View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5304-Insertion-2 (Length: 913)

Name: NF5304-Insertion-2
Description: NF5304
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5304-Insertion-2
NF5304-Insertion-2
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (425-913)||(45947441-45947916)
chr1 (11-304)||(45947144-45947440)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 425 - 913
Target Start/End: Original strand, 45947441 - 45947916
Alignment:
Q  425 actattttcatttgtatgaactatgatgattctgtaatttccaacatgttaaaacatttttaaagaaacagaataggacttaaggatatgctttgcacat 524  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45947441 actattttcatttgtatgaactatgatgattatgtaatttccaacatgttaaaacatttttaaagaaacagaataggacttaaggatatgctttgcacat 45947540  T
Q  525 tcataaaatggaagaagcatctaacttttgcaaacttgtccccatttttctctaaagcacgtgaagattgagaaagggagaatttattgctttgaaagag 624  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||          ||||||||||||||||||||||||    
T  45947541 tcataaaatggaagaagcatctaacttttgcaaacttgtccccatttttctctaaagcatgtgaag----------ggagaatttattgctttgaaagag 45947630  T
Q  625 cattttctagactaaggtacagagaaggtatataaattataaattatctattcatagaatgaccttcaaaacccttggtgaagaatattcatagcataac 724  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45947631 cattttctagactaaggtacagagagggtatataaattataaattatctattcatagaatgaccttcaaaacccttggtgaagaatattcatagcataac 45947730  T
Q  725 cctcaaagcatatccttttggttattggtttattccatgtcatgtgcttaaggcgaagttgttataaatgataatgctcatagaaattaatgtgttgtgc 824  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45947731 cctcaaagcatatccttttggttattggtttattccatgtcatgtgcttaaggcgaagttgttataaatgataatgctcatag-aattaatgtgttgtgc 45947829  T
Q  825 caaaagaagatgtggtgaagagtaagcaaatcagctatagggcttctcttgcttggcagggaaattatcatgaccatttccatcatgtg 913  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45947830 caaaagaagatgtggtgaagagtaagcaaatcagctatagggcttctctttcttggca-ggaaattatcatgacca-ttccatcatgtg 45947916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 11 - 304
Target Start/End: Original strand, 45947144 - 45947440
Alignment:
Q  11 gcgtcaacgaaaagtttccacatcgccatttttgggtccaaaaacttgagtgaggaaccaaaaaactagattttaaaaaggaagattaattcgtgaacaa 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45947144 gcgtcaacgaaaagtttccacatcgccatttttgggtccaaaaacttgagtgaggaaccaaaaaactagattttaaaaaggaagattaattcgtgaacaa 45947243  T
Q  111 gtaaaagatatggggaccaaaaccgcaatttagtctaataactatagtttgggatatcatacacttatcttgtcttat---tcttttattaatttgatgc 207  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  45947244 gtaaaagatatgggtaccaaaaccgcaattaagtctaataactatagtttgggatatcatacacttatcttgtcttattagtcttttattaatttgatgc 45947343  T
Q  208 aggtatatgggacaacagattataaataaaagattatatcaatagaggaactgaagtggtcaatttcagggcatattttccatagctccttatttgt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45947344 aggtatatgggacaacagattataaataaaagattatctcaatagaggaactgaagtggtcaatttcagggcatattttccatagctccttatttgt 45947440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University