View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5302-Insertion-2 (Length: 962)

Name: NF5302-Insertion-2
Description: NF5302
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5302-Insertion-2
NF5302-Insertion-2
[»] scaffold0048 (6 HSPs)
scaffold0048 (509-863)||(59779-60136)
scaffold0048 (7-436)||(85204-85633)
scaffold0048 (509-897)||(85706-86095)
scaffold0048 (509-844)||(47194-47526)
scaffold0048 (39-444)||(60197-60602)
scaffold0048 (39-444)||(47589-47998)
[»] scaffold0185 (2 HSPs)
scaffold0185 (509-897)||(6400-6790)
scaffold0185 (39-444)||(6854-7259)


Alignment Details
Target: scaffold0048 (Bit Score: 277; Significance: 1e-154; HSPs: 6)
Name: scaffold0048
Description:

Target: scaffold0048; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 509 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 60136 - 59779
Alignment:
Q  509 taagagacttaccaatatagtttccaacaccatagctttgatcacttttaaaactgtatgtttgtgctttgagtg---atgagcagcaagtttggattca 605  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| ||| ||| ||||||    
T  60136 taagagacttaccaataaagtttccaacaccatagctttgatcacttttaaaactgtatgtttgttctttgagtggtgatgagcaacaacttttgattca 60037  T
Q  606 agcatgtcatcaagatcaacaacagggcgaaaacattgagataatttgctctttgaaaagctcctcatgatgtgtaactcaagaaaaagaaattcttcaa 705  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  60036 agtatgtcatcaagatcaacaacagggcgaaaacattgagataatttgctctttgaaaagctcctcatgatgtgtaactcaagaaaaagaaattcttcaa 59937  T
Q  706 gagtttggagttacaaataaggatattttttatgtataacctcaaagctagcaagggaaacaccacatatagaaaatagggtaactctttttgatatgaa 805  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  59936 gagtttggagttacagatgaggatat-ttttgcgtataacttcaaagctagcaagggaaacaccacatttagaaaataggttaactctttttgatatgaa 59838  T
Q  806 aatttggttttggttgtaagatgcaagaaatgtttggttggtggg-tattatatattgt 863  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  59837 aatttggttttggttgtaagatgcaagaaatgtttggttggtgggttattatatattgt 59779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 7 - 436
Target Start/End: Original strand, 85204 - 85633
Alignment:
Q  7 actttggactgtacactgcactgtatcttgttccatatggcaacatctttcggcacctatagtttgagttacaaagagagaaaaggaagatccatatgga 106  Q
    |||||||||| | |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  85204 actttggactatgcactacactgtatcttgcaccatatggcaacatctttcggcacctatagtttgagttgcaaagagagaaaaggaagatccatattga 85303  T
Q  107 tgtcnnnnnnnttccaaatagtttcccaaaaaacaccgtaaatactaagcttatgagaaccaaagaaattgcataaaactcaaaattcttttgtttctct 206  Q
     |||       |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  85304 agtcagaaaaattccaaatagtttcccgaaaaacacagtaaatactaagcttattagaaccaaacaaattgcacgaaactcaaacttcttttgtttctct 85403  T
Q  207 aatattggtcttcctcgaagaggttctttctcatgttttgctttggtggacatgatctttgattgtgataactttggactgtctgaagataaacttgtca 306  Q
    |||||||  ||| || |   || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| | | |||||||||||||||||||    
T  85404 aatattgcgctttcttgtttagtttctttctcatgttttcctttggtggacatgttctttgattgtgataccgttgaattatctgaagataaacttgtca 85503  T
Q  307 aagacgattgagtggcgttggttactttcttatacgtcgaataattatgctttgacacaccaaaacaatcaaagccgtaacaagttttatgacgagctct 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  85504 aagacgattgagtggcgttggttactttcttatacgtcgaataattatgctttgacacaccaaaacaatcaaagccgtaacaagttttatgacgagctct 85603  T
Q  407 tttattctgcaagacgaagatattaaaagt 436  Q
    | ||||||||||||   |||||||||||||    
T  85604 tctattctgcaagaattagatattaaaagt 85633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 509 - 897
Target Start/End: Original strand, 85706 - 86095
Alignment:
Q  509 taagagacttaccaatatagtttccaacaccatagctttgatcacttttaaaactgtatgtttgtgctttgagtg---atgagcagcaagtttggattca 605  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| ||| ||| ||||||    
T  85706 taagatacttaccaatatagtttccaacaccatagctttgatcacttttaaaactgtatgtttgttctttgagtggtgatgagcaacaactttagattca 85805  T
Q  606 agcatgtcatcaagatcaacaacagggcgaaaacattgagataatttgctctttgaaaagctcctcatgatgtgtaactcaagaaaaagaaattcttcaa 705  Q
    || | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  85806 agtaggtcatctagatcaacaacagggcgaaaacattgagagaatttactctttgaaaagctcctcatgatgtgtaactcaagaaaaagaaattcttcaa 85905  T
Q  706 gagtttggagttacaaataaggatattttttatgtataacctcaaagctagcaagggaaacaccacatatagaaaatagggtaactctttttgatatgaa 805  Q
    ||||||||||||||| || |||||| ||||| ||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||    
T  85906 gagtttggagttacagatgaggata-tttttgtgtgtaacttc-aagctagcaaggaaaacaccacatataaaaaataggacacctcttttttatatgaa 86003  T
Q  806 aatttggttttggttgtaagatgcaagaaatgtttggttggtgggtattatatattgttgttatggctctctatttatttgaagtgattgct 897  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  86004 aatttggttttggttgtaagatgcaagaaatgtttggttggtgggtattatatattgttgctatggctctctatttatgtgaagtgactgct 86095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048; HSP #4
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 509 - 844
Target Start/End: Complemental strand, 47526 - 47194
Alignment:
Q  509 taagagacttaccaatatagtttccaacaccatagctttgatcacttttaaaactgtatgtttgtgctttgagtgatgagcagcaagtttggattcaagc 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||| ||| ||||||||     
T  47526 taagagacttaccaatatagtttccaacaccatagctttgatcacttttaaaactgtatgtttgttcttggagtggtgagcaacaactttagattcaagt 47427  T
Q  609 atgtcatcaagatcaacaacagggcgaaaacattgagataatttgctctttgaaaagctcctcatgatgtgtaactcaagaaaaagaaattcttcaagag 708  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47426 atctcatgaagatcaacaacagggcgaaaccattgagataatttgctctttgaaaagttcctcatg--gtgtaactcaagaaaaagaaattcttcaagag 47329  T
Q  709 tttggagttacaaataaggatattttttatgtataacctcaaagctagcaagggaaacaccacatatagaaaatagggtaactctttttgatatgaaaat 808  Q
    |||||||||||| || |||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  47328 tttggagttacagatgaggata-tttttgcgtataacttcaaagctagcaagggaaacaccacatatagaaaatagggtaactcttttttatatgaaaat 47230  T
Q  809 ttggttttggttgtaagatgcaagaaatgtttggtt 844  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47229 ttggttttggttgtaagatgcaagaaatgtttggtt 47194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048; HSP #5
Raw Score: 237; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 39 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 60602 - 60197
Alignment:
Q  39 ccatatggcaacatctttcggcacctatagtttgagttacaaagagagaaaaggaagatccatatggatgtcnnnnnnnttccaaatagtttcccaaaaa 138  Q
    |||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||       | ||||||| |||||||||||    
T  60602 ccatatagcaacatcttttggcagatatagtttgagttccaaagagagaaaaggaagatccatatcgatgtcaaaaaaataccaaatattttcccaaaaa 60503  T
Q  139 acaccgtaaatactaagcttatgagaaccaaagaaattgcataaaactcaaaattcttttgtttctctaatattggtcttcctcgaagaggttctttctc 238  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||   ||  ||||||||    
T  60502 acacagtaaatactaagcttatgagtaccaaagaaattgcataaaactcaaaattcttttgcttctctattattgtgcttcctcggcaagtatctttctc 60403  T
Q  239 atgttttgctttggtggacatgatctttgattgtgataactttggactgtctgaagataaacttgtcaaagacgattgagtggcgttggttactttctta 338  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |  |||||||||||||| ||| || |||| ||||||||||    
T  60402 ttgttttcctttggtggacatgatctttgattgtgatacctttgaactatctgaagatatagctgtcaaagacgattcagtagctttggctactttctta 60303  T
Q  339 tacgtcgaataattatgctttgacacaccaaaacaatcaaagccgtaacaagttttatgacgagctcttttattctgcaagacgaagatattaaaagtta 438  Q
    ||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  60302 tacgttgaataaatattttttgacacaccaaaacaatcaaagccgtaacaagttttatgacgagctcttctattctgcaagacaaagatattaaaagtta 60203  T
Q  439 atgatc 444  Q
    ||||||    
T  60202 atgatc 60197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048; HSP #6
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 39 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 47998 - 47589
Alignment:
Q  39 ccatatggcaacatctttcggcacctatagtttgagttacaaagagagaaaaggaagatccatatggatgtcnnnnnnnttccaaatagtttcccaaaaa 138  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || || ||        |||||||||||||||||||||    
T  47998 ccatatagcaacatcttttggcatctatagtttgagttccaaagagagaaaaggaagatcgaaattgaagtaaaaaatattccaaatagtttcccaaaaa 47899  T
Q  139 acaccgtaaatactaagcttatgagaaccaaagaaattgcataaaactcaaaattcttttgtttctctaatattggtcttcctcgaagaggttctttctc 238  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||| |||   ||  ||||||||    
T  47898 acaccataaatactaatcttatgagaaccaaacaaattgcatgaaactcaaacttcttttatttctctaatattgcgcttcttcggctagtatctttctc 47799  T
Q  239 atgttttgctttggtggacatgatctttgattgtgataactttggactgtctgaagataaacttgtcaaagacgattgagtggcgttggttactttctta 338  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||| |||||||||||| || || |||||||||||||||    
T  47798 atgttttcctttggtggacgtgatctttgattgtgatacctttgaactatctgaagataaagttgacaaagacgattgcgtagctttggttactttctta 47699  T
Q  339 tacgtcgaataattatgctttgacacaccaaaac----aatcaaagccgtaacaagttttatgacgagctcttttattctgcaagacgaagatattaaaa 434  Q
    |||||||||||| |||  ||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  47698 tacgtcgaataaatattttttgacacaccaaaacaattaatcaaagccgtaacaagttttatgacgagctcttctattctgcaagacaaagatattaaaa 47599  T
Q  435 gttaatgatc 444  Q
    ||||||||||    
T  47598 gttaatgatc 47589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0185 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 2)
Name: scaffold0185
Description:

Target: scaffold0185; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 509 - 897
Target Start/End: Complemental strand, 6790 - 6400
Alignment:
Q  509 taagagacttaccaatatagtttccaacaccatagctttgatcacttttaaaactgtatgtttgtgctttgagtg---atgagcagcaagtttggattca 605  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| | | ||| ||||||    
T  6790 taagacacttaccaatatagtttccaacaccatagctttgatcacttttaaaactgtatgtttgttctttgagtggtgatgagcaactactttagattca 6691  T
Q  606 agcatgtcatcaagatcaacaacagggcgaaaacattgagataatttgctctttgaaaagctcctcatgatgtgtaactcaagaaaaagaaattcttcaa 705  Q
    || | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6690 agtaggtcatctagatcaacaacagggcgaaaacattgagagaatttactctttgaaaagctcctcatgatgtgtaactcaagaaaaagaaattcttcaa 6591  T
Q  706 gagtttggagttacaaataaggatattttttatgtataacctcaaagctagcaagggaaacaccacatatagaaaatagggtaactctttttgatatgaa 805  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  6590 gagtttggagttacagatgaggatat-ttttgtgtataacttc-aagctagcaagggaaacaccacatatagaaaataggttaactcttttttatatgaa 6493  T
Q  806 aatttggttttggttgtaagatgcaagaaatgtttggttggtggg-tattatatattgttgttatggctctctatttatttgaagtgattgct 897  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  6492 aattttgttttggttgtaagatgcaagaaatgtttggtttgtgggttattatatattgttgttatggctctctatttatgtgaagtgactgct 6400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0185; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 39 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 7259 - 6854
Alignment:
Q  39 ccatatggcaacatctttcggcacctatagtttgagttacaaagagagaaaaggaagatccatatggatgtcnnnnnnnttccaaatagtttcccaaaaa 138  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||||||||     
T  7259 ccatatagcaacatcttttggcagctatagtttgagttgcaaagagagaaaaggaagatccatattgatgtcaaaaaaattccaaatagtttcccaaaac 7160  T
Q  139 acaccgtaaatactaagcttatgagaaccaaagaaattgcataaaactcaaaattcttttgtttctctaatattggtcttcctcgaagaggttctttctc 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||   || |||||||||    
T  7159 acaccgtaaatactaagcttatgagaaccaaccacattgcataaaactcaaacttcttttgcttctctaatattgcgcttcctcggctagtttctttctc 7060  T
Q  239 atgttttgctttggtggacatgatctttgattgtgataactttggactgtctgaagataaacttgtcaaagacgattgagtggcgttggttactttctta 338  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7059 atgttttcctttggtggacattttctttggttgtgataactttggactatctgaagataaagttgtcaaagacgattgagtggctttggttactttctta 6960  T
Q  339 tacgtcgaataattatgctttgacacaccaaaacaatcaaagccgtaacaagttttatgacgagctcttttattctgcaagacgaagatattaaaagtta 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  6959 tacgtcgaataattatgctttgacacaccaaaaaaatcaaagccgtaacaagttttatgacgagctcttctattctgcaagaataagatgttaaaagtta 6860  T
Q  439 atgatc 444  Q
    ||||||    
T  6859 atgatc 6854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University