View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5313_high_1 (Length: 523)

Name: NF5313_high_1
Description: NF5313
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5313_high_1
NF5313_high_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (25-510)||(19215363-19215861)
chr2 (46-174)||(19589454-19589582)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-332)||(41313714-41314024)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (19-332)||(29822683-29822993)
chr8 (98-333)||(7093977-7094211)
chr8 (98-333)||(7097710-7097944)
chr8 (114-333)||(453952-454167)
chr8 (443-510)||(29821674-29821741)
chr8 (19-106)||(452086-452171)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (19-332)||(2187911-2188221)
chr7 (19-332)||(1608593-1608900)
chr7 (19-333)||(19632683-19632994)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (38-332)||(37806299-37806590)
chr5 (19-332)||(37627171-37627480)
chr5 (19-297)||(14276074-14276344)
chr5 (80-222)||(33614491-33614633)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (24-323)||(11991898-11992192)
chr4 (64-165)||(639046-639147)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (19-333)||(8377590-8377903)
chr3 (152-331)||(5187393-5187569)
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (19-221)||(58732-58920)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 19215861 - 19215363
Alignment:
Q  25 acacctgcttaataactccccaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacactgattacaccga 124  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19215861 acacctgcttattaactccacaaaataggccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattatcttaaccacctgctagagacactgattacaccga 19215762  T
Q  125 tagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaagttcacatagca 224  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19215761 tagtaataccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcagacatgaaaacaacaagttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaagttcacatagca 19215662  T
Q  225 cataatatgtaagcatggtataatacttaaacatgttaaaaacatcatcattttaacaacgagtaaatac----ataaaatagaacaatggagcgccctt 320  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||    
T  19215661 catagtatgtaagcatggtacaatacttaaacatgttaaaaacatcatcattttaacaacaagtaaatacatatataaaatagaaaaatggagcgccctt 19215562  T
Q  321 tcccttaccttaagtccttaaccgtagaagttcctacacttttcacaccatagtctttgtttgagtacctctataccttcacaagttcaatatttaccaa 420  Q
    |||||||        |||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19215561 tccctta--------ccttaacaatagaagttcctacacttttcacgccatagtctttgtttgagtacctctataccttcacaagttcaatatttaccaa 19215470  T
Q  421 ctgagtttcgatcacactcact-----------------cctagaattgaatgccttgctctcttttctttctccttcaaacatcttctatgttcctgtt 503  Q
    ||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19215469 ctgagtttcgatcacactcactcctacaatatttggttacctagaattgaatgccttgctctattttctttctccttcaaacatcttctatgttcctctt 19215370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 46 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 19589582 - 19589454
Alignment:
Q  46 aaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacactgattacaccgatagtaactccgacttacaaaa 145  Q
    |||||||| || | ||| ||||||||| |||||||||||  ||||  ||||||||  |||||||||| ||||||| | | | ||| | |||| |||||||    
T  19589582 aaaatagatcaattacactgagtatccaactaaattaatggttgttctaaccaccatctagagacacagattacatcaacaataatttcgacatacaaaa 19589483  T
Q  146 tatgcaagaccacaattcaggcatgaaaa 174  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  19589482 tatgcaagaccacaattgaagcatgaaaa 19589454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 332
Target Start/End: Original strand, 41313714 - 41314024
Alignment:
Q  19 catgtgacacctgcttaataactccccaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacactgatta 118  Q
    |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41313714 catgcgacacctgcttattaactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacattgatta 41313813  T
Q  119 caccgatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaagttcac 218  Q
    |||| | |||||| |  ||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  41313814 caccaacagtaacgctaactaacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaacaacaagttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaagttcac 41313912  T
Q  219 atagcacataatatgtaagcatggtataatacttaaacatgttaaaaacatcatcattttaacaacgagtaa----atacataaaatag-aacaatggag 313  Q
    ||||       ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    ||| ||||||||| || |||||||    
T  41313913 atag-------tatgtaagcatggtaaaatacttaaacatgttaaaaacatcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaatagaaaaaatggag 41314005  T
Q  314 cgccctttcccttacctta 332  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  41314006 cgccatttcccttacctta 41314024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 19 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 29822993 - 29822683
Alignment:
Q  19 catgtgacacctgcttaataactccccaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacactgatta 118  Q
    |||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29822993 catgcgacacctgcttatta-ctccacaaaatagaccactcacaatgagtatctgactaaattaatcatggtcttaaccacctgctagagacattgatta 29822895  T
Q  119 caccgatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaagttcac 218  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||  ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  29822894 caccgacagtaactccgactaacaaaatatgcaagaccacaatccaagcatg-aaacaacaagtcatactcacaaccaagcaatacaaaatcaagttcac 29822796  T
Q  219 atagcacataatatgtaagcatggtataatacttaaacatgttaaaaacatcatcatttt--aacaacgagtaaatac----ataaaatagaacaatgga 312  Q
    ||||       |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||  || ||| |||||||||    |||||||| || ||||||    
T  29822795 atag-------tatgtaagcatgatacaatacataaacatgttaaaaacaccatccttttaaaaaaacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatgga 29822703  T
Q  313 gcgccctttcccttacctta 332  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  29822702 gcgccctttcccttacctta 29822683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 98 - 333
Target Start/End: Original strand, 7093977 - 7094211
Alignment:
Q  98 acctgctagagacactgattacaccgatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaa 197  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||  | |||||||||| |||||    
T  7093977 acctgctagagacattgattacaccgacagtaacgctgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaacaacaatttatactcacaaccaa 7094075  T
Q  198 gcaatagaaaatcaagttcacatagcacataatatgtaagcatggtataatacttaaacatgttaaaaacatcatcatttt---aacaacgagtaaatac 294  Q
    |||||| |||||||||||||| |||       |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||   || ||| |||||||||    
T  7094076 gcaatacaaaatcaagttcacctag-------tatgtaagcatgatacaatacataaacatgttaaaaacatcatccttttaaaaaaaacaagtaaatac 7094168  T
Q  295 ----ataaaatagaacaatggagcgccctttcccttaccttaa 333  Q
        |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  7094169 atatataaaataaaaaaatggagcgccctttcccttaccttaa 7094211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 98 - 333
Target Start/End: Original strand, 7097710 - 7097944
Alignment:
Q  98 acctgctagagacactgattacaccgatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaa 197  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||  | |||||||||| |||||    
T  7097710 acctgctagagacattgattacaccgacagtaacgctgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaacaacaatttatactcacaaccaa 7097808  T
Q  198 gcaatagaaaatcaagttcacatagcacataatatgtaagcatggtataatacttaaacatgttaaaaacatcatcatttt---aacaacgagtaaatac 294  Q
    |||||| |||||||||||||| |||       |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||   || ||| |||||||||    
T  7097809 gcaatacaaaatcaagttcacctag-------tatgtaagcatgatacaatacataaacatgttaaaaacatcatccttttaaaaaaaacaagtaaatac 7097901  T
Q  295 ----ataaaatagaacaatggagcgccctttcccttaccttaa 333  Q
        |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  7097902 atatataaaataaaaaaatggagcgccctttcccttaccttaa 7097944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 114 - 333
Target Start/End: Original strand, 453952 - 454167
Alignment:
Q  114 gattacaccgatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaag 213  Q
    ||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||| |||| ||||    
T  453952 gattacaccgacaatagctccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcatacatgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaag 454051  T
Q  214 ttcacatagcacataatatgtaagcatggtataatacttaaacatgttaaaaacatcatcattttaacaacgagtaa----atacataaaatagaacaat 309  Q
    |||||||||       |||| ||||| |||| | ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    ||| |||||||| || |||    
T  454052 ttcacatag-------tatgaaagcagggtacactatataaacatgtt-aaaacatcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaataaaaaaat 454143  T
Q  310 ggagcgccctttcccttaccttaa 333  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  454144 ggagcgccctttcccgtaccttaa 454167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 443 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 29821741 - 29821674
Alignment:
Q  443 cctagaattgaatgccttgctctcttttctttctccttcaaacatcttctatgttcctgtttctctct 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  29821741 cctagaattgaatgccttgctctcttttctttctccttcaaacatcttctatgtttctctttctctct 29821674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 106
Target Start/End: Original strand, 452086 - 452171
Alignment:
Q  19 catgtgacacctgcttaataactccccaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctag 106  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||| ||||| | ||| |||  |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  452086 catgtgacacctgattattaactccacaaaaaacaccgctcttaatgagtaaccgactaaattaatcat--tcttaaccacctgctag 452171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 150; Significance: 5e-79; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 2188221 - 2187911
Alignment:
Q  19 catgtgacacctgcttaataactccccaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacactgatta 118  Q
    |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2188221 catgcgacacctgcttattaactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgacttaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacattgatta 2188122  T
Q  119 caccgatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaagttcac 218  Q
    |||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  2188121 caccgacagtaacgctgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaagcatg-aaacaacaagttatactcacaaccaatcaatacaaaatcaagttcac 2188023  T
Q  219 atagcacataatatgtaagcatggtataatacttaaacatgttaaaaacatcatcatttt--aacaacgagtaaatac----ataaaatagaacaatgga 312  Q
    ||||       |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| | ||||  || ||| |||||||||    |||||||| || ||||||    
T  2188022 atag-------tatgtaagcatgatacaatacataaacatgttaaaaacatcacccttttaaaaaaacaagtaaatacatatataaaata-aaaaatgga 2187931  T
Q  313 gcgccctttcccttacctta 332  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  2187930 gcgccctttcccttacctta 2187911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 332
Target Start/End: Original strand, 1608593 - 1608900
Alignment:
Q  19 catgtgacacctgcttaataactccccaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacactgatta 118  Q
    |||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1608593 catgcgacacctgcttattaactccacaagatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacattgatta 1608692  T
Q  119 caccgatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaagttcac 218  Q
    || ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |  |||    |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  1608693 ca-cgacagtaactccgactaacaaaatatgcaagaccacaaaccaggcaag-gaacggcaagttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaaattcac 1608790  T
Q  219 atagcacataatatgtaagcatggtataatacttaaacatgttaaaaacatcatcattttaacaacgagtaaatac----ataaaatagaacaatggagc 314  Q
    ||||       |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||    |||||||| || ||||||||    
T  1608791 atag-------tatgtaagcatgatacaatacataaacatgttaaaaacatcatcctttaaacaaccagtaaatacatatataaaata-aaaaatggagc 1608882  T
Q  315 gccctttcccttacctta 332  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  1608883 gcccttttccttacctta 1608900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 333
Target Start/End: Original strand, 19632683 - 19632994
Alignment:
Q  19 catgtgacacctgcttaataactccccaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacactgatta 118  Q
    |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19632683 catgcgacacctgcttattaactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacattgatta 19632782  T
Q  119 caccgatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaagttcac 218  Q
    |||||| ||||||   |||| ||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||  |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  19632783 caccgacagtaacgttgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaagcatg-aaacaacaagttatactcacaacgaagcaatacaaaatcaagttcac 19632881  T
Q  219 atagcacataatatgtaagcatggtataatacttaaacatgttaaaaacatcatcattt--taacaacgagtaaatac----ataaaatagaacaatgga 312  Q
    ||||       |||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||| |||   || ||| |||||||||    |||||||| || ||||||    
T  19632882 atag-------tatgtaagcatgatacaatatataaacatgttaaaaacatcatcctttaaaaaaaacaagtaaatacatatataaaata-aaaaatgga 19632973  T
Q  313 gcgccctttcccttaccttaa 333  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  19632974 gcgccctttcccttaccttaa 19632994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 137; Significance: 3e-71; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 38 - 332
Target Start/End: Original strand, 37806299 - 37806590
Alignment:
Q  38 aactccccaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacactgattacaccgatagtaactccgac 137  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||   ||||    
T  37806299 aactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacattgattacaccgacagtaa---cgac 37806395  T
Q  138 ttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaagttcacatagcacataatatgtaag 237  Q
    | ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||  |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||       ||||||||    
T  37806396 taacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaataacaagttatactcacaacaaagcaatacaaaatcaagttcacatag-------tatgtaag 37806487  T
Q  238 catggtataatacttaaacatgttaaaaacatcatcatttt----aacaacgagtaaatac----ataaaatagaacaatggagcgccctttcccttacc 329  Q
    |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||    || ||| |||||||||    |||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  37806488 catgatacaatacataaacatgtcaaaaacatcatccttttaaaaaaaaacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatggagcgccctttcccttacc 37806587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 332
Target Start/End: Original strand, 37627171 - 37627480
Alignment:
Q  19 catgtgacacctgcttaataactccccaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacactgatta 118  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37627171 catgcgacacctgcatattaactccacaaa-tagaccactcacaatgagtatgcgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacattgatta 37627269  T
Q  119 caccgatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaagttcac 218  Q
    |||||| || ||  | |||| ||||||||||| ||||| ||||  ||||||| ||||||  | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  37627270 caccgacaggaatgctgactaacaaaatatgctagacctcaatcaaggcatg-aaacaacaatttatactcacaaccaagcaatataaaatcaagttcac 37627368  T
Q  219 atagcacataatatgtaagcatggtataatacttaaacatgttaaaaacatcatcatttt--aacaacgagtaaatac----ataaaatagaacaatgga 312  Q
    ||||       |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||  || ||| |||||||||    |||||||| || ||||||    
T  37627369 atag-------tatgtaagcatgatacaatacataaacatgttaaaaacatcatccttttaaaaaaacaagtaaatacatatataaaata-aaaaatgga 37627460  T
Q  313 gcgccctttcccttacctta 332  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  37627461 gcgccctttcccttacctta 37627480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 297
Target Start/End: Original strand, 14276074 - 14276344
Alignment:
Q  19 catgtgacacctgcttaataactccccaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaa----attaatcattgtcttaaccacctgctagagacactg 114  Q
    |||| ||||| || ||| |||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  14276074 catgcgacacatgattattaactccaaaaaatagatcacacacaatgagtatccgaccaaccaaattaatcattgtcttaaccacctgccagagacacag 14276173  T
Q  115 attacaccgatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaagt 214  Q
    |||||| ||| | |||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||  ||||||||||  | |||| ||||    ||  ||||| |||| |||||    
T  14276174 attacatcgacaataactctgacttac-aaatatgcaagtccgcaattcagatatgaaaacaacaaattatgctca----cagccaatacaaaagcaagt 14276268  T
Q  215 tcacatagcacataatatgtaagcatggtataatacttaaacatgttaaaaacatcatcattttaacaacgagtaaatacata 297  Q
    ||||||||       ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14276269 tcacatag-------tatgtaagcatggtacaatacataaacatgttaaaaacatcatcattttaacaacaagtaaatacata 14276344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 80 - 222
Target Start/End: Original strand, 33614491 - 33614633
Alignment:
Q  80 ttaatcattgtcttaaccacctgctagagacactgattacaccgatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatc 179  Q
    |||||||||||||||||||| | | ||||||||  |||||||| | | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||      
T  33614491 ttaatcattgtcttaaccacatacgagagacacaaattacaccaacaataatttcgacttacaaaatatgcaagaccacaattcacgcataaaaacaaca 33614590  T
Q  180 agttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaagttcacatag 222  Q
    | |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  33614591 aattatactcacaaccaaacaatacaaaatcaagttcatatag 33614633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 24 - 323
Target Start/End: Original strand, 11991898 - 11992192
Alignment:
Q  24 gacacctgcttaataactccccaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaa-ccacctgctagagacactgattacacc 122  Q
    ||||| || ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  11991898 gacacatggttattaactccacaaaatagatcactcacaatgagtattcgaccaaattaatcattgtcttaaaccacctgctagagacacggattacacc 11991997  T
Q  123 gatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaagttcacatag 222  Q
    || | |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  | ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||          
T  11991998 gacaataactcggacttacaaaatatgcaagaccgcaattcagacatgaaaacaacgaattatactcacagccaagcaatacaaaatcaagttc------ 11992091  T
Q  223 cacataatatgtaagcatggtataatacttaaacatgttaaaaacatcatcattttaacaacgagtaaatac----ataaaatagaacaatggagcgccc 318  Q
      |||| |||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||    |||||||| || ||||||||||||    
T  11992092 --catagtatgtatgcatggtacaatacataaatatgttaaaaacattatc-ttttaacaacaagtaaatacatatataaaata-aaaaatggagcgccc 11992187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 64 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 639147 - 639046
Alignment:
Q  64 tgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacactgattacaccgatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattc 163  Q
    ||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||| |||  |||||| ||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  639147 tgagtatccgacttaattaatcgatgtcctaaccaccagctgaagacacagattacaccaaccgtaactccaacttacaaaatatgcaacaccccaattc 639048  T
Q  164 ag 165  Q
    ||    
T  639047 ag 639046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 125; Significance: 4e-64; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 8377903 - 8377590
Alignment:
Q  19 catgtgacacctgcttaataactccccaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacactgatta 118  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8377903 catgcgacacctgcatattaactccacaaaatagacaactcacaatgaatatccgactaaattaatcactgtcttaaccacctgctagagacattgatta 8377804  T
Q  119 caccgatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaagttcac 218  Q
    |||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||  | |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||       
T  8377803 caccgacagtaacgctgactaacaaaatatgcaagacctcaatccaggcatg-aaacaacaatttatactcacaaccaagcaatacaaaatcaatttata 8377705  T
Q  219 atagcacataatatgtaagcatggtataatacttaaacatgttaaaaacatcatcattt--taacaacgagtaaatac----ataaaatagaacaatgga 312  Q
     ||  ||| ||    |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |||  ||| ||| |||||||||    |||||||| || ||||||    
T  8377704 cta--acaaaa----taagcatgatacaatacataaacatgttaaaaacatcatccttttataaaaacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatgga 8377611  T
Q  313 gcgccctttcccttaccttaa 333  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  8377610 gcgccctttcccttaccttaa 8377590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 152 - 331
Target Start/End: Original strand, 5187393 - 5187569
Alignment:
Q  152 agaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaagttcacatagcacataatatgtaagcatggtataatact 251  Q
    |||| ||||| |||||||||||| ||  | |||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||| |||       || ||||||||| || |||||     
T  5187393 agactacaatccaggcatgaaaataaaaaattatactcacaaccaagcaatccaaaagcaagttcacgtag-------taagtaagcatgttacaataca 5187485  T
Q  252 taaacatgttaaaaacatcatcattttaacaacgagtaaatac----ataaaatagaacaatggagcgccctttcccttacctt 331  Q
    ||||||||  |||||| |||||||||||||||| |||||||||    |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||    
T  5187486 taaacatgacaaaaacgtcatcattttaacaacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatggagcgacctttcccttacctt 5187569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 71; Significance: 6e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 58732 - 58920
Alignment:
Q  19 catgtgacacctgcttaataactccccaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagacactgatta 118  Q
    |||| |||| ||| ||| ||| ||| ||||| | ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||     
T  58732 catgcgacagctggttattaattccacaaaaaacacctctcataatgagtaaccgactaaattaatcatt--cttaaccacctgctagagacacagattg 58829  T
Q  119 caccgatagtaactccgacttacaaaatatgcaagaccacaattcaggcatgaaaacaatcagttatactcaccaccaagcaatagaaaatcaagttcac 218  Q
    ||||||            |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  58830 caccga------------cttacaaaatatgcaagaccacaattcatgcatgaaaacaacaagttatattcacaaccaagcaatacaaaagcaagttcac 58917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University