View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5301-Insertion-8 (Length: 920)

Name: NF5301-Insertion-8
Description: NF5301
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5301-Insertion-8
NF5301-Insertion-8
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-916)||(43870518-43871428)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 690; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 690; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 916
Target Start/End: Complemental strand, 43871428 - 43870518
Alignment:
Q  8 aaaagttgatatcctattttgtcttagtaagacgttaatttggatcatctagcaccttgtgaattcaaaaggatcttgcaatcttacaaattaaataagt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  43871428 aaaagttgatatcctattttgtcttagtaagacgttaatttggatcatctagcaccttgtgaattcaaaaggatcttgcaatcttacaaattaaatgagt 43871329  T
Q  108 tgagttgatttcatttgaaataatagtggttaatgaagcttaaaatgagatatgtggataaacagttttgaactcatttgatatttgaatttttcttaga 207  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43871328 cgagttgatttcatttgaaataatagtggttaatgatacttataatgagatatgtggataaaaagttttgaactcatttgatatttgaattttccttaga 43871229  T
Q  208 ta----cgagtattgaatctttaaattgtaagnnnnnnnnnnnnnttacataaataccatcaactttggtgggaaatatttgcaggagactatcatactt 303  Q
    ||    |||||||| |||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43871228 tatatacgagtattaaatctttaaattgtaagtatatatatatatttacataaataccatcaactttggtgggaaatatttgcaggagactatcatactt 43871129  T
Q  304 cnnnnnnn-gactcagactatcatctacttttttaaagnnnnnnnnntatatcaaaatttagataaagataaaatattaagttaggtataggaaccaagt 402  Q
    |        |||||||||||||||||||||||||  |          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43871128 cttttttttgactcagactatcatctactttttttta---aaaaaaatatatcaaaatttagataaagataaaatattaagttaggtataggaaccaagt 43871032  T
Q  403 agtgtctgatgacctggacctgataaaggatgacacgatgatgaggattaaatgttgtatgatgggcccatcagccatgttgagcttctgctctgtgcca 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  43871031 agtgtctgatgacctggacctgataaaggatgacacgatgatgaggattaaatgttgtatgatggccccatcagccatgttgagtttttgctctgtgcca 43870932  T
Q  503 tcacttttttgaagtttctttctgttatttcattttcacaaagtctggcccattgaccccaaatttttggaccacattgcttttatagaaaagagaacaa 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43870931 tcacttttttgaagtttctttctgttatttcattttcacaaagtctggcccattaaccccaaatttttggaccacaatgcttttatagaaaagagaacaa 43870832  T
Q  603 aacttgcatttcaggatctgtcgcttctgtacctcttgggatatcataaagacataaacttacacatcatcttgaggnnnnnnnnctccttataagaaga 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||    
T  43870831 aacttgcatttcaggatctgtcgcttctgtacctcttgggatatcataaagacataaacttacacatcatcttgagg-tttttttctccttataagaaga 43870733  T
Q  703 ggtcattaatattaattatcatcatgtggttgtagataaaaccttctatttttgactctcgtgtcattacaagtacctattacttctataattaaaaaat 802  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43870732 gttcattaatattaattatcatcatgtggttgtagataaaaccttctatttttgactctcgtgtcattacaagtacctattacttctataattaaaaaat 43870633  T
Q  803 ttcttgcagattattaaaatttcagtgaatcaattttcatgcactcattggaagagattccaactatatttgacttgacaattgtagtaacatactagc- 901  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  43870632 ttcttgcagattattaaaatatcagtgaatcaattttcatgcactcattggaagagattccaactatatttgacttgacaattgtagtaacatactagca 43870533  T
Q  902 tgtcttttagccttg 916  Q
    |||||||||||||||    
T  43870532 tgtcttttagccttg 43870518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University