View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5316_low_1 (Length: 763)

Name: NF5316_low_1
Description: NF5316
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5316_low_1
NF5316_low_1
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (307-745)||(49191315-49191761)
chr3 (15-225)||(49191843-49192053)
chr3 (15-216)||(49202958-49203159)
chr3 (15-218)||(49188114-49188317)
chr3 (15-213)||(49208132-49208330)
chr3 (15-213)||(49212972-49213170)
chr3 (331-542)||(49202707-49202916)
chr3 (620-667)||(49202570-49202617)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (15-213)||(32592496-32592694)
chr1 (15-225)||(37030618-37030828)
chr1 (76-213)||(31527272-31527409)
chr1 (19-145)||(51824717-51824843)
chr1 (151-225)||(51824278-51824352)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (15-213)||(26756496-26756696)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 307 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 49191761 - 49191315
Alignment:
Q  307 gtacaaacaatgaatttttgaatacaattcatttttactagctagcaacaagatcaatagtttggtatattttcattagaaattaaatcactatgattaa 406  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49191761 gtacaaaaaatgaatttttgaatacaattcatttttactagctagcaacaagatcaatagtttgttatattttcattagaaattaaatcactatgattaa 49191662  T
Q  407 ttaaagttgttgacatatatgtgatgagattcatatctatttatgtgtttaaatcgagctttaaactctgtcccttttgaggtttaaccaaatcggtcac 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49191661 ttaaagttgttgacatatatgtgatgagattcatatctatttatgtgtttaaatcgagctttaaactctgtcccttttgaggtttaaccaaatcggtcac 49191562  T
Q  507 actcatgatcaatggacaatgggtgataaaagattagtaattttaaggatacgaaacttttgataactaatgtaaatatactcta-nnnnnnnnnnnnnn 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||                   
T  49191561 actcatgatcaatggacaatgggtgataaaagattagtaattttaaggatacaaaacttttgataactaatgtaaatatactctattttttttttttttt 49191462  T
Q  606 aaaatacttcatactttattcaattgattattgattctattatatggagtagtcaagttgcannnnnnnaaataactggactacttgatttgttctc--- 702  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||       
T  49191461 taaatacttcatactttattcaattgattattgattctgttatatggagtagtcaagttgcatttttttaaataactggactacttgatttgttctcttg 49191362  T
Q  703 ----tgtcaccgtaaaagctttaatagagaattcaacactattttac 745  Q
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49191361 tttttgtcaccgtaaaagctttaatagagaattcaacactattttac 49191315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 49192053 - 49191843
Alignment:
Q  15 taattctgaattggctaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtggccgaagttgaggctgctaaagccgtcgccctaagggatgctgagtta 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  49192053 taattctgaattggctaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtggccgaagttgaggctgccaaagccgtcgctctaagggatgctgagtta 49191954  T
Q  115 caaggtgaagttgagaggatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgagttccttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagtt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49191953 caaggtgaagttgagaggatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgagttccttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagtt 49191854  T
Q  215 tagtacatgca 225  Q
    |||||||||||    
T  49191853 tagtacatgca 49191843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 49203159 - 49202958
Alignment:
Q  15 taattctgaattggctaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtggccgaagttgaggctgctaaagccgtcgccctaagggatgctgagtta 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    || ||||| || ||||||||||||||||||    
T  49203159 taattctgagttggctaagaagaaggcagcttggactaaggcggctcaggtggctgaagttgaggcgaagaaggccgtggctctaagggatgctgagtta 49203060  T
Q  115 caaggtgaagttgagaggatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgagttccttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagtt 214  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49203059 caaggtgaagttgaaaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagccgagttccttagcaaagctagtgttcaatatgaaactaaggttagtt 49202960  T
Q  215 ta 216  Q
    ||    
T  49202959 ta 49202958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 49188317 - 49188114
Alignment:
Q  15 taattctgaattggctaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtggccgaagttgaggctgctaaagccgtcgccctaagggatgctgagtta 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||    || || || || |||||||| ||||||||     
T  49188317 taattctgagttggctaagaagaaagcggcttggaccaaggcggctcaggtggctgaagtcgaggcgaagaaggctgttgctctaagggaagctgagttg 49188218  T
Q  115 caaggtgaagttgagaggatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgagttccttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagtt 214  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49188217 caaggtgaagtcgagaggatgaatgcattgactacaactgagaagcttaaagctgatttacttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagtt 49188118  T
Q  215 tagt 218  Q
    ||||    
T  49188117 tagt 49188114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 49208330 - 49208132
Alignment:
Q  15 taattctgaattggctaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtggccgaagttgaggctgctaaagccgtcgccctaagggatgctgagtta 114  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||     
T  49208330 taattccgagttggctaagaagaaagctgcttggacaatggcggctcaagtggctgagcttgaggctgctaaagccgtggctctaagggaagctgagttg 49208231  T
Q  115 caaggtgaagttgagaggatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgagttccttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagt 213  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  49208230 caaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttccttagcaaagctagtgttgaatatgacactaaggttagt 49208132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 49213170 - 49212972
Alignment:
Q  15 taattctgaattggctaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtggccgaagttgaggctgctaaagccgtcgccctaagggatgctgagtta 114  Q
    |||||| || ||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||    || || || || |||||||| ||||||||     
T  49213170 taattcggagttggccaaaaagaaggctgcttggaccaaggcggctcaggtggctgaagttgaggcgaagaaggctgtggctctaagggaagctgagttg 49213071  T
Q  115 caaggtgaagttgagaggatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgagttccttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagt 213  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49213070 caaggtgaggttgagaagatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgatttacttagcaaagctagtgttcaatatgaaactaaggttagt 49212972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 331 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 49202916 - 49202707
Alignment:
Q  331 caattcatttttactagctagcaacaagatcaatagtttggtatattttcattagaaattaaatcactatgattaattaaagttgttgacatatatgtga 430  Q
    |||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||| |||  ||| |||| ||  |||||||||||||| |||||||    |||||||| ||||||||  |    
T  49202916 caattcttttatactagctaggtacaagattaataatttcatatgttttgataggaaattaaatcactgtgattaa----agttgttggcatatatgcaa 49202821  T
Q  431 tgagattcatatctatttatgtgtttaaatcgagctttaaactct--gtcccttttgaggtttaaccaaatcggtcacactcatgatcaatggacaatgg 528  Q
    ||| | |  |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |    
T  49202820 tgatactattatctattcatgtgtttagattgagctttaaactctttgtcccttttaagttttaaccaaatgagtcacactcttgatcaatggacaatag 49202721  T
Q  529 gtgataaaagatta 542  Q
    |||||| |||||||    
T  49202720 gtgatagaagatta 49202707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 620 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 49202617 - 49202570
Alignment:
Q  620 tttattcaattgattattgattctattatatggagtagtcaagttgca 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  49202617 tttattcaattgattattgattctgctatatggagaagtcaagttgca 49202570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 135; Significance: 6e-70; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 213
Target Start/End: Original strand, 32592496 - 32592694
Alignment:
Q  15 taattctgaattggctaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtggccgaagttgaggctgctaaagccgtcgccctaagggatgctgagtta 114  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || |||||||| ||||||||     
T  32592496 taattctgagttggcgaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtggctgaagtcgaagctgctaaagctgtggctctaagggaagctgagttg 32592595  T
Q  115 caaggtgaagttgagaggatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgagttccttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagt 213  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32592596 cagggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttacttagcaaagctagtgttcagtatgaaaccaaggttagt 32592694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 37030828 - 37030618
Alignment:
Q  15 taattctgaattggctaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtggccgaagttgaggctgctaaagccgtcgccctaagggatgctgagtta 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||    || || ||    |||||||| |||||||||    
T  37030828 taattctgagttggctaagaagaaagcggcttggaccaaggcggctcaggtggctgaagtcgaggcgaagaaggctgtgaaactaagggaagctgagtta 37030729  T
Q  115 caaggtgaagttgagaggatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgagttccttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagtt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030728 caaggtgaagttgagaggatgaatgcattgactactactgaaaagcttaaagcagagttccttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagtt 37030629  T
Q  215 tagtacatgca 225  Q
    |||| ||||||    
T  37030628 tagtccatgca 37030618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 76 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 31527409 - 31527272
Alignment:
Q  76 gaggctgctaaagccgtcgccctaagggatgctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgagttcc 175  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |    
T  31527409 gaggctgctaaagctgtggctctaagggaagctgagttgcagggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttac 31527310  T
Q  176 ttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagt 213  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  31527309 ttagcaaagctagtgttgagtatgaaaccaaggttagt 31527272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 51824843 - 51824717
Alignment:
Q  19 tctgaattggctaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtggccgaagttgaggctgctaaagccgtcgccctaagggatgctgagttacaag 118  Q
    ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| | || |  |||||||| |||||||| ||||    
T  51824843 tctgagttggcgatgaagaaagcggcttggactaaggctgctcaagtggctcaagttgaggctgctaaatctgtggttctaagggaagctgagttgcaag 51824744  T
Q  119 gtgaagttgagaggatgaatgctttga 145  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||    
T  51824743 gtgaggttgagaagatgaatgctttga 51824717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 151 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 51824352 - 51824278
Alignment:
Q  151 actgagaagcttaaagctgagttccttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagtttagtacatgca 225  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51824352 actgagaagcttaaagctgatttacttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagtttagtccatgca 51824278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 120; Significance: 5e-61; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 26756696 - 26756496
Alignment:
Q  15 taattctgaattggctaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtggccgaagttgaggctgctaaagccgtcgccctaagggatgctgagtta 114  Q
    |||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||     
T  26756696 taattccgagttgactaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtcgctgaagttgaggctgctaaagctgtggcccttagggaagctgagttg 26756597  T
Q  115 caaggtgaagttgagaggatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgagttcc---ttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggtta 211  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||   |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  26756596 caaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactaccactgagaagcttaaacctgagttcctaattagtaaagctagtgtac-atatgaaaccaaggtta 26756498  T
Q  212 gt 213  Q
    ||    
T  26756497 gt 26756496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University