View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5299-Insertion-3 (Length: 916)

Name: NF5299-Insertion-3
Description: NF5299
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5299-Insertion-3
NF5299-Insertion-3
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (8-915)||(4756335-4757242)
chr5 (192-679)||(4748736-4749220)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 751; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 751; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 915
Target Start/End: Complemental strand, 4757242 - 4756335
Alignment:
Q  8 ctcatcacataaatcaatgtcttgtcggtgttgaatactaaatgcatgtttgatatcataaaattatgactgagtcgatgtgattttgcaacnnnnnnnn 107  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||            
T  4757242 ctcatcacataaatcaatgttttgtcggtgttgaatactaaatgcatgtttgatatcataaaattatgac-gagtcgatgtgattttgcaacaaaaaaaa 4757144  T
Q  108 tggtggttcaccataattttgaagaatccacggcgataccaaacatgcaccgattaattattnnnnnnnnnn-ctattatgactaaccttgagtgcttta 206  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||    
T  4757143 tggtggttcaccataatttcgaagaatccacagcgataccaaacatgtaccgattaattattaaaaaaaaaaactattatgactaaccttgagtgcttta 4757044  T
Q  207 tggaatgcaaatccagtgagattgatggcgagtgatttcattcccttaagcaaatcaatgtacaaattttcaaccaaaccaaggtccacgtgatcacgat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4757043 tggaatgcaaatccagtgagattgatggcgagtgatttcattcccttaagcaaatcaatgtacaaattttcaaccaaaccaaggtccacgtgatcacgat 4756944  T
Q  307 cagaagaaatgaagatggtagtgatgacttcaaaagcaaactttctcatctctttaagaaactcacatggtgtgttcattttagacaactcttctaaatg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4756943 cagaagaaatgaagatggtagtgatgacttcaaaagcaaactttctcatctctttaagaaactcacatggtgtgttcattttagacaactcttctaaatg 4756844  T
Q  407 tttcacagcactatcctcaatgagaccaatataagttgacaatgcttcgtcaccatttatgggagaagtgattaaacgtctcaaacgtttgtgttcagaa 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4756843 tttcacagcactatcctcaatgagactaatataagttgacaatgcttcgtcaccatttatgggagaagtgattaaacgtctcaaacgtttgtgttcagaa 4756744  T
Q  507 tttgagattccatggaatgatcttttacctgtaaggaccatggttgaatgagggtatccaaccttgagattctcttcgtcggttagaaccttacgacatg 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4756743 tttgagattccatggaatgatcttttacctgtaaggaccatggttgaatgagggtatccaaccttgagattctcttcgtcggttagaaccttacgacatg 4756644  T
Q  607 tctctggtgtgcatactatgatgcttggactcccaaacaaatgtgttctatacatacctgtctttccatatctaataaaataaaagtaacattaatcact 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4756643 tctctggtgtgcatactatgatgcttggactaccaaacaaatgtgttctatacatacctgtctttccatatctaataaaataaaagtaacattaataact 4756544  T
Q  707 tttgtgagtagtactaaagatgttttgactcctctacagccgcatacggtgcaatactttcagaatttgttgaaattagttaaactgaaagtcaaaagtt 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4756543 tttgtgagtagtactaaagatgttttgactcctctacagccacatacggtgcaatactttcagaa-tcgttgaaattagttaaactgaaagtcaaaagtt 4756445  T
Q  807 taacagtttaaataattcaacgattctctagtaactgtaccgtacaaatgccgcagagaatttcaaatttcacactatgagc--aatagatag-agagta 903  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  4756444 taactctttaaataattcaacgattctctagtaactgtaccgtacaaatgcggcagagaa-ttcaaa-ttcacactatgagcaaaatagatagaagagta 4756347  T
Q  904 cctagaaacaag 915  Q
    ||||||||||||    
T  4756346 cctagaaacaag 4756335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 192 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 4749220 - 4748736
Alignment:
Q  192 accttgagtgctttatggaatgcaaatccagtgagattgatggcgagtgatttcattcccttaagcaaatcaatgtacaaattttcaaccaaaccaaggt 291  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| ||||  |||||||| |   | ||  |||||||   ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  4749220 accttgagtgctttatagaatggaaagccaggaagattgatcgattgggacctcattcctcgaagcaaatcaatgtacaaatgctcaaccaaagcaaggt 4749121  T
Q  292 ccacgtgatcacgatcagaagaaatgaagatggtagtgatgacttcaaaagcaaactttctcatctctttaagaaactcacatggtgtgttcattttaga 391  Q
    |  | || ||||||||||| |||| |||||  | ||||||||| |||||||  |||||| |   |||||| |||||||||   ||||||||| |||||||    
T  4749120 cagcatgttcacgatcagaggaaaagaagacagaagtgatgacatcaaaagtgaactttttggcctctttgagaaactcaaccggtgtgttcgttttaga 4749021  T
Q  392 caactcttctaaatgtttcacagcactatcctcaatgagaccaatataagttgacaatgcttcgtcaccatttatgggagaagtgattaaacgtctcaaa 491  Q
    | | |||||||||| ||||||  || |||| || ||||||||||||||| |  ||||   ||||| ||||||||| ||||| ||| |||    || ||||    
T  4749020 cgaatcttctaaatttttcactacaatatcttctatgagaccaatataattgtacaa---ttcgtgaccatttattggagacgtggttacctttcgcaaa 4748924  T
Q  492 cgtttgtgttcagaatttgagattccatggaatgatcttttacctgtaaggaccatggttgaatgagggtatccaaccttgagattctcttcgtcggtta 591  Q
    ||||| || || | | |||| ||||||||||||||| |||| |||| |||  |||| | ||||  |||||||||   ||||||||  || |||||  |||    
T  4748923 cgtttatgctcggcacttgatattccatggaatgattttttccctgcaagtgccatagctgaagcagggtatcctggcttgagatgttcctcgtctttta 4748824  T
Q  592 gaaccttacgacatgtctctggtgtgcatactatgatgcttggactcccaaacaaatgtgttctatacatacctgtctttccatatct 679  Q
    | || ||||||||||||||||| | ||| ||||||| | |||||  ||||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||    
T  4748823 gtacattacgacatgtctctggcgagcaaactatgacggttggatacccaaacaaatgtgtcctgtacatacctgtcctgccatatct 4748736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University