View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5306-Insertion-1 (Length: 531)

Name: NF5306-Insertion-1
Description: NF5306
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5306-Insertion-1
NF5306-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-531)||(54948494-54949017)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (26-531)||(26355455-26355960)
chr2 (9-529)||(26348470-26348990)
chr2 (53-530)||(26333236-26333713)
chr2 (52-495)||(26338592-26339032)
chr2 (302-333)||(26325531-26325562)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 531
Target Start/End: Original strand, 54948494 - 54949017
Alignment:
Q  8 aaaggagcctcagtgttcgaaccaacaggaatacctcaagggttctctatgttaggcagctacagccaacccaacaacaaacctctttttgggtatgttc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54948494 aaaggagcctcagtgttcgaaccaacaggaatacctcaaggattctctatgttaggcagctacagccaacccaacaacaaacctctttttgggtatgttc 54948593  T
Q  108 ttgtggcaaaagatgtttcttcaagcactacaaaaagcacattaaagccaccaattgattacacatttgtattgaaagctaaatcctattcagctactca 207  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54948594 ttgtagcaaaagatgtttcttcaagcaccacaaaaagcacattaaagccaccaattgattacacatttgtattgaaagctaaatcctattcagctactca 54948693  T
Q  208 agtcttgcctttgtatatttggctaccagtagcccctaatggctaccgtgctttaggccatgttgtcaccgaaacacgagacaaacctccccttgacaaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54948694 agtcttgcctttgtatatttggctaccagtagcacctaatggctaccgtgctttaggccatgttgtcaccaaaacacgagacaaacctccccttgacaaa 54948793  T
Q  308 atcatgtgtgttagatcagacctcacagagaaatgcgaaacttcttcgttgatttgggaatccgaagacttcaatttctatgacgttagaccaataagta 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54948794 atcatgtgtgttagatcagacctcacagagaaatgcgaaacttcttcgttgatttgggaatccgaagacttcaatttctatgacgttagaccaataagta 54948893  T
Q  408 gaggaactcaagctcgaggcattcatgtaggtacttttgttgcacaaaatggtagacttactaaccctccatctatttcatgtttgaaaaaccttaattc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54948894 gaggaactcaagctcgaggcattcatgtaggcacttttgttgcacaaaatggtagacttactaaccctccatctatttcatgtttgaaaaaccttaattc 54948993  T
Q  508 catttcaaagatcatgcctaatct 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  54948994 catttcaaagatcatgcctaatct 54949017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 26 - 531
Target Start/End: Original strand, 26355455 - 26355960
Alignment:
Q  26 gaaccaacaggaatacctcaagggttctctatgttaggcagctacagccaacccaacaacaaacctctttttgggtatgttcttgtggcaaaagatgttt 125  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  26355455 gaaccaacaggtatacctcaaggattctctatgttgggttgctacagccaacctaacaacaaacctctttttggatatgttcttgtggcaaaggatgttt 26355554  T
Q  126 cttcaagcactacaaaaagcacattaaagccaccaattgattacacatttgtattgaa-agctaaatcctattca-gctactcaagtcttgcctttgtat 223  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||||  |||||||||||| ||| |||||||||| |  | ||  ||||| | | || |||||      | |  |||    
T  26355555 cttcaagtactactaatagcactttaaagaaaccaattgattatacacttgtattgaacacatcaa--ctattaaggttaatcaagataccacatgttat 26355652  T
Q  224 atttggctaccagtagcccctaatggctaccgtgctttaggccatgttgtcaccgaaacacgagacaaacctccccttgacaaaatcatgtgtgttagat 323  Q
    |||||| ||||| |||| ||| |||| |||   |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  26355653 atttggttaccaatagcacctgatggttacaaagctttaggccatgttgtcaccgcaacacaagataaaccttcccttgacaaaatcatgtgtgtcagat 26355752  T
Q  324 cagacctcacagagaaatgcgaaacttcttcgttgatttgggaatccgaagacttcaatttctatgacgttagaccaataagtagaggaactcaagctcg 423  Q
    |||||||||||||  |||||||  ||||||||| ||| |||| |||  | ||||||||||| ||||| |||||||| || | |||||||||||||||||     
T  26355753 cagacctcacagaccaatgcgagtcttcttcgtggatctggggatcaaacgacttcaatttttatgatgttagaccgatcaatagaggaactcaagctcc 26355852  T
Q  424 aggcattcatgtaggtacttttgttgcacaaaatggtagacttactaaccctccatctatttcatgtttgaaaaaccttaattccatttcaaagatcatg 523  Q
     ||  |||| || ||  | |||||||||||||||||| |   || || ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||    
T  26355853 cggtgttcacgttggcgcctttgttgcacaaaatggtgggactaatatccctccatctatttcatgtttgaaaaatctcaattcaatttccaaaatcatg 26355952  T
Q  524 cctaatct 531  Q
    || |||||    
T  26355953 ccaaatct 26355960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 9 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 26348990 - 26348470
Alignment:
Q  9 aaggagcctcagtgttcgaaccaacaggaatacctcaagggttctctatgttaggcagctacagccaacccaacaacaaacctctttttgggtatgttct 108  Q
    |||| ||||| ||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| |    
T  26348990 aaggcgcctccgtgtatgaaccaacaggaatacctaaaggattctctatgttaggtagctacagccaaccaaacaataagcctctttttggatatgtttt 26348891  T
Q  109 tgtggcaaaagatgtttcttcaagcactacaaaaagcacattaaagccaccaattgattacacatttgtattgaaagctaaatcctattcagctactcaa 208  Q
    ||| ||||| |||||||||||||| || |||   || || ||||| |||||| ||||||||||| |||||| |||  |   |||||     |||||||||    
T  26348890 tgtagcaaaggatgtttcttcaagtaccacaggtagaactttaaaaccaccagttgattacacacttgtatcgaacaccgcatccttcaaggctactcaa 26348791  T
Q  209 gtcttgcctttgtatatttggctaccagtagcccctaatggctaccgtgctttaggccatgttgtcaccgaaacacgagacaaacctccccttgacaaaa 308  Q
    |  |   || | ||||||||| ||||| |||| |||||||| |||   |||||||| ||||||||||||  ||||| ||| |||||| | ||||||||||    
T  26348790 gattccactctttatatttggttaccaatagcacctaatggatacaaagctttaggacatgttgtcaccacaacacaagataaaccttcacttgacaaaa 26348691  T
Q  309 tcatgtgtgttagatcagacctcacagagaaatgcgaaacttcttcgttgatttgggaatccgaagacttcaatttctatgacgttagaccaataagtag 408  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||  ||||||||| |||||||| |||  |  |||||||||||||  | ||||||||||| | |||    
T  26348690 tcatgtgtgtcagatcagacctcacagaccaatgtgagtcttcttcgtggatttggggatcaaacaacttcaatttctacaatgttagaccaatcaatag 26348591  T
Q  409 aggaactcaagctcgaggcattcatgtaggtacttttgttgcacaaaatggtagacttactaaccctccatctatttcatgtttgaaaaaccttaattcc 508  Q
    ||||||||||||||  ||  |||  || ||||| ||  |||| ||||||||| |   ||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||     
T  26348590 aggaactcaagctcctggtgttcgagtcggtaccttctttgctcaaaatggtgggaatactaaccctccatcaatttcatgtttgaagaatctcaattct 26348491  T
Q  509 atttcaaagatcatgcctaat 529  Q
    |||||| | ||||||||||||    
T  26348490 atttcacaaatcatgcctaat 26348470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 53 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 26333713 - 26333236
Alignment:
Q  53 tctatgttaggcagctacagccaacccaacaacaaacctctttttgggtatgttcttgtggcaaaagatgtttcttcaagcactacaaaaagcacattaa 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||| ||||   ||| || || ||  |||| ||||    
T  26333713 tctatgttaggcagctacagccaacccaacaacaaacctctttttggatatgttcttgcagcaaaggatatttcaggaagtaccactaatggcactttaa 26333614  T
Q  153 agccaccaattgattacacatttgtattgaaagctaaatcctattcagctactcaagtcttgcctttgtatatttggctaccagtagcccctaatggcta 252  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||  ||  |   ||||      | |  ||||| ||  ||||||||||||||| ||||  |||| ||| |||||||    
T  26333613 agccaccagttgattacacattagtatcaaacaccgcatccgtcatggttgatcaagactcccctttgtatatttggttaccgatagcacctgatggcta 26333514  T
Q  253 ccgtgctttaggccatgttgtcaccgaaacacgagacaaacctccccttgacaaaatcatgtgtgttagatcagacctcacagagaaatgcgaaacttct 352  Q
    || |||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||| |||| ||  |||||    
T  26333513 ccatgctgtaggccatgttgtcaccacaacacaagacaaaccttcccccgacaaagtcatgtgtgtcagagcagacctcactgagcaatgtgagtcttct 26333414  T
Q  353 tcgttgatttgggaatccgaagacttcaatttctatgacgttagaccaataagtagaggaactcaagctcgaggcattcatgtaggtacttttgttgcac 452  Q
     | | |||||||| |||  | ||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||| | ||||||  ||  |||  || || || || ||||| |    
T  26333413 acatggatttggggatcaaacgacttaaatttctacgacgttagaccaattaatagaggaagtaaagctcccggtgttcgcgttggcaccttcgttgctc 26333314  T
Q  453 aaaatggtagacttactaaccctccatctatttcatgtttgaaaaaccttaattccatttcaaagatcatgcctaatc 530  Q
    |||||||| |   ||||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| |||||| | |||||||||||||    
T  26333313 aaaatggtgggaatactaaccctccatcaatttcgtgtttgaagaatctcaattctatttcacaaatcatgcctaatc 26333236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 52 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 26339032 - 26338592
Alignment:
Q  52 ctctatgttaggcagctacagccaacccaacaacaaacctctttttgggtatgttcttgtggcaaaagatgtttcttcaagcactacaaaaagcacatta 151  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||   ||  ||||   |  |||| |||    
T  26339032 ctctatgttaggcagttacagccaacccaacagcaagcctctttttggttatgttcttgtagcaaaggatatttcaggaaagacta---atggcacttta 26338936  T
Q  152 aagccaccaattgattacacatttgtattgaaagctaaatcctattcagctactcaagtcttgcctttgtatatttggctaccagtagcccctaatggct 251  Q
    ||||||||  |||||||| || | ||||||||  ||  ||||    | | |||||||| ||   |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||    
T  26338935 aagccacctgttgattactcactagtattgaacactgcatccatcacggttactcaagactcttctttgtatatctggctaccaatagcacctaatggct 26338836  T
Q  252 accgtgctttaggccatgttgtcaccgaaacacgagacaaacctccccttgacaaaatcatgtgtgttagatcagacctcacagagaaatgcgaaacttc 351  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||| ||    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | ||    
T  26338835 accatgctgtaggccatgttgtcaccaaaacacaagataaaccttccaccaacaaagtcatgtgtgtcagatcagacctcacagagcaatgtgaatcgtc 26338736  T
Q  352 ttcgttgatttgggaatccgaagacttcaatttctatgacgttagaccaataagtagaggaactcaagctcgaggcattcatgtaggtacttttgttgca 451  Q
    | | |||||||||| |||  | | ||| |||||||| || ||||||||||| | |||||||| | ||||||  ||  |||  || || || || |||||     
T  26338735 tacattgatttggggatcaaacggcttaaatttctacgatgttagaccaattaatagaggaattaaagctctcggtgttcgagttggcacattcgttgct 26338636  T
Q  452 caaaatggtagacttactaaccctccatctatttcatgtttgaa 495  Q
    ||||||||| |   || |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  26338635 caaaatggtgggaatattaacccgccatcaatttcatgtttgaa 26338592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 302 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 26325562 - 26325531
Alignment:
Q  302 gacaaaatcatgtgtgttagatcagacctcac 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26325562 gacaaaatcatgtgtgttagatcagacctcac 26325531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University