View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5315-Insertion-3 (Length: 855)

Name: NF5315-Insertion-3
Description: NF5315
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5315-Insertion-3
NF5315-Insertion-3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (334-855)||(46748515-46749037)
chr4 (7-260)||(46748187-46748441)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 436; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 334 - 855
Target Start/End: Original strand, 46748515 - 46749037
Alignment:
Q  334 ggatgagtcatgtaatgaaatcactttcacgttagaaaatttggtttgacacatgtacgttttagayggaaaagactgacttactatgacgtagatgtat 433  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  46748515 ggatgagtcatgtaatgaaataacttccacgtcagaaaatttagtttgacatatgtaccttttagacggaaaagactaacttactatgatgtagatgtat 46748614  T
Q  434 agttagcttcaattctttaaacttaaataactagaaatatgcactttgcaaacgctaaacataaacaacatatggcgtggcgagtaatcaaaatcatgta 533  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46748615 agttagcttcaattctttaaacttaaataactagaaatatgcactttgcaaacgctaaacataatcaacctatggcgtggcgagtaatcaaaatcatgta 46748714  T
Q  534 agataaaaccatacttaagatgaacttcacatgtatccatctacgcataaatgttaacccaagtatgaattgatcacatgtcaactcatgggggatacac 633  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  46748715 agataaaaccatacttaaaatgaacttcacatgtatccatctacgcat-aatgttaacccaagtatgaattgatcacatgttaactcat-ggggatacac 46748812  T
Q  634 cacattaatttatcac--atctcatataaagttacacagttaatttacatagtcacttgataacattcacttaagtcacacattgatgcatagagacaca 731  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46748813 cacattaatttatcacatatctcatataaagttacacagttaatttacatagtcacttgataacattcacttaagtcacacattgatgcatagagacaca 46748912  T
Q  732 aacatactcacacattgaaactgacacttcccttaacactttccatgatatatttattactaaacacacaacatgataacaatgcattgc-aatcacaca 830  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  46748913 aacatactcacacattgaaactgacacttcccttaacactttccatgatatatttattactaaacacacaatatgataacaatgcattgcaaatcacaca 46749012  T
Q  831 catatttatgaaacacttcgtctca 855  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  46749013 catatttatgaaacacttcgtctca 46749037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 7 - 260
Target Start/End: Original strand, 46748187 - 46748441
Alignment:
Q  7 actaattactatataaaaaagatttt-actttgaacaaattttgaagggactaaatactactaaatcttcactgcttgtttccaaggttgaaatcttcaa 105  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46748187 actaattactatataaacaatttttttactttgaacaaattttgaagggactaaatactactaaatcttcacttcttgtttccaaggttgaaatcttcaa 46748286  T
Q  106 tttcctagcatccaaaacatgcctaacattttctctaggtatccgaagtgttgacatggacagggaaccccattgggttccaaatagcacaagggattac 205  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46748287 tttcctagcatccaaaacatgactaacattttctctaggtatccgaagtgttgacatggacagggaaccccattgggttccaaatagcacaagggattac 46748386  T
Q  206 aacaatgaatcatcatccatggtggttttggtagaaaaagaaacaatgtttgatg 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46748387 aacaatgaatcatcatccatggtggttttggtagaaaaagaaacaatgtttgatg 46748441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University