaaattgagtgttgttggttttttct |
14605240 |
T |
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| Q |
405 |
tcacatttctaattgagatatgaatgaaggctatttcggattcctcataact--aatgtcacaggagtcacatcagccttacacccagtcttgatattct |
502 |
Q |
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| T |
14605241 |
tcacatttctaattgagatatgaatgaaggctatttcggattcctcataactaaaatgtcagaggagccacatcagctttacacccagccttgatattct |
14605340 |
T |
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| Q |
503 |
agaataatgcaacaaccttgaaagttaatagagttatagtgcaagtaaagcacaaatttagttgcacaaaacaaatgatgcatgtcctgttagttagatt |
602 |
Q |
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| T |
14605341 |
agaataatgcaacaaccttgaaag-taatagagttatagtgcaagtaaaacacaaatttagttgcacaaaacaaatgatgcatgtcctgttagttagatt |
14605439 |
T |
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| Q |
603 |
attttagacatagttaaagcactttgaatctacttcaacgtgaagttccattattttaaacatagttaaagcacatttggatctacttctacacgaagtt |
702 |
Q |
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| T |
14605440 |
attttagacatagttaaagcactttgaatctacttcagcatgaagttccattattttaaacatagttaaagcacatttgaatctacttctacatgaagtt |
14605539 |
T |
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| Q |
703 |
tcaatatatatcacttacattgaaggtttcatgctaccatgtttatgttttaacatatgtgtaattttgaattgatatattaaatattgatatgaattgt |
802 |
Q |
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| T |
14605540 |
tca--atatatcacttacattgaaggtttcatgttaccatgtttatgttttaacatatgtgaaattttgaattgatatattaaatattgatatgaattgt |
14605637 |
T |
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| Q |
803 |
tttacaaactttggataaaaagatgtttgtttactgattttagttaaaa----atannnnnnngtttctacaaatgggatgcaatgttttaatatgtgtt |
898 |
Q |
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| T |
14605638 |
tttacaaacttt-gatacaaagatgtttgtttactgattttagttaaaatattttcttaatttgtttctacaaat-ggatgcaatgttttaatatgtgtt |
14605735 |
T |
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| Q |
899 |
aaattacccatgacattatatttgggatgcatatttcatgtcatccata |
947 |
Q |
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| T |
14605736 |
-aatta-ctatgacattatatttgggatgcatatttcatgtcatccata |
14605782 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 722; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 844
Target Start/End: Complemental strand, 32618072 - 32617239
Alignment:
| Q |
8 |
catatccaaccagatatgcatcttcaaagttaatttgcattctcttttgaattttaagatgattatatttagatcacaaatagacctcaccttccattga |
107 |
Q |
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| T |
32618072 |
catatccaaccagatatgaatcttcaaagttaatttgcattctcttttgaattttaagatgattatatttagatcacaaatagacctcaccttccattga |
32617973 |
T |
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| Q |
108 |
tgctatgatatttaacttttactctataatttgaacacctttggtttgaaggagtataaatatcagtgataaaatttggcctattttattgttttaatcc |
207 |
Q |
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| T |
32617972 |
tgctatgatatttaacttttactctataatttgaacaccgttggttcgaagaagtataaatatcagtgataaaatttggcatattttattgttttaatcc |
32617873 |
T |
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| Q |
208 |
ttgctactgcaataagaaaataatttttgctttagacattttagttatggacttaatggggtttcagtggttgggtttagttttccattcaaaatggtac |
307 |
Q |
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| T |
32617872 |
ttgctactgcaataagaaaataatttttgctttagacattttagttatggacttaatgag-tttcagtggttgggtttagttttccattcaaaatggtac |
32617774 |
T |
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| Q |
308 |
atgatttgtgttaactttttccctcttatattctctatcttctttttgttaagtttatacattttcacattcaaattgagtgttgttggtcttttcttca |
407 |
Q |
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| T |
32617773 |
atgatttgtgttaattttttcccacttatattttctatcttctttttgttaagtttatacattttcacattcaaattgagtgatgttggtcttttcttca |
32617674 |
T |
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| Q |
408 |
catttctaattgagatatgaatgaaggctatttcggattcctcataactaatgtcacaggagtcacatcagccttacacccagtcttgatattctagaat |
507 |
Q |
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| T |
32617673 |
catttctaattgagatatgaatgaaggctatttcggattcctcataactaatgtcacaggagccacatcagccttacacccaatcttgatattctagaat |
32617574 |
T |
|
| Q |
508 |
aatgcaacaaccttgaaagttaatagagttatagtgcaagtaaagcacaaatttagttgcacaaaacaaatgatgcatgtcctgttagttagattatttt |
607 |
Q |
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| T |
32617573 |
aatgcaacaaccttgaaagttaatagagttatagtgcaagtaaagcacaaatttagttgcacaaaacaaatgatgcatgtcctgttagttagattatttt |
32617474 |
T |
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| Q |
608 |
agacatagttaaagcactttgaatctacttcaacgtgaagttccattattttaaacatagttaaagcacatttggatctacttctacacgaagtttcaat |
707 |
Q |
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| T |
32617473 |
agacatagttaaaacactttgaatctacttcaacatgaaattccattattttaaacatagttaaagcacatttgaatctgcttatgcatgaagtttcaat |
32617374 |
T |
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| Q |
708 |
atatatcacttacattgaaggtttcatgctaccatgtttatgttttaacatatgtgtaattttgaattgatatattaaatattgatatgaattgttttac |
807 |
Q |
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| T |
32617373 |
--atatcacttacattgaaggtttaatgctaccatgtttatgttttaacatatgtgaaattttgaattgatatattaaatattgatatgaattgttttac |
32617276 |
T |
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| Q |
808 |
aaactttggataaaaagatgtttgtttactgatttta |
844 |
Q |
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| T |
32617275 |
aaactttggatacaaagatgtttgtttattgatttta |
32617239 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 913 - 977
Target Start/End: Complemental strand, 32617213 - 32617144
Alignment:
| Q |
913 |
attatatttgggatgcatatttcatgtcatccatagaattata-----atatagttatgtggatataaaa |
977 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||| |
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| T |
32617213 |
attatatttgggatgcatatttcatgtcatccatatatatatatatatatatagttatgtggatataaaa |
32617144 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 709 - 758
Target Start/End: Original strand, 23652436 - 23652484
Alignment:
| Q |
709 |
tatatcacttacattgaaggtttcatgctaccatgtttatgttttaacat |
758 |
Q |
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| T |
23652436 |
tatatcactaacattgaaggtctcatgctatcatg-ttatgttttaacat |
23652484 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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