View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5316-Insertion-3 (Length: 964)

Name: NF5316-Insertion-3
Description: NF5316
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5316-Insertion-3
NF5316-Insertion-3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-956)||(35292990-35293941)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 811; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 811; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 956
Target Start/End: Complemental strand, 35293941 - 35292990
Alignment:
Q  8 aaactaaactaccaaataatattccatttttctttaactttttctaatctctactgttacttcattcatcaaagttgcaagaaattcttcttgttttgca 107  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35293941 aaactaacctaccaaataatattccatttttctttatctttttctaatctctactgttacttcattcatctaagttgcaagaaattcttcttgttttgca 35293842  T
Q  108 atggcaaacaatgaagaacagaaacatgcattgaaggacaagttgaaggaacttgtgaatactatagtggaaggtgatgacttcactgtgcacgctgctg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35293841 atggcaaacaatgaagaacagaaacatgcattgaaggacaagttgaaggaacttgtgaatactatagtggaaggtgatgacttcactgtgcatgctgctg 35293742  T
Q  208 atgaagctatcactactctttctgttcttagggatatgaaatgcagtgcttctttctctcgtaaattcgatcatttatctcttcctgttcctccacagtt 307  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35293741 atgaagctatcactgctctttctgttcttagggatatgaaatgcagtgcttctttctctcgtaaattcgatcatttatctcttcctgttcctccacagtt 35293642  T
Q  308 tcgttgccccatctcaggtctcattatgactgatcctgttatcttggccataggacaggtaatttcttctttcactctctcatcaacataaagatcattt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35293641 tcgttgccccatctcaggtctcattatgactgatcctgttatcttggccataggacaggtaatttcttctttcactctctcatcaacataaagatcattt 35293542  T
Q  408 cttgaaagctttctttaccatggattttcaacatttgcataataatatttagatacctattaggtcttcaaaactttttctccctttctttctaannnnn 507  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  35293541 cttgaatgctttctttaccatggattttcaacatttgcataataatatttagatacctattaggtcttcaaaactttttctccctttctttctaattttt 35293442  T
Q  508 nngattttgattgtgttcaaataaggtgattgtgtgttttctcttgctgcatgattagttgttttttatttgggggagattttggagttgtacattcttt 607  Q
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35293441 ttgattttgattgtgttcagataaggtgattgtgtgttttctcttgctgcatgattagttgttttttatttgggggagattttggagttgtactttcttt 35293342  T
Q  608 gtagattgagagttagttattatgattccaagtttttgaattgtggttagcatattcgtgattctgcgaagaattgcgtgtaaattgatgtgattgatgc 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35293341 gtagattgagagttagttattatgattccaaggttttaaattgtggttagcatattcgtgattctgcgaagaattgcgtgtatattgatgtgattgatgc 35293242  T
Q  708 ggtctcaatcgcagttgcgttgttattgcagaggcgttaaaaattatgatgtcacggatcagattactgtggtggacatttttaaaaa-ccttaggatgg 806  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  35293241 ggtctcaattgcagttgcgttgttattgcagaggtgttaaaaattatgatgtcacggatcagattactgtggtggacttttttaaaaacccttaggatgg 35293142  T
Q  807 ggtgtcaattttctcgaggttttacacttagtagggttcaaaatcgaaggattttccatttggttgnnnnnnnnnnnnagaattttggattggtacttg- 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||     
T  35293141 ggtgtcaattttctcgaggttttacacttagtagggttcaaaatcgaaggattttccatttggttgtttttcttttttagaattttggattggtacttgt 35293042  T
Q  906 ttgtagattgagagttggttatattaattgcaagg-tttaaatcacggtaga 956  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  35293041 ttgtagattgagagttggttatattaatggcaaggttttaaatcacggtaga 35292990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University