View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5312_low_9 (Length: 454)

Name: NF5312_low_9
Description: NF5312
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5312_low_9
NF5312_low_9
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-454)||(10754823-10755267)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (10-451)||(2989843-2990281)
chr8 (10-410)||(2710455-2710855)
chr8 (17-408)||(9850273-9850664)
chr8 (25-410)||(2980779-2981164)
chr8 (17-410)||(3002869-3003262)
chr8 (114-410)||(2915398-2915694)
chr8 (112-410)||(2910438-2910736)
chr8 (114-292)||(3141433-3141611)
chr8 (27-280)||(3173019-3173268)
chr8 (112-409)||(3281772-3282069)
chr8 (112-409)||(13791825-13792122)
chr8 (28-410)||(3169448-3169830)
chr8 (25-89)||(2915309-2915373)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (16-410)||(18356281-18356675)
chr6 (121-201)||(6124507-6124587)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (112-410)||(3918417-3918715)
chr7 (184-292)||(7157318-7157426)
[»] scaffold0065 (1 HSPs)
scaffold0065 (19-411)||(46008-46401)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 454
Target Start/End: Original strand, 10754823 - 10755267
Alignment:
Q  10 catcatcattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaaca 109  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10754823 catcgtcattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaaca 10754922  T
Q  110 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10754923 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaattcccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgt 10755022  T
Q  210 tgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccatt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755023 tgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccatt 10755122  T
Q  310 caatttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755123 caatttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggtactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 10755222  T
Q  410 atcctggtttactactccaacggtatcatccccaaagacaatctt 454  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10755223 atcctggtttactactccaacggaatcatccccaaagacaatctt 10755267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 10 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2990281 - 2989843
Alignment:
Q  10 catcatcattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaaca 109  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||    
T  2990281 catcatcattaaaatttgcatcttggaagaatgaattcttcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcattgattttcaactgaaca 2990182  T
Q  110 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2990181 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaattcccaatcctgaggaaataaagagcaataagcaaaacattgcctttgt 2990082  T
Q  210 tgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccatt 309  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| ||||  | |||||||| ||||||||| ||||||    
T  2990081 tgaggtgataagttctggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcaccatcacacaatttccaacattcaccttgtaagacattgatccatt 2989982  T
Q  310 caatttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 409  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  2989981 cactttctttactttcacttcgtaatatgcctcctagtgatctaattgctaacggaactcctttgcacttttctgctatcttcttaccaattgattcaag 2989882  T
Q  410 atcctggtttactactccaacggtatcatccccaaagacaat 451  Q
    |   |||||    |||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  2989881 aggttggtt---cactccaacagtaacatccccaaagacaat 2989843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 10 - 410
Target Start/End: Original strand, 2710455 - 2710855
Alignment:
Q  10 catcatcattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaaca 109  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||    
T  2710455 catcgtcattcaattctgcatcttggaagaatgaattcatcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcattgctcttcaactgaaca 2710554  T
Q  110 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgt 209  Q
     |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||    
T  2710555 tccaagatatccttgtgctatccacatttgaattaactcatccttcttcaatttccaatcttgaggaaatatagagcaataagcaaaacattgtctttgt 2710654  T
Q  210 tgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccatt 309  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| | |||| |    
T  2710655 tgaggcgacaagttattgtaactcaattttaggaccggcatgatgctatctttatcctcgcacaatttccaaaagtcaccttgtaagacatcgatccact 2710754  T
Q  310 caatttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 409  Q
    |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || |||| ||||||    
T  2710755 ccctttcttcccttttacttcgtaatatgcctcccagtgatctaattgctaatggaactcctttgcacttttctgctatcttctttccaattggttcaag 2710854  T
Q  410 a 410  Q
    |    
T  2710855 a 2710855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 408
Target Start/End: Original strand, 9850273 - 9850664
Alignment:
Q  17 attcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaaga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||  |||||    
T  9850273 attcaattttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattaacaaattggttaccaacatcttccatgctcttcccttcaactgaacagtcaaga 9850372  T
Q  117 taaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtg 216  Q
    ||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |    
T  9850373 taaccatgcgccatccacattcgaatcaactcatccttctcaaattcccaatccttaggatataaagagcaataagcaaaacattgtctttgttgaggcg 9850472  T
Q  217 acaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaatttc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || || ||  |||| || |  ||||| | |||||   || ||||  ||||    
T  9850473 acaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctatctttatcctcacacaagttccaaaaatttccttgtaggacatcaatcaattccctttc 9850572  T
Q  317 tttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaa 408  Q
    || |||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  9850573 ttcacttttactttgtaatatgcctcctaacgatctaattgctaatggaactcctttgcacttttccgctatcttcctaccaattgattcaa 9850664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 25 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 2981164 - 2980779
Alignment:
Q  25 ttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaagataaccttg 124  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |   ||||||||||   |||||||||||||    
T  2981164 ttgcatcttggaagaatgaattcttcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatctttcatgcattgcttttcaactgaaccgtcaagataaccttg 2981065  T
Q  125 tgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtgacaagtta 224  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2981064 tgccatccacatttgaattaattcatccttcataaatttccaatcctggggaaataaagagcaataagcaaaacattgcctttgttgaggtgacaagtta 2980965  T
Q  225 tggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaatttctttacttt 324  Q
    | |||||||||| ||||||| |||| |||||||| || ||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| |   |||| ||  ||||||  ||||    
T  2980964 tagtaactcaatcttaggactggcaagatgctatctttatcctcgcacaatttccaaaagtcaccttgtaagacttcaatccactccctttcttcccttt 2980865  T
Q  325 tacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaaga 410  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  2980864 tgctttgtaatatgcctcccaatgatcttattgctaatggaactcctttgcacttttctgctatcttctcaccaattgactcaaga 2980779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 17 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 3003262 - 3002869
Alignment:
Q  17 attcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaaga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | |   |||| ||||||  |||||    
T  3003262 attcaattttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttccatgcagtgcttttcaattgaacattcaaga 3003163  T
Q  117 taaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtg 216  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |  ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||  || ||||||  ||    
T  3003162 taaccttgcgccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatg 3003063  T
Q  217 acaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaatttc 316  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||  ||| ||   | ||| || || ||| |||| || |||||||| ||||||| | |||||||  ||||    
T  3003062 acaaattttggtaactcaattttaggaccggcaaaatggtaccgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattccctttc 3002963  T
Q  317 tttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaaga 410  Q
    || ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  3002962 ttcacttttattttgtaatatgcctcccaattatctaattgctaatggaactcctctgcactttttcactatcttcttaccaattgactcaaga 3002869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 114 - 410
Target Start/End: Original strand, 2915398 - 2915694
Alignment:
Q  114 agataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgag 213  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||  ||||||||||||| | || ||||||||||||| |||  |||||||| ||||| ||||  || || ||||    
T  2915398 agataaccttgtgccatgcacagctgaatccactcatccttctctatttcccaatccttaggatatacggagcaatatgcaaagcattgtctgtgctgag 2915497  T
Q  214 gtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaat 313  Q
    | ||||||||  | || |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2915498 gcgacaagtttcgatagctcagtttcagaaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcact 2915597  T
Q  314 ttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaaga 410  Q
     ||||||||||||||| | |||| |||||| |||| |||||| || | |||||||||| |||| ||||  ||||||| | |||| ||||||||||||    
T  2915598 ctctttacttttactttgcaataggcctcctaatgttctaatagctagtggaactcctctgcatttttctgctatctccataccaattgattcaaga 2915694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 112 - 410
Target Start/End: Original strand, 2910438 - 2910736
Alignment:
Q  112 caagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttg 211  Q
    |||||||||||||||| || || | |||||| |||||||||||||| | || ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||  || |||||    
T  2910438 caagataaccttgtgcaatgcatagttgaatcaactcatccttctctatttcccaatccttaggatatatagagcaatatgcaaaacattgtctctgttg 2910537  T
Q  212 aggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattca 311  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2910538 aggtgacaagttttggtaactcagtttcagaaccggcacgatgctattttcgtcttggcataatctccaaaagtcaccttgtaagacattgttccattca 2910637  T
Q  312 atttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaaga 410  Q
     ||| |||||| |||| | | |||| |||||| |||| |||||| || | |||||| ||  |||||||||  ||||||| | |||| ||||||||||||    
T  2910638 ctttgtttactcttaccttgcaataggcctcctaatgttctaatagctagtggaaccccactgcacttttctgctatctccataccaattgattcaaga 2910736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 114 - 292
Target Start/End: Original strand, 3141433 - 3141611
Alignment:
Q  114 agataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgag 213  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||| | |||||||||| || |||||||||| || | ||||||    
T  3141433 agataaccttgtgccatccatagttgaatcaactcatccttctctattttccaatctttagtatataaagagcagtaggcaaaacattgccgtagttgag 3141532  T
Q  214 gtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttg 292  Q
    | |||||||| |||||||||| ||| |  |||||||||||||| | ||| ||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  3141533 gagacaagttttggtaactcagtttcaacaccggcatgatgctttcttcgtcttcacataatttccaaaagtcaccttg 3141611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 27 - 280
Target Start/End: Original strand, 3173019 - 3173268
Alignment:
Q  27 gcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaagataaccttgtg 126  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  | || ||   | ||||| |  |||  ||||||||||    
T  3173019 gcatcttggaaaaatgacttcatcaagaaaatatttacaaattg-ttaccaatatcttccataaactttcc---acctgaaaattcaaagtaaccttgtg 3173114  T
Q  127 ccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtgacaagttatg 226  Q
    ||| ||||| |||||| ||||||| |||||| | | |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||  |    
T  3173115 ccacccacagttgaatcaactcatgcttctctattctccaatccttgggatataaagagcagtaagcaaaacattgtcttagttgaggtgacaagtttag 3173214  T
Q  227 gtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctcca 280  Q
    |||||||| ||| |  || ||||||||||| | ||| ||||| |||||| ||||    
T  3173215 gtaactcagtttcaacactggcatgatgctttcttcgtcttcacataatttcca 3173268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 112 - 409
Target Start/End: Original strand, 3281772 - 3282069
Alignment:
Q  112 caagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttg 211  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||| |||  ||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||     |    
T  3281772 caagataaccttgtgccatccaaagttgaatcaacatatccttctcgatttcccaatccttaggaaatagagagcaataagcaaaacattgtctcaaccg 3281871  T
Q  212 aggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattca 311  Q
    | | |||||  | ||||||| |||| | |||| |  ||||||||| ||||| ||||| ||| ||  ||| || || ||||| ||||||||| |||||||     
T  3281872 aagcgacaaactttggtaacccaatgtcaggatcaacatgatgcttttttcgtcttcacatgattcccaaaattcgccttgtaagacattgatccattcc 3281971  T
Q  312 atttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 409  Q
     ||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||| | ||||||| | |||||||||  |||||||||  || || || ||||| |||||||||||    
T  3281972 ctttctttgcttttactctgtaataggcctcccaatgttttaattgctagtggaactcccatgcacttttctgcaatttttttaccaattgattcaag 3282069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 112 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 13792122 - 13791825
Alignment:
Q  112 caagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttg 211  Q
    |||||||||| ||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||   |||    
T  13792122 caagataaccctgtgccatccaaagttgaatcaacgcatccttctcaatttcccaatccttgggatataaagagcaataagcaaaacattgtctcaattg 13792023  T
Q  212 aggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattca 311  Q
    | | |||||  | |||||||| ||||| ||||  | |  |||||| | ||  ||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||| | |||||||     
T  13792022 aagcgacaaactttggtaactaaatttcaggattgacgagatgctttctttgtcttcgcataattcccaaaagtcaccttgtaagacatcgatccattcc 13791923  T
Q  312 atttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 409  Q
     |||||| |||||| ||| | | || ||||||||| | ||||||||| | |||||||||  |||||||||  ||||| ||  |||| |||||||||||    
T  13791922 ctttcttcacttttcctttgcagtaagcctcccaaagttctaattgctagtggaactcccatgcacttttctgctatttttataccaattgattcaag 13791825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 28 - 410
Target Start/End: Original strand, 3169448 - 3169830
Alignment:
Q  28 catcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaagataaccttgtgc 127  Q
    ||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||    ||    | | | |||||  ||||||||||||||||    
T  3169448 catcttgcaaaaatgacttcatcaagaaaatatttacgaattggttaccaatatcttccatcagcttttttttagccgaacattcaagataaccttgtgc 3169547  T
Q  128 catccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtgacaagttatgg 227  Q
    ||||||||  ||||||||||||| ||| |  | |||||||||||||||| ||| ||  || || ||||||||||  ||  |||| |||||||||||||||    
T  3169548 catccacaaatgaattaactcatgcttatgtattttccaatccttaggatatatagcacagtatgcaaaacattgtctaagttggggtgacaagttatgg 3169647  T
Q  228 taactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaatttctttacttttac 327  Q
    ||||||| ||| |  || ||||||||||| | ||| ||||| |||||  |||| |||||| |||| || |||     ||||||| |||| | ||||||||    
T  3169648 taactcagtttcaacactggcatgatgctttcttcttcttcacataacttccaaaagtcatcttgtaaaacaccaacccattcagtttcatcacttttac 3169747  T
Q  328 ttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaaga 410  Q
     | |||| | |||||| | || ||| ||||| | |||||| ||  ||||||||   |||||||||||||| || | |||||||    
T  3169748 cttgtaaaaggcctcctagtgttctgattgctagtggaacaccactgcactttacagctatcttcttaccaatagtttcaaga 3169830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 89
Target Start/End: Original strand, 2915309 - 2915373
Alignment:
Q  25 ttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatg 89  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||| | || || ||||| |||||| |||||||||||    
T  2915309 ttgcatcttggaaaaatgactttgtcaagaaattcttcacgaattggttaccagcatcttccatg 2915373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 16 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 18356675 - 18356281
Alignment:
Q  16 cattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaag 115  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |   |||||||||||||||||    
T  18356675 cattcaaatctgcatcttggaagaatgaattcttcaagaaaatttttacaaattgattaccaacatctttcatgcattgcttttcaactgaacaaccaag 18356576  T
Q  116 ataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18356575 ataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaattcccaatcctgaggaaataaagagcaataagcaaaacattgcctttgttgaggt 18356476  T
Q  216 gacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaattt 315  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || || ||| |||| || || ||||| ||||||||| |||||||| |||    
T  18356475 gataagttctggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcacgatcacacaatttccaaaattctccttgtaagacattgatccattcacttt 18356376  T
Q  316 ctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaaga 410  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||    
T  18356375 ctttactttcacctcgtaatatgcctcctagtgatctaattgctaacggaactcctttgcacttttctactatcttcttaccaattgattcaaga 18356281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 121 - 201
Target Start/End: Original strand, 6124507 - 6124587
Alignment:
Q  121 cttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacatt 201  Q
    ||||||||||||| | |||||| ||||||| ||| |||| || |||| || ||||| |||  ||||||||||| |||||||    
T  6124507 cttgtgccatccataattgaatcaactcattcttttcaatttcccaacccataggatatatggagcaataagcgaaacatt 6124587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 112 - 410
Target Start/End: Original strand, 3918417 - 3918715
Alignment:
Q  112 caagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttg 211  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| || || ||||||||||| |  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |   ||||    
T  3918417 caagataaccatgtgccatccacaattgtatcaattcatccttctctatatcccaatccttaggatataaagagcaataagcaaaacattgtcgcagttg 3918516  T
Q  212 aggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattca 311  Q
    ||| |||||||| |||||||||| ||| |  || |||||||| || | ||||||||| |||||| |||| ||||||||||| || ||||   ||||||||    
T  3918517 aggcgacaagttttggtaactcagtttcaacactggcatgatactttcttcatcttcacataatttccaaaagtcaccttgtaaaacatcaatccattca 3918616  T
Q  312 atttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaaga 410  Q
      ||||| |||||||| | |||| | |||||| | || ||| ||||| | |||||| ||  |||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||    
T  3918617 cattcttcacttttaccttgtaacaggcctcctagtgttcttattgctagtggaaccccagtgcacttttctgctatcttcttgccgattgattcaaga 3918715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 184 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 7157426 - 7157318
Alignment:
Q  184 agcaataagcaaaacattccctttgttgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataa 283  Q
    |||| |||||||||||||  ||   |||||| |||||| | |||||||||| ||| |  || ||||| ||||||| ||| ||||| |||||| |||| ||    
T  7157426 agcagtaagcaaaacattgtctcatttgaggagacaagctttggtaactcagtttcaacactggcataatgctatcttcgtcttcacataatttccaaaa 7157327  T
Q  284 gtcaccttg 292  Q
    |||||||||    
T  7157326 gtcaccttg 7157318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 46401 - 46008
Alignment:
Q  19 tcaatttt-gcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaagat 117  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||   |  |     | |  ||||||  ||||||    
T  46401 tcaattttagcatcttggaagaatgacttcatcaagaaaatctttacgaattggttaccaatatcttccggaccctgtttttgagttgaacattcaagat 46302  T
Q  118 aaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtga 217  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |  | || ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||  ||| ||||||| ||    
T  46301 aaccttgtgccatccacagttgaatcaactcatccttttttatttcccaatccttaggatataaagagcagtaagaaaaacattgtcttagttgaggcga 46202  T
Q  218 caagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaatttct 317  Q
     ||||| |||||||||| ||| |  || ||||||||| | | ||| ||||| |||||| |||| |||||| |||| || |||     ||||||  |||||    
T  46201 taagttttggtaactcagtttcaacactggcatgatggtttcttcgtcttcacataatttccaaaagtcatcttgtaaaacaccaacccattccgtttct 46102  T
Q  318 ttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagat 411  Q
    | |||||||| | |||| | |||||| |||| ||| ||||| | |||||| ||  |||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  46101 tcacttttaccttgtaaaaggcctcctaatgttctgattgctagtggaacaccactgcacttttcagctatcttcttaccaattgcttcaagat 46008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University