View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5304-Insertion-1 (Length: 1006)

Name: NF5304-Insertion-1
Description: NF5304
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5304-Insertion-1
NF5304-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-1006)||(31280986-31281985)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 926; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 926; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1006
Target Start/End: Original strand, 31280986 - 31281985
Alignment:
Q  8 ctgtggccattttgttcaccctctttaaggaatgtaagagagtgttcaattgcattagcctatatttttaattatcacttgtagtggtagtatatttact 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31280986 ctgtggccattttgttcaccctctttaaggaatgtaagagagtgttcaattgcattagcctatatttttaattatcacttgtagtggtagtatatttact 31281085  T
Q  108 aagctcaagtgaaaaatgaactattgttaatgataaattgttcgggagaatctgagtagaacaatcattgaccagagtccttggctatttcttataccaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31281086 aagctcaagtgaaaaatgaactattgttaatgataaattgttcgggagaatctgagtagaataatcattgaccagagtccttggctatttcttataccaa 31281185  T
Q  208 actattatggttcaaatgcatttactaatgagctccttgcatcattatcagatttattgcaggccaacgtatgcctattttgagggaaggatagaatcca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31281186 actattatggttcaaatgcatttactaatgagctccttgcatcattatcagatttattgcaggccaacgtatgcctattttgagggaaggatagaatcca 31281285  T
Q  308 gcaaatcaactagcaattttcccctaaaaaatcaactgacaagacnnnnnnnaacttccatatacatgattcttgttactcttattgctgcagctatgcc 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31281286 gcaaatcaactagcaattttcccctaaaaaatcaactgacaagactttttttaacttccatatacatgattcttgttactcttattgctgcagctatgcc 31281385  T
Q  408 nnnnnnnggggattttgtgtccatttgtggggcaattgggtttactcctttggactttgtgtttcctgctttagcataccttaaagctggaaacatatcc 507  Q
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31281386 tttttttggggattttgtgtccatttgtggggcaattgggtttactcctttggactttgtgtttcctgctttagcataccttaaagctggaaacatatca 31281485  T
Q  508 aagaactcaaaacttggccttttgatgaagccattaaatattttattagctacttggttctcagttgttgctatcttgggttgcattggtgcagtaaggt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31281486 aagaactcaaaacttggccttttgatgaagccattaaatattttattagctacttggttctcagttgttgctatcttgggttgcattggtgcagtaaggt 31281585  T
Q  608 ctatagtggaagatatcaagaactacaaattcttccatgatatgtaaaagaaatgtacaccagcatgataatatgatacaggttgatatcttgcaatttt 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31281586 ctatagtggaagatatcaagaactacaaattcttccatgatatgtaaaagaaatgtacaccaacatgataatatgatacaggttgatatcttgcaatttt 31281685  T
Q  708 tgtttctttcttttcttatctttacatatagaattcacgtgtttcctatttcttattttcctcaagtttaactatagtctcaactctcaactactaacat 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31281686 tgtttctttcttttcttatctttacatatagaattcacgtgtttcctatttcttattttcctcaagtttaactatagtctcaactctcaactactaacat 31281785  T
Q  808 tgtttttcttcctctggtattattgaaggtaaatatcaatgcaaccgtgatgtaattaatgaaaaagtttaaagtgcaaataatgaataatcatatgctg 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31281786 tgtttttcttcctctggtattattgaaggtaaatatcaatgcaaccgtgatgtaattaatgaaaaagtttaaagtgcaaataacgaataatcatatgctg 31281885  T
Q  908 tgcttctcatatatttttagagtatgctgaatggatttgtttacaccaaaatcttaacattttaatgtgactac-atgtcctagttttgaaagatcggta 1006  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31281886 tgcttctcatatatttttagagtatgttgaatggatttgtttacaccaaaattttaacattttaatgtgactacaatgtcctagttttgaaagatcggta 31281985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University