View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5328_low_2 (Length: 414)

Name: NF5328_low_2
Description: NF5328
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5328_low_2
NF5328_low_2
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-414)||(20492643-20493056)
chr2 (1-414)||(1361858-1362271)
chr2 (1-414)||(1354972-1355385)
chr2 (182-279)||(1357940-1358037)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-414)||(29954508-29954921)
chr4 (1-414)||(51369532-51369945)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-414)||(11531821-11532234)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (3-363)||(12846488-12846848)
chr6 (1-412)||(14588931-14589342)
chr6 (1-412)||(14622589-14623000)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Original strand, 20492643 - 20493056
Alignment:
Q  1 gttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20492643 gttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgag 20492742  T
Q  101 caatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20492743 caatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaaccttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcg 20492842  T
Q  201 tttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggctcagtcattgagaagcttca 300  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20492843 tttggaaaacatgggcaccacagctaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttca 20492942  T
Q  301 tttgggtcatgtacttgtgacattgcattatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactggaagaaaggaaattggctattggggcaccaaggaat 400  Q
    ||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  20492943 ttttgggcatgtacttgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaaggaat 20493042  T
Q  401 gagcaagatgggtc 414  Q
    ||||||||||||||    
T  20493043 gagcaagatgggtc 20493056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Original strand, 1361858 - 1362271
Alignment:
Q  1 gttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgag 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| | |||  | ||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  1361858 gttggattcaagagaatcatcttctgttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgag 1361957  T
Q  101 caatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcg 200  Q
    |  ||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||   ||||| |    
T  1361958 ctttctgggttgtctttcttttgggctttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattg 1362057  T
Q  201 tttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggctcagtcattgagaagcttca 300  Q
    ||||||| ||||||||||| || || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||| ||||    
T  1362058 tttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttca 1362157  T
Q  301 tttgggtcatgtacttgtgacattgcattatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactggaagaaaggaaattggctattggggcaccaaggaat 400  Q
    ||| || ||||| ||||||||| ||| ||||||  |||| ||||||||||||||||| | | |||  |||| |  | ||||| ||| || |||||||| |    
T  1362158 tttcggccatgttcttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagt 1362257  T
Q  401 gagcaagatgggtc 414  Q
    ||| ||||||||||    
T  1362258 gaggaagatgggtc 1362271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Original strand, 1354972 - 1355385
Alignment:
Q  1 gttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgag 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| | |||  ||||| |||||||||| ||| |||||||||||    
T  1354972 gttggattcaagagaatcatcttctgttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcaggaagatttaactgagttggcttatggaattgag 1355071  T
Q  101 caatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcg 200  Q
    |  ||| ||||  ||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||||   ||||| |    
T  1355072 ctttctgggttgtctttcttttggactttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggattcgaggaaaggacgaaagaacgcggaattg 1355171  T
Q  201 tttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggctcagtcattgagaagcttca 300  Q
    ||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| ||| ||||    
T  1355172 tttggaagacatgggcacctcagcttaagatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcattgtggttctggttctgttattgaaaaggttca 1355271  T
Q  301 tttgggtcatgtacttgtgacattgcattatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactggaagaaaggaaattggctattggggcaccaaggaat 400  Q
    ||| || ||||| ||||||||| ||| ||||||  |||| || |||||||||||||| | | |||  |||| | || ||||| |||  | |||||||| |    
T  1355272 ttttggccatgttcttgtgacactgccttatttgcttgaccagtgtttgttttcaagggcattggtggaaaaggaagtggctgttgaagtaccaaggagt 1355371  T
Q  401 gagcaagatgggtc 414  Q
    ||| ||||||||||    
T  1355372 gaggaagatgggtc 1355385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 279
Target Start/End: Original strand, 1357940 - 1358037
Alignment:
Q  182 acaaaagaatatggaatcgtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcagg 279  Q
    ||||||||  |||| || || |||||||  ||||| || ||||  |||||||||| |||||| ||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  1357940 acaaaagatcatggtatagtgtggaaaagttgggccccacaacctaagatcttaggtcatggttcagttggtggttgtttgactcattgtggttcagg 1358037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Original strand, 29954508 - 29954921
Alignment:
Q  1 gttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29954508 gttggattcaaaagaatcatcttctgttgtttacattggatttgggagcgagttgaagttaagccaacaagatctaactgagttagcgcatggaattgag 29954607  T
Q  101 caatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcg 200  Q
    |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  29954608 ctttctaggttgcctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagagggtacacttgaattacctaaaggatttgaggaaagaacaaaagaatgtggaatcg 29954707  T
Q  201 tttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggctcagtcattgagaagcttca 300  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29954708 tttggaaaacatgggcacctcaacttaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttca 29954807  T
Q  301 tttgggtcatgtacttgtgacattgcattatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactggaagaaaggaaattggctattggggcaccaaggaat 400  Q
    ||| || ||||| ||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||  |||| |||| || |||||||| |    
T  29954808 ttttgggcatgtccttgtgacattgccttatttacctgaccaatgtttgttttcaagagcactagaagaaaagaaggtggcaattgaggtaccaaggagt 29954907  T
Q  401 gagcaagatgggtc 414  Q
    ||||||||||||||    
T  29954908 gagcaagatgggtc 29954921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 51369945 - 51369532
Alignment:
Q  1 gttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgag 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  51369945 gttggactcaaaagaatcatcttctgttgtttacattggatttggaagcgagtcaaagttagatcaacaagatttaactgagttagctcatggaattgaa 51369846  T
Q  101 caatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcg 200  Q
    |  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||  |  |||||||||  ||||||| || |||||||||||||||  |||||| |    
T  51369845 ctttctgggttacctttcttttgggctttgaaagatcgtaaagacggtgtatctgaattacctcaaggattcgaggaaagaacaaaagaacgtggaattg 51369746  T
Q  201 tttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggctcagtcattgagaagcttca 300  Q
    |||||||||| |||| ||||||  | || ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||  | | |||||| |||||| ||||||    
T  51369745 tttggaaaacctgggtaccccagatcaaaatcttagctcatccatcaattggtggatgtatgagtcactgtggtggaagttcagtcgttgagatgcttca 51369646  T
Q  301 tttgggtcatgtacttgtgacattgcattatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactggaagaaaggaaattggctattggggcaccaaggaat 400  Q
    | | || ||||| ||||| ||||||| |||| || |||| || ||||||| | |||||  ||| ||||||| |||| ||||| |||  | |||||||| |    
T  51369645 tcttgggcatgttcttgtcacattgccttatatacttgaccagtgtttgtatgcaagattactagaagaaaagaaagtggctgttgaagtaccaaggagt 51369546  T
Q  401 gagcaagatgggtc 414  Q
    ||||||||||||||    
T  51369545 gagcaagatgggtc 51369532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Original strand, 11531821 - 11532234
Alignment:
Q  1 gttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgag 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||   ||  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11531821 gttggattcaaaagaatcgtcttctgttgtttacattggatttgggagcgagacgaaaataagtcaacaagatctaattgagttagctcatggaattgag 11531920  T
Q  101 caatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcg 200  Q
    |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||  |||||| |    
T  11531921 ctttctaggttgcctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagagggtacacttgaattacctaaagaatttgaggaaagaacaaaagaacgtggaattg 11532020  T
Q  201 tttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggctcagtcattgagaagcttca 300  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11532021 tttggaaaacatgggcaccacaacttaagatcttagcacatggatcaatcggtggatgtatgagtcactgtggttcaggttcagtcattgagaagcttca 11532120  T
Q  301 tttgggtcatgtacttgtgacattgcattatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactggaagaaaggaaattggctattggggcaccaaggaat 400  Q
    ||| || ||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||| || |||||||| |    
T  11532121 ttttgggcatgctcttgtgacattgccttatttaattgaccaatgtttgttctcaagagtactagaagaaaagaaagtggctattgaggtaccaaggagt 11532220  T
Q  401 gagcaagatgggtc 414  Q
    ||| |||| |||||    
T  11532221 gagaaagacgggtc 11532234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 3 - 363
Target Start/End: Original strand, 12846488 - 12846848
Alignment:
Q  3 tggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgagca 102  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||  ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||     
T  12846488 tggattcaagagaatcatcttccgttgtttacattggatttgggagcgagttgaggttaacgcaaaaagatctaaccgaattagctcatggaattgagct 12846587  T
Q  103 atctaggttacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcgtt 202  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||| |||||  ||||||| |||||  |||| ||||||  |||||| |||    
T  12846588 ttctaggttacctttcttttgggctttgaaaaacctaaaaaagggtacacttgagttacctaaaggattcgaagatcgaaccaaagaacgtggaattgtt 12846687  T
Q  203 tggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggctcagtcattgagaagcttcatt 302  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  12846688 tggaaaacatgggcaccccagcttaagatcttatcccatggagcaattggggggtgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagctccatt 12846787  T
Q  303 tgggtcatgtacttgtgacattgcattatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaact 363  Q
    | || ||||| ||||| ||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||    
T  12846788 ttggacatgttcttgttacattgccttatttgctagatcaatgtttgttttcaagagaact 12846848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Original strand, 14588931 - 14589342
Alignment:
Q  1 gttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14588931 gttggattcaaaagaatcatcttctattgtttacattggatttgggagcgagtcgaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcatggaattgag 14589030  T
Q  101 caatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcg 200  Q
    |  ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| |||  ||||||||| ||  |||| || || |||||||||||||||   ||||| |    
T  14589031 ctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagagggtgtacttgaattgcctaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattg 14589130  T
Q  201 tttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggctcagtcattgagaagcttca 300  Q
    |||||||||| |||| ||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || | |||||| |||| | |||| |    
T  14589131 tttggaaaacttgggtaccccagtttaagatcttaactcatggatcaattggtggttgtatgactcattgtggtccaagttcagtctttgaaatgcttta 14589230  T
Q  301 tttgggtcatgtacttgtgacattgcattatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactggaagaaaggaaattggctattggggcaccaaggaat 400  Q
    | | || ||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||| ||||| ||| || |||||||| |    
T  14589231 tcttgggcatgttcttgtgacattgccttatttacttgaccaatgtttgtttgcaagagtactagaagaaaagaaagtggctgttgaggtaccaaggagt 14589330  T
Q  401 gagcaagatggg 412  Q
    |||| |||||||    
T  14589331 gagccagatggg 14589342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Original strand, 14622589 - 14623000
Alignment:
Q  1 gttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14622589 gttggattcaaaagaatcatcttctattgtttacattggatttgggagcgagtcgaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcatggaattgag 14622688  T
Q  101 caatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcg 200  Q
    |  ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| |||  ||||||||| ||  |||| || || |||||||||||||||   ||||| |    
T  14622689 ctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagagggtgtacttgaattgcctaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattg 14622788  T
Q  201 tttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggctcagtcattgagaagcttca 300  Q
    |||||||||| |||||||||||  | ||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||| |  | ||||||||||| | ||||||    
T  14622789 tttggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatgaatcaattagtggttgtatgactcattgtggtcccagttcagtcattgaaatgcttca 14622888  T
Q  301 tttgggtcatgtacttgtgacattgcattatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactggaagaaaggaaattggctattggggcaccaaggaat 400  Q
    | | || ||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||| ||||| ||| || |||||||| |    
T  14622889 tcttgggcatgttcttgtgacattgccttatttacttgaccaatgtttgtttgcaagagtactagaagaaaagaaagtggctgttgaggtaccaaggagt 14622988  T
Q  401 gagcaagatggg 412  Q
    |||| |||||||    
T  14622989 gagccagatggg 14623000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University