View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5301-Insertion-6 (Length: 967)

Name: NF5301-Insertion-6
Description: NF5301
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5301-Insertion-6
NF5301-Insertion-6
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (17-966)||(156240-157189)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 925; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 925; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 966
Target Start/End: Original strand, 156240 - 157189
Alignment:
Q  17 taccaagtttcagcctcagcaaactctacaattattttcaccacttaatatttttacgtcaattcttcatgttaatggcaattctgtgacattatatttc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  156240 taccaagtttcagcctcagcaaactctacaattattttcaccacttaatatttttacgtcaattcttcatgttaatggcaattctgtgacattatatttc 156339  T
Q  117 tattcatagacaacagttagaaaagaaggaccaagtctgcatctctttataccaagaacatggatgcacccaaataattgactatgtcgtattagtttga 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  156340 tattcatagacaacagttagaaaagaaggaccaagtctgcatctctttataccaagaacatggatgcaaccaaataattgactatgtcgtattagtttga 156439  T
Q  217 agaatgtttcatacttatcgtacactaaaaattcctggctaggggccaaaaagggcctaacaattcattcaagttgtaaagacaattaaatttaatacac 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  156440 agaatgtttcatacttatcgtacactaaaaattcctggctaggggccaaaaagggcctaacaattcattcaagttgtaaagacaattaaatttaatacac 156539  T
Q  317 atgtttacgacaacagcagctattctccaagaggggaattgaaacccccaattctaaaccatctaagaaaagagaagtacacttcatgaaaaataaccaa 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  156540 atgtttacgacaacagcagctattctccaagaggggaattgaaacccccaattctaaaccatctaagaaaagagaagtacacttcatgaaaaataaccaa 156639  T
Q  417 tgctttgattcaataacccgacattaaagtgcacccacaatgctcctcactctagtcctgcaaaaagaatgtaatgaaaccatcagatacattattgcta 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  156640 tgctttgattcaataacccgacattaaagtgcacccacaatgctcctcactctagtcctgcaaaaagaatgtaatgaaaccatcagatacattattgcta 156739  T
Q  517 acatgaggataagacaagaacacaaacaagcagagcatatatgatcctaaacaattcatacacaattgtatgatcagttcttgttgcatttaattctcct 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  156740 acatgaggataagacaagaacacaaacaagcagagcatatatgatcctaaacaattcatacacaattgtatgatcagttcttgttgcatttaattctcct 156839  T
Q  617 ataatggatctcattacgtcaaggccaaggatgagagtaggtaggatctaggatctatgcttagttaattgtaattattggctaaaatcgtaataaaata 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  156840 ataatggatctcattacgtcaaggccaaggatgagagtaggtaggatctaggatctatgcttagttaattgtaattattggctaaaatcgtaataaaata 156939  T
Q  717 atggttgggtatgttgggcagcacctgctaacatgttnnnnnnngatgtgtgatgaaggcacaaatgtaggcagtccaattagttgtgagcaagtataat 816  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  156940 atggttgggtatgttgggcagcacctgctaacatgttaaaaaaagatgtgtgatgaaggcacaaatgtaggcagtccaattagttgtgagcaagtataat 157039  T
Q  817 tacatatcatggaggaatgatgatggttaatttatcagagattcacaagaaaagcttgagtaacacaaggaaaagtatgacacatacctgttccattgca 916  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  157040 tacatatcatggaggaatgatgatggttaatttatcagagattcacaagaaaagcttgagtaacacaaggaaaagtatgacacatacctgttccattgca 157139  T
Q  917 gtagaatcagtattactctgctcttgtgtatctttagattcatcaggaac 966  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  157140 gtagaatcagtattactctgctcttgtgtatctttagattcatcaggaac 157189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University