View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5328_high_1 (Length: 593)

Name: NF5328_high_1
Description: NF5328
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5328_high_1
NF5328_high_1
[»] chr5 (36 HSPs)
chr5 (5-576)||(17418691-17419262)
chr5 (13-373)||(30399278-30399638)
chr5 (6-317)||(30205782-30206093)
chr5 (5-373)||(30713956-30714324)
chr5 (25-373)||(30059570-30059918)
chr5 (136-373)||(29871399-29871636)
chr5 (25-373)||(30242926-30243262)
chr5 (136-373)||(30482617-30482854)
chr5 (5-373)||(30748856-30749212)
chr5 (5-251)||(29852634-29852880)
chr5 (5-373)||(30435035-30435391)
chr5 (5-373)||(30677702-30678058)
chr5 (136-251)||(30339178-30339293)
chr5 (25-208)||(30474750-30474930)
chr5 (25-102)||(29871658-29871735)
chr5 (25-102)||(30339079-30339156)
chr5 (25-102)||(30482876-30482953)
chr5 (508-576)||(30243675-30243743)
chr5 (508-568)||(30339828-30339888)
chr5 (31-97)||(17982404-17982470)
chr5 (505-567)||(29870927-29870989)
chr5 (151-197)||(30522299-30522345)
chr5 (151-197)||(30562639-30562685)
chr5 (506-567)||(29852040-29852101)
chr5 (512-568)||(4380404-4380460)
chr5 (508-568)||(30059028-30059088)
chr5 (512-568)||(30482072-30482128)
chr5 (224-370)||(29709670-29709817)
chr5 (505-560)||(30678540-30678595)
chr5 (521-567)||(30434563-30434609)
chr5 (521-566)||(30748385-30748430)
chr5 (517-554)||(30482158-30482195)
chr5 (375-447)||(30205629-30205701)
chr5 (532-568)||(30398754-30398790)
chr5 (508-568)||(30523003-30523063)
chr5 (508-568)||(30563343-30563403)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (5-254)||(20297125-20297374)
chr4 (11-197)||(13615990-13616174)
chr4 (36-102)||(52351438-52351504)
chr4 (507-568)||(20298049-20298110)
chr4 (160-192)||(52351351-52351383)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (13-373)||(26706545-26706905)
chr7 (521-568)||(26706003-26706050)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (11-103)||(7098895-7098987)
chr1 (25-197)||(7582273-7582445)
chr1 (154-255)||(7098743-7098844)
chr1 (416-447)||(7582681-7582712)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 544; Significance: 0; HSPs: 36)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 544; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 576
Target Start/End: Original strand, 17418691 - 17419262
Alignment:
Q  5 gagtagcaaaggcttaaaagatgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaa 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17418691 gagtatcaaaggcttaaaagatgttggtaatttatctgaagctcaagaagctaagttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaa 17418790  T
Q  105 agcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttact 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17418791 agcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagcaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttact 17418890  T
Q  205 atgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttagttaatgttacacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttgg 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17418891 atgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttagttaatgttgcacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttgg 17418990  T
Q  305 taaactacaatctctaaaattactggaattatcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatgatgaggatttttccatctctagagtttctcat 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17418991 taaactacaatctctaaaattactggaattatcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatgatgaggatttttccatctctagagtttctcat 17419090  T
Q  405 attacgacaactaccaaacttagaggggttgttgaaagtggaacgaagaggtgtttcctctcctttctcgtttagtaaccttcgaaccatgacgattgga 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17419091 attacgacaactaccaaacttagaggggttgttgaaagtggaacgaagaggtgtttcctctcctttctcgtttagtaaccttcgaaccatgacgattgga 17419190  T
Q  505 aattgtgaaggtttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctgaacatttat 576  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  17419191 aattgtgaaggtttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcccgagtttctgaacatttat 17419262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 30399638 - 30399278
Alignment:
Q  13 aaggcttaaaagatgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaacga 112  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||||||| |    
T  30399638 aaggcttaaaagattttggcagtttatctcaagctcaagcggctgatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggaaagcaacta 30399539  T
Q  113 tgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatgga 212  Q
    || ||| || ||  |||| | | |||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  30399538 tggatttaccaatcccccaactattagtgctcagcaagtactcgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataaattactatgacgga 30399439  T
Q  213 atattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttagttaatgttacacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttggtaaactac 312  Q
     |||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | ||  |||| | |||||  ||||   |||||| |||  || | ||||||||||||    
T  30399438 ttatcattaccaagttggataattattcttagtaatttagtttctcttgaacttgggaattgcaagaaagttgtgcgacttcagttaattggtaaactac 30399339  T
Q  313 aatctctaaaattactggaattatcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 373  Q
      |||||||||  ||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  30399338 cgtctctaaaaaaactggaattatctgatatggataatctgaaatacttggatgatgatga 30399278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 6 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 30206093 - 30205782
Alignment:
Q  6 agtagcaaaggcttaaaagatgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaa 105  Q
    |||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  |    
T  30206093 agtatcaaaggtttaaatgatgtttgtagtttatctgaagctcaagcagccaatttgatgggtaaaaaagacctccaggaattatgtttttcgtggacca 30205994  T
Q  106 gcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttacta 205  Q
    |||| || | ||| || |||||||||| | |||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||   | ||||    
T  30205993 gcaatgacggatttacgaagacccctactattagttttgagcaactatttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagaggttgataatttgtcacta 30205894  T
Q  206 tgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttagttaatgttacacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttggt 305  Q
    | |  || |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||  |||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  30205893 taacagattattcttaccaagttggataagtattctcagtaatttagttgctcttgtactttggaattgtgagaaatgtgtgcggcttccgtcatttggt 30205794  T
Q  306 aaactacaatct 317  Q
    ||||||||||||    
T  30205793 aaactacaatct 30205782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 5 - 373
Target Start/End: Original strand, 30713956 - 30714324
Alignment:
Q  5 gagtagcaaaggcttaaaagatgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaa 104  Q
    ||||| |||||| |||||  ||||||| ||||||| ||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||    
T  30713956 gagtatcaaaggattaaacaatgttggcagtttatttgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatacttgtcatggaaa 30714055  T
Q  105 agcaa-cgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttac 203  Q
      ||| | | |||||  ||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  30714056 gacaaacaaggaattc-caaagacccctgttgttagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattac 30714154  T
Q  204 tatgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttagttaatgttacacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttg 303  Q
    ||||| ||| |||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | ||  ||||    ||||  ||||   |||||||||| ||| | |||    
T  30714155 tatgaaggattatcattaccaagttggataattattcttagtaatttagtttctcttgtacttctccattgcaagaaaattgtgcggcttccgttacttg 30714254  T
Q  304 gtaaactacaatctctaaaattactggaattatcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 373  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||  ||||| |   || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  30714255 gtaaactaccatctctaaaaaaactgagattatatggtatcaataatctgaaatacttggatgatgatga 30714324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 25 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 30059918 - 30059570
Alignment:
Q  25 atgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaa-cgatgaattgacaa 123  Q
    ||||||| || |||| ||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||  ||| | | |||||  |||    
T  30059918 atgttggcaggttatttgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattc-caa 30059820  T
Q  124 agacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttacc 223  Q
    ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| ||| |||  || ||    
T  30059819 agaaccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaactgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttgcc 30059720  T
Q  224 aagttggataagtattcttagtaatttagttaatgttacacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttggtaaactacaatctctaaaa 323  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||  | ||| |||||    |||| ||||   ||||||||||  || | |||||| ||||| |||| |||||    
T  30059719 aagttggataattattcttagtaatttagtttctcttaaacttaagcgttgtaagaaagttgtgcggcttcagttacttggtatactaccatctttaaaa 30059620  T
Q  324 ttactggaattatcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 373  Q
       |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  30059619 aacctggaattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatga 30059570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 136 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 29871636 - 29871399
Alignment:
Q  136 ttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataag 235  Q
    ||||||||||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||     
T  29871636 ttagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataat 29871537  T
Q  236 tattcttagtaatttagttaatgttacacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttggtaaactacaatctctaaaattactggaatta 335  Q
    |||||||||||||||| ||  | ||| ||||    ||||  | ||   |||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  29871536 tattcttagtaatttaatttctcttaaacttgaggattgcaacaagattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaatta 29871437  T
Q  336 tcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 373  Q
    ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  29871436 tcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatga 29871399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 25 - 373
Target Start/End: Original strand, 30242926 - 30243262
Alignment:
Q  25 atgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaacgatgaattgacaaa 124  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||| |  | |  ||||||           
T  30242926 atgttggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggatatcccaacatgaat------- 30243018  T
Q  125 gacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttacca 224  Q
         ||||  ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| |||  ||||||    
T  30243019 -----ctataattagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttacca 30243113  T
Q  225 agttggataagtattcttagtaatttagttaatgttacacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttggtaaactacaatctctaaaat 324  Q
    |||||||||| | |||||||||||||| ||  | ||  |||| | |||||  | ||   |||||||||| ||| | |||||||||||| || |||||||     
T  30243114 agttggataattcttcttagtaatttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatatctaaaaa 30243213  T
Q  325 tactggaattatcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 373  Q
     |||||||||||   | ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  30243214 aactggaattattcgaaatggataatctgaaatacttggatgatgatga 30243262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 136 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 30482854 - 30482617
Alignment:
Q  136 ttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataag 235  Q
    ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||| ||  ||| ||||||||||||||||||    
T  30482854 ttagtgctgagcaagtacttgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattacaatgaagggttatcgttaccaagttggataag 30482755  T
Q  236 tattcttagtaatttagttaatgttacacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttggtaaactacaatctctaaaattactggaatta 335  Q
      |||||||||||||| ||  | ||  |||| | |||||  | ||   |||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  30482754 ccttcttagtaatttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaatta 30482655  T
Q  336 tcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 373  Q
    ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  30482654 tcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatga 30482617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 5 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 30749212 - 30748856
Alignment:
Q  5 gagtagcaaaggcttaaaagatgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaa 104  Q
    ||||| |||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||  |    
T  30749212 gagtatcaaaggattaaacaatgttggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggta 30749113  T
Q  105 agcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttact 204  Q
      ||| || ||||            |||  |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||    
T  30749112 tacaaggaggaat------------ctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattact 30749025  T
Q  205 atgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttagttaatgttacacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttgg 304  Q
    |||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | ||  ||||   | |||  | ||   |||||||||| ||| | ||||    
T  30749024 atgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttgaacttgagatttgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttgg 30748925  T
Q  305 taaactacaatctctaaaattactggaattatcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 373  Q
    |||||||| ||||||||||  |||   ||||| |   ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30748924 taaactaccatctctaaaaaaactaagattatatggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatga 30748856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 5 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 29852880 - 29852634
Alignment:
Q  5 gagtagcaaaggcttaaaagatgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaa 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||| |||| | || |||||||| ||||| ||| ||    
T  29852880 gagtatcaaaggcttaaaagatgtgggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaacagacattcatgaattatgtttgtcatgggaa 29852781  T
Q  105 agcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttact 204  Q
    ||||| |||| ||| ||  || |||| | | ||  || |||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||    
T  29852780 agcaatgatggatttactgagcccccaactattcatgatgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggacataaattact 29852681  T
Q  205 atgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaattta 251  Q
    |||| ||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  29852680 atgaaggattatcgttaccaagttggataagccttcttagtagttta 29852634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 5 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 30435391 - 30435035
Alignment:
Q  5 gagtagcaaaggcttaaaagatgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaa 104  Q
    ||||| |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |    
T  30435391 gagtatcaaaggattaaacaatgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgaagggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcgtggata 30435292  T
Q  105 a-gcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttac 203  Q
      ||||| | ||||            ||||  ||||  ||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || |    
T  30435291 tcgcaac-aggaat------------ctataattagatctgagcaattactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgc 30435205  T
Q  204 tatgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttagttaatgttacacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttg 303  Q
    ||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | ||| |||| |  ||||  | ||   |||||||||| ||| |||||    
T  30435204 tatgacggattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttaaacttggggattgcaacaaaattgtgcggcttccgttatttg 30435105  T
Q  304 gtaaactacaatctctaaaattactggaattatcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 373  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||   | ||| |   ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30435104 gtaaactaccatctctaaaaaaacttagagtatatggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatga 30435035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 5 - 373
Target Start/End: Original strand, 30677702 - 30678058
Alignment:
Q  5 gagtagcaaaggcttaaaagatgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaa 104  Q
    ||||| |||||| |||||  |||||| |||||||||||||||| |||  ||||| ||||| | |||||||||||| || |||||||||||||| |||  |    
T  30677702 gagtatcaaaggattaaacaatgttgctagtttatctgaagctgaagcggctaaattgatggataaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggga 30677801  T
Q  105 agcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttact 204  Q
      ||| || ||||            |||  |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||    
T  30677802 tacaaggaggaat------------ctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttaaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattact 30677889  T
Q  205 atgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttagttaatgttacactt-agtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttg 303  Q
    ||||  || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | ||  |||| || || ||  | ||   |||||||||| ||| |  ||    
T  30677890 atgaaagattatcgttaccaagttggataattattcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggaa-tgcaacaaaattgtgcggcttccgttacgtg 30677988  T
Q  304 gtaaactacaatctctaaaattactggaattatcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 373  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||  |||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30677989 gtaaactaccatctctaaaaagactgagattatctcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatga 30678058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 136 - 251
Target Start/End: Original strand, 30339178 - 30339293
Alignment:
Q  136 ttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataag 235  Q
    ||||||||||| || | || |||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||| || |||||| ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  30339178 ttagtgctgagcaagtgctcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaattccttgacagtaaatttctatgaaggattatcgttaccaagttggataag 30339277  T
Q  236 tattcttagtaattta 251  Q
      ||||||||||||||    
T  30339278 ccttcttagtaattta 30339293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 25 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 30474930 - 30474750
Alignment:
Q  25 atgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaacgatgaattgacaaa 124  Q
    |||||||||| |||| |||||||| | | || |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||  |  || | ||||   ||  |    
T  30474930 atgttggtagcttatttgaagctcgacatgccaatttgatgggtaaaaaggacctccaagaattatccttgtcatggaggaataatggtgaa---actga 30474834  T
Q  125 gacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatga 208  Q
    ||| || | |  || ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||||||||    
T  30474833 gacaccaactactactgctgagcaagtacttgaaatgcttcaacctcactcaaatctcaagaggttgaaaatactttactatga 30474750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 29871735 - 29871658
Alignment:
Q  25 atgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtgga 102  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||    
T  29871735 atgttggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatgga 29871658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 102
Target Start/End: Original strand, 30339079 - 30339156
Alignment:
Q  25 atgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtgga 102  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  30339079 atgttggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcgtgga 30339156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 30482953 - 30482876
Alignment:
Q  25 atgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtgga 102  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  30482953 atgttggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgga 30482876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 508 - 576
Target Start/End: Original strand, 30243675 - 30243743
Alignment:
Q  508 tgtgaaggtttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctgaacatttat 576  Q
    |||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||    
T  30243675 tgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtattcgacacctcacttctcttgaggttttgaatatttat 30243743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 508 - 568
Target Start/End: Original strand, 30339828 - 30339888
Alignment:
Q  508 tgtgaaggtttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctga 568  Q
    |||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30339828 tgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtattcgacacctcacttctcttgagcttctga 30339888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 31 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 17982470 - 17982404
Alignment:
Q  31 gtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtc 97  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  17982470 gtagtttatctgaagttgaagaagcaaattttataggtaaaaaagacctcaatgaattatgcctgtc 17982404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 505 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 29870989 - 29870927
Alignment:
Q  505 aattgtgaaggtttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctg 567  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  29870989 aattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtattcgacacctcacttcacttgagcttctg 29870927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 151 - 197
Target Start/End: Original strand, 30522299 - 30522345
Alignment:
Q  151 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaata 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  30522299 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagatcttgaaaata 30522345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 151 - 197
Target Start/End: Original strand, 30562639 - 30562685
Alignment:
Q  151 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaata 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  30562639 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagatcttgaaaata 30562685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 506 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 29852101 - 29852040
Alignment:
Q  506 attgtgaaggtttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctg 567  Q
    ||||| |||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  29852101 attgtaaaggattgagatgcttgccggagggtattggacacctcacttctcttgagcttctg 29852040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 512 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 4380460 - 4380404
Alignment:
Q  512 aaggtttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctga 568  Q
    |||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4380460 aaggattgcgatgcttgccggagggtattcgacacctcacttctcttgaggttctga 4380404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 508 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 30059088 - 30059028
Alignment:
Q  508 tgtgaaggtttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctga 568  Q
    |||||||| ||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30059088 tgtgaaggattgcgatgtttgccggagggtattcgacacctcacttctcttgagcttctga 30059028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 512 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 30482128 - 30482072
Alignment:
Q  512 aaggtttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctga 568  Q
    |||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30482128 aaggattgcgatgcttgccggagggtattcgacacctcacttctcttgaggttctga 30482072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 224 - 370
Target Start/End: Original strand, 29709670 - 29709817
Alignment:
Q  224 aagttggataagtattcttagtaatttagttaa-tgttacacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttggtaaactacaatctctaaa 322  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||   | ||  |||||   ||||  |||| |||||||| ||| | |||||||||||||||| |||||||||    
T  29709670 aagttgaataagtattcttagtaatttagtttgctcttgaacttaaagattgcaagaattgtgtgcgccttccttcatttggtaaactactatctctaaa 29709769  T
Q  323 attactggaattatcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatga 370  Q
    |  |||||||||||     |||   |||||||||||||||||||||||    
T  29709770 aaaactggaattatacagtatgcgtaatctgaaatacttggatgatga 29709817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 505 - 560
Target Start/End: Original strand, 30678540 - 30678595
Alignment:
Q  505 aattgtgaaggtttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttga 560  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30678540 aattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtattcgacacctcacatctcttga 30678595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 521 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 30434609 - 30434563
Alignment:
Q  521 gatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctg 567  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30434609 gatgcttgccggagggtattcgacacctcacttctcttgagcttctg 30434563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #31
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 521 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 30748430 - 30748385
Alignment:
Q  521 gatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttct 566  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30748430 gatgcttgccggagggtattcgacacctcacttctcttgagcttct 30748385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #32
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 517 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 30482195 - 30482158
Alignment:
Q  517 ttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttc 554  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  30482195 ttgagatgcttgccggagggtattcgacacctcacttc 30482158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #33
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 375 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 30205701 - 30205629
Alignment:
Q  375 gaggatttttccatctctagagtttctcatattacgacaactaccaaacttagaggggttgttgaaagtggaa 447  Q
    ||||||||| |||||||| ||| | |||||||||  |   |||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  30205701 gaggattttcccatctctggaggtactcatattagaaatcctaccaaacttagaagggttattgaaagtggaa 30205629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #34
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 532 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 30398790 - 30398754
Alignment:
Q  532 gagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctga 568  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  30398790 gagggtattagacacctcacttctcttgaggttctga 30398754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #35
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 508 - 568
Target Start/End: Original strand, 30523003 - 30523063
Alignment:
Q  508 tgtgaaggtttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctga 568  Q
    |||||| | ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| || |||||| ||||||    
T  30523003 tgtgaaagattgagatgcttgccagaaggtattcgccacctcacatcacttgaggttctga 30523063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #36
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 508 - 568
Target Start/End: Original strand, 30563343 - 30563403
Alignment:
Q  508 tgtgaaggtttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctga 568  Q
    |||||| | ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| || |||||| ||||||    
T  30563343 tgtgaaagattgagatgcttgccagaaggtattcgccacctcacatcacttgaggttctga 30563403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 138; Significance: 7e-72; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 5 - 254
Target Start/End: Original strand, 20297125 - 20297374
Alignment:
Q  5 gagtagcaaaggcttaaaagatgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaa 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||    
T  20297125 gagtatcaaaggcttaaaagatgttggcagtatatctgaagctcaagaagccaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcttgggaa 20297224  T
Q  105 agcaacgatgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttact 204  Q
    ||||| ||| |||| || ||| | || | ||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||    
T  20297225 agcaatgataaatttaccaagccaccaactgtaagtgctgagaaagtactcgaagtgcttcaacctcagtcaaatctcaagtgcttggaaataaattgct 20297324  T
Q  205 atgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttagtt 254  Q
    |||||||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20297325 atgatggattgtggttaccaagttggataattattcttagtaatttagtt 20297374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 11 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 13616174 - 13615990
Alignment:
Q  11 caaaggcttaaaagatgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaac 110  Q
    |||||||||| || || | |||||||||| ||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||| | ||||||| |||||| ||| |   |||     
T  13616174 caaaggcttacaaaatataggtagtttatttgaagctcaagaagccaatttaatggataaaaaagacctcgatgaattattcttgtcatggcagcacaaa 13616075  T
Q  111 gatgaat-tgacaaagacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaata 197  Q
    |||  || || | |||||||||||| |||||| |||  || ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  13616074 gattcatctgtc-aagacccctattattagtgatgatcaagtacttgaagtgcttc-acctctc-caaatctcaagagcttgaaaata 13615990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 36 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 52351504 - 52351438
Alignment:
Q  36 ttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtgga 102  Q
    |||||||| | || ||| || |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||    
T  52351504 ttatctgatgttcgagaggccaatttgatgggtaaaaaagacctccgagaattatgcctgtcatgga 52351438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 507 - 568
Target Start/End: Original strand, 20298049 - 20298110
Alignment:
Q  507 ttgtgaaggtttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctga 568  Q
    ||||||||| |||  |||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  20298049 ttgtgaaggattgcaatgcttgccagaaggcattcaacacctcacttctcttgagcttctga 20298110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 160 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 52351383 - 52351351
Alignment:
Q  160 tgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttga 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52351383 tgcttcaacctcactcaaatctcaagtgtttga 52351351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 133; Significance: 7e-69; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 26706905 - 26706545
Alignment:
Q  13 aaggcttaaaagatgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaacga 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||| ||| ||    
T  26706905 aaggcttaaaagatgttggcagtttatctgaagctcaagaagccaatttgatggggaaaaaaaacctcgaaaaattatgcttgtcatgggaaaacaatga 26706806  T
Q  113 tgaattgacaaagacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatgga 212  Q
    || ||| || ||| | || | | |||||| |||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| || |||    
T  26706805 tggatttaccaagccaccaactattagtgttgagcagctactcaaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggaaataaagtactacgacgga 26706706  T
Q  213 atattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttagttaatgttacacttagtaattgtgagaactgtgtgcggctttcgtcatttggtaaactac 312  Q
     |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||  |||| |  ||||  |||| | |||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  26706705 ttatcattaccaagttgggtaagtattcttagtaatttagtttctcttgaacttggggattgcaagaaatttgtgcggcttccgttacttggtaaactac 26706606  T
Q  313 aatctctaaaattactggaattatcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 373  Q
     ||||||| ||  ||||||||||||||  |||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  26706605 catctctagaaaaactggaattatcttctatggttaatctgaaatacttggatgatgatga 26706545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 521 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 26706050 - 26706003
Alignment:
Q  521 gatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctga 568  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26706050 gatgcttgccagagggtattcgacacctcacttctcttgagtttctga 26706003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 11 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 7098987 - 7098895
Alignment:
Q  11 caaaggcttaaaagatgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaa 103  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||    
T  7098987 caaaggcttacaaaatgttggtagtttatctgaagctaaagaagccaatttaatgggtaaaaaagacctcgatgaattatgcttgtcatggaa 7098895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 197
Target Start/End: Original strand, 7582273 - 7582445
Alignment:
Q  25 atgttggtagtttatctgaagctcaagaagctaatttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtcgtggaaaagcaacgatgaattgacaaa 124  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||     ||| |||  ||     ||    
T  7582273 atgtcggtagtttatctgaagctcaagaagccaacttgatgggtaaaaaagacctcgatgaattatgcttgtcatggttgcacaatgattcatctgttaa 7582372  T
Q  125 gacccctattgttagtgctgagaaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaata 197  Q
    |||| ||||| ||||||  ||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  7582373 gaccactattattagtgacgatcaagtacttgaagtgcttcaacctcacacaaatctcaagagcttgaaaata 7582445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 154 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 7098844 - 7098743
Alignment:
Q  154 ttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataagtattcttagtaatttagt 253  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||  ||  | ||| |||  || ||||||||||| || | |||||||||||||||    
T  7098844 ttgaagtgcttcaacctcatacaaatctcaagagcttgaaaatacattcttaccaaggattatgctttccaagttggatcagaactcttagtaatttagt 7098745  T
Q  254 ta 255  Q
    ||    
T  7098744 ta 7098743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 416 - 447
Target Start/End: Original strand, 7582681 - 7582712
Alignment:
Q  416 taccaaacttagaggggttgttgaaagtggaa 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7582681 taccaaacttagaggggttgttgaaagtggaa 7582712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University